| Definition | Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008555 |
| Length | 2,814,130 |
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The map label for this gene is yqbO [H]
Identifier: 116872650
GI number: 116872650
Start: 1233378
End: 1236650
Strand: Direct
Name: yqbO [H]
Synonym: lwe1234
Alternate gene names: 116872650
Gene position: 1233378-1236650 (Clockwise)
Preceding gene: 116872649
Following gene: 116872651
Centisome position: 43.83
GC content: 35.87
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
>100_bases ACTTTGCAGAATATGAAGAAGCTCAAAATCCAGACAAAAAGAAAAAAGTCAGAAGAGCATCACAAGCTGATTTTGATGCG TTTTAGGAGGTGTAATAAAA
Downstream 100 bases:
>100_bases GGAGCGGAGAGTTCATATTTAATGACATAAATTTTTATGAAAATAATGTATATATCCAAGAAAGACCAGAAATTTCACGA GCGTATAGGAATGAGACAAT
Product: phage-related tail protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1090; Mature: 1089
Protein sequence:
>1090_residues MAKGRIQGITIEVDGDTKGLNSALKSVNTQSTKLTSELKDVEKLLKFNPGNVEALAQKQQLLTKQIETTTQKLNQLKQAE SQVEAQFKSGEIGEEQYRAFRREIEYTEGALNGYKGQLNNIQVEQEKLGQNTKRINTLFDATGSSVDDFADILGGRLTNA IRNGTATSDQLEEAINKIGRAALGTDVDVGKMKNALDTIDDGNSIQSVETELKGLSTQSDKTSENLEGMSKKLDAGLLLE GAEAVQGVTDKVIELGKSAFTSSMELDSATNKFNNNFDLTGKAAERTKDSIVDFYNTGLVDSYEEAGEALTQTKRQLQNL NDTDLASVTEKSVAFSKTFDADMTESLRGANALMETYGMTGEQAFDIMTVGAQNGLNKTDELGDNLAEYASQFEQNGYSA QGMFETLEAGLDGGAYNLDKVNDLVKEFGIRISDDSIGKAVEGLGGKWKSMYDDMKKSGMDNNEIFASLATEINKVGDEQ ERASIVSAIFGSLGEDNTVKVITAMGDLNGELGDVQGKYDDVKGASDKLADGGTEQNLTKMWHELQTALMPIGEYLLELA NAIVPKVIDAIEGLKKWFDDLSPFAKTILEFIGLFAGLVAVIAPIVIAVAAVIAIFAVLGSTVGIVIAAIAAVIAAVILV IKNWGSIVEWLKGVWEKISEFFINLWEDVKQIFSDAWEGIKQWFIELMIEWATWIYEFWNGIAEFFANIWNGLKESWMEF WDPIIQWFKEKWELIRTSAAEIWQSIVDTIVNVWDGLMEFLDPIISLISSIIEGAWMLIVAATQIAWAAFEKFILDPLKN VWKWVQDLFGKIVEWVKTKWEEVKLITKLAWILFKKYMIDPVVSAYNYVKGKFSDLVNWLKTKWELAKSITAAAWSVVKE KMITPIVEAYNKVKNKISDMINSIRSKFDDAKTIAKEKFDDVKKAIVDPIEKAKESVKNIIEKIKNFFTNLKLKIPKPSM PDMPHFSLKTSSKKIFGKEISYPSGLNVEWYAKGGILTKPTMFGMNGSSVMAGGEAGNEAVLPLNAKNLGVIGKMIAETM PQNGGDTYDLTVNVNGNVDRKMIDLMKKEMQKILIEQTRRKDSSMGGVTI
Sequences:
>Translated_1090_residues MAKGRIQGITIEVDGDTKGLNSALKSVNTQSTKLTSELKDVEKLLKFNPGNVEALAQKQQLLTKQIETTTQKLNQLKQAE SQVEAQFKSGEIGEEQYRAFRREIEYTEGALNGYKGQLNNIQVEQEKLGQNTKRINTLFDATGSSVDDFADILGGRLTNA IRNGTATSDQLEEAINKIGRAALGTDVDVGKMKNALDTIDDGNSIQSVETELKGLSTQSDKTSENLEGMSKKLDAGLLLE GAEAVQGVTDKVIELGKSAFTSSMELDSATNKFNNNFDLTGKAAERTKDSIVDFYNTGLVDSYEEAGEALTQTKRQLQNL NDTDLASVTEKSVAFSKTFDADMTESLRGANALMETYGMTGEQAFDIMTVGAQNGLNKTDELGDNLAEYASQFEQNGYSA QGMFETLEAGLDGGAYNLDKVNDLVKEFGIRISDDSIGKAVEGLGGKWKSMYDDMKKSGMDNNEIFASLATEINKVGDEQ ERASIVSAIFGSLGEDNTVKVITAMGDLNGELGDVQGKYDDVKGASDKLADGGTEQNLTKMWHELQTALMPIGEYLLELA NAIVPKVIDAIEGLKKWFDDLSPFAKTILEFIGLFAGLVAVIAPIVIAVAAVIAIFAVLGSTVGIVIAAIAAVIAAVILV IKNWGSIVEWLKGVWEKISEFFINLWEDVKQIFSDAWEGIKQWFIELMIEWATWIYEFWNGIAEFFANIWNGLKESWMEF WDPIIQWFKEKWELIRTSAAEIWQSIVDTIVNVWDGLMEFLDPIISLISSIIEGAWMLIVAATQIAWAAFEKFILDPLKN VWKWVQDLFGKIVEWVKTKWEEVKLITKLAWILFKKYMIDPVVSAYNYVKGKFSDLVNWLKTKWELAKSITAAAWSVVKE KMITPIVEAYNKVKNKISDMINSIRSKFDDAKTIAKEKFDDVKKAIVDPIEKAKESVKNIIEKIKNFFTNLKLKIPKPSM PDMPHFSLKTSSKKIFGKEISYPSGLNVEWYAKGGILTKPTMFGMNGSSVMAGGEAGNEAVLPLNAKNLGVIGKMIAETM PQNGGDTYDLTVNVNGNVDRKMIDLMKKEMQKILIEQTRRKDSSMGGVTI >Mature_1089_residues AKGRIQGITIEVDGDTKGLNSALKSVNTQSTKLTSELKDVEKLLKFNPGNVEALAQKQQLLTKQIETTTQKLNQLKQAES QVEAQFKSGEIGEEQYRAFRREIEYTEGALNGYKGQLNNIQVEQEKLGQNTKRINTLFDATGSSVDDFADILGGRLTNAI RNGTATSDQLEEAINKIGRAALGTDVDVGKMKNALDTIDDGNSIQSVETELKGLSTQSDKTSENLEGMSKKLDAGLLLEG AEAVQGVTDKVIELGKSAFTSSMELDSATNKFNNNFDLTGKAAERTKDSIVDFYNTGLVDSYEEAGEALTQTKRQLQNLN DTDLASVTEKSVAFSKTFDADMTESLRGANALMETYGMTGEQAFDIMTVGAQNGLNKTDELGDNLAEYASQFEQNGYSAQ GMFETLEAGLDGGAYNLDKVNDLVKEFGIRISDDSIGKAVEGLGGKWKSMYDDMKKSGMDNNEIFASLATEINKVGDEQE RASIVSAIFGSLGEDNTVKVITAMGDLNGELGDVQGKYDDVKGASDKLADGGTEQNLTKMWHELQTALMPIGEYLLELAN AIVPKVIDAIEGLKKWFDDLSPFAKTILEFIGLFAGLVAVIAPIVIAVAAVIAIFAVLGSTVGIVIAAIAAVIAAVILVI KNWGSIVEWLKGVWEKISEFFINLWEDVKQIFSDAWEGIKQWFIELMIEWATWIYEFWNGIAEFFANIWNGLKESWMEFW DPIIQWFKEKWELIRTSAAEIWQSIVDTIVNVWDGLMEFLDPIISLISSIIEGAWMLIVAATQIAWAAFEKFILDPLKNV WKWVQDLFGKIVEWVKTKWEEVKLITKLAWILFKKYMIDPVVSAYNYVKGKFSDLVNWLKTKWELAKSITAAAWSVVKEK MITPIVEAYNKVKNKISDMINSIRSKFDDAKTIAKEKFDDVKKAIVDPIEKAKESVKNIIEKIKNFFTNLKLKIPKPSMP DMPHFSLKTSSKKIFGKEISYPSGLNVEWYAKGGILTKPTMFGMNGSSVMAGGEAGNEAVLPLNAKNLGVIGKMIAETMP QNGGDTYDLTVNVNGNVDRKMIDLMKKEMQKILIEQTRRKDSSMGGVTI
Specific function: Unknown
COG id: COG5280
COG function: function code S; Phage-related minor tail protein
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: To B.subtilis xkdO [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR008258 - InterPro: IPR010090 [H]
Pfam domain/function: PF10145 PhageMin_Tail; PF01464 SLT [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 120674; Mature: 120543
Theoretical pI: Translated: 4.60; Mature: 4.60
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.0 %Cys (Translated Protein) 3.0 %Met (Translated Protein) 3.0 %Cys+Met (Translated Protein) 0.0 %Cys (Mature Protein) 2.9 %Met (Mature Protein) 2.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAKGRIQGITIEVDGDTKGLNSALKSVNTQSTKLTSELKDVEKLLKFNPGNVEALAQKQQ CCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHH LLTKQIETTTQKLNQLKQAESQVEAQFKSGEIGEEQYRAFRREIEYTEGALNGYKGQLNN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC IQVEQEKLGQNTKRINTLFDATGSSVDDFADILGGRLTNAIRNGTATSDQLEEAINKIGR CEEHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH AALGTDVDVGKMKNALDTIDDGNSIQSVETELKGLSTQSDKTSENLEGMSKKLDAGLLLE HHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHCC GAEAVQGVTDKVIELGKSAFTSSMELDSATNKFNNNFDLTGKAAERTKDSIVDFYNTGLV CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC DSYEEAGEALTQTKRQLQNLNDTDLASVTEKSVAFSKTFDADMTESLRGANALMETYGMT CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC GEQAFDIMTVGAQNGLNKTDELGDNLAEYASQFEQNGYSAQGMFETLEAGLDGGAYNLDK CHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH VNDLVKEFGIRISDDSIGKAVEGLGGKWKSMYDDMKKSGMDNNEIFASLATEINKVGDEQ HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHH ERASIVSAIFGSLGEDNTVKVITAMGDLNGELGDVQGKYDDVKGASDKLADGGTEQNLTK HHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHH MWHELQTALMPIGEYLLELANAIVPKVIDAIEGLKKWFDDLSPFAKTILEFIGLFAGLVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VIAPIVIAVAAVIAIFAVLGSTVGIVIAAIAAVIAAVILVIKNWGSIVEWLKGVWEKISE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FFINLWEDVKQIFSDAWEGIKQWFIELMIEWATWIYEFWNGIAEFFANIWNGLKESWMEF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH WDPIIQWFKEKWELIRTSAAEIWQSIVDTIVNVWDGLMEFLDPIISLISSIIEGAWMLIV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AATQIAWAAFEKFILDPLKNVWKWVQDLFGKIVEWVKTKWEEVKLITKLAWILFKKYMID HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH PVVSAYNYVKGKFSDLVNWLKTKWELAKSITAAAWSVVKEKMITPIVEAYNKVKNKISDM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH INSIRSKFDDAKTIAKEKFDDVKKAIVDPIEKAKESVKNIIEKIKNFFTNLKLKIPKPSM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCCC PDMPHFSLKTSSKKIFGKEISYPSGLNVEWYAKGGILTKPTMFGMNGSSVMAGGEAGNEA CCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCEEECCCEECCCCCCEEECCCCCCCC VLPLNAKNLGVIGKMIAETMPQNGGDTYDLTVNVNGNVDRKMIDLMKKEMQKILIEQTRR EEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KDSSMGGVTI HCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure AKGRIQGITIEVDGDTKGLNSALKSVNTQSTKLTSELKDVEKLLKFNPGNVEALAQKQQ CCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHH LLTKQIETTTQKLNQLKQAESQVEAQFKSGEIGEEQYRAFRREIEYTEGALNGYKGQLNN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC IQVEQEKLGQNTKRINTLFDATGSSVDDFADILGGRLTNAIRNGTATSDQLEEAINKIGR CEEHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH AALGTDVDVGKMKNALDTIDDGNSIQSVETELKGLSTQSDKTSENLEGMSKKLDAGLLLE HHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHCC GAEAVQGVTDKVIELGKSAFTSSMELDSATNKFNNNFDLTGKAAERTKDSIVDFYNTGLV CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC DSYEEAGEALTQTKRQLQNLNDTDLASVTEKSVAFSKTFDADMTESLRGANALMETYGMT CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC GEQAFDIMTVGAQNGLNKTDELGDNLAEYASQFEQNGYSAQGMFETLEAGLDGGAYNLDK CHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH VNDLVKEFGIRISDDSIGKAVEGLGGKWKSMYDDMKKSGMDNNEIFASLATEINKVGDEQ HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHH ERASIVSAIFGSLGEDNTVKVITAMGDLNGELGDVQGKYDDVKGASDKLADGGTEQNLTK HHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHH MWHELQTALMPIGEYLLELANAIVPKVIDAIEGLKKWFDDLSPFAKTILEFIGLFAGLVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VIAPIVIAVAAVIAIFAVLGSTVGIVIAAIAAVIAAVILVIKNWGSIVEWLKGVWEKISE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FFINLWEDVKQIFSDAWEGIKQWFIELMIEWATWIYEFWNGIAEFFANIWNGLKESWMEF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH WDPIIQWFKEKWELIRTSAAEIWQSIVDTIVNVWDGLMEFLDPIISLISSIIEGAWMLIV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AATQIAWAAFEKFILDPLKNVWKWVQDLFGKIVEWVKTKWEEVKLITKLAWILFKKYMID HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH PVVSAYNYVKGKFSDLVNWLKTKWELAKSITAAAWSVVKEKMITPIVEAYNKVKNKISDM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH INSIRSKFDDAKTIAKEKFDDVKKAIVDPIEKAKESVKNIIEKIKNFFTNLKLKIPKPSM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCCC PDMPHFSLKTSSKKIFGKEISYPSGLNVEWYAKGGILTKPTMFGMNGSSVMAGGEAGNEA CCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCEEECCCEECCCCCCEEECCCCCCCC VLPLNAKNLGVIGKMIAETMPQNGGDTYDLTVNVNGNVDRKMIDLMKKEMQKILIEQTRR EEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KDSSMGGVTI HCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7704261; 8969508; 9384377; 7489895 [H]