| Definition | Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_002662 |
| Length | 2,365,589 |
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The map label for this gene is polC
Identifier: 15674106
GI number: 15674106
Start: 2189151
End: 2194127
Strand: Reverse
Name: polC
Synonym: L0278
Alternate gene names: 15674106
Gene position: 2194127-2189151 (Counterclockwise)
Preceding gene: 15674107
Following gene: 15674105
Centisome position: 92.75
GC content: 38.06
Gene sequence:
>4977_bases ATGAGAAATGAAATTCTATTTGCTAAGGATAGAAAAAATAAGATAAAGGGTCAAAAAAACATGGAAAATCTGTTTGAAAA ATTGATGGAACAAATCAAAATGCCACCAAATTTGCGTCGTTCTAGCCAATTTGAGCATGCTGATATTGAAAATGTTGAAG TGCACACGGCAAGTAAGCTCTGGCACTTTCAGTTAATTTTTGATGAGATTTTACCAATTGATACATATAAATTACTGACA GAACTGACGGAAACTGCTTTTTCGACAATTGCTCGTACAGAAATTTCTGTCAGCAGTCGAAATCAAAATATTGATGAGCA AAATCTGAATGATTATTATCAATATGCACTTACACTTCCAGAATTATGCGATTCTGCTTTTTCAAGTATTTTTAAGAAAT ATCATCTTGAAAAGGAAGAAGAAAAAATTCACTTAATGGTGGAAGATAATCCGCAAATGGACTTTTTTGTGGAAAAATAT TTTCCAATTCTAGAGGAAAAATTTAAGTCTTTCGGTTTTGGAGAAGTAAGAATAACCCCTCTAGTTGACCAGGAGCTGAC AGAAACGCAAGCAGCTGCTCACGCTGAAAAAGTTGCGGCTCGCTTGGCGGCTCAAACTGCAGAACAAGCCCAAATTTCTG AAATCAAAAAACAACGTTCAGAAGAACGGGAAAGCAAAAATACCAGAGAAGCAAAACCAGAATTTGTGGAAACAGCACTT TCTGACGGCATTTTCTTTGGCCGAAAAATCAGCGGACAAAGTCCAATTACCAGCATGTCTTTTATTGCTGGAGAAGGTTT TGGCGTTATTTTTGAGGGACTTGTTTTTGAAGCCGCACACCGTGAGTTTACGGGAAAAGAATCAGGCAAAGTCAACCATA TTTTAGAATTAAAAATGGCTGATGAAACTTCAACTTTTATGATTTCAAAATGGGGTCGTAAGGATGAAGAAATTGCCCAA TTTGACCAAATTGTCAGTACTGTCAAAGCTATGAATGAAAAAATTATAGCTGACCGTACTGATGGAGAAGATAATTTTAC TGACAGCTTATCTGATGCTCTTTGGTTGCGTGTACAAGGAAATATTGAACACGACAAATACAAAGATGATTTGGTGCTGA CCGCTAATGCGGTTGTGGAAATTAAACCTAAACCAACCATTGACCGTGTTGCTCTTCAAATCAAAGCTGTAAAATCAGAT AAAATTCAATTAGGTCGCGAAATCAAAAATAATGAACCCGTCACTCCGATGCGTTCTGTCAGTGAATTTTCGACTAACGG ACCGGTTGTTTTTGAAGGATATGTCTTTAAAGGCGAACTTCGTGAAATTAAATCACGTAAAACAGGAAATATTAGTTACC TTCTTGAATTTGAGATGACTGATTACACTTCAAGTTTTTATGTTCAGAAATGGCTACGTGGCGAAGAAGAAATTCAGTTA GCCAAACAAATTAAAGCGGGACTATGGTGTCGTGTCCGCGGGAATGTTCAACGGGACAATTTCAAAAATGATTTAGTCCT ACAATTGACTGATTTGATTGAAATTCCGACACAAAATGTTCGTGAAGACAAATCAGATGAAAAACGTGTTGAATTTCACG CGCATACTAATATGAGTCAAATGGATGCCATTCCTTCTGCTTCTAGTTTGGTTGCTCAGGCTGCTAAATGGGGACATAAA GCTATTGCAATTACTGACCATGGTGGTTTGCAATCTTTCCCTGAAGCTCACTCGGCTGGAAAGAAGAATGGCGTCAAGAT TATCTATGGCGTCGAAGCCAATCTTGTTGAAGATAAAATTCCGATTGTTTACAATGAAACTGACGTTGACATGTATGAAT CAACTTATGTTGTATTCGACGTGGAAACAACAGGACTTTCGGCAGTTCATAATGATTTGATTCAGATTGCGGCAACAAAA ATGCACAAAGGGAATCCAATTGATGAATTTGATGAATTTATCAATCCAGGATATCGTTTGAGCGAATTTACAACAGAATT AACCGGAATTACAGATGACCATGTCAAAAATGCCAAACCATTATATGAAGTTCTAACAAAATTCCAAAAGTTTTGTGAAG GAACAATTCTTGTTGCCCACAATGCAACATTTGACGTGGGCTTCATGAATATGAACTATTCACGAAATGGTTTGCCGATT ATCACGCAACCAGTGGTTGATACCCTTGAATTTGCCCGTAATCTCTACCCAGAAATGAAACGTTTTGGTTTGGGTCAATT GACTAAGAAATTCCAAATTGGACTTGAACATCACCATATGGCCAACTTTGATGCGGAAGCAACCGGACGTTTGCTCTTTG TATTTTTGGAAGAATTACGTACTAGAAATACAGGATGGACAAGTCTTTTAGAACTTAATGACAAATTGGTCAGTGAAGAT TCTTATAAAAAAGTTCGTCCAAAACACGTGACTTTATATGCCAAGACACAAGAAGGTTTAAAAAATCTCTTTAAAATTGT TAGTTTTGGGAATGTTAAATATTATGCTGGTCTTCCTCGGGTTCCACGTTCTGTTTTAGAAGCCAACCGTGAAGGTTTGT TGGTCGGTTCGGCCTGCGAAATTGGTGAAGTTTTTGATGCAGCAATCAATAAAACATTTGAAGAAACGCTTGAAATCGCC AAGTTTTATGATTTTATCGAAGTATTTCCACCAGCTCTTTATCGTTCACTTGTTGTTGGTGGTTCTTTCAAATCAGAAAA AGAATTGGAACAAACGCTTAAAGATTTGATAAAAATTGGTAAGACTTTAGGCAAGCCAGTTCTGGCCACAGGTAATTTAC ATTATTTGAACCCAGAAGATGCTATTTATCGAGAAATTATTGTTCGCTCACTTGGTCTTGGAGCTGAAATTAACTGGACT 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AATGCCGAATGGCAAACGACTCACTTTGATTTCCATGCGATTCATGACAATATCTTAAAACTTGACATCCTTGGACATGA TGACCCCACGATGATTCGAAAATTACAAAGTCTCTCTGGTATTGTTCCTCAAGATATTCCAATGGATGACCCAGGAGTGA TGAAGCTTTTCACTGGGACAGAATCTTTGGGCTTGACCGAAGAACAGTTAGGGGTAAAATTAGGAACTTTGGGAATCCCT GAAATGGGAACTTTCACCTCAATGAACATGATTGCCGAAGCCAAACCTAAAAACTTCGCAGATTTACTCCAAATTTCTGG ACTTTCACACGGAACGGACGTTTGGTCAGGAAATGCTCAAGATTTAATTCGTTCAGGGATTGCCGACTTATCAAGCGTTA TTGGCTGTCGGGATGATATCATGGTTTATCTTATTCATAAGGGGCTAGAAAACGGTCTTGCTTTTACAATTATGGAACGG GTGCGTAAGGGAATGTGGAATAAAATTCCCGCCGAAGAACGTGAAAAATATGTAGAAGCTATGCGAGAACATGATGTTCC TGAATGGTACATTGAGTCTTGTTCAAAGATTAAATACATGTTCCCTAAAGCCCATGCGGCAGCCTATATTATGATGGCTT TACGGGTAGCTTATTTCAAAGTTCATCATCCAATATTGTATTATTGTGCATGGTTCTCTATTAGAGCAACTGCCTTTGAT ATTGGGGTAATGGGAGCAGGTCTTGAAGCAGTCAAAGCCAAAATGAAAGAAATTAAAGATAAAGGTTTTGATGCAACAAA TGTTGAAACTAACCTCTATACGACTTTAGAGCTTTGTAATGAAATGTTAGAGCGTGGTTTCACTTTTGGTAAAATTGACC TTTATCGCTCGGAGGCTACTGAGTTTGTTATTGATGGTGATACTTTAATTCCGCCATTTGTAACAATGGACGGATTGGGT 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Upstream 100 bases:
>100_bases CTCTGTCAGTAACTATTAATTTTAAAATAAAATAACTGACAGTTTTGTCAGTTATTTTATTCTTAAAAAAGTATGAAAAG CAACATTTTTTTATGCTATA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTTATAAAATACTCTTATCTTAAATGATGAGAGTATTTTTATTTTTAGAAATAACAAAATGTCGAAAAATTTTCGGCT TTTTTGTTACATTAACTGAT
Product: DNA polymerase III PolC
Products: NA
Alternate protein names: PolIII [H]
Number of amino acids: Translated: 1658; Mature: 1658
Protein sequence:
>1658_residues MRNEILFAKDRKNKIKGQKNMENLFEKLMEQIKMPPNLRRSSQFEHADIENVEVHTASKLWHFQLIFDEILPIDTYKLLT ELTETAFSTIARTEISVSSRNQNIDEQNLNDYYQYALTLPELCDSAFSSIFKKYHLEKEEEKIHLMVEDNPQMDFFVEKY FPILEEKFKSFGFGEVRITPLVDQELTETQAAAHAEKVAARLAAQTAEQAQISEIKKQRSEERESKNTREAKPEFVETAL SDGIFFGRKISGQSPITSMSFIAGEGFGVIFEGLVFEAAHREFTGKESGKVNHILELKMADETSTFMISKWGRKDEEIAQ FDQIVSTVKAMNEKIIADRTDGEDNFTDSLSDALWLRVQGNIEHDKYKDDLVLTANAVVEIKPKPTIDRVALQIKAVKSD KIQLGREIKNNEPVTPMRSVSEFSTNGPVVFEGYVFKGELREIKSRKTGNISYLLEFEMTDYTSSFYVQKWLRGEEEIQL AKQIKAGLWCRVRGNVQRDNFKNDLVLQLTDLIEIPTQNVREDKSDEKRVEFHAHTNMSQMDAIPSASSLVAQAAKWGHK AIAITDHGGLQSFPEAHSAGKKNGVKIIYGVEANLVEDKIPIVYNETDVDMYESTYVVFDVETTGLSAVHNDLIQIAATK MHKGNPIDEFDEFINPGYRLSEFTTELTGITDDHVKNAKPLYEVLTKFQKFCEGTILVAHNATFDVGFMNMNYSRNGLPI ITQPVVDTLEFARNLYPEMKRFGLGQLTKKFQIGLEHHHMANFDAEATGRLLFVFLEELRTRNTGWTSLLELNDKLVSED SYKKVRPKHVTLYAKTQEGLKNLFKIVSFGNVKYYAGLPRVPRSVLEANREGLLVGSACEIGEVFDAAINKTFEETLEIA KFYDFIEVFPPALYRSLVVGGSFKSEKELEQTLKDLIKIGKTLGKPVLATGNLHYLNPEDAIYREIIVRSLGLGAEINWT QGHGEHAKPLPLPEAHFRTTDEMLEAFSFLDEKTAREIVIDNTQKMADEFDVLTPVRDDLYTPKMVFDGGETSEERIVRL TYEKAHEWYGNPLPDIIDARLEKELRSILGNGFSVVYIISQELVKRSNDRGYIVGSRGSVGSSLVATMIGITEVNPLAPH YRCPECQYFECYDDGSFGSGYDMPDKNCPKCDHKLIKDGHDIPFETFLGFKGDKVPDIDLNFSGDDQPLAHLDVRDIFGE DYAFRAGTIGTVAEKTAFGFVKGYERDYDQFYGNAEIDRLAAGSTGVKRTTGQHPGGIIVIPNYMDVYDFSPVQFPADDV NAEWQTTHFDFHAIHDNILKLDILGHDDPTMIRKLQSLSGIVPQDIPMDDPGVMKLFTGTESLGLTEEQLGVKLGTLGIP EMGTFTSMNMIAEAKPKNFADLLQISGLSHGTDVWSGNAQDLIRSGIADLSSVIGCRDDIMVYLIHKGLENGLAFTIMER VRKGMWNKIPAEEREKYVEAMREHDVPEWYIESCSKIKYMFPKAHAAAYIMMALRVAYFKVHHPILYYCAWFSIRATAFD IGVMGAGLEAVKAKMKEIKDKGFDATNVETNLYTTLELCNEMLERGFTFGKIDLYRSEATEFVIDGDTLIPPFVTMDGLG ENVAKQIVAARAEGEFLSKMELRKRGGVSQTIIENMTNMGVLEGMPDDNQLSLFDDFF
Sequences:
>Translated_1658_residues MRNEILFAKDRKNKIKGQKNMENLFEKLMEQIKMPPNLRRSSQFEHADIENVEVHTASKLWHFQLIFDEILPIDTYKLLT ELTETAFSTIARTEISVSSRNQNIDEQNLNDYYQYALTLPELCDSAFSSIFKKYHLEKEEEKIHLMVEDNPQMDFFVEKY FPILEEKFKSFGFGEVRITPLVDQELTETQAAAHAEKVAARLAAQTAEQAQISEIKKQRSEERESKNTREAKPEFVETAL SDGIFFGRKISGQSPITSMSFIAGEGFGVIFEGLVFEAAHREFTGKESGKVNHILELKMADETSTFMISKWGRKDEEIAQ FDQIVSTVKAMNEKIIADRTDGEDNFTDSLSDALWLRVQGNIEHDKYKDDLVLTANAVVEIKPKPTIDRVALQIKAVKSD KIQLGREIKNNEPVTPMRSVSEFSTNGPVVFEGYVFKGELREIKSRKTGNISYLLEFEMTDYTSSFYVQKWLRGEEEIQL AKQIKAGLWCRVRGNVQRDNFKNDLVLQLTDLIEIPTQNVREDKSDEKRVEFHAHTNMSQMDAIPSASSLVAQAAKWGHK AIAITDHGGLQSFPEAHSAGKKNGVKIIYGVEANLVEDKIPIVYNETDVDMYESTYVVFDVETTGLSAVHNDLIQIAATK MHKGNPIDEFDEFINPGYRLSEFTTELTGITDDHVKNAKPLYEVLTKFQKFCEGTILVAHNATFDVGFMNMNYSRNGLPI ITQPVVDTLEFARNLYPEMKRFGLGQLTKKFQIGLEHHHMANFDAEATGRLLFVFLEELRTRNTGWTSLLELNDKLVSED SYKKVRPKHVTLYAKTQEGLKNLFKIVSFGNVKYYAGLPRVPRSVLEANREGLLVGSACEIGEVFDAAINKTFEETLEIA KFYDFIEVFPPALYRSLVVGGSFKSEKELEQTLKDLIKIGKTLGKPVLATGNLHYLNPEDAIYREIIVRSLGLGAEINWT QGHGEHAKPLPLPEAHFRTTDEMLEAFSFLDEKTAREIVIDNTQKMADEFDVLTPVRDDLYTPKMVFDGGETSEERIVRL TYEKAHEWYGNPLPDIIDARLEKELRSILGNGFSVVYIISQELVKRSNDRGYIVGSRGSVGSSLVATMIGITEVNPLAPH YRCPECQYFECYDDGSFGSGYDMPDKNCPKCDHKLIKDGHDIPFETFLGFKGDKVPDIDLNFSGDDQPLAHLDVRDIFGE DYAFRAGTIGTVAEKTAFGFVKGYERDYDQFYGNAEIDRLAAGSTGVKRTTGQHPGGIIVIPNYMDVYDFSPVQFPADDV NAEWQTTHFDFHAIHDNILKLDILGHDDPTMIRKLQSLSGIVPQDIPMDDPGVMKLFTGTESLGLTEEQLGVKLGTLGIP EMGTFTSMNMIAEAKPKNFADLLQISGLSHGTDVWSGNAQDLIRSGIADLSSVIGCRDDIMVYLIHKGLENGLAFTIMER VRKGMWNKIPAEEREKYVEAMREHDVPEWYIESCSKIKYMFPKAHAAAYIMMALRVAYFKVHHPILYYCAWFSIRATAFD IGVMGAGLEAVKAKMKEIKDKGFDATNVETNLYTTLELCNEMLERGFTFGKIDLYRSEATEFVIDGDTLIPPFVTMDGLG ENVAKQIVAARAEGEFLSKMELRKRGGVSQTIIENMTNMGVLEGMPDDNQLSLFDDFF >Mature_1658_residues MRNEILFAKDRKNKIKGQKNMENLFEKLMEQIKMPPNLRRSSQFEHADIENVEVHTASKLWHFQLIFDEILPIDTYKLLT ELTETAFSTIARTEISVSSRNQNIDEQNLNDYYQYALTLPELCDSAFSSIFKKYHLEKEEEKIHLMVEDNPQMDFFVEKY FPILEEKFKSFGFGEVRITPLVDQELTETQAAAHAEKVAARLAAQTAEQAQISEIKKQRSEERESKNTREAKPEFVETAL SDGIFFGRKISGQSPITSMSFIAGEGFGVIFEGLVFEAAHREFTGKESGKVNHILELKMADETSTFMISKWGRKDEEIAQ FDQIVSTVKAMNEKIIADRTDGEDNFTDSLSDALWLRVQGNIEHDKYKDDLVLTANAVVEIKPKPTIDRVALQIKAVKSD KIQLGREIKNNEPVTPMRSVSEFSTNGPVVFEGYVFKGELREIKSRKTGNISYLLEFEMTDYTSSFYVQKWLRGEEEIQL AKQIKAGLWCRVRGNVQRDNFKNDLVLQLTDLIEIPTQNVREDKSDEKRVEFHAHTNMSQMDAIPSASSLVAQAAKWGHK AIAITDHGGLQSFPEAHSAGKKNGVKIIYGVEANLVEDKIPIVYNETDVDMYESTYVVFDVETTGLSAVHNDLIQIAATK MHKGNPIDEFDEFINPGYRLSEFTTELTGITDDHVKNAKPLYEVLTKFQKFCEGTILVAHNATFDVGFMNMNYSRNGLPI ITQPVVDTLEFARNLYPEMKRFGLGQLTKKFQIGLEHHHMANFDAEATGRLLFVFLEELRTRNTGWTSLLELNDKLVSED SYKKVRPKHVTLYAKTQEGLKNLFKIVSFGNVKYYAGLPRVPRSVLEANREGLLVGSACEIGEVFDAAINKTFEETLEIA KFYDFIEVFPPALYRSLVVGGSFKSEKELEQTLKDLIKIGKTLGKPVLATGNLHYLNPEDAIYREIIVRSLGLGAEINWT QGHGEHAKPLPLPEAHFRTTDEMLEAFSFLDEKTAREIVIDNTQKMADEFDVLTPVRDDLYTPKMVFDGGETSEERIVRL TYEKAHEWYGNPLPDIIDARLEKELRSILGNGFSVVYIISQELVKRSNDRGYIVGSRGSVGSSLVATMIGITEVNPLAPH YRCPECQYFECYDDGSFGSGYDMPDKNCPKCDHKLIKDGHDIPFETFLGFKGDKVPDIDLNFSGDDQPLAHLDVRDIFGE DYAFRAGTIGTVAEKTAFGFVKGYERDYDQFYGNAEIDRLAAGSTGVKRTTGQHPGGIIVIPNYMDVYDFSPVQFPADDV NAEWQTTHFDFHAIHDNILKLDILGHDDPTMIRKLQSLSGIVPQDIPMDDPGVMKLFTGTESLGLTEEQLGVKLGTLGIP EMGTFTSMNMIAEAKPKNFADLLQISGLSHGTDVWSGNAQDLIRSGIADLSSVIGCRDDIMVYLIHKGLENGLAFTIMER VRKGMWNKIPAEEREKYVEAMREHDVPEWYIESCSKIKYMFPKAHAAAYIMMALRVAYFKVHHPILYYCAWFSIRATAFD IGVMGAGLEAVKAKMKEIKDKGFDATNVETNLYTTLELCNEMLERGFTFGKIDLYRSEATEFVIDGDTLIPPFVTMDGLG ENVAKQIVAARAEGEFLSKMELRKRGGVSQTIIENMTNMGVLEGMPDDNQLSLFDDFF
Specific function: Required for replicative DNA synthesis. This DNA polymerase also exhibits 3' to 5' exonuclease activity [H]
COG id: COG2176
COG function: function code L; DNA polymerase III, alpha subunit (gram-positive type)
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 exonuclease domain [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786381, Length=787, Percent_Identity=23.5069885641677, Blast_Score=120, Evalue=9e-28,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011708 - InterPro: IPR006054 - InterPro: IPR006055 - InterPro: IPR013520 - InterPro: IPR016027 - InterPro: IPR004013 - InterPro: IPR003141 - InterPro: IPR006308 - InterPro: IPR012337 [H]
Pfam domain/function: PF07733 DNA_pol3_alpha; PF00929 Exonuc_X-T; PF02811 PHP [H]
EC number: =2.7.7.7 [H]
Molecular weight: Translated: 187376; Mature: 187376
Theoretical pI: Translated: 4.92; Mature: 4.92
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.8 %Cys (Translated Protein) 2.8 %Met (Translated Protein) 3.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.8 %Cys (Mature Protein) 2.8 %Met (Mature Protein) 3.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRNEILFAKDRKNKIKGQKNMENLFEKLMEQIKMPPNLRRSSQFEHADIENVEVHTASKL CCCCEEEECCCCHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEHHHH WHFQLIFDEILPIDTYKLLTELTETAFSTIARTEISVSSRNQNIDEQNLNDYYQYALTLP HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH ELCDSAFSSIFKKYHLEKEEEKIHLMVEDNPQMDFFVEKYFPILEEKFKSFGFGEVRITP HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEE LVDQELTETQAAAHAEKVAARLAAQTAEQAQISEIKKQRSEERESKNTREAKPEFVETAL CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHH SDGIFFGRKISGQSPITSMSFIAGEGFGVIFEGLVFEAAHREFTGKESGKVNHILELKMA HCCCEECCEECCCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEEC DETSTFMISKWGRKDEEIAQFDQIVSTVKAMNEKIIADRTDGEDNFTDSLSDALWLRVQG CCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCHHHHHCCEEEEEEEC NIEHDKYKDDLVLTANAVVEIKPKPTIDRVALQIKAVKSDKIQLGREIKNNEPVTPMRSV CCCCCCCCCCEEEEECEEEEECCCCCHHHHHEEEEECCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHH SEFSTNGPVVFEGYVFKGELREIKSRKTGNISYLLEFEMTDYTSSFYVQKWLRGEEEIQL 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