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The map label for this gene is dinF [H]

Identifier: 119943903

GI number: 119943903

Start: 141500

End: 142909

Strand: Direct

Name: dinF [H]

Synonym: Ping_0110

Alternate gene names: 119943903

Gene position: 141500-142909 (Clockwise)

Preceding gene: 119943902

Following gene: 119943905

Centisome position: 3.1

GC content: 36.67

Gene sequence:

>1410_bases
ATGAGTTATGCAAAGCGCTCACTGTGTTTACAATTGAGTATTTTTATCATGATAAAATCCCCCCTTTTCAATTTAACTAT
CCACCAGAAAATATTCGCAATTGCATTTCCGATGATGATTTCAAATATTAGCGTGCCATTACTTGGCCTTGTTGATACGG
CCGTGATTGGGCATATGCCGGAATCATACTACTTAGCGGGAGTCGCAGTAGGCTCGATGATTGTGACGCTTATTTTCTGG
ATGCTGGGTTTTTTAAGAATGTCGACCACCGGATTAGTCGCACAGGCTTATGGAGCGGGTGATCATCAGCAAATTATTCG
CTTGTTGTTACAAGCTATTCTAGTCGCTTTGTTGTTAGCTATTGCCATTTTACTCTTACAAAAACCTTTGATTATATTGG
CCTTAAAATTTATTGAGGGTAGTGAGCAAGTTCTTTTTTATGCACAGTTATATTTTAATATCCGTATTTGGAGCGCGCCA
GCAGCTTTGATTAATATGGCGTTATTAGGTTGGTTACTGGGTATGCAAAATGCCAAAGTACCTATGTTTTTACTGATTAT
TAGCAATGCCATCAATATTGGTTTAGACGTATTATTTGTGGTGTTTTTGGATTGGGGAGTTGCAGGAGTGGCCTGGGCAT
CTCTATTCGCTGATTATATTTCTTTATTGTGCGGTTTATTACTTGTTAAAAATCACATTAAGCCTTTTTATAAACAGGGA
GATTTACTTAAATTAAGTAAACAACTTAGCGATTTAAATTCTCTTAAAAAATTTATTTTATTGAACCGTGATATATTTAT
TCGCACTTTATGTATACAAGTCACCTTTGCGTTTATGACGATTCAGGGGGTTAAATTGGGAGATGCTGTTGTTTCTGCAA
ATTTAGTGTTGATGCATTTTCTATTACTTATCTCTTTTTCTATGGATGGTCTTGCTTATGCAGCCGAAGCACTTGTCGGG
AAAAGTATCGGTACACGTTGTTTAATAAAATTAAAAGAAAGTGTTTATGTCACTTTATTTTGGTCGGTTATTTTTAGCTT
ATTGCAGCTCCTGTTATTTTACGTTTATGGGCAGTGGATTATTGCGCAGATAACATCGATTGAAAGTGTGCAAAAAGAGG
CGCTCAGCTATTTGCCCTGGTTAGTTATTATTCCGATAACATCAGTATTAGGTTTTATTTTTGATGGGATTTTTATCGGT
ATGACACGTGCCAAGGAGATGCGTAATAGTCTTATTTTTTCTCTTTTGCTGGTCTATTTCCCCGTTTGGTTTCTATTTTC
AGAACAGGGTAACCACGCCTTGTGGATAGCAATGAATGCTTTTATGCTTGCCCGCGGATTAAGCCTTGCATGGATTTATA
GGCAACTTAGTAAAAAAGACCAACTAATACCAAAAGAACTAAAAAGGTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATTAAAGCAAATCCACTGGGTAAGTGGTTTATCTTTCTAGCATTGAGTTTATGGATATAATTTTAATCTGAGTGATGCGG
ATAGCTGTTTTTATCTTTGC

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTACTTTTGCTGGTTAAAATCATTGATCACTTCATTAATTCTTTTGGTATGATCCGCTAGCCCCTTTTAGCTTTTATTAA
ATCACAATGTCGAGCGGTTA

Product: MATE efflux family protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 469; Mature: 468

Protein sequence:

>469_residues
MSYAKRSLCLQLSIFIMIKSPLFNLTIHQKIFAIAFPMMISNISVPLLGLVDTAVIGHMPESYYLAGVAVGSMIVTLIFW
MLGFLRMSTTGLVAQAYGAGDHQQIIRLLLQAILVALLLAIAILLLQKPLIILALKFIEGSEQVLFYAQLYFNIRIWSAP
AALINMALLGWLLGMQNAKVPMFLLIISNAINIGLDVLFVVFLDWGVAGVAWASLFADYISLLCGLLLVKNHIKPFYKQG
DLLKLSKQLSDLNSLKKFILLNRDIFIRTLCIQVTFAFMTIQGVKLGDAVVSANLVLMHFLLLISFSMDGLAYAAEALVG
KSIGTRCLIKLKESVYVTLFWSVIFSLLQLLLFYVYGQWIIAQITSIESVQKEALSYLPWLVIIPITSVLGFIFDGIFIG
MTRAKEMRNSLIFSLLLVYFPVWFLFSEQGNHALWIAMNAFMLARGLSLAWIYRQLSKKDQLIPKELKR

Sequences:

>Translated_469_residues
MSYAKRSLCLQLSIFIMIKSPLFNLTIHQKIFAIAFPMMISNISVPLLGLVDTAVIGHMPESYYLAGVAVGSMIVTLIFW
MLGFLRMSTTGLVAQAYGAGDHQQIIRLLLQAILVALLLAIAILLLQKPLIILALKFIEGSEQVLFYAQLYFNIRIWSAP
AALINMALLGWLLGMQNAKVPMFLLIISNAINIGLDVLFVVFLDWGVAGVAWASLFADYISLLCGLLLVKNHIKPFYKQG
DLLKLSKQLSDLNSLKKFILLNRDIFIRTLCIQVTFAFMTIQGVKLGDAVVSANLVLMHFLLLISFSMDGLAYAAEALVG
KSIGTRCLIKLKESVYVTLFWSVIFSLLQLLLFYVYGQWIIAQITSIESVQKEALSYLPWLVIIPITSVLGFIFDGIFIG
MTRAKEMRNSLIFSLLLVYFPVWFLFSEQGNHALWIAMNAFMLARGLSLAWIYRQLSKKDQLIPKELKR
>Mature_468_residues
SYAKRSLCLQLSIFIMIKSPLFNLTIHQKIFAIAFPMMISNISVPLLGLVDTAVIGHMPESYYLAGVAVGSMIVTLIFWM
LGFLRMSTTGLVAQAYGAGDHQQIIRLLLQAILVALLLAIAILLLQKPLIILALKFIEGSEQVLFYAQLYFNIRIWSAPA
ALINMALLGWLLGMQNAKVPMFLLIISNAINIGLDVLFVVFLDWGVAGVAWASLFADYISLLCGLLLVKNHIKPFYKQGD
LLKLSKQLSDLNSLKKFILLNRDIFIRTLCIQVTFAFMTIQGVKLGDAVVSANLVLMHFLLLISFSMDGLAYAAEALVGK
SIGTRCLIKLKESVYVTLFWSVIFSLLQLLLFYVYGQWIIAQITSIESVQKEALSYLPWLVIIPITSVLGFIFDGIFIGM
TRAKEMRNSLIFSLLLVYFPVWFLFSEQGNHALWIAMNAFMLARGLSLAWIYRQLSKKDQLIPKELKR

Specific function: Unknown

COG id: COG0534

COG function: function code V; Na+-driven multidrug efflux pump

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the multi antimicrobial extrusion (MATE) (TC 2.A.66.1) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790477, Length=448, Percent_Identity=43.5267857142857, Blast_Score=296, Evalue=2e-81,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002528 [H]

Pfam domain/function: PF01554 MatE [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 52657; Mature: 52525

Theoretical pI: Translated: 9.89; Mature: 9.89

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.9 %Cys     (Translated Protein)
3.8 %Met     (Translated Protein)
4.7 %Cys+Met (Translated Protein)
0.9 %Cys     (Mature Protein)
3.6 %Met     (Mature Protein)
4.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSYAKRSLCLQLSIFIMIKSPLFNLTIHQKIFAIAFPMMISNISVPLLGLVDTAVIGHMP
CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC
ESYYLAGVAVGSMIVTLIFWMLGFLRMSTTGLVAQAYGAGDHQQIIRLLLQAILVALLLA
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IAILLLQKPLIILALKFIEGSEQVLFYAQLYFNIRIWSAPAALINMALLGWLLGMQNAKV
HHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
PMFLLIISNAINIGLDVLFVVFLDWGVAGVAWASLFADYISLLCGLLLVKNHIKPFYKQG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCC
DLLKLSKQLSDLNSLKKFILLNRDIFIRTLCIQVTFAFMTIQGVKLGDAVVSANLVLMHF
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
LLLISFSMDGLAYAAEALVGKSIGTRCLIKLKESVYVTLFWSVIFSLLQLLLFYVYGQWI
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IAQITSIESVQKEALSYLPWLVIIPITSVLGFIFDGIFIGMTRAKEMRNSLIFSLLLVYF
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
PVWFLFSEQGNHALWIAMNAFMLARGLSLAWIYRQLSKKDQLIPKELKR
HHHHHHCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
SYAKRSLCLQLSIFIMIKSPLFNLTIHQKIFAIAFPMMISNISVPLLGLVDTAVIGHMP
CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC
ESYYLAGVAVGSMIVTLIFWMLGFLRMSTTGLVAQAYGAGDHQQIIRLLLQAILVALLLA
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IAILLLQKPLIILALKFIEGSEQVLFYAQLYFNIRIWSAPAALINMALLGWLLGMQNAKV
HHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
PMFLLIISNAINIGLDVLFVVFLDWGVAGVAWASLFADYISLLCGLLLVKNHIKPFYKQG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCC
DLLKLSKQLSDLNSLKKFILLNRDIFIRTLCIQVTFAFMTIQGVKLGDAVVSANLVLMHF
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
LLLISFSMDGLAYAAEALVGKSIGTRCLIKLKESVYVTLFWSVIFSLLQLLLFYVYGQWI
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IAQITSIESVQKEALSYLPWLVIIPITSVLGFIFDGIFIGMTRAKEMRNSLIFSLLLVYF
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
PVWFLFSEQGNHALWIAMNAFMLARGLSLAWIYRQLSKKDQLIPKELKR
HHHHHHCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8265357; 9278503 [H]