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The map label for this gene is clpB [H]

Identifier: 88658213

GI number: 88658213

Start: 357222

End: 359795

Strand: Direct

Name: clpB [H]

Synonym: ECH_0367

Alternate gene names: 88658213

Gene position: 357222-359795 (Clockwise)

Preceding gene: 88658066

Following gene: 88658513

Centisome position: 30.37

GC content: 33.29

Gene sequence:

>2574_bases
ATGGATCTCAATCAATTTACTGATATGTCAAAGAATTTAATAATGCAGGCGCAAACTACAGCAATTGCATCAGGGCATCA
ATCTTTGATACCAGAGCATTTACTTAAAGTAATGTTAGATACTAAAGATGAGCTTATTGAGCTGTTGCTGACTTCATGTG
GATGTGATATTGATAAGATATACAGTGATATAAAACTCTCCTTAAGTAAATTACCTGTTGTAAGTGGAAGTGGTAGTGGT
CATATACATTTATCAAAAGAAATGGCTCAGGTTTTAGAAGAAGCTATTAGTTTAGCAAAAAGGAATCAGGATACTTATGT
AACTGTGGAGAGATTATTACAAGCTCTTGCAGTTGTTAAAGACACTAGTGTTTACAAGATACTACTTGCACATGGAGTAA
CTCCTGTTAAGTTAGAATCACTAATACTTAATATGCGTAATGGATCTAAGGCTGATACTATTAATGCTGAACATAAATTT
AATGCTCTGAAAAAATATGCTAAAGATATTACAGAATCTGCCATGGCTGGGAAACTTGATCCAGTTATTGGAAGAGATGA
AGAGATTAGACGTACAATGCAAGTTTTATCACGCAGAACAAAGAATAATCCTGTATTAATTGGAGAACCTGGAGTTGGTA
AGACAGCAATTATTGAAGGATTGGCACAGCGTATTGTGGTAGGTGATGTTCCTGTTGGACTAAGAAATGCAAAAATAATG
GCACTGGATCTTGGAATGCTTGTTGCTGGAACAAAATATAGAGGGGAATTTGAGGAAAGATTAAAATATGTAATTAATGA
AATAGTGGCGTCAAATGGTGCGGTTATATTGTTTATTGATGAATTACACACATTAGTTGGAGCTGGTGCTACAGATGGTG
CAATGGATGCATCGAACTTGTTAAAACCTGCTTTAGCAAGGGGTGAAATACATTGTATAGGAGCAACAACATTGGATGAA
TATAGGCAACACATAGAAAAAGATGCTGCATTGGCTAGAAGGTTTCAACCTGTGTTTGTTTCTGAATCTACTGTTAATGA
TACTATCTCTATTTTGCGTGGATTGAAAGAAAAATATGAAGTACACCATGGTATTAGGATTATGGATAGTGCGATTATTG
CTGCTTCAACTTTGTCAAATCGTTATATTACAGATAGGTTTTTACCAGATAAAGCTATAGATCTAATTGATGAAGCAGCA
AGTCGTGTAAGAATAGAGATTGATAGTAAACCTGAGGTAATTGACGAATTAGATAGAAAAATTATTCAATTGAAGATTGA
GGCTGGAGTTTTAGAAAAAGAAAATACTGAATCTTCAAAACAGCGTTTAGCCCAATTAAGTGAAGAATTGAATAAATTAA
GTATTCAAGCAACAGAATTAAATAGTAAGTGGCAGGCTGAGAAAATGAAGATATTAAAAATGCAAGAATGTGTGGAAAAG
TTAGATAATGCAAGAAATGATTTAGAAAAAGCTCAAAGGTCTGGTAATTTGGCAAAAGCTGGCGAATTGATGTATGGAAT
TATCCCAGAACTTGAAAAAGAGTTAAAAAAATGTGAAAAACCTAGTAGTAACATGTTGAAAAGGGAAGTGACTGAAAGTG
ATATAGCAAGTATTGTATCACGGTGGACAGGTATTCCTATTGAAAACATGATGAGCAGTGAAAAAGAAAAATTGCTGCGT
ATGGAAGAAGAGATAGGGAAAACAGTCATTGGTCAAGAAAGTGCTATTAAAGCAGTAAGTGATGCTGTTAGAAGATCGCG
TGCAGGAGTACAAGATGCCAATAAACCATTAGGATCTTTTTTATTCCTTGGACCTACTGGAGTAGGAAAAACAGAATTAG
TAAAAACATTAGCTGAATTTTTATTTTGTGATAAATCTGCTTTATTGAGGTTTGATATGTCTGAGTTTATGGAAAAGCAT
GCTGTATCTCGGTTAATAGGTGCTCCTCCAGGATATGTAGGATATGATCAAGGTGGTATGTTGACTGAATCTGTGAGGAG
GAGACCTTATCAAGTTATACTTTTTGATGAAATAGAGAAAGCACATGGAGATATTTTTAATATTTTATTGCAAGTATTAG
ATGAGGGACGGTTAACTGATAACCATGGTAAATTGGTTGATTTTCGTAATACAATACTGGTTTTAACATCAAACTTAGGA
CAAGAAATACTGATTAATAATAAGGAAGATGTTGATGGAGAGTCAGTAAAAAAATCTATAACTAGTGTGTTACAACATCA
TTTTCGGCCAGAATTTTTAAACAGATTAGATGAAATTATTGTATTTCATAGATTAACTAAGGAACATATAGAGAAAATTA
TAGATGTACAATTTTCTCTGTTACAGAAAATTGTTGCTCAAAAAGAGTTAGAGATTAGTTTATCTTCGGAGGCAAAATCT
TGGTTGATGAATAATGGCTATGATTCGTTATATGGGGCAAGACCTTTGAAAAGATTAATACAACAAAAAATACAAAATAG
TTTAGCAAAGTTAATACTTGCAAATCAAGTTAGTAAGGGAGATAAGCTAGAAGTAGTTTTGTTGAATGACGATTTAATTA
TTAATAAGTTATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TATTAATAAAAAAATATCTTAGTAATAAAATTATAAAAACACCTTTAATTTTTATAAATAATGTTTATATGTAAGTTAGA
TCATTTAGGTGAGGCTAGTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATTAATAATAATATTATCATATGGAATTTGCTGAAAGTATATTGAGTTTCATTTGTACAATAGTGAAATGCTTATTGACC
TTTGTAGTAGTGCATAATAG

Product: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 857; Mature: 857

Protein sequence:

>857_residues
MDLNQFTDMSKNLIMQAQTTAIASGHQSLIPEHLLKVMLDTKDELIELLLTSCGCDIDKIYSDIKLSLSKLPVVSGSGSG
HIHLSKEMAQVLEEAISLAKRNQDTYVTVERLLQALAVVKDTSVYKILLAHGVTPVKLESLILNMRNGSKADTINAEHKF
NALKKYAKDITESAMAGKLDPVIGRDEEIRRTMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIVVGDVPVGLRNAKIM
ALDLGMLVAGTKYRGEFEERLKYVINEIVASNGAVILFIDELHTLVGAGATDGAMDASNLLKPALARGEIHCIGATTLDE
YRQHIEKDAALARRFQPVFVSESTVNDTISILRGLKEKYEVHHGIRIMDSAIIAASTLSNRYITDRFLPDKAIDLIDEAA
SRVRIEIDSKPEVIDELDRKIIQLKIEAGVLEKENTESSKQRLAQLSEELNKLSIQATELNSKWQAEKMKILKMQECVEK
LDNARNDLEKAQRSGNLAKAGELMYGIIPELEKELKKCEKPSSNMLKREVTESDIASIVSRWTGIPIENMMSSEKEKLLR
MEEEIGKTVIGQESAIKAVSDAVRRSRAGVQDANKPLGSFLFLGPTGVGKTELVKTLAEFLFCDKSALLRFDMSEFMEKH
AVSRLIGAPPGYVGYDQGGMLTESVRRRPYQVILFDEIEKAHGDIFNILLQVLDEGRLTDNHGKLVDFRNTILVLTSNLG
QEILINNKEDVDGESVKKSITSVLQHHFRPEFLNRLDEIIVFHRLTKEHIEKIIDVQFSLLQKIVAQKELEISLSSEAKS
WLMNNGYDSLYGARPLKRLIQQKIQNSLAKLILANQVSKGDKLEVVLLNDDLIINKL

Sequences:

>Translated_857_residues
MDLNQFTDMSKNLIMQAQTTAIASGHQSLIPEHLLKVMLDTKDELIELLLTSCGCDIDKIYSDIKLSLSKLPVVSGSGSG
HIHLSKEMAQVLEEAISLAKRNQDTYVTVERLLQALAVVKDTSVYKILLAHGVTPVKLESLILNMRNGSKADTINAEHKF
NALKKYAKDITESAMAGKLDPVIGRDEEIRRTMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIVVGDVPVGLRNAKIM
ALDLGMLVAGTKYRGEFEERLKYVINEIVASNGAVILFIDELHTLVGAGATDGAMDASNLLKPALARGEIHCIGATTLDE
YRQHIEKDAALARRFQPVFVSESTVNDTISILRGLKEKYEVHHGIRIMDSAIIAASTLSNRYITDRFLPDKAIDLIDEAA
SRVRIEIDSKPEVIDELDRKIIQLKIEAGVLEKENTESSKQRLAQLSEELNKLSIQATELNSKWQAEKMKILKMQECVEK
LDNARNDLEKAQRSGNLAKAGELMYGIIPELEKELKKCEKPSSNMLKREVTESDIASIVSRWTGIPIENMMSSEKEKLLR
MEEEIGKTVIGQESAIKAVSDAVRRSRAGVQDANKPLGSFLFLGPTGVGKTELVKTLAEFLFCDKSALLRFDMSEFMEKH
AVSRLIGAPPGYVGYDQGGMLTESVRRRPYQVILFDEIEKAHGDIFNILLQVLDEGRLTDNHGKLVDFRNTILVLTSNLG
QEILINNKEDVDGESVKKSITSVLQHHFRPEFLNRLDEIIVFHRLTKEHIEKIIDVQFSLLQKIVAQKELEISLSSEAKS
WLMNNGYDSLYGARPLKRLIQQKIQNSLAKLILANQVSKGDKLEVVLLNDDLIINKL
>Mature_857_residues
MDLNQFTDMSKNLIMQAQTTAIASGHQSLIPEHLLKVMLDTKDELIELLLTSCGCDIDKIYSDIKLSLSKLPVVSGSGSG
HIHLSKEMAQVLEEAISLAKRNQDTYVTVERLLQALAVVKDTSVYKILLAHGVTPVKLESLILNMRNGSKADTINAEHKF
NALKKYAKDITESAMAGKLDPVIGRDEEIRRTMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIVVGDVPVGLRNAKIM
ALDLGMLVAGTKYRGEFEERLKYVINEIVASNGAVILFIDELHTLVGAGATDGAMDASNLLKPALARGEIHCIGATTLDE
YRQHIEKDAALARRFQPVFVSESTVNDTISILRGLKEKYEVHHGIRIMDSAIIAASTLSNRYITDRFLPDKAIDLIDEAA
SRVRIEIDSKPEVIDELDRKIIQLKIEAGVLEKENTESSKQRLAQLSEELNKLSIQATELNSKWQAEKMKILKMQECVEK
LDNARNDLEKAQRSGNLAKAGELMYGIIPELEKELKKCEKPSSNMLKREVTESDIASIVSRWTGIPIENMMSSEKEKLLR
MEEEIGKTVIGQESAIKAVSDAVRRSRAGVQDANKPLGSFLFLGPTGVGKTELVKTLAEFLFCDKSALLRFDMSEFMEKH
AVSRLIGAPPGYVGYDQGGMLTESVRRRPYQVILFDEIEKAHGDIFNILLQVLDEGRLTDNHGKLVDFRNTILVLTSNLG
QEILINNKEDVDGESVKKSITSVLQHHFRPEFLNRLDEIIVFHRLTKEHIEKIIDVQFSLLQKIVAQKELEISLSSEAKS
WLMNNGYDSLYGARPLKRLIQQKIQNSLAKLILANQVSKGDKLEVVLLNDDLIINKL

Specific function: Part of a stress-induced multi-chaperone system, it is involved in the recovery of the cell from heat-induced damage, in cooperation with DnaK, DnaJ and GrpE. Acts before DnaK, in the processing of protein aggregates. Protein binding stimulates the ATPase

COG id: COG0542

COG function: function code O; ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm (Probable) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the clpA/clpB family [H]

Homologues:

Organism=Homo sapiens, GI13540606, Length=320, Percent_Identity=35.3125, Blast_Score=201, Evalue=2e-51,
Organism=Escherichia coli, GI1788943, Length=859, Percent_Identity=55.1804423748545, Blast_Score=954, Evalue=0.0,
Organism=Escherichia coli, GI1787109, Length=329, Percent_Identity=45.5927051671732, Blast_Score=283, Evalue=2e-77,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6320464, Length=708, Percent_Identity=54.0960451977401, Blast_Score=776, Evalue=0.0,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6323002, Length=872, Percent_Identity=41.1697247706422, Blast_Score=655, Evalue=0.0,

Paralogues:

None

Copy number: 560 Molecules/Cell In: Glucose minimal media [C]

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003593
- InterPro:   IPR013093
- InterPro:   IPR003959
- InterPro:   IPR018368
- InterPro:   IPR017730
- InterPro:   IPR001270
- InterPro:   IPR019489
- InterPro:   IPR004176
- InterPro:   IPR023150 [H]

Pfam domain/function: PF00004 AAA; PF07724 AAA_2; PF02861 Clp_N; PF10431 ClpB_D2-small [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 95549; Mature: 95549

Theoretical pI: Translated: 6.53; Mature: 6.53

Prosite motif: PS00870 CLPAB_1 ; PS00871 CLPAB_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
3.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
3.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MDLNQFTDMSKNLIMQAQTTAIASGHQSLIPEHLLKVMLDTKDELIELLLTSCGCDIDKI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHH
YSDIKLSLSKLPVVSGSGSGHIHLSKEMAQVLEEAISLAKRNQDTYVTVERLLQALAVVK
HHHHHHHHHHCCEEECCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
DTSVYKILLAHGVTPVKLESLILNMRNGSKADTINAEHKFNALKKYAKDITESAMAGKLD
CCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PVIGRDEEIRRTMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIVVGDVPVGLRNAKIM
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCEEE
ALDLGMLVAGTKYRGEFEERLKYVINEIVASNGAVILFIDELHTLVGAGATDGAMDASNL
EEEHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHH
LKPALARGEIHCIGATTLDEYRQHIEKDAALARRFQPVFVSESTVNDTISILRGLKEKYE
HHHHHHCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHHGIRIMDSAIIAASTLSNRYITDRFLPDKAIDLIDEAASRVRIEIDSKPEVIDELDRK
HHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHH
IIQLKIEAGVLEKENTESSKQRLAQLSEELNKLSIQATELNSKWQAEKMKILKMQECVEK
HHEEEHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LDNARNDLEKAQRSGNLAKAGELMYGIIPELEKELKKCEKPSSNMLKREVTESDIASIVS
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
RWTGIPIENMMSSEKEKLLRMEEEIGKTVIGQESAIKAVSDAVRRSRAGVQDANKPLGSF
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCE
LFLGPTGVGKTELVKTLAEFLFCDKSALLRFDMSEFMEKHAVSRLIGAPPGYVGYDQGGM
EEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCC
LTESVRRRPYQVILFDEIEKAHGDIFNILLQVLDEGRLTDNHGKLVDFRNTILVLTSNLG
CHHHHHCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEECCEEEEEECCCC
QEILINNKEDVDGESVKKSITSVLQHHFRPEFLNRLDEIIVFHRLTKEHIEKIIDVQFSL
CCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LQKIVAQKELEISLSSEAKSWLMNNGYDSLYGARPLKRLIQQKIQNSLAKLILANQVSKG
HHHHHHHHHHHEEEHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
DKLEVVLLNDDLIINKL
CCEEEEEECCCEEEECC
>Mature Secondary Structure
MDLNQFTDMSKNLIMQAQTTAIASGHQSLIPEHLLKVMLDTKDELIELLLTSCGCDIDKI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHH
YSDIKLSLSKLPVVSGSGSGHIHLSKEMAQVLEEAISLAKRNQDTYVTVERLLQALAVVK
HHHHHHHHHHCCEEECCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
DTSVYKILLAHGVTPVKLESLILNMRNGSKADTINAEHKFNALKKYAKDITESAMAGKLD
CCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PVIGRDEEIRRTMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIVVGDVPVGLRNAKIM
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCEEE
ALDLGMLVAGTKYRGEFEERLKYVINEIVASNGAVILFIDELHTLVGAGATDGAMDASNL
EEEHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHH
LKPALARGEIHCIGATTLDEYRQHIEKDAALARRFQPVFVSESTVNDTISILRGLKEKYE
HHHHHHCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHHGIRIMDSAIIAASTLSNRYITDRFLPDKAIDLIDEAASRVRIEIDSKPEVIDELDRK
HHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHH
IIQLKIEAGVLEKENTESSKQRLAQLSEELNKLSIQATELNSKWQAEKMKILKMQECVEK
HHEEEHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LDNARNDLEKAQRSGNLAKAGELMYGIIPELEKELKKCEKPSSNMLKREVTESDIASIVS
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
RWTGIPIENMMSSEKEKLLRMEEEIGKTVIGQESAIKAVSDAVRRSRAGVQDANKPLGSF
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCE
LFLGPTGVGKTELVKTLAEFLFCDKSALLRFDMSEFMEKHAVSRLIGAPPGYVGYDQGGM
EEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCC
LTESVRRRPYQVILFDEIEKAHGDIFNILLQVLDEGRLTDNHGKLVDFRNTILVLTSNLG
CHHHHHCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEECCEEEEEECCCC
QEILINNKEDVDGESVKKSITSVLQHHFRPEFLNRLDEIIVFHRLTKEHIEKIIDVQFSL
CCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LQKIVAQKELEISLSSEAKSWLMNNGYDSLYGARPLKRLIQQKIQNSLAKLILANQVSKG
HHHHHHHHHHHEEEHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
DKLEVVLLNDDLIINKL
CCEEEEEECCCEEEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: Hydrolase; Acting on peptide bonds (Peptidases); Serine endopeptidases [C]

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA