| Definition | Vibrio splendidus LGP32 chromosome 1, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_011753 |
| Length | 3,299,303 |
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The map label for this gene is sbcC [H]
Identifier: 218709615
GI number: 218709615
Start: 1740232
End: 1743954
Strand: Reverse
Name: sbcC [H]
Synonym: VS_1625
Alternate gene names: 218709615
Gene position: 1743954-1740232 (Counterclockwise)
Preceding gene: 218709616
Following gene: 218709614
Centisome position: 52.86
GC content: 45.85
Gene sequence:
>3723_bases ATGAAGATTTTAAGCCTAGAATTTGAAAACCTGAACTCTTTGAAAGGGCGTTGGAAGCTCGATTTTACCCAATCACCGTT TGCAGAAAATGGTCTGTTCGCGATTACTGGCCCAACAGGGGCAGGTAAAACCACCATTCTTGATGCGATTTGTTTGGCAT TGTTCCACCGCACACCGCGTTTAAAGAGCATCGCTAAAGGCAACAACGAATTAATGACGCGTGGCACGGGTGAGTGTTTC GCTGAGCTTGAATTTGAAGTGCAGGGCAAAACGTATCGCTCTAACTTCCACCAAAAGCGAGCTCGCGGAAAGCACGATGG CGCATTACAAACGCCAACGTGTGAATTTGCGGATGCGGACACCGATAAAGTCTTAGAGACTATGTTGACCAAGAAGACAA AGTTGGTGGAGCAGGTAACGGGTCTCGATTTCTCACGCTTCACTAAATCGATCATGTTGTCTCAAGGTGAGTTTGCGGCG TTCTTAAATGCTAATGCTAACGACCGTGCCGAGCTACTTGAAGAGCTGACGGGCACAGAAGTCTATAGCCTGATCTCTGA GCGCATCTACGATCATTTCAAGTCGAGTGAAGAGTCGCTTAATCACCTTAAAGCCAAAGCAGAAGGTGTGAGCTTACTGT CTGAAGAGCAAATCCAAGAGCTAACCGCAGAACGAGAAACGTTAGAAGCGGAACAGAAGCGTTTAGCGGAGCAATTAAAA GAGTGGCAAGCGCATCTAAGCTGGTGGAAAGACGTAACTAAAGCTGAGCAAACTATCGCGACCAGTGAGCACGATCTTAA AACAGCTCAAGATGAACTAGACCGTAATCAACCTTCATTAGAGCGCTTGGCAAACAGTGAGCCGGCTGAAAAGCTGCGCC CAATGCACAAAGGTTTAAAGCGTTGCGAACAAGAGGTGAACACTACTCAAGCTCACTTAGATAACAGCTCTAAGTTACTG GCCGTTCGTGATGCAGAAAAGCAAGACGCGCAAACTAAATTGACTCAAAGCAGTGCAATTGTCGAACAAGTAAAAACCGA GCAACAAGATCAAGAGAAGATCATCGATCTTGTCCGTCCGCTAGATAACCAAATTGCCGTACTCAAAGATAAGCAAACTG CGGCCGTTAATGCAGCAAATACGCTAAACGAGCAACACACGCAACAGCGTAATCAACAGATTGTTTTAGTCCAAAAAATT GATGCACTGAAGCAACAAGATCAACTCAGCACTGAGTACTTAAATACACATCAAACTGACCAACATCTGGAAAAATACTT AGGTCAGTGGCAAGCAAAGGTAGAGCAAGTTCGTACTCTAGAGCGTCAGCATGCAGAACAGTTAAACTCAGCGAAGCAAA CTTTGTCTGCGGTTGATGCACAGCAAACGATCATCAAATCTGCGCAAGAAGCTAAAGCAACGCAAGACAAAACTTTAAGT GAATTGGTTGTGCTAGAGAGTAGTGCAAAGCAACAGTGGGTAGCATTGCAAGGCAACATCAGCGAACAAGTATTGAATGC GCAAAAAGATCTGTTGGAGTACTGGAATCGCAATACGCACTCATTACTTGAGATCAACCGTGGTTTCCTAAATGCCCAGC AACAGCTGCACGCAAAAACTCAGGCACATCAAACTAACACTCAGTTGGTCGATAAGCTTTCGAAAGAACGTGAAGTGTTG GTGGAGCGATATAAAGAGAAAGAGACTTCGCTTGAGCGATTAACGCGTTTGATTGATCAAGAAGGCGAGTTGGCGAAATA CCGTGCAGCTCTAGAATCAGGCTCTGAGTGCCCGCTATGTGGTTCAACAGACCATTCGATTGAACAGTCACAAGACACTG CAAATTTGGTTGCTCAAAAAGAAACGGAAAACCTAGAGTTAACGGCCATCAAAAAAGAAGGCCAAGAGCATCGTCAGCAG TTAGATTCTCTGGCCCCTATGATTGCGGCGCTTAACGATGACATTCAGCGAGCGCAAGCGGATATTCAACAAGCTCAACT GAATTGGCAAGGCGTTGTCGGCAAGCTTCAACATAGCTTATCTGATTTCGTTGGCACTGCTCCTGAACTGGCGTTGCTAA CGATTAACGATTTAGGCAATGAAGCTATAGTCGCGACCTTTGCTCAGCAGTGTGAAGTTCAACTAAGTCAGTTCTCGCAG CAACTCAAAGCGTTGGCTGATGCGAAAGCACACTATGCCGAAGCTGAGAAACAACGCTTGTCTGCAAGTGTTATGGCTGA CAAGGCGCAGTCTAATCTCGAGTTGGCCGAGCAACGCTTAGCGGATCTGAATAAGCAAAATCACAGCACGAACGAACAAG TGGCTCAGATAGCTCAAACAAAAGAACAGCAATGGAACGCTCTGAAAGAGAGCATTGTTCAAACGGCTATCGAAGCGCCT GAACTTGAACATATTGATGATTGGTTTACTGCGAAATCGCAGGCATCAAGCACATGGCAGCAAACCAAACAGCAACAGGC CGATATTGAGAAGCAACTGATCACTCAAAATGCCGAATTGAAAACCTTAGATGACAAGCTAAGCAGTGTTGAGAAAGAGC TCGCGACACTCACGCAACAGAGTGAGTCTCTAGTGTTAGAGTTGACTCGTATTAGTGCTGAAAGAACAGAGTTGTTTGGT GACAAAGACATTCAAGCCACCAGCAATGCGATGAAGCAAAAAGTCACCGAAGCGGTAAATGCATTTGATGCCGCGCAGTT GGTGCTTAACCGCTCCGAGCTGGAACATCGAACTGAGCAAACCAAACACATTAGCTTCTCTGAAGAGTTGACTAGCAAGC AGTCAAGTTACACACAAGCGTCGAATGCTTGGTTAGAAGCACTGAAAACGAGCCCATTCGAAGATGAGGTAAATTTTGAA GCGGCGTTGTTGGATGAGGAGGTTAGAACTCAACTTCAAAGCCTGAAGAAGTCTTTAGATGAAGCGATTGTCAGTGCACA AGCAAGGTTGAATACCGCCAAAGCGACGCAAGTGGAGCTACAAAACCACGTAAATGCGAAAGCATGGCAAGAGCAAGAGC AAGACCAACAGCAAGTTGAAGAAGCAACTACTGAATGCCAAAACGCACAACAAAGCCATGCGACAAAGATCGGCGCGATT TCGGCCAATCTTGAAACGGATAGCCAGAACCGCAGTAATCAGCAAGATCTGTTCAAGCAGATCGACGAACAGCAGGTCGA GTTTGATGATATCTCACGTCTGAACTCACTTATCGGTTCTAAGAACGGCGATAAATTTCGTAAGTTTGCCCAAGGTTTAA CTCTGGAAAACTTGGTGTATTTGGCGAACAAGCAGCTACAGCGTTTACATGGTCGTTATGAGCTAAAACGTAAAGCCGAT GATGGCTTAGAACTTCAAGTGCTCGACACATGGCAGGGCGATGTGATGCGTGATACCAAGACGTTATCCGGTGGCGAAAG CTTCTTGGTGAGCTTGGCGTTGGCATTAGCGCTTTCTGATCTTGTGAGCTACAAAACCAGTATTGATTCTCTGTTCTTGG ATGAAGGTTTCGGCACGCTGGATAGCGACACATTGGACATTGCCCTAAACGCGCTCGATAACCTAAATGCGTCAGGCAAG ATGATTGGCGTCATCAGTCACGTTGAAGCATTGAAAGAGCGAGTGCCTGTTCAGCTTAAAGTAACAAAACACTCTGGCTT AGGTGTCAGTGAGATGGAGAAGCAGTATAAGGTTGTTGCTTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases AAAAAGCACGTTTAGAGCGAATGACGGTGAAGTTTAAACAAGTGATGGTTGAAGTGTCTGAAAGCGCTCAAACACCAAAC AAAGTAGAAGAGTAACCAGT
Downstream 100 bases:
>100_bases GTTCTAGCTATATTCCATCAGTGTAGAAATCGAAACAGAGCTAGATGAAGCAGATCCCCGACTCAGTCGTTCCTCCTTCT CGAGGATGACGGAGTCGGAA
Product: nuclease subunit C
Products: 5'-phosphomonoesters [C]
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1240; Mature: 1240
Protein sequence:
>1240_residues MKILSLEFENLNSLKGRWKLDFTQSPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALFHRTPRLKSIAKGNNELMTRGTGECF AELEFEVQGKTYRSNFHQKRARGKHDGALQTPTCEFADADTDKVLETMLTKKTKLVEQVTGLDFSRFTKSIMLSQGEFAA FLNANANDRAELLEELTGTEVYSLISERIYDHFKSSEESLNHLKAKAEGVSLLSEEQIQELTAERETLEAEQKRLAEQLK EWQAHLSWWKDVTKAEQTIATSEHDLKTAQDELDRNQPSLERLANSEPAEKLRPMHKGLKRCEQEVNTTQAHLDNSSKLL AVRDAEKQDAQTKLTQSSAIVEQVKTEQQDQEKIIDLVRPLDNQIAVLKDKQTAAVNAANTLNEQHTQQRNQQIVLVQKI DALKQQDQLSTEYLNTHQTDQHLEKYLGQWQAKVEQVRTLERQHAEQLNSAKQTLSAVDAQQTIIKSAQEAKATQDKTLS ELVVLESSAKQQWVALQGNISEQVLNAQKDLLEYWNRNTHSLLEINRGFLNAQQQLHAKTQAHQTNTQLVDKLSKEREVL VERYKEKETSLERLTRLIDQEGELAKYRAALESGSECPLCGSTDHSIEQSQDTANLVAQKETENLELTAIKKEGQEHRQQ LDSLAPMIAALNDDIQRAQADIQQAQLNWQGVVGKLQHSLSDFVGTAPELALLTINDLGNEAIVATFAQQCEVQLSQFSQ QLKALADAKAHYAEAEKQRLSASVMADKAQSNLELAEQRLADLNKQNHSTNEQVAQIAQTKEQQWNALKESIVQTAIEAP ELEHIDDWFTAKSQASSTWQQTKQQQADIEKQLITQNAELKTLDDKLSSVEKELATLTQQSESLVLELTRISAERTELFG DKDIQATSNAMKQKVTEAVNAFDAAQLVLNRSELEHRTEQTKHISFSEELTSKQSSYTQASNAWLEALKTSPFEDEVNFE AALLDEEVRTQLQSLKKSLDEAIVSAQARLNTAKATQVELQNHVNAKAWQEQEQDQQQVEEATTECQNAQQSHATKIGAI SANLETDSQNRSNQQDLFKQIDEQQVEFDDISRLNSLIGSKNGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLQRLHGRYELKRKAD DGLELQVLDTWQGDVMRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSYKTSIDSLFLDEGFGTLDSDTLDIALNALDNLNASGK MIGVISHVEALKERVPVQLKVTKHSGLGVSEMEKQYKVVA
Sequences:
>Translated_1240_residues MKILSLEFENLNSLKGRWKLDFTQSPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALFHRTPRLKSIAKGNNELMTRGTGECF AELEFEVQGKTYRSNFHQKRARGKHDGALQTPTCEFADADTDKVLETMLTKKTKLVEQVTGLDFSRFTKSIMLSQGEFAA FLNANANDRAELLEELTGTEVYSLISERIYDHFKSSEESLNHLKAKAEGVSLLSEEQIQELTAERETLEAEQKRLAEQLK EWQAHLSWWKDVTKAEQTIATSEHDLKTAQDELDRNQPSLERLANSEPAEKLRPMHKGLKRCEQEVNTTQAHLDNSSKLL AVRDAEKQDAQTKLTQSSAIVEQVKTEQQDQEKIIDLVRPLDNQIAVLKDKQTAAVNAANTLNEQHTQQRNQQIVLVQKI DALKQQDQLSTEYLNTHQTDQHLEKYLGQWQAKVEQVRTLERQHAEQLNSAKQTLSAVDAQQTIIKSAQEAKATQDKTLS ELVVLESSAKQQWVALQGNISEQVLNAQKDLLEYWNRNTHSLLEINRGFLNAQQQLHAKTQAHQTNTQLVDKLSKEREVL VERYKEKETSLERLTRLIDQEGELAKYRAALESGSECPLCGSTDHSIEQSQDTANLVAQKETENLELTAIKKEGQEHRQQ LDSLAPMIAALNDDIQRAQADIQQAQLNWQGVVGKLQHSLSDFVGTAPELALLTINDLGNEAIVATFAQQCEVQLSQFSQ QLKALADAKAHYAEAEKQRLSASVMADKAQSNLELAEQRLADLNKQNHSTNEQVAQIAQTKEQQWNALKESIVQTAIEAP ELEHIDDWFTAKSQASSTWQQTKQQQADIEKQLITQNAELKTLDDKLSSVEKELATLTQQSESLVLELTRISAERTELFG DKDIQATSNAMKQKVTEAVNAFDAAQLVLNRSELEHRTEQTKHISFSEELTSKQSSYTQASNAWLEALKTSPFEDEVNFE AALLDEEVRTQLQSLKKSLDEAIVSAQARLNTAKATQVELQNHVNAKAWQEQEQDQQQVEEATTECQNAQQSHATKIGAI SANLETDSQNRSNQQDLFKQIDEQQVEFDDISRLNSLIGSKNGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLQRLHGRYELKRKAD DGLELQVLDTWQGDVMRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSYKTSIDSLFLDEGFGTLDSDTLDIALNALDNLNASGK MIGVISHVEALKERVPVQLKVTKHSGLGVSEMEKQYKVVA >Mature_1240_residues MKILSLEFENLNSLKGRWKLDFTQSPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALFHRTPRLKSIAKGNNELMTRGTGECF AELEFEVQGKTYRSNFHQKRARGKHDGALQTPTCEFADADTDKVLETMLTKKTKLVEQVTGLDFSRFTKSIMLSQGEFAA FLNANANDRAELLEELTGTEVYSLISERIYDHFKSSEESLNHLKAKAEGVSLLSEEQIQELTAERETLEAEQKRLAEQLK EWQAHLSWWKDVTKAEQTIATSEHDLKTAQDELDRNQPSLERLANSEPAEKLRPMHKGLKRCEQEVNTTQAHLDNSSKLL AVRDAEKQDAQTKLTQSSAIVEQVKTEQQDQEKIIDLVRPLDNQIAVLKDKQTAAVNAANTLNEQHTQQRNQQIVLVQKI DALKQQDQLSTEYLNTHQTDQHLEKYLGQWQAKVEQVRTLERQHAEQLNSAKQTLSAVDAQQTIIKSAQEAKATQDKTLS ELVVLESSAKQQWVALQGNISEQVLNAQKDLLEYWNRNTHSLLEINRGFLNAQQQLHAKTQAHQTNTQLVDKLSKEREVL VERYKEKETSLERLTRLIDQEGELAKYRAALESGSECPLCGSTDHSIEQSQDTANLVAQKETENLELTAIKKEGQEHRQQ LDSLAPMIAALNDDIQRAQADIQQAQLNWQGVVGKLQHSLSDFVGTAPELALLTINDLGNEAIVATFAQQCEVQLSQFSQ QLKALADAKAHYAEAEKQRLSASVMADKAQSNLELAEQRLADLNKQNHSTNEQVAQIAQTKEQQWNALKESIVQTAIEAP ELEHIDDWFTAKSQASSTWQQTKQQQADIEKQLITQNAELKTLDDKLSSVEKELATLTQQSESLVLELTRISAERTELFG DKDIQATSNAMKQKVTEAVNAFDAAQLVLNRSELEHRTEQTKHISFSEELTSKQSSYTQASNAWLEALKTSPFEDEVNFE AALLDEEVRTQLQSLKKSLDEAIVSAQARLNTAKATQVELQNHVNAKAWQEQEQDQQQVEEATTECQNAQQSHATKIGAI SANLETDSQNRSNQQDLFKQIDEQQVEFDDISRLNSLIGSKNGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLQRLHGRYELKRKAD DGLELQVLDTWQGDVMRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSYKTSIDSLFLDEGFGTLDSDTLDIALNALDNLNASGK MIGVISHVEALKERVPVQLKVTKHSGLGVSEMEKQYKVVA
Specific function: SbcCD cleaves DNA hairpin structures. These structures can inhibit DNA replication and are intermediates in certain DNA recombination reactions. The complex acts as a 3'->5' double strand exonuclease that can open hairpins. It also has a 5' single-strand
COG id: COG0419
COG function: function code L; ATPase involved in DNA repair
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the SMC family. SbcC subfamily [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786597, Length=294, Percent_Identity=51.7006802721088, Blast_Score=312, Evalue=9e-86,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR004592 [H]
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 139245; Mature: 139245
Theoretical pI: Translated: 4.86; Mature: 4.86
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 0.9 %Met (Translated Protein) 1.5 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 0.9 %Met (Mature Protein) 1.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKILSLEFENLNSLKGRWKLDFTQSPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALFHRTPR CCEEEEEHHCHHCCCCCEEECCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCH LKSIAKGNNELMTRGTGECFAELEFEVQGKTYRSNFHQKRARGKHDGALQTPTCEFADAD HHHHHCCCCHHECCCCCHHHEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC TDKVLETMLTKKTKLVEQVTGLDFSRFTKSIMLSQGEFAAFLNANANDRAELLEELTGTE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH VYSLISERIYDHFKSSEESLNHLKAKAEGVSLLSEEQIQELTAERETLEAEQKRLAEQLK HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EWQAHLSWWKDVTKAEQTIATSEHDLKTAQDELDRNQPSLERLANSEPAEKLRPMHKGLK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH RCEQEVNTTQAHLDNSSKLLAVRDAEKQDAQTKLTQSSAIVEQVKTEQQDQEKIIDLVRP HHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC LDNQIAVLKDKQTAAVNAANTLNEQHTQQRNQQIVLVQKIDALKQQDQLSTEYLNTHQTD CCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCH QHLEKYLGQWQAKVEQVRTLERQHAEQLNSAKQTLSAVDAQQTIIKSAQEAKATQDKTLS 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CCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHH TLSGGESFLVSLALALALSDLVSYKTSIDSLFLDEGFGTLDSDTLDIALNALDNLNASGK HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCC MIGVISHVEALKERVPVQLKVTKHSGLGVSEMEKQYKVVA HHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: ribo- or deoxyribonucleic acids [C]
Specific reaction: ribo- or deoxyribonucleic acids = 5'-phosphomonoesters [C]
General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 2530497; 9278503; 1744033; 1490631; 10886369; 9653124; 9927737 [H]