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The map label for this gene is ccmF [H]

Identifier: 88657620

GI number: 88657620

Start: 127065

End: 129002

Strand: Direct

Name: ccmF [H]

Synonym: ECH_0137

Alternate gene names: 88657620

Gene position: 127065-129002 (Clockwise)

Preceding gene: 88658487

Following gene: 88657580

Centisome position: 10.8

GC content: 28.9

Gene sequence:

>1938_bases
ATGGTTAGTTTAATAGAGCTCCCGCTTTTAATGGCGTGTGTATTTTCAGTAGTTTATCCATTTGTTGTTAATATATCTTT
CTGTTGGTCGAAAGTACTGACAATGTTGATATTTATACTGACAAGTTCTGCTGTTGGATTGTTGTTGTATATACACATTG
TTGATGATTTTTCATTTTGTAATGTATACTATAATTCACATACGACTAAACACTTATTGTATAAAATATTTGGTATTTGG
GGTAATTATGAAGGTTCTATTCTATTGTGGGTGTGGATAATAAGTCTATATAGTTTATTATTAGAGATTTTACTTGATAA
AGATGATTTCAAAAGAATATCCATTTCAATACAACATGTAATTAACTTTGGATTCTTGTTATTTACCTTGGTAGCATCTA
ATCCTTTTATGAAGATGCCTACTGTTGAATATGAAGGATTGGGCTTTAATCCTATATTACAGGATACAGGGTTAATGGTG
CATCCTCCTATTTTATATTTAGGATATGTAGGATTTAGTGTAGTATTCTCACTTGCTGTAGCTGGGATAATTCTCCAAAA
AGATAGTGTAGAATGGGCAATGATTATAAATAAATGGGCTCTAGTTGCATGGTCTTTTTTGACTTTAGGAATAGGATTAG
GTAGTTGGTGGGCATATCGAGAATTAGGTTGGGGAGGATTTTGGTTTTGGGATCCAGTTGAGAATGTATCACTTATGCCA
TGGTTACTGGGTACAGCTTTAATTCATTTACTGCCTTTAGTGAGAAAATTTAACCTGTTCTATAATTCTGCAGTTTTATT
ATCAATTTGTTCGTTTGTAATGAGTCTAATTGGTACATTTTTAGTAAGGTCTGGTGTTTTGGTATCTGTTCATACTTTTG
CTAATGATCCAGAACATGGATTCTATATATTAATGTTAATTGGAATAATAATTAGTAGTGGAATAATAAGTTTTATTTGT
TTTACGAAGAAAACTCAGAAAAGAGAATATGATTTTTTATTGTTATCGAAAGTTACAATGTTGTTGTTCAACAATGTTCT
ACTGTTAACAGCATTTGCTATAGTGTTTATTGGTACTATATATCCTGTTATATTAGAGTTTATCACTGGAGATGTTATTG
CTGTAGGAGCTCCATATTATAATACTCTATTTAATTATTTGATATTCTGTACTTTAATATTAATGATAATTACTTTAGGA
TTGGATGAGGAAAGAAATAAAATTTTAATAAAGAATTTCAAGTTTTCTGGATTTGTAGTTTTATTGATTTTTCCTTTCAT
GATAGATAATAATTTTTTTATTGTTTTAATACTTTTATTATCAGTTTTTTTATTTTTATCAGTGTTGGAAGCATACTATA
GAAAAATAAAAATATTTACAGTGTCATTTTCTGAAACTATAAAATTGGCTAAATCTTGCTCTAAAAAATATTATTCTATG
CTAATAGCACATATGGGTGTTGCTGTATTTATGTTTGGAATCATTGGTTCTATTGTATGGGGTGAAACCTATGAACTTTA
TATGAAGGACAATAGTTTGATTAATGTAAAAAACTTTCAAGTTGTTTTATCTGGATTATCTTTTGTAAAAAATAAAAATT
ACGATGCTATTCGTGGAAGATTTTTAATAGTAAAATCTGGTGAAGTGTTGGGTAAAGTATTTCCTGAAAATAGGTTCTAT
GTAGTTGAGGGAGTAAGAAATGCTGAAAGTGCTATATATCGACATTGGCTATCTGATATTTATATTGTAATTGGTGATAT
AGATAAGGTGAAAGGTATAGCAGTAAAAGTGTATTATAAACCTTATATAAATTTAATATGGATGGGATTTTTGTTAGTAG
CATTTGGTGGCGTTATAGGATTGTTATCTAGTCATATTATTACAAAGAAATCTTTAGTACTTGAAACATCAAAAACCAAT
GGTGCTTCTTGTACATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATATCAATTATTGGTTCTCTATAAAGCTACACTTTGCAAGTTTTAATTAAAGCCTTATAATAGATAATTCTTATTTTTTG
AATATTATTAAGAAGTTATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AAAATATGGAGTGACGTGTTGTAAGTATGGAAGTTCAAGTATATCACCAAATCTGCCGTTATTCAAAGCAGAATTGTGTT
AAATATTACATAGAATCAAA

Product: cytochrome c-type biogenesis protein CcmF

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 645; Mature: 645

Protein sequence:

>645_residues
MVSLIELPLLMACVFSVVYPFVVNISFCWSKVLTMLIFILTSSAVGLLLYIHIVDDFSFCNVYYNSHTTKHLLYKIFGIW
GNYEGSILLWVWIISLYSLLLEILLDKDDFKRISISIQHVINFGFLLFTLVASNPFMKMPTVEYEGLGFNPILQDTGLMV
HPPILYLGYVGFSVVFSLAVAGIILQKDSVEWAMIINKWALVAWSFLTLGIGLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMP
WLLGTALIHLLPLVRKFNLFYNSAVLLSICSFVMSLIGTFLVRSGVLVSVHTFANDPEHGFYILMLIGIIISSGIISFIC
FTKKTQKREYDFLLLSKVTMLLFNNVLLLTAFAIVFIGTIYPVILEFITGDVIAVGAPYYNTLFNYLIFCTLILMIITLG
LDEERNKILIKNFKFSGFVVLLIFPFMIDNNFFIVLILLLSVFLFLSVLEAYYRKIKIFTVSFSETIKLAKSCSKKYYSM
LIAHMGVAVFMFGIIGSIVWGETYELYMKDNSLINVKNFQVVLSGLSFVKNKNYDAIRGRFLIVKSGEVLGKVFPENRFY
VVEGVRNAESAIYRHWLSDIYIVIGDIDKVKGIAVKVYYKPYINLIWMGFLLVAFGGVIGLLSSHIITKKSLVLETSKTN
GASCT

Sequences:

>Translated_645_residues
MVSLIELPLLMACVFSVVYPFVVNISFCWSKVLTMLIFILTSSAVGLLLYIHIVDDFSFCNVYYNSHTTKHLLYKIFGIW
GNYEGSILLWVWIISLYSLLLEILLDKDDFKRISISIQHVINFGFLLFTLVASNPFMKMPTVEYEGLGFNPILQDTGLMV
HPPILYLGYVGFSVVFSLAVAGIILQKDSVEWAMIINKWALVAWSFLTLGIGLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMP
WLLGTALIHLLPLVRKFNLFYNSAVLLSICSFVMSLIGTFLVRSGVLVSVHTFANDPEHGFYILMLIGIIISSGIISFIC
FTKKTQKREYDFLLLSKVTMLLFNNVLLLTAFAIVFIGTIYPVILEFITGDVIAVGAPYYNTLFNYLIFCTLILMIITLG
LDEERNKILIKNFKFSGFVVLLIFPFMIDNNFFIVLILLLSVFLFLSVLEAYYRKIKIFTVSFSETIKLAKSCSKKYYSM
LIAHMGVAVFMFGIIGSIVWGETYELYMKDNSLINVKNFQVVLSGLSFVKNKNYDAIRGRFLIVKSGEVLGKVFPENRFY
VVEGVRNAESAIYRHWLSDIYIVIGDIDKVKGIAVKVYYKPYINLIWMGFLLVAFGGVIGLLSSHIITKKSLVLETSKTN
GASCT
>Mature_645_residues
MVSLIELPLLMACVFSVVYPFVVNISFCWSKVLTMLIFILTSSAVGLLLYIHIVDDFSFCNVYYNSHTTKHLLYKIFGIW
GNYEGSILLWVWIISLYSLLLEILLDKDDFKRISISIQHVINFGFLLFTLVASNPFMKMPTVEYEGLGFNPILQDTGLMV
HPPILYLGYVGFSVVFSLAVAGIILQKDSVEWAMIINKWALVAWSFLTLGIGLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMP
WLLGTALIHLLPLVRKFNLFYNSAVLLSICSFVMSLIGTFLVRSGVLVSVHTFANDPEHGFYILMLIGIIISSGIISFIC
FTKKTQKREYDFLLLSKVTMLLFNNVLLLTAFAIVFIGTIYPVILEFITGDVIAVGAPYYNTLFNYLIFCTLILMIITLG
LDEERNKILIKNFKFSGFVVLLIFPFMIDNNFFIVLILLLSVFLFLSVLEAYYRKIKIFTVSFSETIKLAKSCSKKYYSM
LIAHMGVAVFMFGIIGSIVWGETYELYMKDNSLINVKNFQVVLSGLSFVKNKNYDAIRGRFLIVKSGEVLGKVFPENRFY
VVEGVRNAESAIYRHWLSDIYIVIGDIDKVKGIAVKVYYKPYINLIWMGFLLVAFGGVIGLLSSHIITKKSLVLETSKTN
GASCT

Specific function: Required for the biogenesis of c-type cytochromes. Possible subunit of a heme lyase [H]

COG id: COG1138

COG function: function code O; Cytochrome c biogenesis factor

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the ccmF/cycK/ccl1/nrfE/ccsA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1788524, Length=617, Percent_Identity=34.6839546191248, Blast_Score=338, Evalue=6e-94,
Organism=Escherichia coli, GI1790511, Length=356, Percent_Identity=39.3258426966292, Blast_Score=217, Evalue=1e-57,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002541
- InterPro:   IPR003567
- InterPro:   IPR003568 [H]

Pfam domain/function: PF01578 Cytochrom_C_asm [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 73248; Mature: 73248

Theoretical pI: Translated: 8.72; Mature: 8.72

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.2 %Cys     (Translated Protein)
2.8 %Met     (Translated Protein)
4.0 %Cys+Met (Translated Protein)
1.2 %Cys     (Mature Protein)
2.8 %Met     (Mature Protein)
4.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MVSLIELPLLMACVFSVVYPFVVNISFCWSKVLTMLIFILTSSAVGLLLYIHIVDDFSFC
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
NVYYNSHTTKHLLYKIFGIWGNYEGSILLWVWIISLYSLLLEILLDKDDFKRISISIQHV
EEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
INFGFLLFTLVASNPFMKMPTVEYEGLGFNPILQDTGLMVHPPILYLGYVGFSVVFSLAV
HHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCEECCCCCCCHHHCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AGIILQKDSVEWAMIINKWALVAWSFLTLGIGLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMP
HHHHEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCHHH
WLLGTALIHLLPLVRKFNLFYNSAVLLSICSFVMSLIGTFLVRSGVLVSVHTFANDPEHG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCC
FYILMLIGIIISSGIISFICFTKKTQKREYDFLLLSKVTMLLFNNVLLLTAFAIVFIGTI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YPVILEFITGDVIAVGAPYYNTLFNYLIFCTLILMIITLGLDEERNKILIKNFKFSGFVV
HHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCCHH
LLIFPFMIDNNFFIVLILLLSVFLFLSVLEAYYRKIKIFTVSFSETIKLAKSCSKKYYSM
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIAHMGVAVFMFGIIGSIVWGETYELYMKDNSLINVKNFQVVLSGLSFVKNKNYDAIRGR
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCCE
FLIVKSGEVLGKVFPENRFYVVEGVRNAESAIYRHWLSDIYIVIGDIDKVKGIAVKVYYK
EEEEECCCHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCEEEEEEEC
PYINLIWMGFLLVAFGGVIGLLSSHIITKKSLVLETSKTNGASCT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MVSLIELPLLMACVFSVVYPFVVNISFCWSKVLTMLIFILTSSAVGLLLYIHIVDDFSFC
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
NVYYNSHTTKHLLYKIFGIWGNYEGSILLWVWIISLYSLLLEILLDKDDFKRISISIQHV
EEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
INFGFLLFTLVASNPFMKMPTVEYEGLGFNPILQDTGLMVHPPILYLGYVGFSVVFSLAV
HHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCEECCCCCCCHHHCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AGIILQKDSVEWAMIINKWALVAWSFLTLGIGLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMP
HHHHEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCHHH
WLLGTALIHLLPLVRKFNLFYNSAVLLSICSFVMSLIGTFLVRSGVLVSVHTFANDPEHG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCC
FYILMLIGIIISSGIISFICFTKKTQKREYDFLLLSKVTMLLFNNVLLLTAFAIVFIGTI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YPVILEFITGDVIAVGAPYYNTLFNYLIFCTLILMIITLGLDEERNKILIKNFKFSGFVV
HHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCCHH
LLIFPFMIDNNFFIVLILLLSVFLFLSVLEAYYRKIKIFTVSFSETIKLAKSCSKKYYSM
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIAHMGVAVFMFGIIGSIVWGETYELYMKDNSLINVKNFQVVLSGLSFVKNKNYDAIRGR
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCCE
FLIVKSGEVLGKVFPENRFYVVEGVRNAESAIYRHWLSDIYIVIGDIDKVKGIAVKVYYK
EEEEECCCHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCEEEEEEEC
PYINLIWMGFLLVAFGGVIGLLSSHIITKKSLVLETSKTNGASCT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 7715601; 12597275 [H]