| Definition | Shewanella halifaxensis HAW-EB4 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010334 |
| Length | 5,226,917 |
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The map label for this gene is 167622506
Identifier: 167622506
GI number: 167622506
Start: 679313
End: 682120
Strand: Direct
Name: 167622506
Synonym: Shal_0566
Alternate gene names: NA
Gene position: 679313-682120 (Clockwise)
Preceding gene: 167622504
Following gene: 167622507
Centisome position: 13.0
GC content: 48.72
Gene sequence:
>2808_bases ATGGCCCAGTTTGATAAGTATGTTTCCATCGTTGTCGATCCAAGTTCTGCAGAGAGTATTGCCAATGCACTGGCCGAGTA TCGCCAGCGCCTAGAGAACGGTTCGGCGTTTCGCTTAACCATGAACCTGTTACTCAATGTGCAGTTTATTAAGCCTGACG GCAGCGCTTTGACTTTGGACGATGCTGGGAGTAACCACGCTTTGGTAGAGCAGGCCATTAATGCCTGTCGCGATGAACAG AAGTTGAGCTATATCAGCGAGCCTGTGTTGTTTGGTGCTGCGTTAAACTTCTCCGAGTTGATACCTGCGGTGGTTGAAAC GATTGAAGCTTTGGTGGCGTTTGCTCGTAGCCGTAACGATTCTAACGATCTCTGGATAGATGACTGCAACGCGCTCGGTA TCGAAGCCTTGTATATGCTGATAGAAAGCGATGCTTCTTATAGCCCGCTGCTAGGTCGCTTCCTTGTGCCTTACTGGGAT ACCCAGACCATGACTGCACCGCTGTGCTTGCTTAGCAATTTAGTTAACAAGCATGGCTGGAGCCGTGATTTGATCAAGGC TTATGTGTGGTGCGATGGGGCTGAGGTGCGCCGCTACTTCTATGAAAGCGACTCTTTTGAAGATGAGGGTTATAACGCGG CGCAGCCAGACTTGTTAGCGCACCTACAATCTCACCCTGACGATTACAGCTATTTTAAACATGAGCTATTAGCGCGATTG CAGATCAGCCCTATTTTGGTGTTTGCTGACGAGTCGACCTCTCTAGCAGAGATGTTGTTTGAATATTATGACAGCATGGG CGTTTGGTCTGTGGGATGCGAGCGCTGGGAGCTAGAAGAACAGCAAGAAGAGTGGCAAGACAGGGTAAAGCAGCAGCTTA TTTGTGGCGCTAAAGTTGAAGACGAAATCATAGCGTTGGCGGCAACGCTCACTGAAACTCGCAACGAGTCTGAGTATTTC TCGGTAGCAGAAGCTCAGTTAAATGGGCTTGATAACGCTTATCAGGTTTGGATGGAGCCGGCTGAAGTTGAAGCAGAGGA AGAAAGTGAACAAGAATCCCTGTCTGAACTAGCACAAGTAGAGCCGATTTTGTGGGATGAAAAAAGCGGCCGTTCATTCT TTAGCTGTCTCAACCCAAGACTCGAACTGCTGACGCAAAACCGTCTTGAGCGCCTGAGTGATGAGCTTGGTTATCGCGGT GGTCTAGAGATTGTTGAAGCCTTACCTTATATGCCGCTGCATCTAGGTAGTAGTGCTTATCTTGCACATAGGTTGCTCCA GCAACCAAGTTTTGCGGAGCGTGATGCGATTGAGCAATGGCTTGAGCTGCACTTGAGTAAGCTACTCACTGATTTTGTCC TCAAGTATTGCGATGTAGCAGAAGCTGATACTGAGGTGTTACGCCAGTGGCTGACGTATGTAGAAAAGTCTGGTGTTGGC TCTGATGCTGAAGCTACTCAACAGAACGACGCAGAAATGATCGAGCTGGTGCGCGCTGGCATGGCAAAAGATGGAGGTAA GTCTGGGCCTGAAATTAGCGCGAAACAGGCGGCTTATTGGACCTTGTTTAACTATGATGGTGGTCAACGCTGCATGTTAA CCACCTTGTTATTACAAAGCGCGGGTAAACTAAATCAGGGTGAAGGTTCTAGCCCAGTCGTGCAGCTAGCCAAAAGGCAC TGGCAACTCTGGCTATCGATTGCACCCCAGCGAGTGATAAATCGCATTGTAAAATTTAAGGCCGATTACCCGCTTTATGC CGCGATTAATGATCAAGATACCGAGACTGCTTTATTCAATTTATTGCATCAACATGGCGTATCTGAAGCCATGCTTGAGG CTTTTACTCTGATGACAGATCAACAAGTCGCTGATTACCGCCCAGCCGATCCTAGATTTGCCCGCCGCTACACTGACAAA GTTGCGCAATATGCGGCATTAGATAGTGCAGATACCAGCATGATAGGGCGTCAGCAGCTAAAGCAATTTGAGACGCTATT ACAGCAACTTGAGTATTGCCGTGAAGATCAGGTTTTGGAATTTTTTCAGCATGTTAAGGCGGTTAACCCTGAGATTGAGT TACCGATAATGCCGATGTTTGAAGCGGCTTTAATCAATACGCTAAAAGAAGATTTTGACGATGCTACCGCGCAAACTGTG TATGACAAACTGATGGCCTATCTTGTCAGCGGTGAAGGCTTACAGGAGTTGAGCCCACAGGCGCTGAAATTATCAAAACT TCAGGGGTGGAACCCCTATCCTATGTATCGCGGCAAAGTGGGGCCTGCCGATTTTGTCTGGCTGCTGCCAAGTGAAATGG CAGAGCATTTGACGCTGTTTTTAGCACAGTTAGGTAAGCGTGGTCTGCACTGGCTGGGTCGATGCTCTGTGGAGGAGGCC TATGTGACCTCTAGAATCCAAAGCGGTGAAATCACAATGGCAGAGCGTTGGAGTCACTGCGAGGTCGGCAATGAGCGCCA TGGAGATTGTGATATGGACAGTGCACTGGATGTGGCTAAACAAAGCTGGGCATTAAATTGGCTCGACAGGGCAGGAGTAC CGGAAACATCGCTAGTGTACTTTGCCGTACACGAGGGCTACGAACAGCAGGAGTTTGTACTCAGGTTGGCAGCTGAAAAC CGCTTGCCGGATATGCAAGATAGGCTGACGGCGAATGAACGAGTGCAACTACTCGAGATGCTGCAAGGCGCTGAGTCACT GACCGACATCACTGCACAGAGCTTCTTGCAGGACTGTTCTAGCGCAGTAAAACAGTTGGCGGGAAAGTTATTTAGTAACC GCTCTTAG
Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases TTGCTGACAGTTCTGGGTGGCTTTATTACAGCTGTTATTATAACAATGCTGTGATTAAGCTGTAATAAAGCCATCCTCTG CAATCATCTTTAAAAAGGCT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 935; Mature: 934
Protein sequence:
>935_residues MAQFDKYVSIVVDPSSAESIANALAEYRQRLENGSAFRLTMNLLLNVQFIKPDGSALTLDDAGSNHALVEQAINACRDEQ KLSYISEPVLFGAALNFSELIPAVVETIEALVAFARSRNDSNDLWIDDCNALGIEALYMLIESDASYSPLLGRFLVPYWD TQTMTAPLCLLSNLVNKHGWSRDLIKAYVWCDGAEVRRYFYESDSFEDEGYNAAQPDLLAHLQSHPDDYSYFKHELLARL QISPILVFADESTSLAEMLFEYYDSMGVWSVGCERWELEEQQEEWQDRVKQQLICGAKVEDEIIALAATLTETRNESEYF SVAEAQLNGLDNAYQVWMEPAEVEAEEESEQESLSELAQVEPILWDEKSGRSFFSCLNPRLELLTQNRLERLSDELGYRG GLEIVEALPYMPLHLGSSAYLAHRLLQQPSFAERDAIEQWLELHLSKLLTDFVLKYCDVAEADTEVLRQWLTYVEKSGVG SDAEATQQNDAEMIELVRAGMAKDGGKSGPEISAKQAAYWTLFNYDGGQRCMLTTLLLQSAGKLNQGEGSSPVVQLAKRH WQLWLSIAPQRVINRIVKFKADYPLYAAINDQDTETALFNLLHQHGVSEAMLEAFTLMTDQQVADYRPADPRFARRYTDK VAQYAALDSADTSMIGRQQLKQFETLLQQLEYCREDQVLEFFQHVKAVNPEIELPIMPMFEAALINTLKEDFDDATAQTV YDKLMAYLVSGEGLQELSPQALKLSKLQGWNPYPMYRGKVGPADFVWLLPSEMAEHLTLFLAQLGKRGLHWLGRCSVEEA YVTSRIQSGEITMAERWSHCEVGNERHGDCDMDSALDVAKQSWALNWLDRAGVPETSLVYFAVHEGYEQQEFVLRLAAEN RLPDMQDRLTANERVQLLEMLQGAESLTDITAQSFLQDCSSAVKQLAGKLFSNRS
Sequences:
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Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 105742; Mature: 105611
Theoretical pI: Translated: 4.28; Mature: 4.28
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.5 %Cys (Translated Protein) 2.5 %Met (Translated Protein) 4.0 %Cys+Met (Translated Protein) 1.5 %Cys (Mature Protein) 2.4 %Met (Mature Protein) 3.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAQFDKYVSIVVDPSSAESIANALAEYRQRLENGSAFRLTMNLLLNVQFIKPDGSALTLD CCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEHEEEEEECCCCCEEEEC DAGSNHALVEQAINACRDEQKLSYISEPVLFGAALNFSELIPAVVETIEALVAFARSRND CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC SNDLWIDDCNALGIEALYMLIESDASYSPLLGRFLVPYWDTQTMTAPLCLLSNLVNKHGW CCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC SRDLIKAYVWCDGAEVRRYFYESDSFEDEGYNAAQPDLLAHLQSHPDDYSYFKHELLARL CHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH QISPILVFADESTSLAEMLFEYYDSMGVWSVGCERWELEEQQEEWQDRVKQQLICGAKVE CCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCH DEIIALAATLTETRNESEYFSVAEAQLNGLDNAYQVWMEPAEVEAEEESEQESLSELAQV HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHC EPILWDEKSGRSFFSCLNPRLELLTQNRLERLSDELGYRGGLEIVEALPYMPLHLGSSAY CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCEECCCHHH LAHRLLQQPSFAERDAIEQWLELHLSKLLTDFVLKYCDVAEADTEVLRQWLTYVEKSGVG HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC SDAEATQQNDAEMIELVRAGMAKDGGKSGPEISAKQAAYWTLFNYDGGQRCMLTTLLLQS CCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHH AGKLNQGEGSSPVVQLAKRHWQLWLSIAPQRVINRIVKFKADYPLYAAINDQDTETALFN CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHH LLHQHGVSEAMLEAFTLMTDQQVADYRPADPRFARRYTDKVAQYAALDSADTSMIGRQQL HHHHHCHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHH KQFETLLQQLEYCREDQVLEFFQHVKAVNPEIELPIMPMFEAALINTLKEDFDDATAQTV HHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YDKLMAYLVSGEGLQELSPQALKLSKLQGWNPYPMYRGKVGPADFVWLLPSEMAEHLTLF HHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECHHHHHHHHHHH LAQLGKRGLHWLGRCSVEEAYVTSRIQSGEITMAERWSHCEVGNERHGDCDMDSALDVAK HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH QSWALNWLDRAGVPETSLVYFAVHEGYEQQEFVLRLAAENRLPDMQDRLTANERVQLLEM HHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCHHHHHHHHHH LQGAESLTDITAQSFLQDCSSAVKQLAGKLFSNRS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >Mature Secondary Structure AQFDKYVSIVVDPSSAESIANALAEYRQRLENGSAFRLTMNLLLNVQFIKPDGSALTLD CCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEHEEEEEECCCCCEEEEC DAGSNHALVEQAINACRDEQKLSYISEPVLFGAALNFSELIPAVVETIEALVAFARSRND CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC SNDLWIDDCNALGIEALYMLIESDASYSPLLGRFLVPYWDTQTMTAPLCLLSNLVNKHGW CCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC SRDLIKAYVWCDGAEVRRYFYESDSFEDEGYNAAQPDLLAHLQSHPDDYSYFKHELLARL CHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH QISPILVFADESTSLAEMLFEYYDSMGVWSVGCERWELEEQQEEWQDRVKQQLICGAKVE CCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCH DEIIALAATLTETRNESEYFSVAEAQLNGLDNAYQVWMEPAEVEAEEESEQESLSELAQV HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHC EPILWDEKSGRSFFSCLNPRLELLTQNRLERLSDELGYRGGLEIVEALPYMPLHLGSSAY CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCEECCCHHH LAHRLLQQPSFAERDAIEQWLELHLSKLLTDFVLKYCDVAEADTEVLRQWLTYVEKSGVG HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC SDAEATQQNDAEMIELVRAGMAKDGGKSGPEISAKQAAYWTLFNYDGGQRCMLTTLLLQS CCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHH AGKLNQGEGSSPVVQLAKRHWQLWLSIAPQRVINRIVKFKADYPLYAAINDQDTETALFN CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHH LLHQHGVSEAMLEAFTLMTDQQVADYRPADPRFARRYTDKVAQYAALDSADTSMIGRQQL HHHHHCHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHH KQFETLLQQLEYCREDQVLEFFQHVKAVNPEIELPIMPMFEAALINTLKEDFDDATAQTV HHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YDKLMAYLVSGEGLQELSPQALKLSKLQGWNPYPMYRGKVGPADFVWLLPSEMAEHLTLF HHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECHHHHHHHHHHH LAQLGKRGLHWLGRCSVEEAYVTSRIQSGEITMAERWSHCEVGNERHGDCDMDSALDVAK HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH QSWALNWLDRAGVPETSLVYFAVHEGYEQQEFVLRLAAENRLPDMQDRLTANERVQLLEM HHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCHHHHHHHHHH LQGAESLTDITAQSFLQDCSSAVKQLAGKLFSNRS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA