| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
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The map label for this gene is 18311509
Identifier: 18311509
GI number: 18311509
Start: 2893448
End: 2895163
Strand: Reverse
Name: 18311509
Synonym: CPE2527
Alternate gene names: NA
Gene position: 2895163-2893448 (Counterclockwise)
Preceding gene: 18311510
Following gene: 18311506
Centisome position: 95.5
GC content: 32.23
Gene sequence:
>1716_bases ATGAGAAACAAAACTAGATTTAAAGTTTTTCTAACGGTTTTTGCAATGACAATGTTATGCTCAACCTTAGTCTTTGCTGC TGAAGATGCTGCGGCAGTAAACTCAGTTAAGTTTGGAATGTGGACAGTGCTACCACCATTAGTGTCAATTGTATTAGCTT TTTTAACTAAGAATGTTGTAGTTTCATTATTCATAGGAACAATTACAGGATGTATAATGCTTCAATTAAATGGATTTAAT ATAATTACAGCTTTAGCTCAAGGATTTATTGATTTTACTTATAGAGCTTTAAATTCCTTAGCGGATCCTTGGAATGCAGG GATAATTCTTCAGGTTTTAGTTATTGGAGGAGTAATTCATTTAGTAGCTAAAATGGGAGGCGCAAAGGCCATAGCTGAAG CTTTAGCAAGAAAGGCTAAAACTGTTAAGAGTGCACAACTTACAACTTGGCTTTTAGGCTTAGCTGTTTTCTTTGATGAT TATGCTAACTCATTAATTGTAGGACCAATAATGAGACCAGTTACAGATAAATTAGGAGTTTCAAGGGAAAAATTAGCCTT TGTTATAGATGCAACAGCAGCTCCAATTGCAGGGTTAGCAATAATATCAACTTGGATAGGATTAGAGGTTGGATTAATTG GAGATGCTTTAAAAAGTGTAGGAATACAAGCAGATGGTTTTGGAGTATTTTTAGAAACAATACCATATAGATTTTATAAT ATATTAATTTTAGCTTTTGTTGTTATATCAGCAATAACTTTAAGAGAATTTGGACCAATGCTTAAAGCTGAGAGAAGAGC TAGAAGAGGAGAAGTTTTATCTGATACAGAAATTTCATCAGATAGTGAAGATTTAGAACCTATAGAAGGAATTAAATTAA GTGTTTGGAATGCAATAATTCCAATTGGAGTTTTAATAGTATCATCTTTAATAGGATTTTATTATAGTGGATGGGTAACT ATAATGGGTGGAGAAGATTTAGCCATAATAGAGCTTATGAATAATACACCTTTTAGTTTTGCTGGAATACAAGCAGCCTT TTCAAATGCAGATGCTTCAGTAGTTTTATTCCAATCAGCTTTATTAGCAACTATATTAGCTCTTATATTAGGAGTTTCTA GAAAAATCTTTACTATTTCAGAAGGAATAGGAATTTGGATTGAAGGAATGAAAGGACTTTTAATAACAGGAGTAATTCTT ATATTAGCTTGGTCTTTAAGTTCTGTAATTAAAGAATTAGGAACTGCTTCCTACTTAGTAGGAGTATTATCAGATGCAAT ACCAGCATTTTTATTACCAGCAATAATATTTATTTTAGGTTCAATAATAGCCTTTGCTACAGGTACGGCTTATGGAACAA TGGGAATATTAATGCCACTTGCAATTCCATTAGCCTTTGCAATAAATCCAGAATGGAATTTTGTTATAGTAAGTACCTCA GCAGTATTAACAGGTGCCATCTTTGGAGATCATTGTTCACCTATTTCTGATACCACAATACTTTCTTCAACAGGTGCAGG ATGCGATCATATAGAACACGTTAGAACTCAAATATGGTATGCGATATTTGTTGGAATAGTAACTGTATTATTTGGATATA TTCCAGCTGGTTTAGGATTAAGTATTTTCATAGTGTTACCTTTATCCTTAGTAGCTTTATTCATATTAACAATGATATTT GGTAAAAAAGTAGATGAAAAAGTAGTTAGCAATTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases GATCAAGCCTAAGGTCTTTTTTGCAGAAATTTTATAATAAGAAAAAATAAGGGAATACCTCTGTAAATTAATTCACTGCA TATTTAAGGGGGAATTTATA
Downstream 100 bases:
>100_bases AAAGGACATGTACCAAAATAACTTTTTATAAAACTTACAAATATTATGAAGAGAATATCTAGATGAGCTTTAGAATTTAA ATTATTACGTAGAAAATATC
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 571; Mature: 571
Protein sequence:
>571_residues MRNKTRFKVFLTVFAMTMLCSTLVFAAEDAAAVNSVKFGMWTVLPPLVSIVLAFLTKNVVVSLFIGTITGCIMLQLNGFN IITALAQGFIDFTYRALNSLADPWNAGIILQVLVIGGVIHLVAKMGGAKAIAEALARKAKTVKSAQLTTWLLGLAVFFDD YANSLIVGPIMRPVTDKLGVSREKLAFVIDATAAPIAGLAIISTWIGLEVGLIGDALKSVGIQADGFGVFLETIPYRFYN ILILAFVVISAITLREFGPMLKAERRARRGEVLSDTEISSDSEDLEPIEGIKLSVWNAIIPIGVLIVSSLIGFYYSGWVT IMGGEDLAIIELMNNTPFSFAGIQAAFSNADASVVLFQSALLATILALILGVSRKIFTISEGIGIWIEGMKGLLITGVIL ILAWSLSSVIKELGTASYLVGVLSDAIPAFLLPAIIFILGSIIAFATGTAYGTMGILMPLAIPLAFAINPEWNFVIVSTS AVLTGAIFGDHCSPISDTTILSSTGAGCDHIEHVRTQIWYAIFVGIVTVLFGYIPAGLGLSIFIVLPLSLVALFILTMIF GKKVDEKVVSN
Sequences:
>Translated_571_residues MRNKTRFKVFLTVFAMTMLCSTLVFAAEDAAAVNSVKFGMWTVLPPLVSIVLAFLTKNVVVSLFIGTITGCIMLQLNGFN IITALAQGFIDFTYRALNSLADPWNAGIILQVLVIGGVIHLVAKMGGAKAIAEALARKAKTVKSAQLTTWLLGLAVFFDD YANSLIVGPIMRPVTDKLGVSREKLAFVIDATAAPIAGLAIISTWIGLEVGLIGDALKSVGIQADGFGVFLETIPYRFYN ILILAFVVISAITLREFGPMLKAERRARRGEVLSDTEISSDSEDLEPIEGIKLSVWNAIIPIGVLIVSSLIGFYYSGWVT IMGGEDLAIIELMNNTPFSFAGIQAAFSNADASVVLFQSALLATILALILGVSRKIFTISEGIGIWIEGMKGLLITGVIL ILAWSLSSVIKELGTASYLVGVLSDAIPAFLLPAIIFILGSIIAFATGTAYGTMGILMPLAIPLAFAINPEWNFVIVSTS AVLTGAIFGDHCSPISDTTILSSTGAGCDHIEHVRTQIWYAIFVGIVTVLFGYIPAGLGLSIFIVLPLSLVALFILTMIF GKKVDEKVVSN >Mature_571_residues MRNKTRFKVFLTVFAMTMLCSTLVFAAEDAAAVNSVKFGMWTVLPPLVSIVLAFLTKNVVVSLFIGTITGCIMLQLNGFN IITALAQGFIDFTYRALNSLADPWNAGIILQVLVIGGVIHLVAKMGGAKAIAEALARKAKTVKSAQLTTWLLGLAVFFDD YANSLIVGPIMRPVTDKLGVSREKLAFVIDATAAPIAGLAIISTWIGLEVGLIGDALKSVGIQADGFGVFLETIPYRFYN ILILAFVVISAITLREFGPMLKAERRARRGEVLSDTEISSDSEDLEPIEGIKLSVWNAIIPIGVLIVSSLIGFYYSGWVT IMGGEDLAIIELMNNTPFSFAGIQAAFSNADASVVLFQSALLATILALILGVSRKIFTISEGIGIWIEGMKGLLITGVIL ILAWSLSSVIKELGTASYLVGVLSDAIPAFLLPAIIFILGSIIAFATGTAYGTMGILMPLAIPLAFAINPEWNFVIVSTS AVLTGAIFGDHCSPISDTTILSSTGAGCDHIEHVRTQIWYAIFVGIVTVLFGYIPAGLGLSIFIVLPLSLVALFILTMIF GKKVDEKVVSN
Specific function: Unknown
COG id: COG1757
COG function: function code C; Na+/H+ antiporter
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR018461 [H]
Pfam domain/function: PF03553 Na_H_antiporter [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 60900; Mature: 60900
Theoretical pI: Translated: 5.47; Mature: 5.47
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.7 %Cys (Translated Protein) 2.5 %Met (Translated Protein) 3.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.7 %Cys (Mature Protein) 2.5 %Met (Mature Protein) 3.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRNKTRFKVFLTVFAMTMLCSTLVFAAEDAAAVNSVKFGMWTVLPPLVSIVLAFLTKNVV CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VSLFIGTITGCIMLQLNGFNIITALAQGFIDFTYRALNSLADPWNAGIILQVLVIGGVIH HHHHHHHHHHHHEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH LVAKMGGAKAIAEALARKAKTVKSAQLTTWLLGLAVFFDDYANSLIVGPIMRPVTDKLGV HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHCC SREKLAFVIDATAAPIAGLAIISTWIGLEVGLIGDALKSVGIQADGFGVFLETIPYRFYN CHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH ILILAFVVISAITLREFGPMLKAERRARRGEVLSDTEISSDSEDLEPIEGIKLSVWNAII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH PIGVLIVSSLIGFYYSGWVTIMGGEDLAIIELMNNTPFSFAGIQAAFSNADASVVLFQSA HHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH LLATILALILGVSRKIFTISEGIGIWIEGMKGLLITGVILILAWSLSSVIKELGTASYLV HHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHH GVLSDAIPAFLLPAIIFILGSIIAFATGTAYGTMGILMPLAIPLAFAINPEWNFVIVSTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCEEEEECH AVLTGAIFGDHCSPISDTTILSSTGAGCDHIEHVRTQIWYAIFVGIVTVLFGYIPAGLGL HHHHHHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH SIFIVLPLSLVALFILTMIFGKKVDEKVVSN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MRNKTRFKVFLTVFAMTMLCSTLVFAAEDAAAVNSVKFGMWTVLPPLVSIVLAFLTKNVV CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VSLFIGTITGCIMLQLNGFNIITALAQGFIDFTYRALNSLADPWNAGIILQVLVIGGVIH HHHHHHHHHHHHEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH LVAKMGGAKAIAEALARKAKTVKSAQLTTWLLGLAVFFDDYANSLIVGPIMRPVTDKLGV HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHCC SREKLAFVIDATAAPIAGLAIISTWIGLEVGLIGDALKSVGIQADGFGVFLETIPYRFYN CHHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH ILILAFVVISAITLREFGPMLKAERRARRGEVLSDTEISSDSEDLEPIEGIKLSVWNAII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH PIGVLIVSSLIGFYYSGWVTIMGGEDLAIIELMNNTPFSFAGIQAAFSNADASVVLFQSA HHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH LLATILALILGVSRKIFTISEGIGIWIEGMKGLLITGVILILAWSLSSVIKELGTASYLV HHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHH GVLSDAIPAFLLPAIIFILGSIIAFATGTAYGTMGILMPLAIPLAFAINPEWNFVIVSTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCEEEEECH AVLTGAIFGDHCSPISDTTILSSTGAGCDHIEHVRTQIWYAIFVGIVTVLFGYIPAGLGL HHHHHHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH SIFIVLPLSLVALFILTMIFGKKVDEKVVSN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7542800 [H]