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The map label for this gene is yfkH [H]

Identifier: 113474045

GI number: 113474045

Start: 199938

End: 201053

Strand: Reverse

Name: yfkH [H]

Synonym: Tery_0138

Alternate gene names: 113474045

Gene position: 201053-199938 (Counterclockwise)

Preceding gene: 113474047

Following gene: 113474040

Centisome position: 2.59

GC content: 30.82

Gene sequence:

>1116_bases
ATGAGATTTATAAATTTTCTACGTAACTTTAATTGTGTAACATTGCGGGAATTTTTAAAGCGCACAAATAGGCGACATTT
TTTATATTTATTAACTCTAATTGCTCAAAATAAATATAGGTTTTTATTGGCAATATTGAATGCTATCATTAAATATATAC
TAAGAGGAATAACCCACTTTTTTGATTTTATTCTCCATCTGAATTTCACGACTATTAAGGAAGTCTTTAATTGTGTTGCT
AAAAAGAGATTATCAGGTTTATCTGCTGAGATGGCCTATAGTGCTATGCTAGCTTTATTTCCTGCATTATTAACAATAAT
TGCGGCAATTGGAGTCTTTGAATCTTTGAGTTCAATCCTTTTTCAAATGGGAAGTTTACTAATAGATATAGTGCCAAATC
AAGTGCAAGATTTAATTAGCAGTGCTGTCTATGAAATTCAGAGGTCTCCCAACAAAAAAATATTTTCTTTCAGTTTTATT
TTATCGATCTGGCTATTTTCTAGTGTACTTAGTTCTGCAATGGCAGCACTTGATGAAATTCATCAAGTTCCTCTTGATAA
AAAAAGACCTTTTTGGAAAGCAAAGTTAGTTTCTTTAGGACTGACTATTGGTACTCTAATACTATTAATTATTGCCTCTG
GATTAGTATTAGTTAGTGACTTAATTGTATACATGATTTCCCGACAAAGTTGCTTACTAGAAATTTTACCTAACTGCCCT
TCTGATCAGGTTGCTAGTTGTTTATTTCAAAAACCTATTAATAATTGTGTTTTAAAGTTGCGATTATTAGAGACTTGGAA
TCAATTAAGATGGCCGATTACTTTAGGAATAGTATCAATAGCTTTTGCTTTTGTTTATCGTTTTGGCCCGAGTTATAGAA
GGAAAGGTACACCTATAATTCCTGGTGCAATTATTGCAGCATTAATGTGGGCAGCAGCTTCTAATTTGTTTCGTTTATAT
GTTTTTTATTTTGGTAATTATAACCGAATTTATGGAGCTATTGGTACTTTTATTATTTTGTTGTTATGGTTATATATTAG
TTCATTTGTAGTGTTAATTGGATCACAATTAAATGTAACAGTAGGAGAAGTAATGGCAAGAGACCGAGAATTATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TAAATGCTTACTATAATTAATTTTTACTTTTAAGTTGTAGTTACTCACTCATTTATTCTCAAATACCCATAATTTTTATG
ATATTTTTTATGTAAAAGCA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AGAGTAAAAAATAGTATAAGTAAATATTTGAAAAAAGTTGTAGTTACCGTGGTCTTTGTAATAGACTAATGACGCCAGTT
ACTATGGATATAAAAATTAG

Product: putative ribonuclease BN

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 371; Mature: 371

Protein sequence:

>371_residues
MRFINFLRNFNCVTLREFLKRTNRRHFLYLLTLIAQNKYRFLLAILNAIIKYILRGITHFFDFILHLNFTTIKEVFNCVA
KKRLSGLSAEMAYSAMLALFPALLTIIAAIGVFESLSSILFQMGSLLIDIVPNQVQDLISSAVYEIQRSPNKKIFSFSFI
LSIWLFSSVLSSAMAALDEIHQVPLDKKRPFWKAKLVSLGLTIGTLILLIIASGLVLVSDLIVYMISRQSCLLEILPNCP
SDQVASCLFQKPINNCVLKLRLLETWNQLRWPITLGIVSIAFAFVYRFGPSYRRKGTPIIPGAIIAALMWAAASNLFRLY
VFYFGNYNRIYGAIGTFIILLLWLYISSFVVLIGSQLNVTVGEVMARDREL

Sequences:

>Translated_371_residues
MRFINFLRNFNCVTLREFLKRTNRRHFLYLLTLIAQNKYRFLLAILNAIIKYILRGITHFFDFILHLNFTTIKEVFNCVA
KKRLSGLSAEMAYSAMLALFPALLTIIAAIGVFESLSSILFQMGSLLIDIVPNQVQDLISSAVYEIQRSPNKKIFSFSFI
LSIWLFSSVLSSAMAALDEIHQVPLDKKRPFWKAKLVSLGLTIGTLILLIIASGLVLVSDLIVYMISRQSCLLEILPNCP
SDQVASCLFQKPINNCVLKLRLLETWNQLRWPITLGIVSIAFAFVYRFGPSYRRKGTPIIPGAIIAALMWAAASNLFRLY
VFYFGNYNRIYGAIGTFIILLLWLYISSFVVLIGSQLNVTVGEVMARDREL
>Mature_371_residues
MRFINFLRNFNCVTLREFLKRTNRRHFLYLLTLIAQNKYRFLLAILNAIIKYILRGITHFFDFILHLNFTTIKEVFNCVA
KKRLSGLSAEMAYSAMLALFPALLTIIAAIGVFESLSSILFQMGSLLIDIVPNQVQDLISSAVYEIQRSPNKKIFSFSFI
LSIWLFSSVLSSAMAALDEIHQVPLDKKRPFWKAKLVSLGLTIGTLILLIIASGLVLVSDLIVYMISRQSCLLEILPNCP
SDQVASCLFQKPINNCVLKLRLLETWNQLRWPITLGIVSIAFAFVYRFGPSYRRKGTPIIPGAIIAALMWAAASNLFRLY
VFYFGNYNRIYGAIGTFIILLLWLYISSFVVLIGSQLNVTVGEVMARDREL

Specific function: 3' To 5' Exoribonuclease Necessary For 3'Maturation Of tRNA Molecules. [C]

COG id: COG1295

COG function: function code S; Predicted membrane protein

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR017039
- InterPro:   IPR004664 [H]

Pfam domain/function: PF03631 Ribonuclease_BN [H]

EC number: 3.1.-.- [C]

Molecular weight: Translated: 42165; Mature: 42165

Theoretical pI: Translated: 10.26; Mature: 10.26

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.6 %Cys     (Translated Protein)
2.2 %Met     (Translated Protein)
3.8 %Cys+Met (Translated Protein)
1.6 %Cys     (Mature Protein)
2.2 %Met     (Mature Protein)
3.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MRFINFLRNFNCVTLREFLKRTNRRHFLYLLTLIAQNKYRFLLAILNAIIKYILRGITHF
CCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FDFILHLNFTTIKEVFNCVAKKRLSGLSAEMAYSAMLALFPALLTIIAAIGVFESLSSIL
HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FQMGSLLIDIVPNQVQDLISSAVYEIQRSPNKKIFSFSFILSIWLFSSVLSSAMAALDEI
HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HQVPLDKKRPFWKAKLVSLGLTIGTLILLIIASGLVLVSDLIVYMISRQSCLLEILPNCP
HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
SDQVASCLFQKPINNCVLKLRLLETWNQLRWPITLGIVSIAFAFVYRFGPSYRRKGTPII
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC
PGAIIAALMWAAASNLFRLYVFYFGNYNRIYGAIGTFIILLLWLYISSFVVLIGSQLNVT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHH
VGEVMARDREL
HHHHHHHCCCC
>Mature Secondary Structure
MRFINFLRNFNCVTLREFLKRTNRRHFLYLLTLIAQNKYRFLLAILNAIIKYILRGITHF
CCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FDFILHLNFTTIKEVFNCVAKKRLSGLSAEMAYSAMLALFPALLTIIAAIGVFESLSSIL
HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FQMGSLLIDIVPNQVQDLISSAVYEIQRSPNKKIFSFSFILSIWLFSSVLSSAMAALDEI
HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HQVPLDKKRPFWKAKLVSLGLTIGTLILLIIASGLVLVSDLIVYMISRQSCLLEILPNCP
HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
SDQVASCLFQKPINNCVLKLRLLETWNQLRWPITLGIVSIAFAFVYRFGPSYRRKGTPII
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC
PGAIIAALMWAAASNLFRLYVFYFGNYNRIYGAIGTFIILLLWLYISSFVVLIGSQLNVT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHH
VGEVMARDREL
HHHHHHHCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8969503; 9384377 [H]