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The map label for this gene is opuD1 [H]

Identifier: 218230912

GI number: 218230912

Start: 565567

End: 567117

Strand: Reverse

Name: opuD1 [H]

Synonym: BCB4264_A0590

Alternate gene names: 218230912

Gene position: 567117-565567 (Counterclockwise)

Preceding gene: 218235263

Following gene: 218232105

Centisome position: 10.47

GC content: 35.53

Gene sequence:

>1551_bases
ATGATAAAAAAAGAAAACAGTGTATTTTATATCTCCTTCTTGCTAACAACATTATTCATTATATGGGGAATTACCCCAGC
AAGTTGGATACAAGGCTACGATTTACAAAGTGTTACATCTTCTTTAAACTCATTTATCCTCAATAAATTTGGATGGTTTT
ACTCTCTACTTATGACTACAATGATTATTTTGGCTGCTTATTTAGCATTTTCCAAGTACGGTTCTATTCGTCTTGGTAAA
GATGGAGAAAAGCCAAAATATAATTATCCATCTTGGCTATCCATGTTGTTTGGGGCAGGAATGGGAATTGGACTCCTCTT
TTATGGAATCGCTGAACCGATTTCACATTTTACAGATCCGTTAACAGGAAAAGCAGGTACAGAAGAAAGCGCCAAACTCG
CTATGCAATATTCATTTTTCCACTGGGGACTCTTTCCGTGGTCACTATACGCAATGGTCGCTTTAACAATTGCATATTTC
ACATTCCGCAAACAAAAAGGTAGCACTATCGGGGCTACAGTTACTCCATTATTTAATCGATCGAAAAATTCTCGTATTGG
AAAAACAGTTGATATTCTAGCTGTTTTAGCCACAGTATTTGGCATTGTACCATCTGTTGGGATTGGTGCTCAACAAATTG
CTGGAGGATTAAGCTATTTATTCCCTTCCATTCATAACACTTTACTTACTCAGCTCGTACTTATAGCTATATTCGCTGTT
TTATATTTAACAAGTGCACAAACTGGCTTAGATCGTGGGATTAAATATTTGAGCAACTTGAATTTCTCTCTTGCAGGCAT
TTTACTCATCTCTTTCTTACTTTTAGGACCAACTGTATTTATTATGAAATATTTCACATCTACACTCGGTTCTTATATCG
GCGCTTTACCTAGTATGGGATTAAATTTAGGAGCATTTAGTGAAAAATCTTCTTCTTGGATTGAAAACTGGACTATTTTC
TATTGGGGGTGGTGGATCTCTTGGTCTCCATTCGTCGGCACATTTATCGCACGTATTTCTAAAGGACGCACAATAAAAGA
ATTTATTTTTGGAGTTGTATTAGTCCCAACTCTTATCTGTACATTTTGGTTTGCAGTATTTGGTGGTACCGCAATTCATA
TGGAAATGTTCCAATCGCTTGGAATAGCTGATGAAATTGCAAAAAATGGTACAGAGATTGGATTATTTGCTGTTATTTCA
CATCTACCATTCTCTACATTTTTAACGATTATCGGGTTAATTTTAGTAGCCACATTTTTCGTTACTTCTGCCGATTCAGC
AACATTTGTTGTTTCAATGCAAACGAGTAACGGAAGCTTATCACCGAAAAATAGTTTAAAACTTATATGGGGATTAACAA
TCGCGATAATTGCCGCTATTTTATTACAAGCTGGAGGATTAAATGCACTACAAATCGCAGCTATAATTGCTGCGCTACCA
TTTTCTATTGTAGTCGTTCTTATGGTCACTTCTCTTTTTAAAGAGCTAAAAAAAGAAGATGTTAATTCGCAAACGAAAGA
AATCCCGAAAAAAATAAAAAAGGTTATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTATCCTTTCACATTATAAAAAGGGAATTTTTTGACAATTAAAAACTTAATTGTTATGATTATTATAATTGTTAACTTTA
TTAAATAAGGGTGGGATTCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGATTATCACCTCTTATACAAGAAGAATTCGGCCCTCAAATTAGTCCTGAATCTGTTATTACCGAGGGCGGCAAAGTAAA
TGAAATAAAACCCATTCGTA

Product: glycine betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 516; Mature: 516

Protein sequence:

>516_residues
MIKKENSVFYISFLLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTTMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYNYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSRIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFSEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELKKEDVNSQTKEIPKKIKKVM

Sequences:

>Translated_516_residues
MIKKENSVFYISFLLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTTMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYNYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSRIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFSEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELKKEDVNSQTKEIPKKIKKVM
>Mature_516_residues
MIKKENSVFYISFLLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTTMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYNYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSRIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFSEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELKKEDVNSQTKEIPKKIKKVM

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=461, Percent_Identity=37.3101952277657, Blast_Score=325, Evalue=4e-90,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=460, Percent_Identity=29.7826086956522, Blast_Score=201, Evalue=1e-52,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=484, Percent_Identity=27.8925619834711, Blast_Score=188, Evalue=6e-49,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 56617; Mature: 56617

Theoretical pI: Translated: 10.03; Mature: 10.03

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIKKENSVFYISFLLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTT
CCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYNYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDP
HHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNR
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCC
SKNSRIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LNLGAFSEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLIC
CCCCCCCCCHHHHHHCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
TFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFF
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
HHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
FSIVVVLMVTSLFKELKKEDVNSQTKEIPKKIKKVM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure
MIKKENSVFYISFLLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTT
CCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYNYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDP
HHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNR
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCC
SKNSRIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LNLGAFSEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLIC
CCCCCCCCCHHHHHHCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
TFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFF
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
HHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
FSIVVVLMVTSLFKELKKEDVNSQTKEIPKKIKKVM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]