| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
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The map label for this gene is spoIIE [H]
Identifier: 18311455
GI number: 18311455
Start: 2831053
End: 2833443
Strand: Reverse
Name: spoIIE [H]
Synonym: CPE2473
Alternate gene names: 18311455
Gene position: 2833443-2831053 (Counterclockwise)
Preceding gene: 18311456
Following gene: 18311454
Centisome position: 93.47
GC content: 28.23
Gene sequence:
>2391_bases ATGCAATATGGAGTTAAAATTGATAATTACAAAAGAGCAAAGGATTCAGAAAATGTAAAAAATAATATGAAAATAGAAGC TTCTAGCATTGGGCTTATTATGGCTATGGTTGCAGGTCTTTTAATAAGTAGAGTGTATTTAGATATGACTTTTGGAGTAG TTCAAGTATTAGCTCCATTTGGATTAGCATATTTAATTGCAATAACAAATTATGAAAGAAAATATATATTATCATCAAGT TTAGGAGTTATAGTAGGGTACATTACCTTGTTTAATAAGGTTAGCAACTTTTCGGCTTACATAATAATATCAACTATAGT TACCATAATTTCTATGAGTAAACTAAATAAAAAGGCTAGAAATATAGCAAGTTTTATAACTGTATTTTCAGGATTGTTTG TTTATGGAGTTTTAGTAGGAAGTTCAGATATAATTTTACACTTAATAGGTGCGATTTCAGTGACAGCCTTAGTTTTTCCT ATATATTATGTTGTGAGCTATACATTAAAGTGCATAGAAGAAATAAATACTCAACATTTTTTCTCAATAGATGAAATTGT TAGTATAGAATTATTTATATGTTTATTAATAGTTGGAATTGGAACCATATCAATAAATGATATTAGTTTTAGAAATATAG CAGCTATACTTTTTATTATAGCTTTAGCCTTTATTTCAGATACCAATATGGGTGCTGGAGCAGGTATAACTATGGGCATA ATATTAGGTTTTGCCACAGGAAATCTTATGGAGAGCATAGCTATTTATGGAGCTTGTGGTTTAGTTGCCGGGATATTTAG AGAGTCAGGAAAGCTTTTTACAGCCTTATCATTTAACATAATTTTTATAATAGTAACTTTATATTCTGGAGTTTTTAATA ATATTTCATTTATAGAAGCCTTGGTTGGAACAGGAATATTTCTTTTAATTCCTAAAAAACTATACAATAAAATTTCTTTA GAAATAAACAAGGATAAAAAGGTTGGTCATTTTAGTGAAGTTAGATTTGCTGAGATTAAGGATGAGTTAACTGAAAGATT AAAAGATTTTACTGAAGTTTTATCTATAATGGGTAAATCATTAAATAATCTAGTTGGTAATGATAAATTAGCTATAAAAA ATAAGGGGAATGCATTGGTTGAAAATTTATCAGATAGAACTTGTAGTGACTGTGATATGAGATATATGTGTTGGAAGAGA GAACTTCATCAAACTTATAATGCTTTTTCAGATTTAATAAGAAATTATGAAAATAATTCAGGTGCTTTTCCTCATGAGCT TGAGAAAAAGTGCATAAAGAAATATGCTCTAGTTAAAAATTTAGAGGACATAATGAATATCTATATGGTAAATGAAACCT TAAAGAGTAGATTAGGAGAGGGAAGAAAAATCTTATCTAATCATATAAACAATATGTCAGTTACAATTAGTGAAATAGTT GACGAGTTTGGAAATGAACTGCATCTATGTACCGATGTAGAAAAAAGTATAAAAAAATCTCTTTTAAAATATGGCATTAA TTTTGGAAGCTTAATATGTTATAACGATAAAAATGGAAGAATTAAAATTAAGATGCAAATGGAAAATTGTATGGGATCTC AAACATGTATAAAAACAGTTCTTCCTATAATAAGCGAGACCATAGGAAAAAATATGAGTATTGGAAGTGAAGGGTGTAAT ATAAATAGCAAAAATAATATGTGTGAGATTGTTATTGAAGAAGCGCCTAAATATCATATTAATTCCCATGTAGCAGTTGC TACTAAAGAGGGAGAAAAATTCACTGGAGATTCATATTCATATGGTAGAACAAAGGATGGTAATTATATAACTGTAATAT CAGATGGCATGGGATCAGGACCTGAAGCAGGACTTGAAAGTAAAGTTTCAGTAGAAATAATAGAAAAATTTATGGAAGTT GGTTTTGATGAAAAAATAGCTATTGATGCAGTTAATGCAATTATGAGTATAAAGTTTAGTGAAGATGAAAAGTTTTCTAC ATTAGATATGAATAAGATAGACTTATATACTGGAAATGCTAAGTTTATGAAAGTTGGAGCTATAGAAAGTTTTATAAAGA GAGGAAATAAGGTAGAGGTTATAAATTCAAATACACTTCCTTTTGGTGTCTTAGAAGAACCAGATGTAGATACTGTTGAA AAGCAAGTAAGTAATGGGGATGTAATAGTTAGTATAAGTGATGGTATTTTAGATGTTAAAAATGATGGAAGTTTTGATAC TACATGGTTAATTGAATTTTTAAAGAATACTAAGTATAGACAACCTAAAGATTTATCAATAGCTATTTTAGAAAAAGCAA AGGAATTAAGTGGAGGAAAGGCTAAGGATGATATGACAGTAGTTGTATCTAAGGTTTTTGCAATAAATTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTATGTCTTAAAAAAATAAAAGCTTAATCTATATATTTACAAATTTTTCCTGTAAATCTTGCTATAATGTTGATAAAGAT AGAAGGTTAGGAGGATAAAT
Downstream 100 bases:
>100_bases GAAAAGGAGAGTGTATAAGAACTAAATAAAATCTATAAATTGTTTTGTGTGTAGATTTTACTTAAAAGAAAAGTTCTTAT GCACTTTCTTTTATTTTTAA
Product: stage II sprulation protein E
Products: NA
Alternate protein names: Stage II sporulation protein H [H]
Number of amino acids: Translated: 796; Mature: 796
Protein sequence:
>796_residues MQYGVKIDNYKRAKDSENVKNNMKIEASSIGLIMAMVAGLLISRVYLDMTFGVVQVLAPFGLAYLIAITNYERKYILSSS LGVIVGYITLFNKVSNFSAYIIISTIVTIISMSKLNKKARNIASFITVFSGLFVYGVLVGSSDIILHLIGAISVTALVFP IYYVVSYTLKCIEEINTQHFFSIDEIVSIELFICLLIVGIGTISINDISFRNIAAILFIIALAFISDTNMGAGAGITMGI ILGFATGNLMESIAIYGACGLVAGIFRESGKLFTALSFNIIFIIVTLYSGVFNNISFIEALVGTGIFLLIPKKLYNKISL EINKDKKVGHFSEVRFAEIKDELTERLKDFTEVLSIMGKSLNNLVGNDKLAIKNKGNALVENLSDRTCSDCDMRYMCWKR ELHQTYNAFSDLIRNYENNSGAFPHELEKKCIKKYALVKNLEDIMNIYMVNETLKSRLGEGRKILSNHINNMSVTISEIV DEFGNELHLCTDVEKSIKKSLLKYGINFGSLICYNDKNGRIKIKMQMENCMGSQTCIKTVLPIISETIGKNMSIGSEGCN INSKNNMCEIVIEEAPKYHINSHVAVATKEGEKFTGDSYSYGRTKDGNYITVISDGMGSGPEAGLESKVSVEIIEKFMEV GFDEKIAIDAVNAIMSIKFSEDEKFSTLDMNKIDLYTGNAKFMKVGAIESFIKRGNKVEVINSNTLPFGVLEEPDVDTVE KQVSNGDVIVSISDGILDVKNDGSFDTTWLIEFLKNTKYRQPKDLSIAILEKAKELSGGKAKDDMTVVVSKVFAIN
Sequences:
>Translated_796_residues MQYGVKIDNYKRAKDSENVKNNMKIEASSIGLIMAMVAGLLISRVYLDMTFGVVQVLAPFGLAYLIAITNYERKYILSSS LGVIVGYITLFNKVSNFSAYIIISTIVTIISMSKLNKKARNIASFITVFSGLFVYGVLVGSSDIILHLIGAISVTALVFP IYYVVSYTLKCIEEINTQHFFSIDEIVSIELFICLLIVGIGTISINDISFRNIAAILFIIALAFISDTNMGAGAGITMGI ILGFATGNLMESIAIYGACGLVAGIFRESGKLFTALSFNIIFIIVTLYSGVFNNISFIEALVGTGIFLLIPKKLYNKISL EINKDKKVGHFSEVRFAEIKDELTERLKDFTEVLSIMGKSLNNLVGNDKLAIKNKGNALVENLSDRTCSDCDMRYMCWKR ELHQTYNAFSDLIRNYENNSGAFPHELEKKCIKKYALVKNLEDIMNIYMVNETLKSRLGEGRKILSNHINNMSVTISEIV DEFGNELHLCTDVEKSIKKSLLKYGINFGSLICYNDKNGRIKIKMQMENCMGSQTCIKTVLPIISETIGKNMSIGSEGCN INSKNNMCEIVIEEAPKYHINSHVAVATKEGEKFTGDSYSYGRTKDGNYITVISDGMGSGPEAGLESKVSVEIIEKFMEV GFDEKIAIDAVNAIMSIKFSEDEKFSTLDMNKIDLYTGNAKFMKVGAIESFIKRGNKVEVINSNTLPFGVLEEPDVDTVE KQVSNGDVIVSISDGILDVKNDGSFDTTWLIEFLKNTKYRQPKDLSIAILEKAKELSGGKAKDDMTVVVSKVFAIN >Mature_796_residues MQYGVKIDNYKRAKDSENVKNNMKIEASSIGLIMAMVAGLLISRVYLDMTFGVVQVLAPFGLAYLIAITNYERKYILSSS LGVIVGYITLFNKVSNFSAYIIISTIVTIISMSKLNKKARNIASFITVFSGLFVYGVLVGSSDIILHLIGAISVTALVFP IYYVVSYTLKCIEEINTQHFFSIDEIVSIELFICLLIVGIGTISINDISFRNIAAILFIIALAFISDTNMGAGAGITMGI ILGFATGNLMESIAIYGACGLVAGIFRESGKLFTALSFNIIFIIVTLYSGVFNNISFIEALVGTGIFLLIPKKLYNKISL EINKDKKVGHFSEVRFAEIKDELTERLKDFTEVLSIMGKSLNNLVGNDKLAIKNKGNALVENLSDRTCSDCDMRYMCWKR ELHQTYNAFSDLIRNYENNSGAFPHELEKKCIKKYALVKNLEDIMNIYMVNETLKSRLGEGRKILSNHINNMSVTISEIV DEFGNELHLCTDVEKSIKKSLLKYGINFGSLICYNDKNGRIKIKMQMENCMGSQTCIKTVLPIISETIGKNMSIGSEGCN INSKNNMCEIVIEEAPKYHINSHVAVATKEGEKFTGDSYSYGRTKDGNYITVISDGMGSGPEAGLESKVSVEIIEKFMEV GFDEKIAIDAVNAIMSIKFSEDEKFSTLDMNKIDLYTGNAKFMKVGAIESFIKRGNKVEVINSNTLPFGVLEEPDVDTVE KQVSNGDVIVSISDGILDVKNDGSFDTTWLIEFLKNTKYRQPKDLSIAILEKAKELSGGKAKDDMTVVVSKVFAIN
Specific function: Normally needed for pro-sigma E processing during sporulation but can be bypassed in vegetative cells. Activates spoIIAA by dephosphorylation [H]
COG id: COG2208
COG function: function code TK; Serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein. Note=Polar septum [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 PP2C-like domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR001932 - InterPro: IPR014221 - InterPro: IPR010822 [H]
Pfam domain/function: PF07228 SpoIIE [H]
EC number: =3.1.3.16 [H]
Molecular weight: Translated: 88097; Mature: 88097
Theoretical pI: Translated: 6.44; Mature: 6.44
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.6 %Cys (Translated Protein) 3.3 %Met (Translated Protein) 4.9 %Cys+Met (Translated Protein) 1.6 %Cys (Mature Protein) 3.3 %Met (Mature Protein) 4.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MQYGVKIDNYKRAKDSENVKNNMKIEASSIGLIMAMVAGLLISRVYLDMTFGVVQVLAPF CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GLAYLIAITNYERKYILSSSLGVIVGYITLFNKVSNFSAYIIISTIVTIISMSKLNKKAR HHHHHHHHCCCCHHEEHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NIASFITVFSGLFVYGVLVGSSDIILHLIGAISVTALVFPIYYVVSYTLKCIEEINTQHF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHC FSIDEIVSIELFICLLIVGIGTISINDISFRNIAAILFIIALAFISDTNMGAGAGITMGI CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHH ILGFATGNLMESIAIYGACGLVAGIFRESGKLFTALSFNIIFIIVTLYSGVFNNISFIEA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHH LVGTGIFLLIPKKLYNKISLEINKDKKVGHFSEVRFAEIKDELTERLKDFTEVLSIMGKS HHHCCEEEEECHHHCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LNNLVGNDKLAIKNKGNALVENLSDRTCSDCDMRYMCWKRELHQTYNAFSDLIRNYENNS HHHHCCCCEEEEECCCCHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC GAFPHELEKKCIKKYALVKNLEDIMNIYMVNETLKSRLGEGRKILSNHINNMSVTISEIV CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCEEEHHHHH DEFGNELHLCTDVEKSIKKSLLKYGINFGSLICYNDKNGRIKIKMQMENCMGSQTCIKTV HHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEHHHCCCHHHHHHHH LPIISETIGKNMSIGSEGCNINSKNNMCEIVIEEAPKYHINSHVAVATKEGEKFTGDSYS HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCEECCCEEEEEECCCCCCCCCCCC YGRTKDGNYITVISDGMGSGPEAGLESKVSVEIIEKFMEVGFDEKIAIDAVNAIMSIKFS CCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHEEEEC EDEKFSTLDMNKIDLYTGNAKFMKVGAIESFIKRGNKVEVINSNTLPFGVLEEPDVDTVE CCCCCEEECCCEEEEEECCCCEEEHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHH KQVSNGDVIVSISDGILDVKNDGSFDTTWLIEFLKNTKYRQPKDLSIAILEKAKELSGGK HHCCCCCEEEEECCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCC AKDDMTVVVSKVFAIN CCCCHHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MQYGVKIDNYKRAKDSENVKNNMKIEASSIGLIMAMVAGLLISRVYLDMTFGVVQVLAPF CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GLAYLIAITNYERKYILSSSLGVIVGYITLFNKVSNFSAYIIISTIVTIISMSKLNKKAR HHHHHHHHCCCCHHEEHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NIASFITVFSGLFVYGVLVGSSDIILHLIGAISVTALVFPIYYVVSYTLKCIEEINTQHF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHC FSIDEIVSIELFICLLIVGIGTISINDISFRNIAAILFIIALAFISDTNMGAGAGITMGI CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHH ILGFATGNLMESIAIYGACGLVAGIFRESGKLFTALSFNIIFIIVTLYSGVFNNISFIEA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHH LVGTGIFLLIPKKLYNKISLEINKDKKVGHFSEVRFAEIKDELTERLKDFTEVLSIMGKS HHHCCEEEEECHHHCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LNNLVGNDKLAIKNKGNALVENLSDRTCSDCDMRYMCWKRELHQTYNAFSDLIRNYENNS HHHHCCCCEEEEECCCCHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC GAFPHELEKKCIKKYALVKNLEDIMNIYMVNETLKSRLGEGRKILSNHINNMSVTISEIV CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCEEEHHHHH DEFGNELHLCTDVEKSIKKSLLKYGINFGSLICYNDKNGRIKIKMQMENCMGSQTCIKTV HHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEHHHCCCHHHHHHHH LPIISETIGKNMSIGSEGCNINSKNNMCEIVIEEAPKYHINSHVAVATKEGEKFTGDSYS HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCEECCCEEEEEECCCCCCCCCCCC YGRTKDGNYITVISDGMGSGPEAGLESKVSVEIIEKFMEVGFDEKIAIDAVNAIMSIKFS CCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHEEEEC EDEKFSTLDMNKIDLYTGNAKFMKVGAIESFIKRGNKVEVINSNTLPFGVLEEPDVDTVE CCCCCEEECCCEEEEEECCCCEEEHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHH KQVSNGDVIVSISDGILDVKNDGSFDTTWLIEFLKNTKYRQPKDLSIAILEKAKELSGGK HHCCCCCEEEEECCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCC AKDDMTVVVSKVFAIN CCCCHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7584024; 8830262; 9384377; 2832371; 8113187; 7570023 [H]