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The map label for this gene is hlyB [H]

Identifier: 209694489

GI number: 209694489

Start: 1018025

End: 1020013

Strand: Reverse

Name: hlyB [H]

Synonym: VSAL_I0920

Alternate gene names: 209694489

Gene position: 1020013-1018025 (Counterclockwise)

Preceding gene: 209694499

Following gene: 209694488

Centisome position: 30.68

GC content: 37.61

Gene sequence:

>1989_bases
ATGAAGTTATCTATTCTAAAAAGTATAAAAACTCGCTTATTGCTCATATCACTCTTACCAACCCTAATCATTACTCTATT
TTTAACTCAGCTACTCATTCAAGAAAATCAAAAAGTTCATGACGCTAATTACTCATTAGAAGCCGTTTCTTTATTTAACT
TACTGGATAATGTCGCCCATAACTTTGCCGTTGAACGAGGAATAACCGCAGGTTATCTCGCCTCCCAAGGGAAATCAGGT
AATAGTAAGCTCATTGAACAAAGAAAAAAATCAGACACAGCTGAACAGGCATTACGTAACTTTACTCCTAATTTTTTAGA
AAAAACGATTGTGTCATCTTTACTCTTTGAGGTAACCCAGCAATTAAATAATAAAAATAGCATTCGCTCTCAAGTCGATA
ACTTTTCAATTACACACTCTCCATTTGTTTATTATTCAACGCTTAATCAACTCTCTCTAGACTCTATCTCTATTATTGTA
TCAAAAATAAATTCTCCTATATTACGCAGCGAAATGCAGGGGTTATCCGCATTATTACAAGTCAAAGAAGAAGCAGGAAA
AGTGAGAGGGGCTTTAAATGGTGCATTTGCAGGTAAGACATCAAGCCTTGATAAATATGCTGACATTAGCAGTTACCTTT
CAACTGAATATTTTTCTATTCGCCAAGCTAAATCGATTCTTTCTGCTGATTTTGTTCAACAGTTAAACAACGCGATGTCT
TCTAATACTTGGAAAAAAGTGACGGATACGCAGTCTATTTATCTGTCTCAAAAAAATACATTGGCAACATTACAAGGACC
AAGCGCAAATGTTTGGTTTCCAATGGCCACTCAACGTATTGGCCTCATAAAAACGATCACCGATAATCTATCAAAAAGTC
TTAATATCGCTGCAACAAAAGAAATGTCACAATCAGCATTCATTCGAAACGGCTACATAGCGGTTGCTCTGTGCCTCATA
TTACCTATTATTTTCATTAGTTTTTTTACCGCGAAATCGATCAATAGCCGAATGACTTCGTTTAGCCTTCGTATTAATGA
AATATCTGCCAGTAAAAATTTAACACTCACATTGGAAAACAACAATGAGAATAAGTTCGATGCTATCGCAAGAGATATTA
ATTCATTACTTGAAAATATAGCACTCCCGCTACGTTCAGCGCATAACGTCGCCTCTCAAACACAAAATGAACTAAACTTA
CTAAGTGAACACTTGAAACAAGCGACGCAATCAAGTCAAACAACGCTGACTCATTGTGACAGTATCGCGACAGCTATGAC
TGAAATGGCACAAACAAGCTCTGAAATTGCAGGGGTTACCAACAGCGCTCATGAAACAACAACACAAGCAACCGCGAACG
CAACAGAATGTAAAAACCAAACTCTAGCCACAACAGAGACGGTTAACGAACTGCATAGCAGTATTATTAATACTCACCAA
CACGTTGAACATTTAGAAAAACAGACACTCAATGTGTCTGAAATATTAGATACGATTACAGCGGTCTCTGACCAAACCAA
TTTACTGGCCCTTAATGCGGCAATTGAAGCGGCCCGTGCCGGAGAACAAGGACGAGGATTTGCGGTTGTTGCGGATGAAG
TAAGAAAACTCGCTCAACGTAGCCAAGAAGCCACTCATGACATTCGTCAACTACTTGATGGCATTGGGGTTAATGCAAAA
CAATCCTTTTTATTAATGGAAGAAAGTAAGTTATTGAGTGAAACAACTCAGGACAGTGTCACGGATTCCGCTCAATACAT
AGAGTCACTTAGTCATTCGGTTTCTGAAATAGATAACTTTAACACCAGTATTTCAGCGGCAACATTAGAGCAATCAGAAA
CAGCAAATGCGGTTAATACTGATATTGATGAGTTGGCCTCTCTGGCAAACAGTACGAACGAATTAATTCATCATCTTGAA
CATGAAATGAAGCAACTTGAAACGAAAATGAGTGAATTAACCACTCAAATTAATACCATAACCGTCTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAAGACGTAACTAATACAAAGTTTTTACTTATTCTTTACTAAAGGTTTCCAACTTGTTGCCGATATGTCGGCATACCCAT
AATAATTAAAAGGTTACTCG

Downstream 100 bases:

>100_bases
AAATCATGGTACGAATTCTCGTTTTATAAGTTAGAAACTCGCATTCATTTTATTAACAAGATATATTGAAGGCATAATTT
TGCTTAAGGAATAGTCAACA

Product: nitrate and nitrite sensing methyl-accepting chemotaxis protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 662; Mature: 662

Protein sequence:

>662_residues
MKLSILKSIKTRLLLISLLPTLIITLFLTQLLIQENQKVHDANYSLEAVSLFNLLDNVAHNFAVERGITAGYLASQGKSG
NSKLIEQRKKSDTAEQALRNFTPNFLEKTIVSSLLFEVTQQLNNKNSIRSQVDNFSITHSPFVYYSTLNQLSLDSISIIV
SKINSPILRSEMQGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKTSSLDKYADISSYLSTEYFSIRQAKSILSADFVQQLNNAMS
SNTWKKVTDTQSIYLSQKNTLATLQGPSANVWFPMATQRIGLIKTITDNLSKSLNIAATKEMSQSAFIRNGYIAVALCLI
LPIIFISFFTAKSINSRMTSFSLRINEISASKNLTLTLENNNENKFDAIARDINSLLENIALPLRSAHNVASQTQNELNL
LSEHLKQATQSSQTTLTHCDSIATAMTEMAQTSSEIAGVTNSAHETTTQATANATECKNQTLATTETVNELHSSIINTHQ
HVEHLEKQTLNVSEILDTITAVSDQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATHDIRQLLDGIGVNAK
QSFLLMEESKLLSETTQDSVTDSAQYIESLSHSVSEIDNFNTSISAATLEQSETANAVNTDIDELASLANSTNELIHHLE
HEMKQLETKMSELTTQINTITV

Sequences:

>Translated_662_residues
MKLSILKSIKTRLLLISLLPTLIITLFLTQLLIQENQKVHDANYSLEAVSLFNLLDNVAHNFAVERGITAGYLASQGKSG
NSKLIEQRKKSDTAEQALRNFTPNFLEKTIVSSLLFEVTQQLNNKNSIRSQVDNFSITHSPFVYYSTLNQLSLDSISIIV
SKINSPILRSEMQGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKTSSLDKYADISSYLSTEYFSIRQAKSILSADFVQQLNNAMS
SNTWKKVTDTQSIYLSQKNTLATLQGPSANVWFPMATQRIGLIKTITDNLSKSLNIAATKEMSQSAFIRNGYIAVALCLI
LPIIFISFFTAKSINSRMTSFSLRINEISASKNLTLTLENNNENKFDAIARDINSLLENIALPLRSAHNVASQTQNELNL
LSEHLKQATQSSQTTLTHCDSIATAMTEMAQTSSEIAGVTNSAHETTTQATANATECKNQTLATTETVNELHSSIINTHQ
HVEHLEKQTLNVSEILDTITAVSDQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATHDIRQLLDGIGVNAK
QSFLLMEESKLLSETTQDSVTDSAQYIESLSHSVSEIDNFNTSISAATLEQSETANAVNTDIDELASLANSTNELIHHLE
HEMKQLETKMSELTTQINTITV
>Mature_662_residues
MKLSILKSIKTRLLLISLLPTLIITLFLTQLLIQENQKVHDANYSLEAVSLFNLLDNVAHNFAVERGITAGYLASQGKSG
NSKLIEQRKKSDTAEQALRNFTPNFLEKTIVSSLLFEVTQQLNNKNSIRSQVDNFSITHSPFVYYSTLNQLSLDSISIIV
SKINSPILRSEMQGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKTSSLDKYADISSYLSTEYFSIRQAKSILSADFVQQLNNAMS
SNTWKKVTDTQSIYLSQKNTLATLQGPSANVWFPMATQRIGLIKTITDNLSKSLNIAATKEMSQSAFIRNGYIAVALCLI
LPIIFISFFTAKSINSRMTSFSLRINEISASKNLTLTLENNNENKFDAIARDINSLLENIALPLRSAHNVASQTQNELNL
LSEHLKQATQSSQTTLTHCDSIATAMTEMAQTSSEIAGVTNSAHETTTQATANATECKNQTLATTETVNELHSSIINTHQ
HVEHLEKQTLNVSEILDTITAVSDQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATHDIRQLLDGIGVNAK
QSFLLMEESKLLSETTQDSVTDSAQYIESLSHSVSEIDNFNTSISAATLEQSETANAVNTDIDELASLANSTNELIHHLE
HEMKQLETKMSELTTQINTITV

Specific function: May form a pore through which the hemolysin can be exported [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 methyl-accepting transducer domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1787690, Length=379, Percent_Identity=25.065963060686, Blast_Score=96, Evalue=6e-21,
Organism=Escherichia coli, GI2367378, Length=256, Percent_Identity=28.90625, Blast_Score=93, Evalue=4e-20,
Organism=Escherichia coli, GI1789453, Length=277, Percent_Identity=28.158844765343, Blast_Score=89, Evalue=7e-19,
Organism=Escherichia coli, GI1788195, Length=249, Percent_Identity=28.5140562248996, Blast_Score=87, Evalue=4e-18,
Organism=Escherichia coli, GI1788194, Length=171, Percent_Identity=33.3333333333333, Blast_Score=84, Evalue=3e-17,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR004090
- InterPro:   IPR004089
- InterPro:   IPR003660
- InterPro:   IPR000727 [H]

Pfam domain/function: PF00672 HAMP; PF00015 MCPsignal [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 72685; Mature: 72685

Theoretical pI: Translated: 5.73; Mature: 5.73

Prosite motif: PS50111 CHEMOTAXIS_TRANSDUC_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.5 %Cys     (Translated Protein)
1.7 %Met     (Translated Protein)
2.1 %Cys+Met (Translated Protein)
0.5 %Cys     (Mature Protein)
1.7 %Met     (Mature Protein)
2.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKLSILKSIKTRLLLISLLPTLIITLFLTQLLIQENQKVHDANYSLEAVSLFNLLDNVAH
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
NFAVERGITAGYLASQGKSGNSKLIEQRKKSDTAEQALRNFTPNFLEKTIVSSLLFEVTQ
HHHHHCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QLNNKNSIRSQVDNFSITHSPFVYYSTLNQLSLDSISIIVSKINSPILRSEMQGLSALLQ
HHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
VKEEAGKVRGALNGAFAGKTSSLDKYADISSYLSTEYFSIRQAKSILSADFVQQLNNAMS
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
SNTWKKVTDTQSIYLSQKNTLATLQGPSANVWFPMATQRIGLIKTITDNLSKSLNIAATK
CCCCHHHCCCHHHEEECCCCEEEECCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH
EMSQSAFIRNGYIAVALCLILPIIFISFFTAKSINSRMTSFSLRINEISASKNLTLTLEN
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCCEEEEEEC
NNENKFDAIARDINSLLENIALPLRSAHNVASQTQNELNLLSEHLKQATQSSQTTLTHCD
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH
SIATAMTEMAQTSSEIAGVTNSAHETTTQATANATECKNQTLATTETVNELHSSIINTHQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HVEHLEKQTLNVSEILDTITAVSDQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAQR
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHH
SQEATHDIRQLLDGIGVNAKQSFLLMEESKLLSETTQDSVTDSAQYIESLSHSVSEIDNF
HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
NTSISAATLEQSETANAVNTDIDELASLANSTNELIHHLEHEMKQLETKMSELTTQINTI
CCCHHHHHHHHHHCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
TV
CC
>Mature Secondary Structure
MKLSILKSIKTRLLLISLLPTLIITLFLTQLLIQENQKVHDANYSLEAVSLFNLLDNVAH
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
NFAVERGITAGYLASQGKSGNSKLIEQRKKSDTAEQALRNFTPNFLEKTIVSSLLFEVTQ
HHHHHCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QLNNKNSIRSQVDNFSITHSPFVYYSTLNQLSLDSISIIVSKINSPILRSEMQGLSALLQ
HHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
VKEEAGKVRGALNGAFAGKTSSLDKYADISSYLSTEYFSIRQAKSILSADFVQQLNNAMS
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
SNTWKKVTDTQSIYLSQKNTLATLQGPSANVWFPMATQRIGLIKTITDNLSKSLNIAATK
CCCCHHHCCCHHHEEECCCCEEEECCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH
EMSQSAFIRNGYIAVALCLILPIIFISFFTAKSINSRMTSFSLRINEISASKNLTLTLEN
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCCEEEEEEC
NNENKFDAIARDINSLLENIALPLRSAHNVASQTQNELNLLSEHLKQATQSSQTTLTHCD
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH
SIATAMTEMAQTSSEIAGVTNSAHETTTQATANATECKNQTLATTETVNELHSSIINTHQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HVEHLEKQTLNVSEILDTITAVSDQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAQR
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHH
SQEATHDIRQLLDGIGVNAKQSFLLMEESKLLSETTQDSVTDSAQYIESLSHSVSEIDNF
HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
NTSISAATLEQSETANAVNTDIDELASLANSTNELIHHLEHEMKQLETKMSELTTQINTI
CCCHHHHHHHHHHCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
TV
CC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 2162464; 10952301 [H]