| Definition | Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008555 |
| Length | 2,814,130 |
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The map label for this gene is 116871659
Identifier: 116871659
GI number: 116871659
Start: 254418
End: 256304
Strand: Direct
Name: 116871659
Synonym: lwe0239
Alternate gene names: NA
Gene position: 254418-256304 (Clockwise)
Preceding gene: 116871658
Following gene: 116871661
Centisome position: 9.04
GC content: 38.37
Gene sequence:
>1887_bases ATGAAAAGAATTGTCAAAATTTTTCTACATTATCTTTTAGGAATTTTAGGAATTATTTTAATCAGTTGTGTTCCCGCAAT ATTTAGTAAAGTAACATCGTGGTCATCAAGCACTTATTTGGAAGCCCTCAAGTCTATTTTTACTGCGATTTTACATCCGA CCAAATGGGAAATTAGTTACCAAGGAAGTGCAGAAGTTTTTCATATATCTTTGCGTGATTTTATTACAGGCCCCTATTTT TACTCGATGAAAATAATTATCGCGAGCTTGCTTATATCTTTAATCATCGCATACATATTAGTTATAGCAACATTTCGTGG ACCAAAGTGGTTGCGCCGTGGATTAAGCGGATTCCTATCAATACTTCAAGCATTTCCAGATTTTTCTTTTGTTTTTCTTA TTCAAATGGCTGTTGTTTATATATACCAACAAACCGGAGTATTTACATTGAATTTTTACAGTTTAAACGGCGAGCAAATT TATGCTGCTCCAATCGTTTGCTTATCAATCATACCAATCGTACTCTTTTACAAAATGATGATGCTCCTCATGGAAAATGA ATGGCAGGCTGATTATGTTCAATTAGCGCGAGGGAAAGGTTTAACCGATAGAGCTATATTAATGCGTCACGCTACACCCA ATATGATGCAAAGCCTATTTTACCAATCAAAAACCATCGTTTGGTTTATATTAAGCGCCTATCTCGTTGTAGAATTTTTA TTTGGCATCGAAGGCGTGCTTTATTATTTGCTAGCAGGATTTAGTCCATTAAATATTTTCCTAGTATTAGTGCTTGTTTT CACTCCATTTTACTTCTTTTACGCACTAATTGACCTATGGATTAGCCACGGGAAAAACACAGAAAGCGCAAATGTTACCA GAATTCCGTTACACTGGAATAGTTTTGAGCGTACTTTTACGGAAAAAGTAGATCTTAAAAGCAAATGGCAAAACATTGTA GTAACGACCGGGCAGCTCCTAAAACGCCCATCCTTCAGCATTCCGCTGGTAACGCTTAGCATCTTACTAATCGCAAGCCT CATTTACGGACTCATGGGAGACAAAATCAATTCGCTTAAATTCATTAGTGATGCGACCGGAAGAGTAACCGATATGGCGC CATTCAAGCCAAACGCACAAGTATGGTTAGGCACCGACCAAGCCGGCAACTCCATTCTCGACCAACTACTAGTCGGCATC AAATACACGCTACTTATCGCCGTCATCATCGCCACGCTTCGTGTTGTTATTGGCTACATTTTGGCAGTGCCGCTTGCGTT TTTCAGTAAGCCGCGAACCCGGAATTTTGTTCAAAGCATAGCTGACGGGATGCATTATTTACCACTTTCGCTACTTGTAT TCATTATCATGGTCAATGAATTCATTAGCTACACAGGTGTTTTCGAAACCAGCTTATTTACTCGGATTAGTTTTCAAGTG TTAATCATGGTTGTCATCGTTTTACCAATTACAATTAATCGAATTAGCAGTGAAATTTCCCAAGTATTGAAAAAAGAATT CGTTCTGAGTGCGCTGGTTTTTGGTGGCAACGCACGCTGGATTTTATCGAAGCATATCAATCCGCAAATCTGGTCAAAAT TAATTTTAATCTGGATTGAGCAACTCATTCAGACATTGCAGATGTTCGTGCACTTAGCTATCTTTGGGATTTTCATTGGT GGGGCAATCATGGGCGCTGATGACGGTATGCTTAACCCAGTTATCCCCGAATTATCTGGCTTAATCGCAAATGCCAAATT CGTTTTTGCTAACCACCAATTCTGGATAATTTTACCACCATTAATCGTATTTATGATTTTAATTCTCTGTTTCCAAGTGA TGGCAAATTCGCTGTTGAAACGGGAAGAAGACAGTAAAAAAGCTTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases GGTCATTTAGACTTAAAATAAGTAATATCTTGGGCATATCTCATTTGGGGTATGTCCTAGATTTATAAGAGAGAGCTAGA AAAAGGGAGAAATAATACAT
Downstream 100 bases:
>100_bases TTCTGAAAACGAATTAAGCTTTTTATTCATTCACATTCTTCAATGTATTGGTCTAAATATCTTTTCTTTTTAAAATGGTG ATTTTGGATTCTATCTAGCT
Product: peptide transporter, putative
Products: NA
Alternate protein names: Oligopeptide Transport System Permease; Oligopeptide Transport System Permease Protein-Like Protein; Oligopeptide Transport System Permease Protein OppC
Number of amino acids: Translated: 628; Mature: 628
Protein sequence:
>628_residues MKRIVKIFLHYLLGILGIILISCVPAIFSKVTSWSSSTYLEALKSIFTAILHPTKWEISYQGSAEVFHISLRDFITGPYF YSMKIIIASLLISLIIAYILVIATFRGPKWLRRGLSGFLSILQAFPDFSFVFLIQMAVVYIYQQTGVFTLNFYSLNGEQI YAAPIVCLSIIPIVLFYKMMMLLMENEWQADYVQLARGKGLTDRAILMRHATPNMMQSLFYQSKTIVWFILSAYLVVEFL FGIEGVLYYLLAGFSPLNIFLVLVLVFTPFYFFYALIDLWISHGKNTESANVTRIPLHWNSFERTFTEKVDLKSKWQNIV VTTGQLLKRPSFSIPLVTLSILLIASLIYGLMGDKINSLKFISDATGRVTDMAPFKPNAQVWLGTDQAGNSILDQLLVGI KYTLLIAVIIATLRVVIGYILAVPLAFFSKPRTRNFVQSIADGMHYLPLSLLVFIIMVNEFISYTGVFETSLFTRISFQV LIMVVIVLPITINRISSEISQVLKKEFVLSALVFGGNARWILSKHINPQIWSKLILIWIEQLIQTLQMFVHLAIFGIFIG GAIMGADDGMLNPVIPELSGLIANAKFVFANHQFWIILPPLIVFMILILCFQVMANSLLKREEDSKKA
Sequences:
>Translated_628_residues MKRIVKIFLHYLLGILGIILISCVPAIFSKVTSWSSSTYLEALKSIFTAILHPTKWEISYQGSAEVFHISLRDFITGPYF YSMKIIIASLLISLIIAYILVIATFRGPKWLRRGLSGFLSILQAFPDFSFVFLIQMAVVYIYQQTGVFTLNFYSLNGEQI YAAPIVCLSIIPIVLFYKMMMLLMENEWQADYVQLARGKGLTDRAILMRHATPNMMQSLFYQSKTIVWFILSAYLVVEFL FGIEGVLYYLLAGFSPLNIFLVLVLVFTPFYFFYALIDLWISHGKNTESANVTRIPLHWNSFERTFTEKVDLKSKWQNIV VTTGQLLKRPSFSIPLVTLSILLIASLIYGLMGDKINSLKFISDATGRVTDMAPFKPNAQVWLGTDQAGNSILDQLLVGI KYTLLIAVIIATLRVVIGYILAVPLAFFSKPRTRNFVQSIADGMHYLPLSLLVFIIMVNEFISYTGVFETSLFTRISFQV LIMVVIVLPITINRISSEISQVLKKEFVLSALVFGGNARWILSKHINPQIWSKLILIWIEQLIQTLQMFVHLAIFGIFIG GAIMGADDGMLNPVIPELSGLIANAKFVFANHQFWIILPPLIVFMILILCFQVMANSLLKREEDSKKA >Mature_628_residues MKRIVKIFLHYLLGILGIILISCVPAIFSKVTSWSSSTYLEALKSIFTAILHPTKWEISYQGSAEVFHISLRDFITGPYF YSMKIIIASLLISLIIAYILVIATFRGPKWLRRGLSGFLSILQAFPDFSFVFLIQMAVVYIYQQTGVFTLNFYSLNGEQI YAAPIVCLSIIPIVLFYKMMMLLMENEWQADYVQLARGKGLTDRAILMRHATPNMMQSLFYQSKTIVWFILSAYLVVEFL FGIEGVLYYLLAGFSPLNIFLVLVLVFTPFYFFYALIDLWISHGKNTESANVTRIPLHWNSFERTFTEKVDLKSKWQNIV VTTGQLLKRPSFSIPLVTLSILLIASLIYGLMGDKINSLKFISDATGRVTDMAPFKPNAQVWLGTDQAGNSILDQLLVGI KYTLLIAVIIATLRVVIGYILAVPLAFFSKPRTRNFVQSIADGMHYLPLSLLVFIIMVNEFISYTGVFETSLFTRISFQV LIMVVIVLPITINRISSEISQVLKKEFVLSALVFGGNARWILSKHINPQIWSKLILIWIEQLIQTLQMFVHLAIFGIFIG GAIMGADDGMLNPVIPELSGLIANAKFVFANHQFWIILPPLIVFMILILCFQVMANSLLKREEDSKKA
Specific function: Unknown
COG id: COG0601
COG function: function code EP; ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease components
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 71185; Mature: 71185
Theoretical pI: Translated: 9.74; Mature: 9.74
Prosite motif: PS00013 PROKAR_LIPOPROTEIN ; PS50928 ABC_TM1
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.5 %Cys (Translated Protein) 3.2 %Met (Translated Protein) 3.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.5 %Cys (Mature Protein) 3.2 %Met (Mature Protein) 3.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKRIVKIFLHYLLGILGIILISCVPAIFSKVTSWSSSTYLEALKSIFTAILHPTKWEISY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE QGSAEVFHISLRDFITGPYFYSMKIIIASLLISLIIAYILVIATFRGPKWLRRGLSGFLS CCCCEEEEEEHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH ILQAFPDFSFVFLIQMAVVYIYQQTGVFTLNFYSLNGEQIYAAPIVCLSIIPIVLFYKMM HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEECCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MLLMENEWQADYVQLARGKGLTDRAILMRHATPNMMQSLFYQSKTIVWFILSAYLVVEFL HHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHH FGIEGVLYYLLAGFSPLNIFLVLVLVFTPFYFFYALIDLWISHGKNTESANVTRIPLHWN HHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECC SFERTFTEKVDLKSKWQNIVVTTGQLLKRPSFSIPLVTLSILLIASLIYGLMGDKINSLK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH FISDATGRVTDMAPFKPNAQVWLGTDQAGNSILDQLLVGIKYTLLIAVIIATLRVVIGYI HHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LAVPLAFFSKPRTRNFVQSIADGMHYLPLSLLVFIIMVNEFISYTGVFETSLFTRISFQV HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LIMVVIVLPITINRISSEISQVLKKEFVLSALVFGGNARWILSKHINPQIWSKLILIWIE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHH QLIQTLQMFVHLAIFGIFIGGAIMGADDGMLNPVIPELSGLIANAKFVFANHQFWIILPP HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEECCEEEEEHHH LIVFMILILCFQVMANSLLKREEDSKKA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC >Mature Secondary Structure MKRIVKIFLHYLLGILGIILISCVPAIFSKVTSWSSSTYLEALKSIFTAILHPTKWEISY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE QGSAEVFHISLRDFITGPYFYSMKIIIASLLISLIIAYILVIATFRGPKWLRRGLSGFLS CCCCEEEEEEHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH ILQAFPDFSFVFLIQMAVVYIYQQTGVFTLNFYSLNGEQIYAAPIVCLSIIPIVLFYKMM HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEECCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MLLMENEWQADYVQLARGKGLTDRAILMRHATPNMMQSLFYQSKTIVWFILSAYLVVEFL HHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHH FGIEGVLYYLLAGFSPLNIFLVLVLVFTPFYFFYALIDLWISHGKNTESANVTRIPLHWN HHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECC SFERTFTEKVDLKSKWQNIVVTTGQLLKRPSFSIPLVTLSILLIASLIYGLMGDKINSLK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH FISDATGRVTDMAPFKPNAQVWLGTDQAGNSILDQLLVGIKYTLLIAVIIATLRVVIGYI HHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LAVPLAFFSKPRTRNFVQSIADGMHYLPLSLLVFIIMVNEFISYTGVFETSLFTRISFQV HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LIMVVIVLPITINRISSEISQVLKKEFVLSALVFGGNARWILSKHINPQIWSKLILIWIE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHH QLIQTLQMFVHLAIFGIFIGGAIMGADDGMLNPVIPELSGLIANAKFVFANHQFWIILPP HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEECCEEEEEHHH LIVFMILILCFQVMANSLLKREEDSKKA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA