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The map label for this gene is virB6

Identifier: 189183678

GI number: 189183678

Start: 801987

End: 804434

Strand: Direct

Name: virB6

Synonym: OTT_0771

Alternate gene names: NA

Gene position: 801987-804434 (Clockwise)

Preceding gene: 189183677

Following gene: 189183679

Centisome position: 39.92

GC content: 33.01

Gene sequence:

>2448_bases
ATGCAGTGGTTGTATCAATTAGCTAAAATAGTTATATTAGTATCAGTATTTGCACTACAAACTGAAGCTGTTAAAGCTAT
ATCTGGAATTGATATGATTAATATGGGTGATATTATACCTGATGAGGTTAAAGATGCAGCTGATGACATTAAAGATGGGG
TTAAGAAAGTTGTAGATACATTATCAAATATAACTTGCGAAACTAGAGGAGTTAACAATTTATTGTTTAAAGATGAATTT
TCTCATACTTGTACTCCTGCTCCATTTTTTAGTTTAGCAACATCATCTATCTTAGGAATAGGCACCTATCTTCCAATGGT
GTTAAAGTTAAATATGACTAATGCAGAATTATTTGGCGAACAATTTCCTGGAGGACAATGTCTTAAAAAAAATCGAGCTG
ATCCTGCTGATCCGCGAATTAGCTTTGCTTTATGTAATAATGTTAAGTTAATGGTAGCTGCAGCAACTGCTATAGGTGGG
ACTGTAGTCAATGCTGCTGTTGCTATTGCTTCTGGTGATAACGTTTGGGATGCTGTTGCAAGAGCATGGCATATTAAGGC
TCAAGATATCTTTGAAGTATATAAGGATAAAGAAGTAGGACATTATGATCACTTTGTGGATATTAATCTTGCTGGGTCTC
CTTACATACCATATAAGGTAGTACGAGATAAAGATAAAATTTGTGTTGCTGCAGGGACTTTATTGGGTGGATATTTAAAT
GTAGGGTGTAAGTATATTAGTGAGCCTTGTAGTAGATCTATATATAGTAATTTTTTAAATAACTCTTCTAGTGTATCAGA
GATATCAAAGCCAGTATGCCATACCGGAAATGGTAATAAAGAATCAAAAGAATTGTATGATAAAAACAGATTAGTTGAAT
GTGGAAATATGCGTGGGTGTTATGCAGATGCAGTAGAAAATTCTAAAACTCTGCTACCTATTACTGGTCCTATAATTAAG
TGTTTTGTACAGATGGCTCGTAAAGTTCTTGGAGAATCAACTGTATGCAAGCTAAATGCTAAAGGTGATGAGGTTATAAC
AAATGCTAGTGATGTTAATATGATTAGTAAATTTAGCCGTCACATGCGCAGGGCAGTTACTGCTTTTATGTGTTTATATA
TCATTTTTTGGGGATACAATATTTTGTTATCGCCAAATGAAATAAGTCGTAAAGATGTTATTAATGCTGTTTTAAAGATA
GTGTTAGTAACATATTTTTCGATTGGAATTAGTACTGGTGATGATAAAAAATTAATTAATGGAGTACAAAGTTGGGGTAT
GGAGTTGCTACGCGGAGATGTAATGGCAGAAGTAGCAGCTTGGGTAATGACAAAATCTAGTAATGAAGAAGGTAAAAAAG
TATCTGGTTTATGCAATTTTCAGCCTAGTGATTATGATTCTAGTAAACACGGAGCTGATGCTAGGCAGCTTTTAGCATTA
TGGGATTCTATTGATTGTAGGCTAACACATTATTTAGGAATAAATGCTATTAAAGATTATGTTAGGCAAAAAATTCAAGC
TGTAAAGGGTAGTGGTGGAGATCCTTTAGGTAACTCCATACCTCCATATTATTATTTGTTAGTTCCTGCTTTATGGAGCG
GCAATATGACTTTATTGGGGCTAGTTTTGTTTTATCCATTGCTTGTAATATCAATAGCAGCATACATGGTTAATGCATAT
ATAGTATGTATTATTGGAATATTAATCTTAGGGTTATTGGCTCCTATATTTGTACCTATGGTGCTTTTTGAATATACTAA
AAGTTATTTTCATAGTTGGTTAAAATTAGTAATATCATTTGTACTACAGCCTATGGTTGTTATTGTTTTTATGATGATGA
TGTTTCACGTTTATGAATATGGCTTTTATACTGATTGTGCATATGATTATAGACTTGTAAAAGATAGTAGTGGCAATGGT
TCAAGAATGAGAAAAATGTTTTTTATTAATGTTAATGATAAAAATTTATATGATGGTGATGCTGACCAAAAAATTGCTAG
ATGCAAAAAAAGTTTAGGATGGATGTTAAATAATCCTCTGTTTGCAGTGATTAATACTGCTAAAACTGTAGCTAAGGATG
TTATCTCAGTAGACAACGTAGGATCAGAAGATGATTCAGAAAATCATCAGTTTAGTAATGCAGTAGAAGTAGCTCAGGGA
TTATTTTTTAAAACTACTCGCTCTATTTTTCAATTAGTTAAAGATTTAATAATGGCGTTACTAGTTGCTTGTTTAACTTT
ATATTTGATTTATCACCTTAGTGATTCACTGTCACAGTTTGTATCATCGTTAGTAAGCGGAATAAATCTTTCTGGTATGA
CTGTTAATCCTAAGCAAATGCATGATACTTTAGGCTTTTTAGCAAAAAAGGGAGGAGGAAAAGCGAGTTCAGCTATGAAA
GGTGGAGGAGGTAGTTGGCAATCTATGAGAAGTGGCTCTCTTAAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTGAAACTGTAATATTATTAGATCAGTTAAGAAGCGAATATGGAGATGATTCTAGAAAGTGGTTGCCTAAATTTTATAAG
CACTTGGAAACAGCAAAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TATGGTATAAGTATTAATGAAATGATAAAGCATTTACTATATAACTTTAGGGTAGTAATTAACAATCATTCTGTTCTTAA
AGCTCTTAAAGAGGCAATTT

Product: type IV secretion system protein VirB6

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 815; Mature: 815

Protein sequence:

>815_residues
MQWLYQLAKIVILVSVFALQTEAVKAISGIDMINMGDIIPDEVKDAADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGIGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWDAVARAWHIKAQDIFEVYKDKEVGHYDHFVDINLAGSPYIPYKVVRDKDKICVAAGTLLGGYLN
VGCKYISEPCSRSIYSNFLNNSSSVSEISKPVCHTGNGNKESKELYDKNRLVECGNMRGCYADAVENSKTLLPITGPIIK
CFVQMARKVLGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVTAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINAVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAEVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNG
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDDSENHQFSNAVEVAQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGFLAKKGGGKASSAMK
GGGGSWQSMRSGSLK

Sequences:

>Translated_815_residues
MQWLYQLAKIVILVSVFALQTEAVKAISGIDMINMGDIIPDEVKDAADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGIGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWDAVARAWHIKAQDIFEVYKDKEVGHYDHFVDINLAGSPYIPYKVVRDKDKICVAAGTLLGGYLN
VGCKYISEPCSRSIYSNFLNNSSSVSEISKPVCHTGNGNKESKELYDKNRLVECGNMRGCYADAVENSKTLLPITGPIIK
CFVQMARKVLGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVTAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINAVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAEVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNG
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDDSENHQFSNAVEVAQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGFLAKKGGGKASSAMK
GGGGSWQSMRSGSLK
>Mature_815_residues
MQWLYQLAKIVILVSVFALQTEAVKAISGIDMINMGDIIPDEVKDAADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGIGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWDAVARAWHIKAQDIFEVYKDKEVGHYDHFVDINLAGSPYIPYKVVRDKDKICVAAGTLLGGYLN
VGCKYISEPCSRSIYSNFLNNSSSVSEISKPVCHTGNGNKESKELYDKNRLVECGNMRGCYADAVENSKTLLPITGPIIK
CFVQMARKVLGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVTAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINAVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAEVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNG
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDDSENHQFSNAVEVAQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGFLAKKGGGKASSAMK
GGGGSWQSMRSGSLK

Specific function: Unknown

COG id: COG3704

COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB6 components

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the trbL/virB6 family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR007688 [H]

Pfam domain/function: PF04610 TrbL [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 89705; Mature: 89705

Theoretical pI: Translated: 8.12; Mature: 8.12

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.3 %Cys     (Translated Protein)
3.7 %Met     (Translated Protein)
6.0 %Cys+Met (Translated Protein)
2.3 %Cys     (Mature Protein)
3.7 %Met     (Mature Protein)
6.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MQWLYQLAKIVILVSVFALQTEAVKAISGIDMINMGDIIPDEVKDAADDIKDGVKKVVDT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSNITCETRGVNNLLFKDEFSHTCTPAPFFSLATSSILGIGTYLPMVLKLNMTNAELFGE
HHCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHC
QFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGGTVVNAAVAIASGDNVWDAVA
CCCCCHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHEEECCCHHHHHHH
RAWHIKAQDIFEVYKDKEVGHYDHFVDINLAGSPYIPYKVVRDKDKICVAAGTLLGGYLN
HHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEECCCCCEEEHHHHHHHHHHH
VGCKYISEPCSRSIYSNFLNNSSSVSEISKPVCHTGNGNKESKELYDKNRLVECGNMRGC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCEECCCCCCC
YADAVENSKTLLPITGPIIKCFVQMARKVLGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSR
HHHHHCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHH
HMRRAVTAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINAVLKIVLVTYFSIGISTGDDKKLIN
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
GVQSWGMELLRGDVMAEVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLG
HHCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHH
LVLFYPLLVISIAAYMVNAYIVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNGSRMRKMFFINVNDKNLYDGD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCC
ADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDDSENHQFSNAVEVAQG
HHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHH
HDTLGFLAKKGGGKASSAMKGGGGSWQSMRSGSLK
HHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCCHHHCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MQWLYQLAKIVILVSVFALQTEAVKAISGIDMINMGDIIPDEVKDAADDIKDGVKKVVDT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSNITCETRGVNNLLFKDEFSHTCTPAPFFSLATSSILGIGTYLPMVLKLNMTNAELFGE
HHCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHC
QFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGGTVVNAAVAIASGDNVWDAVA
CCCCCHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHEEECCCHHHHHHH
RAWHIKAQDIFEVYKDKEVGHYDHFVDINLAGSPYIPYKVVRDKDKICVAAGTLLGGYLN
HHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEECCCCCEEEHHHHHHHHHHH
VGCKYISEPCSRSIYSNFLNNSSSVSEISKPVCHTGNGNKESKELYDKNRLVECGNMRGC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCEECCCCCCC
YADAVENSKTLLPITGPIIKCFVQMARKVLGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSR
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HMRRAVTAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINAVLKIVLVTYFSIGISTGDDKKLIN
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
GVQSWGMELLRGDVMAEVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLG
HHCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHH
LVLFYPLLVISIAAYMVNAYIVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNGSRMRKMFFINVNDKNLYDGD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCC
ADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDDSENHQFSNAVEVAQG
HHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHH
HDTLGFLAKKGGGKASSAMKGGGGSWQSMRSGSLK
HHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCCHHHCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA