| Definition | Vibrio fischeri ES114 chromosome I, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_006840 |
| Length | 2,897,536 |
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The map label for this gene is sbcC [H]
Identifier: 59711775
GI number: 59711775
Start: 1295744
End: 1299424
Strand: Direct
Name: sbcC [H]
Synonym: VF_1168
Alternate gene names: 59711775
Gene position: 1295744-1299424 (Clockwise)
Preceding gene: 59711774
Following gene: 59711776
Centisome position: 44.72
GC content: 40.83
Gene sequence:
>3681_bases ATGAGAATTTTAAGCCTAAGTTTTTCAAATTTAAACTCATTAAAAGGTGAGTGGAAAATTGATTTCTCAGCATCTCCTTT TGCAGAAAACGGGTTGTTTGCGATTACTGGTCCAACAGGAGCGGGTAAAACAACGATTTTAGATGCGATTTGTTTAGCGC TTTATCATAAAACGCCTCGCCTTGGTGGTATTTCAACCTCAAGTAATGAAATTATGACTCGTGGCACGGCGGAATGTTCT GCGGAAGTGGAATTTGAAGTGAAAGGCAAAGCGTACCGTGCGTTTTGGAGTCAGCGTCGTTCACGTGGCAAAGTGGATGG TAATCTACAAGCCGCGACTGTAGAGCTTGCAGAGGTGGATTCTGAAAAAGTATTAGCAACGCAAGTTAAAAAGAAAGATG AGCTAATTAATACCATTACAGGTTTAGATTTCTCTCGTTTTACAAAGTCCATGATGCTCTCTCAAGGTCAATTTGCCGCG TTTTTAAATGCGGATGCGAATGATCGTGCTGGGTTATTGGAAGAGTTAACCGGTACAGAGATTTACGGTCAGATCTCAGA AAAAGTGCATGAGCATTACACCGCATCAAAACAGAAATTGGCAGAACTTAAGGCAAAAGCTGAAGGGGTTGAGCTGCTTT CTGAAGAAGATAAACAAGCGTTAATTGATGAGCAAACCGAACTGCAAGCTAACCAAAAACAGCAACAAGCGCAGTTAGTT GAATGGCAGGCGCATGTTGAGTGGTGGAACGCAGAGGTTAAAAACCAGCAGCAACACCAACAAGCGATTGAGCATCATCA ATTAGCCTTGGATAAAGAAAAACAAGCGAGCGAACCATTACATCGTTTAGCACAAAGTGAACCTGCTGAAAAATTGCGTG CGCCTTATCAGCTGTGGCAAGAAGCACAAGAGCGCTTTGATGAAGTGGTTAAAGAATTGAGTTTAACCGAGGTATCTCAT CAACAAAAAACAAGTGATAAATTGACGCTTGAGTCTCATGTTACACAGTTAAAACAAGTGTTTGATGACATTAAGGTGGA AAGTAAAACACTAGAGGCGTTAATTAATGATTCAGTGCAGCCGCTTGATACAAAGATAAGTCAATTAACTCAGCAGTCAC AGGAAAAACAACAGAACATTGCCCACCTAACGACACGTTACGAAGAGAGTTATAAAAAACAACAACACTTAACGGTGACG TTATCTGATGTGACGGAAACTTTGGCTCAGTTGACAAGCTATGTTGAGAAGCATCAATCCGATGTGCAACTTGAGCGTTA TTTAGGTCAGTGGAAGCGTCAAGTTAGTTATATTTCACAGCAAGATAAAGAAGTGAGTGCGTTAAATAGCAAAGTGACAT CAGCTAAGGCCACACTAGACGCTTTACTTGCGAATATGACGAAAAAAGAGACGGAACTACACCAAGCTCAAGTTGTTGTT AAAACTGAAGTGGATGCGTTAAAAGCTGCGGAACTTGTACTACAGCAATCACAAGAAAAAGGCACAGAAGCACAACTGGC AGAGCAAGTCGCAGCACTAACTAATCGTCATCAATATCGTGTTGAATTGACTCATGTAAACAATGAGTATTTACGAGCAA TAAAAGAGCTACAAACCTTAGAGATGATGCAGAAAACGCAATCTTCAGAGATTCAGACGCTGGAAGCGCAGCGTGCTGAA CTAGGTTCGCAGTTTAAGCAACTAGAGCAACAGGTAATTGATTTAACAACATTAATTGAGCAAGAAGGCGAGCTGGCAAA ATATCGTGCTGAATTAATGAAAGATCAAGATTGTCCGCTGTGTGGTTCAACACATCATCCATTATTAGAACAGTCTCAAT CTCTTGATCTTAATGCTACAATGCAGCGCAAAAAAGAAGCTGAACAAAAGCGAGCAGAGATCGTTGAACAGGGCAAGTCG GTACGTGAGCAATTGGATTCACTTAAAGTAAAACAAGAACATTGCCAATCTCAGTGCGTGCAGTTTCAAAATATTGTTAA ATCGACTCAGCAGCAGTGGTCTACCTTGTTAGAGGCGACTCAATTAACATTAAATTTGGGCGATACGGATACGATTAATC AGTCGATTACTGAATGCGAAGCATTGTTAACGGCACTTAATGAACAAGTTAAACAAGTACGCCAAGCGGATGAAAAATAC CGAGCGCATCAAAACCAATTACAACAAGCTCAACATCGCCTTGATACGGTCACTGCTGGATTAGAGTATGATCGTAAATC ACATCAAGTAGCGGCACAGTTACAGCTTGATGATTCGGTTAAATTAGAGCAACTGCAGCAGCATGATGCTGAGTTGAAAC AGCAGTTGGTTGCTGAAATTGAGCAAACCGGATTTAACGCCCCTAAATTGGCAGAAATAGAATCGTGGTTTACGCAAAAA GAGCAAGATTTACAGCGTATTCAGCAACAGATTTCGGAGCAACAAAGGTTTATTCAGCAACAACAAAAGCTGCAGAGTGA GCATGGTCATTTATCAGAGCAATTGAGTGAGTTAACTAACCAATTAAAAACAACTCAAGCGGAGAACGTATTACTAACTT CAGATCTAGAACAACAAAAAGCAAAACGTGTTGAGCTGTTTGGTATGCAAGAAGTCAAAGTCGCACGTTCTGAAATGGTT AAGAAATTGGGCGATTCTGAACAACGCTATCAGGCCGGGCAACAAAAGCTGCAAATTCGAGTACAAGAACTTGCAGTTAT AGAAGGTAAGTTGACGAGCTTAAAACAAAGTCATGCTAATAATGACAAGCTAACAGCAGAGCGAAGTGGTGTATGGAAAG AAGCATTATTGCATAGCCCATTTGAAACACTAGAGCTGTTTCAAGCAGCCTTGATTTCAGAAGAAGAACGCCAACAGTTA CTTGATCTGAAAACAGAAATACAACAAGCGATTGAACGAACAAGTGCGTTGTTAGATAGCGCAAAACAAACGAAGGAACA GCATTATCAGATGCCAAAAGCGACAGAGTGGCAATTGATGCCAAAAGACACCGTTGAGAGTGAATTGGCTCAAGTGAAGT CAATATCTGAAAGCTTGGTGAAACGTGAAGGTGAGATTGCTCAAGCCTTACGTTCGGATGATGAACGTAAAACCAACCAA AAGACCTTGTTTGAAGCAATAGAAGCGTATCAGTCTGAATACGATGATATTCAATACCTGCATTCATTAATTGGTTCGCA AAAAGGGGATAAATTCCGTAAATTTGCTCAAGGGTTAACGTTAGAGAACCTCGTTTATTTAGCCAATAAGCAGCTAACGC GTTTGCATGGCCGCTATGAACTTAAACGTAAAGCCAGTGATGGATTAGAACTGCAAGTATTGGATACATGGCAGGGTGAT GTGGTTCGTGACACCAAAACCTTATCGGGTGGTGAAAGTTTCTTAGTCAGTTTGGCGTTAGCGTTAGCGCTTTCTGATCT TGTTAGTCACAAAACGAGTATTGATTCGCTGTTCTTAGATGAAGGTTTTGGTACGCTAGATAGTGAAACGCTAGATATGG CGCTTGATGCGTTAGACAATCTCAATGCATCTGGGAAAATGATCGGTGTAATTAGCCATATTGAAGCGATGAAAGAACGT ATTCCAGTTCAAATAAAAGTCACCAAACGTAGCGGATTAGGCGTGAGTGAGCTAGAAAAACAATATAAAAAAGTCAGTTA A
Upstream 100 bases:
>100_bases CAGAAAAAGAGCAGCAACGAGCTGAAAGAATGACTGTGAAATTCAAACAAATTCTGTCAGAAGTAGAACATAAAGATACA GATCCACAAGAAGGTGATGC
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTGCAAATAGAGCAGTAAAAGGAATTTATAATGGGTAAAACAAAACGTGAAGTAACGTTACGCTTTTTAGCTGAGCCG GGCGATGTAAACTTTGGTGG
Product: exonuclease, dsDNA, ATP-dependent
Products: 5'-phosphomonoesters [C]
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1226; Mature: 1226
Protein sequence:
>1226_residues MRILSLSFSNLNSLKGEWKIDFSASPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALYHKTPRLGGISTSSNEIMTRGTAECS AEVEFEVKGKAYRAFWSQRRSRGKVDGNLQAATVELAEVDSEKVLATQVKKKDELINTITGLDFSRFTKSMMLSQGQFAA FLNADANDRAGLLEELTGTEIYGQISEKVHEHYTASKQKLAELKAKAEGVELLSEEDKQALIDEQTELQANQKQQQAQLV EWQAHVEWWNAEVKNQQQHQQAIEHHQLALDKEKQASEPLHRLAQSEPAEKLRAPYQLWQEAQERFDEVVKELSLTEVSH QQKTSDKLTLESHVTQLKQVFDDIKVESKTLEALINDSVQPLDTKISQLTQQSQEKQQNIAHLTTRYEESYKKQQHLTVT LSDVTETLAQLTSYVEKHQSDVQLERYLGQWKRQVSYISQQDKEVSALNSKVTSAKATLDALLANMTKKETELHQAQVVV KTEVDALKAAELVLQQSQEKGTEAQLAEQVAALTNRHQYRVELTHVNNEYLRAIKELQTLEMMQKTQSSEIQTLEAQRAE LGSQFKQLEQQVIDLTTLIEQEGELAKYRAELMKDQDCPLCGSTHHPLLEQSQSLDLNATMQRKKEAEQKRAEIVEQGKS VREQLDSLKVKQEHCQSQCVQFQNIVKSTQQQWSTLLEATQLTLNLGDTDTINQSITECEALLTALNEQVKQVRQADEKY RAHQNQLQQAQHRLDTVTAGLEYDRKSHQVAAQLQLDDSVKLEQLQQHDAELKQQLVAEIEQTGFNAPKLAEIESWFTQK EQDLQRIQQQISEQQRFIQQQQKLQSEHGHLSEQLSELTNQLKTTQAENVLLTSDLEQQKAKRVELFGMQEVKVARSEMV KKLGDSEQRYQAGQQKLQIRVQELAVIEGKLTSLKQSHANNDKLTAERSGVWKEALLHSPFETLELFQAALISEEERQQL LDLKTEIQQAIERTSALLDSAKQTKEQHYQMPKATEWQLMPKDTVESELAQVKSISESLVKREGEIAQALRSDDERKTNQ KTLFEAIEAYQSEYDDIQYLHSLIGSQKGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLTRLHGRYELKRKASDGLELQVLDTWQGD VVRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSHKTSIDSLFLDEGFGTLDSETLDMALDALDNLNASGKMIGVISHIEAMKER IPVQIKVTKRSGLGVSELEKQYKKVS
Sequences:
>Translated_1226_residues MRILSLSFSNLNSLKGEWKIDFSASPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALYHKTPRLGGISTSSNEIMTRGTAECS AEVEFEVKGKAYRAFWSQRRSRGKVDGNLQAATVELAEVDSEKVLATQVKKKDELINTITGLDFSRFTKSMMLSQGQFAA FLNADANDRAGLLEELTGTEIYGQISEKVHEHYTASKQKLAELKAKAEGVELLSEEDKQALIDEQTELQANQKQQQAQLV EWQAHVEWWNAEVKNQQQHQQAIEHHQLALDKEKQASEPLHRLAQSEPAEKLRAPYQLWQEAQERFDEVVKELSLTEVSH QQKTSDKLTLESHVTQLKQVFDDIKVESKTLEALINDSVQPLDTKISQLTQQSQEKQQNIAHLTTRYEESYKKQQHLTVT LSDVTETLAQLTSYVEKHQSDVQLERYLGQWKRQVSYISQQDKEVSALNSKVTSAKATLDALLANMTKKETELHQAQVVV KTEVDALKAAELVLQQSQEKGTEAQLAEQVAALTNRHQYRVELTHVNNEYLRAIKELQTLEMMQKTQSSEIQTLEAQRAE LGSQFKQLEQQVIDLTTLIEQEGELAKYRAELMKDQDCPLCGSTHHPLLEQSQSLDLNATMQRKKEAEQKRAEIVEQGKS VREQLDSLKVKQEHCQSQCVQFQNIVKSTQQQWSTLLEATQLTLNLGDTDTINQSITECEALLTALNEQVKQVRQADEKY RAHQNQLQQAQHRLDTVTAGLEYDRKSHQVAAQLQLDDSVKLEQLQQHDAELKQQLVAEIEQTGFNAPKLAEIESWFTQK EQDLQRIQQQISEQQRFIQQQQKLQSEHGHLSEQLSELTNQLKTTQAENVLLTSDLEQQKAKRVELFGMQEVKVARSEMV KKLGDSEQRYQAGQQKLQIRVQELAVIEGKLTSLKQSHANNDKLTAERSGVWKEALLHSPFETLELFQAALISEEERQQL LDLKTEIQQAIERTSALLDSAKQTKEQHYQMPKATEWQLMPKDTVESELAQVKSISESLVKREGEIAQALRSDDERKTNQ KTLFEAIEAYQSEYDDIQYLHSLIGSQKGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLTRLHGRYELKRKASDGLELQVLDTWQGD VVRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSHKTSIDSLFLDEGFGTLDSETLDMALDALDNLNASGKMIGVISHIEAMKER IPVQIKVTKRSGLGVSELEKQYKKVS >Mature_1226_residues MRILSLSFSNLNSLKGEWKIDFSASPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALYHKTPRLGGISTSSNEIMTRGTAECS AEVEFEVKGKAYRAFWSQRRSRGKVDGNLQAATVELAEVDSEKVLATQVKKKDELINTITGLDFSRFTKSMMLSQGQFAA FLNADANDRAGLLEELTGTEIYGQISEKVHEHYTASKQKLAELKAKAEGVELLSEEDKQALIDEQTELQANQKQQQAQLV EWQAHVEWWNAEVKNQQQHQQAIEHHQLALDKEKQASEPLHRLAQSEPAEKLRAPYQLWQEAQERFDEVVKELSLTEVSH QQKTSDKLTLESHVTQLKQVFDDIKVESKTLEALINDSVQPLDTKISQLTQQSQEKQQNIAHLTTRYEESYKKQQHLTVT LSDVTETLAQLTSYVEKHQSDVQLERYLGQWKRQVSYISQQDKEVSALNSKVTSAKATLDALLANMTKKETELHQAQVVV KTEVDALKAAELVLQQSQEKGTEAQLAEQVAALTNRHQYRVELTHVNNEYLRAIKELQTLEMMQKTQSSEIQTLEAQRAE LGSQFKQLEQQVIDLTTLIEQEGELAKYRAELMKDQDCPLCGSTHHPLLEQSQSLDLNATMQRKKEAEQKRAEIVEQGKS VREQLDSLKVKQEHCQSQCVQFQNIVKSTQQQWSTLLEATQLTLNLGDTDTINQSITECEALLTALNEQVKQVRQADEKY RAHQNQLQQAQHRLDTVTAGLEYDRKSHQVAAQLQLDDSVKLEQLQQHDAELKQQLVAEIEQTGFNAPKLAEIESWFTQK EQDLQRIQQQISEQQRFIQQQQKLQSEHGHLSEQLSELTNQLKTTQAENVLLTSDLEQQKAKRVELFGMQEVKVARSEMV KKLGDSEQRYQAGQQKLQIRVQELAVIEGKLTSLKQSHANNDKLTAERSGVWKEALLHSPFETLELFQAALISEEERQQL LDLKTEIQQAIERTSALLDSAKQTKEQHYQMPKATEWQLMPKDTVESELAQVKSISESLVKREGEIAQALRSDDERKTNQ KTLFEAIEAYQSEYDDIQYLHSLIGSQKGDKFRKFAQGLTLENLVYLANKQLTRLHGRYELKRKASDGLELQVLDTWQGD VVRDTKTLSGGESFLVSLALALALSDLVSHKTSIDSLFLDEGFGTLDSETLDMALDALDNLNASGKMIGVISHIEAMKER IPVQIKVTKRSGLGVSELEKQYKKVS
Specific function: SbcCD cleaves DNA hairpin structures. These structures can inhibit DNA replication and are intermediates in certain DNA recombination reactions. The complex acts as a 3'->5' double strand exonuclease that can open hairpins. It also has a 5' single-strand
COG id: COG0419
COG function: function code L; ATPase involved in DNA repair
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the SMC family. SbcC subfamily [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786597, Length=304, Percent_Identity=55.921052631579, Blast_Score=328, Evalue=2e-90,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR004592 [H]
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 139068; Mature: 139068
Theoretical pI: Translated: 5.26; Mature: 5.26
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 1.3 %Met (Translated Protein) 1.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 1.3 %Met (Mature Protein) 1.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRILSLSFSNLNSLKGEWKIDFSASPFAENGLFAITGPTGAGKTTILDAICLALYHKTPR CEEEEEEHHHHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC LGGISTSSNEIMTRGTAECSAEVEFEVKGKAYRAFWSQRRSRGKVDGNLQAATVELAEVD CCCCCCCCCCHHCCCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEHHHHCC SEKVLATQVKKKDELINTITGLDFSRFTKSMMLSQGQFAAFLNADANDRAGLLEELTGTE CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHCCHH IYGQISEKVHEHYTASKQKLAELKAKAEGVELLSEEDKQALIDEQTELQANQKQQQAQLV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHH EWQAHVEWWNAEVKNQQQHQQAIEHHQLALDKEKQASEPLHRLAQSEPAEKLRAPYQLWQ HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCHHHHHH EAQERFDEVVKELSLTEVSHQQKTSDKLTLESHVTQLKQVFDDIKVESKTLEALINDSVQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC PLDTKISQLTQQSQEKQQNIAHLTTRYEESYKKQQHLTVTLSDVTETLAQLTSYVEKHQS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH DVQLERYLGQWKRQVSYISQQDKEVSALNSKVTSAKATLDALLANMTKKETELHQAQVVV 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: ribo- or deoxyribonucleic acids [C]
Specific reaction: ribo- or deoxyribonucleic acids = 5'-phosphomonoesters [C]
General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 2530497; 9278503; 1744033; 1490631; 10886369; 9653124; 9927737 [H]