Definition Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome.
Accession NC_008086
Length 1,596,366

Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 108562488

Identifier: 108562488

GI number: 108562488

Start: 64589

End: 66394

Strand: Direct

Name: 108562488

Synonym: HPAG1_0063

Alternate gene names: NA

Gene position: 64589-66394 (Clockwise)

Preceding gene: 108562487

Following gene: 108562489

Centisome position: 4.05

GC content: 38.7

Gene sequence:

>1806_bases
ATGGCTGAATGGAAAACGGACACAGAAGAAGTCAAAGAAATCGTTAGAAAATGCAGGGAATTTAAAAGATCCTTGCAAGA
AGAAAGGTGTCTTGGTTTTATCAAAGACCTTGATAGTTACGCGCTAAAAATCATAGTAGAGCACAGAAAAATTGAAATGC
AATTGGAAAAAGCCATAGGAGAATTAAAAAAAGCCAGAAAGGAGCGAAGGGGCTTTTGGGGATCTCTTGGAAAGCTTGGG
AGAGATTGTCTTAATGCGGTAGGGTCGGTTATCCCTTCTCTTAAATTATGCGCTGAACTTTGTGAAAAGGGCTTAAACCT
TATGGAAGACAATATAGAAAAATGGGAACACAATGTAAGGTTATTAGAACGAATGCTTGAAATCTACTCCATTCAAGCCA
AAGCGAGCGCGGAGCTTGTGGAGGGGGCTTGGGAGGGCGTTAAAAAGATGTTGCATTTTTATACCGATAAGCACCAGGAA
TTTATCAGGCGTTTGAATTATGCGAGCGCGGCGATAGATAATGAATACAATATCGCGACCCCAGAAAGTTTAAAGGAGCG
TGATTTTGAAAGCCCTACGATTGTTTATAGCCCTAAAAAAAGCGTTTATGATGAGCGCTTGAAGGATTTGAGGGAAAATT
TTAGCGCTTCTTTATACGCTGATTTGAAAGACAAGATCAGCGCTTTTTCTCATAGAGATCGCGCCACAACTTCTAAAGAG
CATGGATTGGATTTGATGGGCGTTGATTTTGAGAGCTTGACTTTAGCCAAAAAGCATTGCGCTAAAAACATTAAGGAAGC
TTTAGAAAGTTTTACAGAAAAGATCAAAGAATCCCCTAACGATTTGAACGCTGTGAATGAAGCCTTTAATCGTTTAAAAA
CAGAGTTAGAGAGGGCTATAGATGATGAACGCTTGAAAGATTTGAGGGAAAATTTCGCTTCTTTATACGCTGATCTATGC
GCTGATTTGAAAGATAAAATCCATCATAACGCCTTGTCTAACGAGGAATTAGAGCGCATGATAGCTTTTAGAGAGCGAGA
ATTAGAAAAAAATTTAGAGAATTTGATGCCAAGATTTAGAGATAAAACTAACGCTTTATCTAACGATGATTTAGAACGCT
TGGCAAGCTCTAAAGAACAAGAATTTGAAAAGAATTTAGAGGATTTGATGCCGAGTTCTTTAGGCGTGCCTTCTTATGAT
GAAAGCTTGACTCTAGCCAAAAAGTATTGCGTTAAAAATTGTAAGAAAGCCTTACAAGATTTTGCGGAAAAAATCAAAGA
AGCCCCCAACGATTCAAACGCTATCAATGAAGCTTTTGATAACTTAGAAAGAGAGTTAGAAATAGCTACAGAAAATTTGA
GTCAAAAAATCGATCCCGTTTTAGAACGGAACGAAAATTATACGCAAAAAGCGTTGGAGTATAGGGAGTTTTTAGAAAGC
CGTAAAGAGGACTTTATTGTAGATGAAAAAAACCCCTATCCGGAAGAAGTCCGCTTTAATGAGTTGCGTTTAGCGGAATT
TGATAGCGTTTTTAGCACCATTGCGCCTTTAGAAGATTTAGATAAAACCGCATGCGCTCATCATGCCCTAAAGGCTTTAC
AAGCCGCACTTAAAGACAACGATTTGGGCTTTGATGCGACAGATTTGGAACAGATCGCAAAAGGATTCATTCCTAAGGGG
TATTTGTGGCATTTTGACGCGAATGTTTTAGGGAAATTGGCGTTGGTGAGAGAAGAGTTATTATTAAGCGTGAAGCACAC
GAAAGGATACTTACTATGGAAACAATTCCTGCAAACTCAGAACTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAAAGGCACTTTCAACGAGTTTGATGAAGCCGCGCAAGAGCAAATCGCATGGCTTAAAGAGAGGATTAGGGTTTTAGAAG
AAGATTATTAAGGATAATTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATTGGGAATTTGTAGAGCCGCTCAATGAAAAGGCGTTGAATGGGTTAGAAGATCAACTAAAAACGGGATTGAGCGATGCG
TTTAAGGACTTTATCAAACG

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: None

Number of amino acids: Translated: 601; Mature: 600

Protein sequence:

>601_residues
MAEWKTDTEEVKEIVRKCREFKRSLQEERCLGFIKDLDSYALKIIVEHRKIEMQLEKAIGELKKARKERRGFWGSLGKLG
RDCLNAVGSVIPSLKLCAELCEKGLNLMEDNIEKWEHNVRLLERMLEIYSIQAKASAELVEGAWEGVKKMLHFYTDKHQE
FIRRLNYASAAIDNEYNIATPESLKERDFESPTIVYSPKKSVYDERLKDLRENFSASLYADLKDKISAFSHRDRATTSKE
HGLDLMGVDFESLTLAKKHCAKNIKEALESFTEKIKESPNDLNAVNEAFNRLKTELERAIDDERLKDLRENFASLYADLC
ADLKDKIHHNALSNEELERMIAFRERELEKNLENLMPRFRDKTNALSNDDLERLASSKEQEFEKNLEDLMPSSLGVPSYD
ESLTLAKKYCVKNCKKALQDFAEKIKEAPNDSNAINEAFDNLERELEIATENLSQKIDPVLERNENYTQKALEYREFLES
RKEDFIVDEKNPYPEEVRFNELRLAEFDSVFSTIAPLEDLDKTACAHHALKALQAALKDNDLGFDATDLEQIAKGFIPKG
YLWHFDANVLGKLALVREELLLSVKHTKGYLLWKQFLQTQN

Sequences:

>Translated_601_residues
MAEWKTDTEEVKEIVRKCREFKRSLQEERCLGFIKDLDSYALKIIVEHRKIEMQLEKAIGELKKARKERRGFWGSLGKLG
RDCLNAVGSVIPSLKLCAELCEKGLNLMEDNIEKWEHNVRLLERMLEIYSIQAKASAELVEGAWEGVKKMLHFYTDKHQE
FIRRLNYASAAIDNEYNIATPESLKERDFESPTIVYSPKKSVYDERLKDLRENFSASLYADLKDKISAFSHRDRATTSKE
HGLDLMGVDFESLTLAKKHCAKNIKEALESFTEKIKESPNDLNAVNEAFNRLKTELERAIDDERLKDLRENFASLYADLC
ADLKDKIHHNALSNEELERMIAFRERELEKNLENLMPRFRDKTNALSNDDLERLASSKEQEFEKNLEDLMPSSLGVPSYD
ESLTLAKKYCVKNCKKALQDFAEKIKEAPNDSNAINEAFDNLERELEIATENLSQKIDPVLERNENYTQKALEYREFLES
RKEDFIVDEKNPYPEEVRFNELRLAEFDSVFSTIAPLEDLDKTACAHHALKALQAALKDNDLGFDATDLEQIAKGFIPKG
YLWHFDANVLGKLALVREELLLSVKHTKGYLLWKQFLQTQN
>Mature_600_residues
AEWKTDTEEVKEIVRKCREFKRSLQEERCLGFIKDLDSYALKIIVEHRKIEMQLEKAIGELKKARKERRGFWGSLGKLGR
DCLNAVGSVIPSLKLCAELCEKGLNLMEDNIEKWEHNVRLLERMLEIYSIQAKASAELVEGAWEGVKKMLHFYTDKHQEF
IRRLNYASAAIDNEYNIATPESLKERDFESPTIVYSPKKSVYDERLKDLRENFSASLYADLKDKISAFSHRDRATTSKEH
GLDLMGVDFESLTLAKKHCAKNIKEALESFTEKIKESPNDLNAVNEAFNRLKTELERAIDDERLKDLRENFASLYADLCA
DLKDKIHHNALSNEELERMIAFRERELEKNLENLMPRFRDKTNALSNDDLERLASSKEQEFEKNLEDLMPSSLGVPSYDE
SLTLAKKYCVKNCKKALQDFAEKIKEAPNDSNAINEAFDNLERELEIATENLSQKIDPVLERNENYTQKALEYREFLESR
KEDFIVDEKNPYPEEVRFNELRLAEFDSVFSTIAPLEDLDKTACAHHALKALQAALKDNDLGFDATDLEQIAKGFIPKGY
LWHFDANVLGKLALVREELLLSVKHTKGYLLWKQFLQTQN

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 69617; Mature: 69485

Theoretical pI: Translated: 5.14; Mature: 5.14

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.7 %Cys     (Translated Protein)
1.5 %Met     (Translated Protein)
3.2 %Cys+Met (Translated Protein)
1.7 %Cys     (Mature Protein)
1.3 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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C
>Mature Secondary Structure 
AEWKTDTEEVKEIVRKCREFKRSLQEERCLGFIKDLDSYALKIIVEHRKIEMQLEKAIG
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ELKKARKERRGFWGSLGKLGRDCLNAVGSVIPSLKLCAELCEKGLNLMEDNIEKWEHNVR
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LLERMLEIYSIQAKASAELVEGAWEGVKKMLHFYTDKHQEFIRRLNYASAAIDNEYNIAT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
PESLKERDFESPTIVYSPKKSVYDERLKDLRENFSASLYADLKDKISAFSHRDRATTSKE
CHHHHHCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH
HGLDLMGVDFESLTLAKKHCAKNIKEALESFTEKIKESPNDLNAVNEAFNRLKTELERAI
HCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DDERLKDLRENFASLYADLCADLKDKIHHNALSNEELERMIAFRERELEKNLENLMPRFR
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DKTNALSNDDLERLASSKEQEFEKNLEDLMPSSLGVPSYDESLTLAKKYCVKNCKKALQD
HHHCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FAEKIKEAPNDSNAINEAFDNLERELEIATENLSQKIDPVLERNENYTQKALEYREFLES
HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH
RKEDFIVDEKNPYPEEVRFNELRLAEFDSVFSTIAPLEDLDKTACAHHALKALQAALKDN
HHHCCCCCCCCCCCCHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
DLGFDATDLEQIAKGFIPKGYLWHFDANVLGKLALVREELLLSVKHTKGYLLWKQFLQTQ
CCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
N
C

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA