| Definition | Rickettsia conorii str. Malish 7, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003103 |
| Length | 1,268,755 |
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The map label for this gene is sca2
Identifier: 15892033
GI number: 15892033
Start: 105109
End: 110496
Strand: Reverse
Name: sca2
Synonym: RC0110
Alternate gene names: 15892033
Gene position: 110496-105109 (Counterclockwise)
Preceding gene: 15892041
Following gene: 15892028
Centisome position: 8.71
GC content: 30.85
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
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Product: 190 kD antigen precursor
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1795; Mature: 1795
Protein sequence:
>1795_residues MNLQNSHSKKYVLTFFMSTCLLTSSFLSTSARAASFKDLVSKTPAWEKHNSTQQQNIWKDLTPNEKIKKWQEAALVPSFT QAQNDLGIKYKETDLSSFLDNTRHKARQARAEILLYIERVKQQDFDTKKQAYINQGVVPTDIEAATNLGISYDPSKIDNN VEHDQKVRRAEKDKKAVIELYVSSINRGIKYKHYVDNDIIPEIQEVRTALNMNKDDAQSFVASIRTEIMENAKGQYIADS HIPTEKELKKKFGISRDDNRDGYIKSIRLKVMDKEKPQYIADSHIPTEKELEQKFGADKGEATNYIASIATQMMLDKKSY YIDNNIIPNADELMNEFKIGPVKATSYINQIRAGIEANQFLNNNDTTKPSTGRSQKKSGSKNDHWYMSNQSINNTGTSAR IVTGREKKQRYFFDPISTFKTYFNTKASKGNLTQSQHNINRIIQQEENIEEFKNLIKTDPIAALTLQVDSSYKQEAVTTI LSDFNDDTIQRVLFSNDKGKLDFNTNIDVKNRPILQELLENSSSEEKTKFAERIQDYATRNISNSQFEEKARLDLIKLAA SKDKSSVENFLTLQLELKNRMQPYVVNSVYILTPEIVKEINIELKNKGLIRDSLTKDYMIKLAKEVNNHTLNSVIKVILS DSKILSNETNKILGLAVSNNANNLEQTQSGIPNPPPLPLNGGIPNPPPLPLNGSMPPPPLHSQGFSSNSKHFDLNQLQTE YPHIHSLYVQFTHNTTVQSKAPLQPTASSATSTGRSTPETAYAKLYAEYRTETGGTKANDLQDQLIKRQADLTNVIRQIL TESYANQGADEKTLLNLFSISTPEIAEKAKEAFNTLAQDQYIKDITVNGKKTITSEEIIKNLFNEDTDDAIKRILLSSCK ISEELKRPIKLEFNKSELIRELQGKQNPFKQLEFAYINTKNFDQDIFGNRIDELINNPNILTIVQQATFLTKEDTNLRKT INSDQAQAKLDDLRTAILSTIKIEELITANLPQHDFIAIVKEKDPELLKEFLKATTLTVTGNNNLDQLRLALPSFTGMSN EQIRILSNKLKMSIILKALKECSQEKATQYIHTGNMPPPPPPPPPLPDSQDLELAYLKSLGITKANTSTFKTTPKTYHFS SDIALRYKEFTLSGQKSAGYKAKYSDADLLKKAIVESVAFEHSKNLSKAHQNNKYFEQIQKAVNTMYSSFIGHRTELEQK IHNIYTSKLLELTKDKEFIKYVEDNIILNKKLTKAFTSADSDFIDSRTELEQKIHNIYIQQLTKYPEEEVKEAFNTASLD FIGPRTEIGQEVHNIYKSQLLELTKDTELCLFTQQVLAEATELEQKYGSDIQSENSNNEKKVERLDQEKLQLFKQENEAT NDESSTKDDTQPEDSNKKSEQSDSKTALSPRLLSSNDSKNDKSSDDKKSLLALRSSDEDDTGYATDEEELEESNSTTDEE LKKDVVLESEDEAIDVSFKTEAITEQDEVTQRQQVSDDTSGKVAILVQATSTLHKPVHYNINDRLTVAAIGAGDEETSIN RGVWISGLYGINKQRIWKNIPKYQNRTTGITIGTDAEFINSHDVIGIAYSRLESQIKYNKKLGKTTVNGHLLSIYSLKEL IKGFSLQTITSYGHNYIKNRSKNINNIIGKYQNNSLSFQTLLNYKYRTKYDLHFIPNIGFQYDYSRASNYKEYNVDIENL MIQKKSNQLFESSLGGKIVFKPIVTTNNIVLTPSLYGNIEHHFNNKNTKVNAKATFKGQTLQETIITLKQPKLGYNIGSN ILMSRKNINVLLEYNYYTHRKYQSHQGLIKLKVNL
Sequences:
>Translated_1795_residues MNLQNSHSKKYVLTFFMSTCLLTSSFLSTSARAASFKDLVSKTPAWEKHNSTQQQNIWKDLTPNEKIKKWQEAALVPSFT QAQNDLGIKYKETDLSSFLDNTRHKARQARAEILLYIERVKQQDFDTKKQAYINQGVVPTDIEAATNLGISYDPSKIDNN VEHDQKVRRAEKDKKAVIELYVSSINRGIKYKHYVDNDIIPEIQEVRTALNMNKDDAQSFVASIRTEIMENAKGQYIADS HIPTEKELKKKFGISRDDNRDGYIKSIRLKVMDKEKPQYIADSHIPTEKELEQKFGADKGEATNYIASIATQMMLDKKSY YIDNNIIPNADELMNEFKIGPVKATSYINQIRAGIEANQFLNNNDTTKPSTGRSQKKSGSKNDHWYMSNQSINNTGTSAR IVTGREKKQRYFFDPISTFKTYFNTKASKGNLTQSQHNINRIIQQEENIEEFKNLIKTDPIAALTLQVDSSYKQEAVTTI LSDFNDDTIQRVLFSNDKGKLDFNTNIDVKNRPILQELLENSSSEEKTKFAERIQDYATRNISNSQFEEKARLDLIKLAA SKDKSSVENFLTLQLELKNRMQPYVVNSVYILTPEIVKEINIELKNKGLIRDSLTKDYMIKLAKEVNNHTLNSVIKVILS DSKILSNETNKILGLAVSNNANNLEQTQSGIPNPPPLPLNGGIPNPPPLPLNGSMPPPPLHSQGFSSNSKHFDLNQLQTE YPHIHSLYVQFTHNTTVQSKAPLQPTASSATSTGRSTPETAYAKLYAEYRTETGGTKANDLQDQLIKRQADLTNVIRQIL TESYANQGADEKTLLNLFSISTPEIAEKAKEAFNTLAQDQYIKDITVNGKKTITSEEIIKNLFNEDTDDAIKRILLSSCK ISEELKRPIKLEFNKSELIRELQGKQNPFKQLEFAYINTKNFDQDIFGNRIDELINNPNILTIVQQATFLTKEDTNLRKT INSDQAQAKLDDLRTAILSTIKIEELITANLPQHDFIAIVKEKDPELLKEFLKATTLTVTGNNNLDQLRLALPSFTGMSN EQIRILSNKLKMSIILKALKECSQEKATQYIHTGNMPPPPPPPPPLPDSQDLELAYLKSLGITKANTSTFKTTPKTYHFS SDIALRYKEFTLSGQKSAGYKAKYSDADLLKKAIVESVAFEHSKNLSKAHQNNKYFEQIQKAVNTMYSSFIGHRTELEQK IHNIYTSKLLELTKDKEFIKYVEDNIILNKKLTKAFTSADSDFIDSRTELEQKIHNIYIQQLTKYPEEEVKEAFNTASLD FIGPRTEIGQEVHNIYKSQLLELTKDTELCLFTQQVLAEATELEQKYGSDIQSENSNNEKKVERLDQEKLQLFKQENEAT NDESSTKDDTQPEDSNKKSEQSDSKTALSPRLLSSNDSKNDKSSDDKKSLLALRSSDEDDTGYATDEEELEESNSTTDEE LKKDVVLESEDEAIDVSFKTEAITEQDEVTQRQQVSDDTSGKVAILVQATSTLHKPVHYNINDRLTVAAIGAGDEETSIN RGVWISGLYGINKQRIWKNIPKYQNRTTGITIGTDAEFINSHDVIGIAYSRLESQIKYNKKLGKTTVNGHLLSIYSLKEL IKGFSLQTITSYGHNYIKNRSKNINNIIGKYQNNSLSFQTLLNYKYRTKYDLHFIPNIGFQYDYSRASNYKEYNVDIENL MIQKKSNQLFESSLGGKIVFKPIVTTNNIVLTPSLYGNIEHHFNNKNTKVNAKATFKGQTLQETIITLKQPKLGYNIGSN ILMSRKNINVLLEYNYYTHRKYQSHQGLIKLKVNL >Mature_1795_residues MNLQNSHSKKYVLTFFMSTCLLTSSFLSTSARAASFKDLVSKTPAWEKHNSTQQQNIWKDLTPNEKIKKWQEAALVPSFT QAQNDLGIKYKETDLSSFLDNTRHKARQARAEILLYIERVKQQDFDTKKQAYINQGVVPTDIEAATNLGISYDPSKIDNN VEHDQKVRRAEKDKKAVIELYVSSINRGIKYKHYVDNDIIPEIQEVRTALNMNKDDAQSFVASIRTEIMENAKGQYIADS HIPTEKELKKKFGISRDDNRDGYIKSIRLKVMDKEKPQYIADSHIPTEKELEQKFGADKGEATNYIASIATQMMLDKKSY YIDNNIIPNADELMNEFKIGPVKATSYINQIRAGIEANQFLNNNDTTKPSTGRSQKKSGSKNDHWYMSNQSINNTGTSAR IVTGREKKQRYFFDPISTFKTYFNTKASKGNLTQSQHNINRIIQQEENIEEFKNLIKTDPIAALTLQVDSSYKQEAVTTI LSDFNDDTIQRVLFSNDKGKLDFNTNIDVKNRPILQELLENSSSEEKTKFAERIQDYATRNISNSQFEEKARLDLIKLAA SKDKSSVENFLTLQLELKNRMQPYVVNSVYILTPEIVKEINIELKNKGLIRDSLTKDYMIKLAKEVNNHTLNSVIKVILS DSKILSNETNKILGLAVSNNANNLEQTQSGIPNPPPLPLNGGIPNPPPLPLNGSMPPPPLHSQGFSSNSKHFDLNQLQTE YPHIHSLYVQFTHNTTVQSKAPLQPTASSATSTGRSTPETAYAKLYAEYRTETGGTKANDLQDQLIKRQADLTNVIRQIL TESYANQGADEKTLLNLFSISTPEIAEKAKEAFNTLAQDQYIKDITVNGKKTITSEEIIKNLFNEDTDDAIKRILLSSCK ISEELKRPIKLEFNKSELIRELQGKQNPFKQLEFAYINTKNFDQDIFGNRIDELINNPNILTIVQQATFLTKEDTNLRKT INSDQAQAKLDDLRTAILSTIKIEELITANLPQHDFIAIVKEKDPELLKEFLKATTLTVTGNNNLDQLRLALPSFTGMSN EQIRILSNKLKMSIILKALKECSQEKATQYIHTGNMPPPPPPPPPLPDSQDLELAYLKSLGITKANTSTFKTTPKTYHFS SDIALRYKEFTLSGQKSAGYKAKYSDADLLKKAIVESVAFEHSKNLSKAHQNNKYFEQIQKAVNTMYSSFIGHRTELEQK IHNIYTSKLLELTKDKEFIKYVEDNIILNKKLTKAFTSADSDFIDSRTELEQKIHNIYIQQLTKYPEEEVKEAFNTASLD FIGPRTEIGQEVHNIYKSQLLELTKDTELCLFTQQVLAEATELEQKYGSDIQSENSNNEKKVERLDQEKLQLFKQENEAT NDESSTKDDTQPEDSNKKSEQSDSKTALSPRLLSSNDSKNDKSSDDKKSLLALRSSDEDDTGYATDEEELEESNSTTDEE LKKDVVLESEDEAIDVSFKTEAITEQDEVTQRQQVSDDTSGKVAILVQATSTLHKPVHYNINDRLTVAAIGAGDEETSIN RGVWISGLYGINKQRIWKNIPKYQNRTTGITIGTDAEFINSHDVIGIAYSRLESQIKYNKKLGKTTVNGHLLSIYSLKEL IKGFSLQTITSYGHNYIKNRSKNINNIIGKYQNNSLSFQTLLNYKYRTKYDLHFIPNIGFQYDYSRASNYKEYNVDIENL MIQKKSNQLFESSLGGKIVFKPIVTTNNIVLTPSLYGNIEHHFNNKNTKVNAKATFKGQTLQETIITLKQPKLGYNIGSN ILMSRKNINVLLEYNYYTHRKYQSHQGLIKLKVNL
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cell outer membrane
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): SCA2_RICCN (Q92JF7)
Other databases:
- EMBL: AE006914 - PIR: F97713 - RefSeq: NP_359747.1 - ProteinModelPortal: Q92JF7 - GeneID: 928084 - GenomeReviews: AE006914_GR - KEGG: rco:RC0110 - NMPDR: fig|272944.1.peg.110 - OMA: FIGPRTE - ProtClustDB: CLSK881897 - BioCyc: RCON272944:RC0110-MONOMER - InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR015425 - InterPro: IPR006315 - SMART: SM00869 - TIGRFAMs: TIGR01414
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; SSF103515 Auto_transptbeta; SSF101447 FH2_actin_bd
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 203999; Mature: 203999
Theoretical pI: Translated: 7.70; Mature: 7.70
Prosite motif: PS51208 AUTOTRANSPORTER
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 1.0 %Met (Translated Protein) 1.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 1.0 %Met (Mature Protein) 1.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNLQNSHSKKYVLTFFMSTCLLTSSFLSTSARAASFKDLVSKTPAWEKHNSTQQQNIWKD CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHC LTPNEKIKKWQEAALVPSFTQAQNDLGIKYKETDLSSFLDNTRHKARQARAEILLYIERV CCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KQQDFDTKKQAYINQGVVPTDIEAATNLGISYDPSKIDNNVEHDQKVRRAEKDKKAVIEL HHCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YVSSINRGIKYKHYVDNDIIPEIQEVRTALNMNKDDAQSFVASIRTEIMENAKGQYIADS HHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECC HIPTEKELKKKFGISRDDNRDGYIKSIRLKVMDKEKPQYIADSHIPTEKELEQKFGADKG CCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC EATNYIASIATQMMLDKKSYYIDNNIIPNADELMNEFKIGPVKATSYINQIRAGIEANQF HHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHH LNNNDTTKPSTGRSQKKSGSKNDHWYMSNQSINNTGTSARIVTGREKKQRYFFDPISTFK CCCCCCCCCCCCCCHHCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHCCCHHHHHH TYFNTKASKGNLTQSQHNINRIIQQEENIEEFKNLIKTDPIAALTLQVDSSYKQEAVTTI 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HHHCCCCCHHHEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEHHHHHCCCCCHHHHH INSDQAQAKLDDLRTAILSTIKIEELITANLPQHDFIAIVKEKDPELLKEFLKATTLTVT CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHEEEEEE GNNNLDQLRLALPSFTGMSNEQIRILSNKLKMSIILKALKECSQEKATQYIHTGNMPPPP CCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC PPPPPLPDSQDLELAYLKSLGITKANTSTFKTTPKTYHFSSDIALRYKEFTLSGQKSAGY CCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCEECCCCEEEECCCEEEEEEEEEECCCCCCCC KAKYSDADLLKKAIVESVAFEHSKNLSKAHQNNKYFEQIQKAVNTMYSSFIGHRTELEQK CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH IHNIYTSKLLELTKDKEFIKYVEDNIILNKKLTKAFTSADSDFIDSRTELEQKIHNIYIQ HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCEEECHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QLTKYPEEEVKEAFNTASLDFIGPRTEIGQEVHNIYKSQLLELTKDTELCLFTQQVLAEA HHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH TELEQKYGSDIQSENSNNEKKVERLDQEKLQLFKQENEATNDESSTKDDTQPEDSNKKSE HHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHH QSDSKTALSPRLLSSNDSKNDKSSDDKKSLLALRSSDEDDTGYATDEEELEESNSTTDEE 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