Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 116492329

Identifier: 116492329

GI number: 116492329

Start: 588654

End: 591155

Strand: Direct

Name: 116492329

Synonym: PEPE_0533

Alternate gene names: NA

Gene position: 588654-591155 (Clockwise)

Preceding gene: 116492328

Following gene: 116492330

Centisome position: 32.12

GC content: 27.38

Gene sequence:

>2502_bases
ATGATTTCATTATTTATTTTAAAAAAATTTGGTTTAACCACTACTATTGCAAAAAAAACATCCGATAAAGGACTGAATAT
TTTAGATTTTATTATTGATCGATTTGATAAATCTTTTTCAAAAACTACAACTTATTTAAAGGTTAAGAGAGCTGTAGACA
GTATGATTGCTGATAATAAATTTCTTTTTTCTCCCTTCGAGTACGTTGAGGTATTAATTCCTTTTGGATTAAAAAGTGTA
AATTTTTTAACGAAAAATAATTTATTTAGAATCGAAGAAGCTAAAAATATCATTCTAAATCGTACTAAAAATGATAATGA
TTTTTTATTTACGAAAAATAATTCAAATAAATTCGTAGAGGCACACAAATATTTTGAAAAATATGCAGCTTCAGATAAGG
ATAATGAAATAGCTTATATTTCAATATTTTGGAAGTTGGCAAAAAAAGGTAAATTAAATAAAAATGATTTGTTGAATATG
GGAATAGATGATTCTTTTATTGAAGAAATGTTAAGTAAAGGTTATCTGTTTGAAATGGGCGATTTTATACTGGTAGCAAC
AAAAGAAAATAGGGATATTTTTAATGAATTTAAAAAAATTAAAGAACTAGAAAAGCAAAAGAAATTGTTTAAGGATATGA
AAAAAAATCCTTCTGAGGCAGTAAAGGAATATCGCAAAACATCAAATCTTTTAGATTTGGAAGAATGTTTATTAAATCTG
GATGATAATATAGGGACTTTAAGGAAAAGACTATCAGGCAAAACGTTAGAGGAAATTGCAAAACCATTGAATTTGTCTCG
AGAAAGGGTGCGCCAAAAACAAGCTAAATTAATATTACTATTTCCAAAATTGCAAGAAGATGTCATATTTAAAGAATTAT
TCCAAACCTACGAAATTTCTTTAGAAAGTTTTCTAAATATCTTTAAGGAAAATGAGAAGGTATTCAACTATTTAAAATTA
AGATATTCTAAGGGAGACAAGGAGTTATTTGATTGGATAATTTCGTCCGAAATACCTAAAAATCAAAAAGAAGATTTAAT
TAAAATCGAGAATAAATATTTGTCGTATGATGGAAGTATAAAAGATATTAATCGGGTCAATTTTATAGGTGAAATACTTT
TTGAAAATAGAAAAAAAATAAATTACTTTACTCAAGATTTTCTTAAAGAAAAATATAATCAATATGTATTAAATAGAGGA
TACAAAAAGCTATATGCTGAAAATGCAAGATCCTTATTTCAAAGTGCTGAAAAAAGTGATTTTTCTATTTCAACTCGAAA
CGGAAAAATTAGATTTCATGATAACTACATATCTAAAGATGTCCAAAAAGAGCTGGTAGATGTTATTGAATCTTATGATG
ATGGAATCTATAGCATGAGAAAGGTTGTTGAAGAGAACAAAGATTTAATGGAGGAAATTGATATAAGAGATGGTTATGAG
TTGCATAACTTATTTAGAAGATTTATATCTTGTGAAGTAATAAAAAAATATGGAAGATCACCAGAATTTCAGATTGGACA
TAATAGTAAAAAAACTTTTATTCTAAATAAAATAAAAGAGAGCGCAGGAATTTCGTCAGAAACTTTTGCTAATCAGTTAC
AAAAGGATTATGGTCTGCTAAATACTTCAACCATGGCTTATATATCATCTAATTTTAGGAAATACATCGGTAGAGACAAA
ATCATTGAATCGTCTGAGATAATTCCAGAGGATAAGTCTTTCTATAAAATTATGAAAAACAAATTAGGCAAAAATGTTTA
CTTGTATAAAGATATAACAAATTTAATTGCGAAGTTAGGATATGACTATCCGGCGTCACAACTAATACTTAATGAATGCG
GTTACAGATTCAGCGGCAAGATGATTTGGAAGAATAATTTTCCCAATATATCAGCGGCATTTACAAATGAAATACTCAGT
AATCATTTTTATGAAATCAAGGATGAAGAGATTTATAAAACTATTGATTTTTTTAGTGTAATGAGCCGTCTCGAACGTGA
GTTTAAGGTAATACGAATCTCTTCGAATAAGATAGTTAAAACTGAATTTCTCGAACAACAAGGTCTAAATCTCAGTTTGA
TTCCTGAATTTATTAAAAATGTGAAAAAATACATAAATTATGGAGAATATTTTAGTTTATATTCCTTAATTGAATCGGGA
TTTAATAACAATTTATTAGATTATGGATTTGAACCCATTGCATATGAAAGAATTTTAATGACTGATAGAGAAATTAGACC
TGTGAATAGAACAGGGATGATTGTTTTTCAAAAGACAAGGGATAGACCTACACTAGAAAAATTTTACAGTGATATTCTAT
CTAGTGTAGGAATAATGGATGAGTTTGATTTTAAGGAGGATATTAATACCAAGTTTGGTACAAATTTCGAGCTGGACGAG
ATTAGAAACAGACTTACTAGTTACGGTGCATATTATTCCCGACCATTAAACAAGTTTTATTTTGACAAAGAAGATTATTT
AAATGAGGTGTATGGAAGATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GCTATTTCTAGTTAAATAGGTATATTAAATGGATAACTTAGTATGAAACCAGTAAAAAATACATGTTATAATTACAAAAA
TTTGAAAAAGAGATGAAAAC

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATTTAACGGAACAAGCGTTTGAAAAAGTAACAGAAAAAATATTAAGTTTGGCAGGAAAAAGTGAGAATTTCCCCGTTTAT
CGTATCCCAATAGATTTATT

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: RNA Polymerase Subunit Alpha

Number of amino acids: Translated: 833; Mature: 833

Protein sequence:

>833_residues
MISLFILKKFGLTTTIAKKTSDKGLNILDFIIDRFDKSFSKTTTYLKVKRAVDSMIADNKFLFSPFEYVEVLIPFGLKSV
NFLTKNNLFRIEEAKNIILNRTKNDNDFLFTKNNSNKFVEAHKYFEKYAASDKDNEIAYISIFWKLAKKGKLNKNDLLNM
GIDDSFIEEMLSKGYLFEMGDFILVATKENRDIFNEFKKIKELEKQKKLFKDMKKNPSEAVKEYRKTSNLLDLEECLLNL
DDNIGTLRKRLSGKTLEEIAKPLNLSRERVRQKQAKLILLFPKLQEDVIFKELFQTYEISLESFLNIFKENEKVFNYLKL
RYSKGDKELFDWIISSEIPKNQKEDLIKIENKYLSYDGSIKDINRVNFIGEILFENRKKINYFTQDFLKEKYNQYVLNRG
YKKLYAENARSLFQSAEKSDFSISTRNGKIRFHDNYISKDVQKELVDVIESYDDGIYSMRKVVEENKDLMEEIDIRDGYE
LHNLFRRFISCEVIKKYGRSPEFQIGHNSKKTFILNKIKESAGISSETFANQLQKDYGLLNTSTMAYISSNFRKYIGRDK
IIESSEIIPEDKSFYKIMKNKLGKNVYLYKDITNLIAKLGYDYPASQLILNECGYRFSGKMIWKNNFPNISAAFTNEILS
NHFYEIKDEEIYKTIDFFSVMSRLEREFKVIRISSNKIVKTEFLEQQGLNLSLIPEFIKNVKKYINYGEYFSLYSLIESG
FNNNLLDYGFEPIAYERILMTDREIRPVNRTGMIVFQKTRDRPTLEKFYSDILSSVGIMDEFDFKEDINTKFGTNFELDE
IRNRLTSYGAYYSRPLNKFYFDKEDYLNEVYGR

Sequences:

>Translated_833_residues
MISLFILKKFGLTTTIAKKTSDKGLNILDFIIDRFDKSFSKTTTYLKVKRAVDSMIADNKFLFSPFEYVEVLIPFGLKSV
NFLTKNNLFRIEEAKNIILNRTKNDNDFLFTKNNSNKFVEAHKYFEKYAASDKDNEIAYISIFWKLAKKGKLNKNDLLNM
GIDDSFIEEMLSKGYLFEMGDFILVATKENRDIFNEFKKIKELEKQKKLFKDMKKNPSEAVKEYRKTSNLLDLEECLLNL
DDNIGTLRKRLSGKTLEEIAKPLNLSRERVRQKQAKLILLFPKLQEDVIFKELFQTYEISLESFLNIFKENEKVFNYLKL
RYSKGDKELFDWIISSEIPKNQKEDLIKIENKYLSYDGSIKDINRVNFIGEILFENRKKINYFTQDFLKEKYNQYVLNRG
YKKLYAENARSLFQSAEKSDFSISTRNGKIRFHDNYISKDVQKELVDVIESYDDGIYSMRKVVEENKDLMEEIDIRDGYE
LHNLFRRFISCEVIKKYGRSPEFQIGHNSKKTFILNKIKESAGISSETFANQLQKDYGLLNTSTMAYISSNFRKYIGRDK
IIESSEIIPEDKSFYKIMKNKLGKNVYLYKDITNLIAKLGYDYPASQLILNECGYRFSGKMIWKNNFPNISAAFTNEILS
NHFYEIKDEEIYKTIDFFSVMSRLEREFKVIRISSNKIVKTEFLEQQGLNLSLIPEFIKNVKKYINYGEYFSLYSLIESG
FNNNLLDYGFEPIAYERILMTDREIRPVNRTGMIVFQKTRDRPTLEKFYSDILSSVGIMDEFDFKEDINTKFGTNFELDE
IRNRLTSYGAYYSRPLNKFYFDKEDYLNEVYGR
>Mature_833_residues
MISLFILKKFGLTTTIAKKTSDKGLNILDFIIDRFDKSFSKTTTYLKVKRAVDSMIADNKFLFSPFEYVEVLIPFGLKSV
NFLTKNNLFRIEEAKNIILNRTKNDNDFLFTKNNSNKFVEAHKYFEKYAASDKDNEIAYISIFWKLAKKGKLNKNDLLNM
GIDDSFIEEMLSKGYLFEMGDFILVATKENRDIFNEFKKIKELEKQKKLFKDMKKNPSEAVKEYRKTSNLLDLEECLLNL
DDNIGTLRKRLSGKTLEEIAKPLNLSRERVRQKQAKLILLFPKLQEDVIFKELFQTYEISLESFLNIFKENEKVFNYLKL
RYSKGDKELFDWIISSEIPKNQKEDLIKIENKYLSYDGSIKDINRVNFIGEILFENRKKINYFTQDFLKEKYNQYVLNRG
YKKLYAENARSLFQSAEKSDFSISTRNGKIRFHDNYISKDVQKELVDVIESYDDGIYSMRKVVEENKDLMEEIDIRDGYE
LHNLFRRFISCEVIKKYGRSPEFQIGHNSKKTFILNKIKESAGISSETFANQLQKDYGLLNTSTMAYISSNFRKYIGRDK
IIESSEIIPEDKSFYKIMKNKLGKNVYLYKDITNLIAKLGYDYPASQLILNECGYRFSGKMIWKNNFPNISAAFTNEILS
NHFYEIKDEEIYKTIDFFSVMSRLEREFKVIRISSNKIVKTEFLEQQGLNLSLIPEFIKNVKKYINYGEYFSLYSLIESG
FNNNLLDYGFEPIAYERILMTDREIRPVNRTGMIVFQKTRDRPTLEKFYSDILSSVGIMDEFDFKEDINTKFGTNFELDE
IRNRLTSYGAYYSRPLNKFYFDKEDYLNEVYGR

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 98476; Mature: 98476

Theoretical pI: Translated: 9.31; Mature: 9.31

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
1.8 %Met     (Translated Protein)
2.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
1.8 %Met     (Mature Protein)
2.2 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MISLFILKKFGLTTTIAKKTSDKGLNILDFIIDRFDKSFSKTTTYLKVKRAVDSMIADNK
CEEEEEEHHCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
FLFSPFEYVEVLIPFGLKSVNFLTKNNLFRIEEAKNIILNRTKNDNDFLFTKNNSNKFVE
CEECHHHHHHHHHHCCCCHHHEECCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCHHHH
AHKYFEKYAASDKDNEIAYISIFWKLAKKGKLNKNDLLNMGIDDSFIEEMLSKGYLFEMG
HHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEECC
DFILVATKENRDIFNEFKKIKELEKQKKLFKDMKKNPSEAVKEYRKTSNLLDLEECLLNL
CEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCC
DDNIGTLRKRLSGKTLEEIAKPLNLSRERVRQKQAKLILLFPKLQEDVIFKELFQTYEIS
CCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH
LESFLNIFKENEKVFNYLKLRYSKGDKELFDWIISSEIPKNQKEDLIKIENKYLSYDGSI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC
KDINRVNFIGEILFENRKKINYFTQDFLKEKYNQYVLNRGYKKLYAENARSLFQSAEKSD
CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
FSISTRNGKIRFHDNYISKDVQKELVDVIESYDDGIYSMRKVVEENKDLMEEIDIRDGYE
CEEEECCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH
LHNLFRRFISCEVIKKYGRSPEFQIGHNSKKTFILNKIKESAGISSETFANQLQKDYGLL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC
NTSTMAYISSNFRKYIGRDKIIESSEIIPEDKSFYKIMKNKLGKNVYLYKDITNLIAKLG
CHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHHC
YDYPASQLILNECGYRFSGKMIWKNNFPNISAAFTNEILSNHFYEIKDEEIYKTIDFFSV
CCCCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
MSRLEREFKVIRISSNKIVKTEFLEQQGLNLSLIPEFIKNVKKYINYGEYFSLYSLIESG
HHHHHHHEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCC
FNNNLLDYGFEPIAYERILMTDREIRPVNRTGMIVFQKTRDRPTLEKFYSDILSSVGIMD
CCCCHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCC
EFDFKEDINTKFGTNFELDEIRNRLTSYGAYYSRPLNKFYFDKEDYLNEVYGR
CCCCHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure
MISLFILKKFGLTTTIAKKTSDKGLNILDFIIDRFDKSFSKTTTYLKVKRAVDSMIADNK
CEEEEEEHHCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
FLFSPFEYVEVLIPFGLKSVNFLTKNNLFRIEEAKNIILNRTKNDNDFLFTKNNSNKFVE
CEECHHHHHHHHHHCCCCHHHEECCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCHHHH
AHKYFEKYAASDKDNEIAYISIFWKLAKKGKLNKNDLLNMGIDDSFIEEMLSKGYLFEMG
HHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEECC
DFILVATKENRDIFNEFKKIKELEKQKKLFKDMKKNPSEAVKEYRKTSNLLDLEECLLNL
CEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCC
DDNIGTLRKRLSGKTLEEIAKPLNLSRERVRQKQAKLILLFPKLQEDVIFKELFQTYEIS
CCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH
LESFLNIFKENEKVFNYLKLRYSKGDKELFDWIISSEIPKNQKEDLIKIENKYLSYDGSI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC
KDINRVNFIGEILFENRKKINYFTQDFLKEKYNQYVLNRGYKKLYAENARSLFQSAEKSD
CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
FSISTRNGKIRFHDNYISKDVQKELVDVIESYDDGIYSMRKVVEENKDLMEEIDIRDGYE
CEEEECCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH
LHNLFRRFISCEVIKKYGRSPEFQIGHNSKKTFILNKIKESAGISSETFANQLQKDYGLL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC
NTSTMAYISSNFRKYIGRDKIIESSEIIPEDKSFYKIMKNKLGKNVYLYKDITNLIAKLG
CHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHHC
YDYPASQLILNECGYRFSGKMIWKNNFPNISAAFTNEILSNHFYEIKDEEIYKTIDFFSV
CCCCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
MSRLEREFKVIRISSNKIVKTEFLEQQGLNLSLIPEFIKNVKKYINYGEYFSLYSLIESG
HHHHHHHEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCC
FNNNLLDYGFEPIAYERILMTDREIRPVNRTGMIVFQKTRDRPTLEKFYSDILSSVGIMD
CCCCHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCC
EFDFKEDINTKFGTNFELDEIRNRLTSYGAYYSRPLNKFYFDKEDYLNEVYGR
CCCCHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA