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The map label for this gene is hyfB [C]

Identifier: 88607670

GI number: 88607670

Start: 334071

End: 335591

Strand: Direct

Name: hyfB [C]

Synonym: APH_0348

Alternate gene names: 88607670

Gene position: 334071-335591 (Clockwise)

Preceding gene: 88607003

Following gene: 88607548

Centisome position: 22.71

GC content: 40.3

Gene sequence:

>1521_bases
ATGGGTTCTTTGTATAATTTTACGTTCAGTAATATTTTTCAGGCATTGGGTGGTGAGAACGTGTTTTCATTAGACAAAGT
CAGTGCTATTCCGCTGATTATGTCGTTTCTTGCATCTATGTTTTGCATAGTTTGTAGGTGTAGGGTAGGTTTTAAGGAGC
TCTTATGTTCTCTGCTATATTGCATTAGCAGTATTGCAGTATTGTTATTTTCAAATCTCACATTGGTAACTATTGGCTTT
GAGATTATGGCGCTTACTGCAGTATGTATTGTAGCATTTGGGGCATATAAAGGCAGGGATTTTGCATTTTTACATTATGC
ATGTTTGCATTTTATTTCTGGCTTTTTGTTGCTTGTGGGTGCAAGTCAGCATGCTCATTTAGGGGTTCTAGAGGGGATAC
CTAGATGGTTTTTTATGCTTGGTTTGATAATAAATACAGCAGCTTTTCCTGCAGCATCATGGCTTGTGCGCGCATATCCG
GTATCGTCAAGTTTTGGGATGCTGGTACTTTCCTTGTTCACAACTAAAGTGGCATTGTATGTTTTGTTAAAGTTCTTTTC
TGGCGAGTCCATAATTTTATACTTCGGTATTTTCACTTCTATATATGCTGCGATATTTGCCTTTCTTGAGCAGAATGTTC
GTAGGCTGATGGCTTACATGTTTGTAGGGCAGGCAGGATTGCTTATGATGGCTATTGGGTGTCCGGGAATACCATCAGAC
CTTATAATCGTGCAGTTATCATTTTCAGTATTATACCAGCTTCTTTTGGGGATGTTTGCTGATTCAGTGGTAAAACGTTC
TGGGCATGTTGATATTAACAGAATGGCTGGGTGTTTTAAATTGGCATCTATGGAAGCTATGGGTTGTATAGTGGCTCTGT
TGAATTTAGGGGGCTTCCCGTGGACTGCTGGTTTTGTGACGAAAGGGCTAATGTTACATATGAACTTGCAGAGTTTTGAC
TATATGCTCCTAAAGTATATGCAGCCTATGTTGGGATGGTTGTTATTTGCGAGTAATGGAATGAAGCTTTTTTGGTTGGC
ATGCTTAAAGCCGTGTTCTACAACTCCGGAGTATGCGCCTAGTCCTTTTTCTTCTAAGCTCTCAATTATAATGTTGTCGC
TTATTATTACGGTGTCTGGTGTATTGTATGGCGAGGGCTTGCTTTTTTCAGAGCATAAATTTGTATATACATTTGGTGCT
GTAGCAACTAAGCTAATATGGCTCGGTGGCGTTGTTCTGTTTTTTATTTTGTTTAGAAGGCAGTTTTTGGGACGGTACGA
GTCTGCCATAGGTGATAGCTGGGTCTATCGGCAGTTTTTTATAATGGCGGAAAAGTTTGCACATGCTGCGTCACGCATGA
GAGAGGTGTTGGGAGGCCTTTTTGCGGGGGGAGCTTTTAGCATAGAAACTAGTGGTTCTACTGTATTATCAGCCAGGTCG
CCATCTGGGGTTGTTAGCTCTACATTGCTTTTGGTTATGTTGAGTATTTGTATTATTGTTTTGGTATGGGCTTATGTTTA
A

Upstream 100 bases:

>100_bases
GGTTTCGAAATAATGTTTTAACCTGTGGCGTTGGATATTGACTTGTTAGCGTAGGATTGTGCGGGTATATAGAGTACAGG
GGCTAGATGTTACATTTTCC

Downstream 100 bases:

>100_bases
CTCTTTAACCAAGGGGTTTTCTTCTGCGCTGCAAAGGTTAAGTGGAAAGCGGGAGATATCCAGCAAGGATTTTGATCTTG
TAATAGAAGATATAACTCAG

Product: putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D

Products: NAD+; ubiquinol

Alternate protein names: NADH/Ubiquinone/Plastoquinone; NADH Dehydrogenase; Oxidoreductase; Multisubunit Sodium/Proton Antiporter Mrpd Subunit; NADH-Quinone Oxidoreductase Subunit N; NADH-Ubiquinone/Plastoquinone; Multicomponent Na+H+ Antiporter Subunit D; NADH Dehydrogenase Subunit N; PH Adaptation Potassium Efflux System; NADH-Ubiquinone Oxidoreductase Protein Chain M; Multisubunit Sodium/Proton Antiporter MrpD Subunit; NADH Dehydrogenase I Chain N

Number of amino acids: Translated: 506; Mature: 505

Protein sequence:

>506_residues
MGSLYNFTFSNIFQALGGENVFSLDKVSAIPLIMSFLASMFCIVCRCRVGFKELLCSLLYCISSIAVLLFSNLTLVTIGF
EIMALTAVCIVAFGAYKGRDFAFLHYACLHFISGFLLLVGASQHAHLGVLEGIPRWFFMLGLIINTAAFPAASWLVRAYP
VSSSFGMLVLSLFTTKVALYVLLKFFSGESIILYFGIFTSIYAAIFAFLEQNVRRLMAYMFVGQAGLLMMAIGCPGIPSD
LIIVQLSFSVLYQLLLGMFADSVVKRSGHVDINRMAGCFKLASMEAMGCIVALLNLGGFPWTAGFVTKGLMLHMNLQSFD
YMLLKYMQPMLGWLLFASNGMKLFWLACLKPCSTTPEYAPSPFSSKLSIIMLSLIITVSGVLYGEGLLFSEHKFVYTFGA
VATKLIWLGGVVLFFILFRRQFLGRYESAIGDSWVYRQFFIMAEKFAHAASRMREVLGGLFAGGAFSIETSGSTVLSARS
PSGVVSSTLLLVMLSICIIVLVWAYV

Sequences:

>Translated_506_residues
MGSLYNFTFSNIFQALGGENVFSLDKVSAIPLIMSFLASMFCIVCRCRVGFKELLCSLLYCISSIAVLLFSNLTLVTIGF
EIMALTAVCIVAFGAYKGRDFAFLHYACLHFISGFLLLVGASQHAHLGVLEGIPRWFFMLGLIINTAAFPAASWLVRAYP
VSSSFGMLVLSLFTTKVALYVLLKFFSGESIILYFGIFTSIYAAIFAFLEQNVRRLMAYMFVGQAGLLMMAIGCPGIPSD
LIIVQLSFSVLYQLLLGMFADSVVKRSGHVDINRMAGCFKLASMEAMGCIVALLNLGGFPWTAGFVTKGLMLHMNLQSFD
YMLLKYMQPMLGWLLFASNGMKLFWLACLKPCSTTPEYAPSPFSSKLSIIMLSLIITVSGVLYGEGLLFSEHKFVYTFGA
VATKLIWLGGVVLFFILFRRQFLGRYESAIGDSWVYRQFFIMAEKFAHAASRMREVLGGLFAGGAFSIETSGSTVLSARS
PSGVVSSTLLLVMLSICIIVLVWAYV
>Mature_505_residues
GSLYNFTFSNIFQALGGENVFSLDKVSAIPLIMSFLASMFCIVCRCRVGFKELLCSLLYCISSIAVLLFSNLTLVTIGFE
IMALTAVCIVAFGAYKGRDFAFLHYACLHFISGFLLLVGASQHAHLGVLEGIPRWFFMLGLIINTAAFPAASWLVRAYPV
SSSFGMLVLSLFTTKVALYVLLKFFSGESIILYFGIFTSIYAAIFAFLEQNVRRLMAYMFVGQAGLLMMAIGCPGIPSDL
IIVQLSFSVLYQLLLGMFADSVVKRSGHVDINRMAGCFKLASMEAMGCIVALLNLGGFPWTAGFVTKGLMLHMNLQSFDY
MLLKYMQPMLGWLLFASNGMKLFWLACLKPCSTTPEYAPSPFSSKLSIIMLSLIITVSGVLYGEGLLFSEHKFVYTFGAV
ATKLIWLGGVVLFFILFRRQFLGRYESAIGDSWVYRQFFIMAEKFAHAASRMREVLGGLFAGGAFSIETSGSTVLSARSP
SGVVSSTLLLVMLSICIIVLVWAYV

Specific function: Unknown

COG id: COG0651

COG function: function code CP; Formate hydrogenlyase subunit 3/Multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit

Gene ontology:

Cell location: Integral Membrane Protein. Inner Membrane [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: 1.6.5.3

Molecular weight: Translated: 55676; Mature: 55545

Theoretical pI: Translated: 8.77; Mature: 8.77

Prosite motif: PS01186 EGF_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.6 %Cys     (Translated Protein)
4.7 %Met     (Translated Protein)
7.3 %Cys+Met (Translated Protein)
2.6 %Cys     (Mature Protein)
4.6 %Met     (Mature Protein)
7.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MGSLYNFTFSNIFQALGGENVFSLDKVSAIPLIMSFLASMFCIVCRCRVGFKELLCSLLY
CCCCHHCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
CISSIAVLLFSNLTLVTIGFEIMALTAVCIVAFGAYKGRDFAFLHYACLHFISGFLLLVG
HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
ASQHAHLGVLEGIPRWFFMLGLIINTAAFPAASWLVRAYPVSSSFGMLVLSLFTTKVALY
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
VLLKFFSGESIILYFGIFTSIYAAIFAFLEQNVRRLMAYMFVGQAGLLMMAIGCPGIPSD
HHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHEECCCCCCCC
LIIVQLSFSVLYQLLLGMFADSVVKRSGHVDINRMAGCFKLASMEAMGCIVALLNLGGFP
CEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
WTAGFVTKGLMLHMNLQSFDYMLLKYMQPMLGWLLFASNGMKLFWLACLKPCSTTPEYAP
CCHHHHHCCHHEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCC
SPFSSKLSIIMLSLIITVSGVLYGEGLLFSEHKFVYTFGAVATKLIWLGGVVLFFILFRR
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QFLGRYESAIGDSWVYRQFFIMAEKFAHAASRMREVLGGLFAGGAFSIETSGSTVLSARS
HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCEEEECCC
PSGVVSSTLLLVMLSICIIVLVWAYV
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
>Mature Secondary Structure 
GSLYNFTFSNIFQALGGENVFSLDKVSAIPLIMSFLASMFCIVCRCRVGFKELLCSLLY
CCCHHCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
CISSIAVLLFSNLTLVTIGFEIMALTAVCIVAFGAYKGRDFAFLHYACLHFISGFLLLVG
HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
ASQHAHLGVLEGIPRWFFMLGLIINTAAFPAASWLVRAYPVSSSFGMLVLSLFTTKVALY
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
VLLKFFSGESIILYFGIFTSIYAAIFAFLEQNVRRLMAYMFVGQAGLLMMAIGCPGIPSD
HHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHEECCCCCCCC
LIIVQLSFSVLYQLLLGMFADSVVKRSGHVDINRMAGCFKLASMEAMGCIVALLNLGGFP
CEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
WTAGFVTKGLMLHMNLQSFDYMLLKYMQPMLGWLLFASNGMKLFWLACLKPCSTTPEYAP
CCHHHHHCCHHEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCC
SPFSSKLSIIMLSLIITVSGVLYGEGLLFSEHKFVYTFGAVATKLIWLGGVVLFFILFRR
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QFLGRYESAIGDSWVYRQFFIMAEKFAHAASRMREVLGGLFAGGAFSIETSGSTVLSARS
HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCEEEECCC
PSGVVSSTLLLVMLSICIIVLVWAYV
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NADH; H+; ubiquinone

Specific reaction: NADH + H+ + ubiquinone = NAD+ + ubiquinol

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA