| Definition | Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009972 |
| Length | 6,346,587 |
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The map label for this gene is 159898203
Identifier: 159898203
GI number: 159898203
Start: 1948172
End: 1953526
Strand: Direct
Name: 159898203
Synonym: Haur_1679
Alternate gene names: NA
Gene position: 1948172-1953526 (Clockwise)
Preceding gene: 159898202
Following gene: 159898207
Centisome position: 30.7
GC content: 47.43
Gene sequence:
>5355_bases ATGTATAGTCCAGCATTTGTTGAACAAGAACTCTTGGAAATAGTAAGTGTATCCCTTGAAACCGTCTATCGGCTCTCTAA TTCGAGCCTCGCCCGTGATCGGGCTGCATTAATTCGCCAAAATGGTGTTCTTAGCCAAAAACCCTATATTGAAACAACGC CACGCTATCAATCAGGAATCCACCTAGCAGATTTTAAGCATCCCATGGTTGGGCCTGAGTTGGCAGCACTCGTCAATTTG GGCTTGCTGAACCCACGCTATCCATTGTATGCACATCAACAAATGGCACTTGCATCGGCTTGGGATGCCAATGGTTACCC ACAACATTTAATTGTATCGACGGGGACGGGTTCAGGGAAAACCGAAACCTTTTATTTGCCGATTTTAGCTGACATTCTAC GGGAAGCCCGCAGTTGGCAAGCTAGTAAGGTTGAGCCACAACGTGGTTTATGGGATGGAAACACCTGGCTGCATAGTCGT CGCCACGAACGACGACCTGCTGCGATTCGGGCTTTGGTTATGTACCCAATGAATGCCTTGGTTAACGATCAACTAAGTCG TTTGCGTAAAGCCTTGGTCAATGATCCTGCGCTTGATTGGCAATCACGCCATTTAGCAGGCAATCGAATAACCTTTGGGC GTTATACAAGCCAAACCCCAGTTGCCGGGGTGGCAAGCCACCCGAAAAAGCGCGAATTGGTTGAACGCGAATATCAGGAA ATGGCCGAACAATGGAAGAATGTGGGAGCCGAACTCCAAAAAACTGGCGGTTGGCTGCGGCCTGATAGTGCCGAAATGTG GTGTCGTTGGGATATGCAGGTTGCGCCGCCTGATATTTTAATTACCAACTATTCTATGTTGGAATATATGTTGGTTCGGC CGATTGAGGCCTCGATTTGGCAACAAACCCGCGATTGGTTGGCTGCAGATCGCCAAAACCATCGGTTTACCTTGGTCTTA 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CCCAGTGAATTAGCCATGGGAATTCGGCCATGGCGGCAGGGTTCTCAATTAAGCACCGAAATTTACCTCTACGATACATT GCCAAATGGGGCTGGTTATGCCCACGCAATTGCCCAAAACGACCGATTAACTGCAATTCTCCAGCGTGCCGCTGTGTTAT GTCGAGATTGTCAATGTTCAGGAGCATGTTATGGGTGTCTGCTTGACTATAATAATCAATATGCTCACGCACTGTTAGAT CGTCGGCTGGCGTATGATGTGATTCGGTTCATCCAACATGGTGAGTTGCCAGAGCTAACACCGACTATGGCTGAGCGGGC GATTGATCAACTCAAAAGTTTTGCTATTCCGTCAACGGTGTTAGAGCAACTTGATCCACAAACAATTCAAATTCACTTTA CGGATCGAAGCTATACCACCGAATTACAACCACGCCATCCACTTATTCGCCAGGTTAGTACTGCAAGCATGGCCTACCCA ACCACGTTTGATCTTGAACGACGACCATTTTGGGTTTGGACAAAACTACGCGAAGAGGAATTTGAGGCCTTGTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AAGTTCGTGATGTATTAACAACCCGATTAGGAATTCAATGGCGCACGACAATTAATCAAGCTTAGGCCAATCACGTCTTT GGATCTAAGGAGCTGTATTA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTAAGCTGGCTCGGAGCCAATGGCTGGCTCCGAGCATGTTATCCAGTAAAAGCTTTCCGAATTTTAGCTGGGGCCGATTT CGGCAACAAAACAATCAAAT
Product: helicase superfamily protein
Products: NA
Alternate protein names: DEAD/DEAH Box Helicase Domain Protein; Helicase; DEAD/DEAH Box Helicase; Helicase Family Protein; Helicase Superfamily Protein; RNA Helicase; Dead/Deah Box Helicase Domain Protein; DEAD-Box ATP Dependent DNA Helicase; DEAD/DEAH Box Helicase-Like Protein; ATP-Dependent Helicase Lhr; Dead/Deah Box Helicase; Helicase Domain-Containing Protein; DEAD/DEAH Box Helicase Domain Containing Protein; Helicase Related Protein; Serine/Threonine-Protein Kinase; Dead/Deah Box Helicase Domain-Containing Protein; Helicase Conserved C-Terminal Domain Protein; ATP-Dependent Helicase; Type III Restriction Res Subunit Family; DEAD/DEAH Box Helicase-Like; DeaD/DeaH Box Helicase; Helicase C-TerminalDEAD/DEAH Box Helicase N-Terminal; Helicase Fragment; DNA Helicase; Helicase Domain Protein
Number of amino acids: Translated: 1784; Mature: 1784
Protein sequence:
>1784_residues MYSPAFVEQELLEIVSVSLETVYRLSNSSLARDRAALIRQNGVLSQKPYIETTPRYQSGIHLADFKHPMVGPELAALVNL GLLNPRYPLYAHQQMALASAWDANGYPQHLIVSTGTGSGKTETFYLPILADILREARSWQASKVEPQRGLWDGNTWLHSR RHERRPAAIRALVMYPMNALVNDQLSRLRKALVNDPALDWQSRHLAGNRITFGRYTSQTPVAGVASHPKKRELVEREYQE MAEQWKNVGAELQKTGGWLRPDSAEMWCRWDMQVAPPDILITNYSMLEYMLVRPIEASIWQQTRDWLAADRQNHRFTLVL DEAHTYSGAQGAEVAYLIRRLCQRLMIEPNQLRCIATSASLGETPADLAKVKAFAADLFGQSADRFQLITAQTEALAEPT APPTSQEIAAFANFQGAVQEHDLTEPTVSATTIKGLITDLGGTLGEGWAEAQLYQTLLEHPRLLDLRRLTARKAVDFDRL ARTIWGAEADLTQAQQATAGMLTAGVLAKMEPTSDAQPLLPSRMHLMYRGLPGLWACMNPQCSEVTELPSSQRICGKLYA TPTIWCGCGSRVLELMSCRVCGLAFLGGIPEDPHEQRLWPYPNDDLERIVADSRGYQVFALENPNPDKQPQADWQLNYRS VKSSGLCRETDADARMVWEQTETIKQKKTESMRLPRACPRCIYPSDRGVAEAFRTLTPQFFAVLMEHAFRIQPPRDQKSQ SIPTPIVENKWSFRRVQPTVVTSTQSNPNRGRKLLTFSDGRQTAARLVGTLNFQRTRDLFRQIVMKLLDQQQLTNPDQPY ALTNLREAILNFCIDHAIDPTFGEKDGFWNTLQQNREEAKRLARPVLDDYFRRELADRQIGVEALGLARWVPLDSAEKDI RQDIRESGSTLTGFDTEQTIGIITSIVRILLGENMILPASADPRDWDQALIEYWERRTVVNQGALKSPQTLFWNAGENDN RITRYLRAVIASSNQTAGITLSQLMHELWDALTGMGILRPVQGVTQPGFAISIASLGLLLLTTTMYQCRACRYLSAESIF GVCLRCQNTMDECTLTDVEQQEGNYYRKLVDYARNQSSMFADPFPLHVMEHTAQISRKQASDRERHFKDQFIPLYTPSGA VNDRGEHPQAHRVDMLSVTTTMEMGIDIGDLTVVGLHNMPPTVANYQQRAGRAGRRSDGVAAVLTFARDRSHDQYYFREV AQIITGAVKLPIIPIDNLVIAQRHIYALVLQQFFHQMQGVSDNLGVLGAFGRVDQAPAMIEKLKQQLADPTFTDTILRSA ASILATYYDSERVQAWLEALPDQISKALEQKRPEEELLEVAINAGILPRYAFPVDIVPLYRSKPQRYMPDEDLTRDLQIA LSEFAPGSELVVDGKQYQVAGIYDHFQNGGYRPQGQFYQCPECRAVHYRPFNQQGVITEAFPNPCESCGTAFQKDAVLAA ITPNGFRTNWGIKPSKYRGGRQERSGYASMAQLEIGEDVSSGRLEYADRLWVAAREQCDLYMVNRGQTSNDRGFYICHRC GYGSLTADKKHKSPETNNDCGEKLQTPAVLLHKLRSDVVLFGLNFPSAYNADPRTTAGRAVWLSFGSALLRAAAAELQIN PSELAMGIRPWRQGSQLSTEIYLYDTLPNGAGYAHAIAQNDRLTAILQRAAVLCRDCQCSGACYGCLLDYNNQYAHALLD RRLAYDVIRFIQHGELPELTPTMAERAIDQLKSFAIPSTVLEQLDPQTIQIHFTDRSYTTELQPRHPLIRQVSTASMAYP TTFDLERRPFWVWTKLREEEFEAL
Sequences:
>Translated_1784_residues MYSPAFVEQELLEIVSVSLETVYRLSNSSLARDRAALIRQNGVLSQKPYIETTPRYQSGIHLADFKHPMVGPELAALVNL GLLNPRYPLYAHQQMALASAWDANGYPQHLIVSTGTGSGKTETFYLPILADILREARSWQASKVEPQRGLWDGNTWLHSR RHERRPAAIRALVMYPMNALVNDQLSRLRKALVNDPALDWQSRHLAGNRITFGRYTSQTPVAGVASHPKKRELVEREYQE MAEQWKNVGAELQKTGGWLRPDSAEMWCRWDMQVAPPDILITNYSMLEYMLVRPIEASIWQQTRDWLAADRQNHRFTLVL DEAHTYSGAQGAEVAYLIRRLCQRLMIEPNQLRCIATSASLGETPADLAKVKAFAADLFGQSADRFQLITAQTEALAEPT APPTSQEIAAFANFQGAVQEHDLTEPTVSATTIKGLITDLGGTLGEGWAEAQLYQTLLEHPRLLDLRRLTARKAVDFDRL ARTIWGAEADLTQAQQATAGMLTAGVLAKMEPTSDAQPLLPSRMHLMYRGLPGLWACMNPQCSEVTELPSSQRICGKLYA TPTIWCGCGSRVLELMSCRVCGLAFLGGIPEDPHEQRLWPYPNDDLERIVADSRGYQVFALENPNPDKQPQADWQLNYRS VKSSGLCRETDADARMVWEQTETIKQKKTESMRLPRACPRCIYPSDRGVAEAFRTLTPQFFAVLMEHAFRIQPPRDQKSQ SIPTPIVENKWSFRRVQPTVVTSTQSNPNRGRKLLTFSDGRQTAARLVGTLNFQRTRDLFRQIVMKLLDQQQLTNPDQPY ALTNLREAILNFCIDHAIDPTFGEKDGFWNTLQQNREEAKRLARPVLDDYFRRELADRQIGVEALGLARWVPLDSAEKDI RQDIRESGSTLTGFDTEQTIGIITSIVRILLGENMILPASADPRDWDQALIEYWERRTVVNQGALKSPQTLFWNAGENDN RITRYLRAVIASSNQTAGITLSQLMHELWDALTGMGILRPVQGVTQPGFAISIASLGLLLLTTTMYQCRACRYLSAESIF GVCLRCQNTMDECTLTDVEQQEGNYYRKLVDYARNQSSMFADPFPLHVMEHTAQISRKQASDRERHFKDQFIPLYTPSGA VNDRGEHPQAHRVDMLSVTTTMEMGIDIGDLTVVGLHNMPPTVANYQQRAGRAGRRSDGVAAVLTFARDRSHDQYYFREV AQIITGAVKLPIIPIDNLVIAQRHIYALVLQQFFHQMQGVSDNLGVLGAFGRVDQAPAMIEKLKQQLADPTFTDTILRSA ASILATYYDSERVQAWLEALPDQISKALEQKRPEEELLEVAINAGILPRYAFPVDIVPLYRSKPQRYMPDEDLTRDLQIA LSEFAPGSELVVDGKQYQVAGIYDHFQNGGYRPQGQFYQCPECRAVHYRPFNQQGVITEAFPNPCESCGTAFQKDAVLAA ITPNGFRTNWGIKPSKYRGGRQERSGYASMAQLEIGEDVSSGRLEYADRLWVAAREQCDLYMVNRGQTSNDRGFYICHRC GYGSLTADKKHKSPETNNDCGEKLQTPAVLLHKLRSDVVLFGLNFPSAYNADPRTTAGRAVWLSFGSALLRAAAAELQIN PSELAMGIRPWRQGSQLSTEIYLYDTLPNGAGYAHAIAQNDRLTAILQRAAVLCRDCQCSGACYGCLLDYNNQYAHALLD RRLAYDVIRFIQHGELPELTPTMAERAIDQLKSFAIPSTVLEQLDPQTIQIHFTDRSYTTELQPRHPLIRQVSTASMAYP TTFDLERRPFWVWTKLREEEFEAL >Mature_1784_residues MYSPAFVEQELLEIVSVSLETVYRLSNSSLARDRAALIRQNGVLSQKPYIETTPRYQSGIHLADFKHPMVGPELAALVNL GLLNPRYPLYAHQQMALASAWDANGYPQHLIVSTGTGSGKTETFYLPILADILREARSWQASKVEPQRGLWDGNTWLHSR RHERRPAAIRALVMYPMNALVNDQLSRLRKALVNDPALDWQSRHLAGNRITFGRYTSQTPVAGVASHPKKRELVEREYQE MAEQWKNVGAELQKTGGWLRPDSAEMWCRWDMQVAPPDILITNYSMLEYMLVRPIEASIWQQTRDWLAADRQNHRFTLVL DEAHTYSGAQGAEVAYLIRRLCQRLMIEPNQLRCIATSASLGETPADLAKVKAFAADLFGQSADRFQLITAQTEALAEPT APPTSQEIAAFANFQGAVQEHDLTEPTVSATTIKGLITDLGGTLGEGWAEAQLYQTLLEHPRLLDLRRLTARKAVDFDRL ARTIWGAEADLTQAQQATAGMLTAGVLAKMEPTSDAQPLLPSRMHLMYRGLPGLWACMNPQCSEVTELPSSQRICGKLYA TPTIWCGCGSRVLELMSCRVCGLAFLGGIPEDPHEQRLWPYPNDDLERIVADSRGYQVFALENPNPDKQPQADWQLNYRS VKSSGLCRETDADARMVWEQTETIKQKKTESMRLPRACPRCIYPSDRGVAEAFRTLTPQFFAVLMEHAFRIQPPRDQKSQ SIPTPIVENKWSFRRVQPTVVTSTQSNPNRGRKLLTFSDGRQTAARLVGTLNFQRTRDLFRQIVMKLLDQQQLTNPDQPY ALTNLREAILNFCIDHAIDPTFGEKDGFWNTLQQNREEAKRLARPVLDDYFRRELADRQIGVEALGLARWVPLDSAEKDI RQDIRESGSTLTGFDTEQTIGIITSIVRILLGENMILPASADPRDWDQALIEYWERRTVVNQGALKSPQTLFWNAGENDN RITRYLRAVIASSNQTAGITLSQLMHELWDALTGMGILRPVQGVTQPGFAISIASLGLLLLTTTMYQCRACRYLSAESIF GVCLRCQNTMDECTLTDVEQQEGNYYRKLVDYARNQSSMFADPFPLHVMEHTAQISRKQASDRERHFKDQFIPLYTPSGA VNDRGEHPQAHRVDMLSVTTTMEMGIDIGDLTVVGLHNMPPTVANYQQRAGRAGRRSDGVAAVLTFARDRSHDQYYFREV AQIITGAVKLPIIPIDNLVIAQRHIYALVLQQFFHQMQGVSDNLGVLGAFGRVDQAPAMIEKLKQQLADPTFTDTILRSA ASILATYYDSERVQAWLEALPDQISKALEQKRPEEELLEVAINAGILPRYAFPVDIVPLYRSKPQRYMPDEDLTRDLQIA LSEFAPGSELVVDGKQYQVAGIYDHFQNGGYRPQGQFYQCPECRAVHYRPFNQQGVITEAFPNPCESCGTAFQKDAVLAA ITPNGFRTNWGIKPSKYRGGRQERSGYASMAQLEIGEDVSSGRLEYADRLWVAAREQCDLYMVNRGQTSNDRGFYICHRC GYGSLTADKKHKSPETNNDCGEKLQTPAVLLHKLRSDVVLFGLNFPSAYNADPRTTAGRAVWLSFGSALLRAAAAELQIN PSELAMGIRPWRQGSQLSTEIYLYDTLPNGAGYAHAIAQNDRLTAILQRAAVLCRDCQCSGACYGCLLDYNNQYAHALLD RRLAYDVIRFIQHGELPELTPTMAERAIDQLKSFAIPSTVLEQLDPQTIQIHFTDRSYTTELQPRHPLIRQVSTASMAYP TTFDLERRPFWVWTKLREEEFEAL
Specific function: Unknown
COG id: COG1205
COG function: function code R; Distinct helicase family with a unique C-terminal domain including a metal-binding cysteine cluster
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 201082; Mature: 201082
Theoretical pI: Translated: 6.74; Mature: 6.74
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.8 %Cys (Translated Protein) 2.2 %Met (Translated Protein) 4.0 %Cys+Met (Translated Protein) 1.8 %Cys (Mature Protein) 2.2 %Met (Mature Protein) 4.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MYSPAFVEQELLEIVSVSLETVYRLSNSSLARDRAALIRQNGVLSQKPYIETTPRYQSGI CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHCCC HLADFKHPMVGPELAALVNLGLLNPRYPLYAHQQMALASAWDANGYPQHLIVSTGTGSGK EEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCC TETFYLPILADILREARSWQASKVEPQRGLWDGNTWLHSRRHERRPAAIRALVMYPMNAL CEEEEHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHH VNDQLSRLRKALVNDPALDWQSRHLAGNRITFGRYTSQTPVAGVASHPKKRELVEREYQE HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCCCCEEEECCCCCCCCCCCHHCCCHHHHHHHHHHHH MAEQWKNVGAELQKTGGWLRPDSAEMWCRWDMQVAPPDILITNYSMLEYMLVRPIEASIW HHHHHHHHCHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCEEEECHHHHHHHHHCCHHHHHH QQTRDWLAADRQNHRFTLVLDEAHTYSGAQGAEVAYLIRRLCQRLMIEPNQLRCIATSAS HHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCC LGETPADLAKVKAFAADLFGQSADRFQLITAQTEALAEPTAPPTSQEIAAFANFQGAVQE CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH HDLTEPTVSATTIKGLITDLGGTLGEGWAEAQLYQTLLEHPRLLDLRRLTARKAVDFDRL 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