Definition | Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome. |
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Accession | NC_011312 |
Length | 3,325,165 |
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The map label for this gene is 209695902
Identifier: 209695902
GI number: 209695902
Start: 2656578
End: 2659508
Strand: Reverse
Name: 209695902
Synonym: VSAL_I2482
Alternate gene names: NA
Gene position: 2659508-2656578 (Counterclockwise)
Preceding gene: 209695906
Following gene: 209695901
Centisome position: 79.98
GC content: 31.08
Gene sequence:
>2931_bases ATGAGAAGTTTTAAAGAAATACAAGAAATTTTAGGTACGCAGCCTGATGTGAAAAAAATATACCTTATAGGCTGTACAGG TGCAGGTAAAACATCACTGGTTCAACATATCATAGGCTCTAAAAAACACGGTTTTCCGGTGACTAGTCATAGACGAACTA CGATTGCACCTACTGAATATGTAATTCAAAAAAACATTCCTTTTAAAACAACAATTATTTTAAAAAATAAGAATGATGTA GTTTTTGCAATAGAGGAATTAATTCAAGGAGCTATATTAAAAGCTAAGCAAGATAAAGCGACCACTGAAGATGTGGTTTT TGAATTAGAACAATCCCCCGATGACCGATTTAAGCTGAATCAAATGGTTAAAGGTGAAACGTTTGTAAAAGTTGCAAATG ACATTATTACGAATGTATTACCGCCTATAAGTGGTAAAGATATTAACGATGAAACGTTGCTATCAGACTCATTTATTAAA GATGAAATAAAGAAAATTGTTACTGAAATTTTAGCTGAAATTGAAGCTAACTTTAATAGAGCGTGCGGAAATGGTCATAC GCTATTTACAAATAAAACGTTAACGATAGATGGTATTAGTGACAAAGATGAATTTATACTGAAAACTAAGAAACTCTTAA GCCATGATTTTGGTTCTATTTCTATATTAGCTGAATATATACGCATTGAAGGCGACTTGTTAGCTGATTGGCTTGATCCT AACCTAGAGTTTTTATTAATTGATGGAGAGGGGATTGGGCACTCTTTAGGTGAAAAAAGAGATACGCTATCTTCACGTCA TTACAATTTTTTTAATTATTGTAATAATATTGTATTAATTGATGATGCGAATGATCCGTTTGCGGCTGGTGGTCATGGTG CAATTGAGGGGATATTCTTAAACGGGTATCAAGAGAAATTTAAATTAGTATTCTCTAAAACAGATAAACTTGAGCAGACA GATCTGAATGCATACTTTAGACGTAGTTTAAATAATCTTAGAAATGCGCTAAAAAAAGATGAAATAGAATTTAATGAAGA AAACAAAGATACTTACAAACTAAATGCGCTTGATGATAAAAACATTAATGATGAATCTAGAAAAACAATACAACGGCTAT TAACTAACATTAGTAATAGTAAAAAAAAGCACTTAACCCCTTTAGAATATGATTTTGACTTACTGCTTTCTAAATACAAT AGTGAGACATTGGTATCAACTATTGTTAATAGAATTGAAGAGGAACATTGGGCTGTAGTTAAAGCTCTTTCAAAACGACT TCAGAGTGCAGATATTGAATATAGGCATTTAAAACCAATTAGCTGGATTCTGATTTTTTTGATGCATGAACTTAACTCTT TTCTTAAAAGAGATGAACTAACTTCTGAAGTATTTGATAGTCAAAATATAATCAAACAGAATGTATCTCACCGATTGGTA CAGTATATATATACTAATTTTGTAAAAGAGAAAGAGCACTTGTGGCAACAAGCATATGAAAAAAGTGGTTTTGGCTCTCA CAGAGAACGGAAAGATTTTATCTTTAATCAAATAGTTAGGGTTTTTTTACCTAGTAAAGATAAAGAGGATGCATTTAAAT CATTTAAGAAAGACATTAAAAGCTTACTATTAAAGTCAGGAGCACTTGAGCTAAAGACTGCGGTAAAAACTGAAATTACT CATGTATCTATAAAAAAAATATTTGGATCTAAAAACGTTGAATGGTCGTTAGGTGATGATGTTAATGTCTTAATTGGTAA GAATGGTTGTGGCAAATCAACTTTGTTAAAACTCATTTTTGCTTGTATTAATAATGATGAGGAAACATTAGAGTCATTTA GGTCTCCATATGTAGAATTAACAATTTTAAAAACCTTTGATAATGGTGAAACTCAAATATCTAAAATATCACAAAGTAAA TCACCATCAAAAATTAATGCTGTCATGGTGAATACATTCGATATTAAGTTAGATCGGCAGAACAATGATGTAGTTGACTT AGATAGTCAGTTACTGAAACTAACAGGAGAGCTAGAAGGATTTCAGCGTGGTCTATTACAATCAATTAATAAAACTGTTG GAGAACAAATTAAGCAACGAGATGAGGCAATAAGTAAACTTACAACTGCTACTCCTGATGATTTTGCTCGTTTACAAGAA CTAAGCATTCAAATAAATGATGCAACGACAAAAATATATAAACCGTTGATTGAGTTTAAGTCAATTATTGATGAGTATTT TTCAGGTACAAATAAATCGATAATTATTGATGATGAAGAGTTCCCATTAGTTGTCGAAGTTGAAAATAATTCTCACCATA TTAAAGTGACGGATTTGTCGTCAGGTGAAAAGCAACTTTTAATTATCTTCTTAACGGTGATTCTACAAAAGAATAAATCA TTTATATTATTAATGGATGAGCCAGAAACATCCTTACATGTAGAGTGGCAAGCAACGTTTATTGATTTTATTAAGAAATT AAATCCTAACGTACAAATTATTATTGCGACTCATAACCCTCTTATTTTGTTGAATAGAGAAAGTGATGAAATAGGAATTA TTGAAGCAAATAATGATGAAGTGCAAAAAAGAACAAGTGGAACTAAGTACCTAGATATATCATCAATCTTGTTAGACCAT TTTAAATTACCATCTTTGGTTGGCACTCAAATGCAAAATGATATCCAGCGTTTTAGTGCGCTTAAGATGCGAGAGCCTGA ATTAAATTTGGAAGAGAAAAATCAGTTATCTGACCTTGGTGAATTATTAGAAAATAGTTTGGCTGGTGATATGATTTATA ATAAAAAATATTTCGATTTTTTAACCTTTCTTAAAAATAACAAGCACATCAGTTATGAACAATATGAAGCTTCTTCAGAG CAGGATATGGCAGACTTCTTAAGTGAGTTTGGAGGCTCATTCAATGATTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TAAACATTATGTAGACGCCGACACCAAACTTGGTGGGTAGTGTCTAGTTCCGATGCTATAAAATCATTATTGGCGTATTA TAAAATAAAGTTGAGTAATC
Downstream 100 bases:
>100_bases TATGCGTACTTTATATCAACATGCCGACTACTCAGTAGCTCTTCAAAACTTTAATAGCAGTAGTCCAAAGAAATGGTCTA AGTTCCAAGGAGTTCACCTT
Product: ABC transporter ATP-binding protein
Products: NA
Alternate protein names: ABC Transporter; With ATPase Activity; AAA ATPase; ATPase; Conserved Protein
Number of amino acids: Translated: 976; Mature: 976
Protein sequence:
>976_residues MRSFKEIQEILGTQPDVKKIYLIGCTGAGKTSLVQHIIGSKKHGFPVTSHRRTTIAPTEYVIQKNIPFKTTIILKNKNDV VFAIEELIQGAILKAKQDKATTEDVVFELEQSPDDRFKLNQMVKGETFVKVANDIITNVLPPISGKDINDETLLSDSFIK DEIKKIVTEILAEIEANFNRACGNGHTLFTNKTLTIDGISDKDEFILKTKKLLSHDFGSISILAEYIRIEGDLLADWLDP NLEFLLIDGEGIGHSLGEKRDTLSSRHYNFFNYCNNIVLIDDANDPFAAGGHGAIEGIFLNGYQEKFKLVFSKTDKLEQT DLNAYFRRSLNNLRNALKKDEIEFNEENKDTYKLNALDDKNINDESRKTIQRLLTNISNSKKKHLTPLEYDFDLLLSKYN SETLVSTIVNRIEEEHWAVVKALSKRLQSADIEYRHLKPISWILIFLMHELNSFLKRDELTSEVFDSQNIIKQNVSHRLV QYIYTNFVKEKEHLWQQAYEKSGFGSHRERKDFIFNQIVRVFLPSKDKEDAFKSFKKDIKSLLLKSGALELKTAVKTEIT HVSIKKIFGSKNVEWSLGDDVNVLIGKNGCGKSTLLKLIFACINNDEETLESFRSPYVELTILKTFDNGETQISKISQSK SPSKINAVMVNTFDIKLDRQNNDVVDLDSQLLKLTGELEGFQRGLLQSINKTVGEQIKQRDEAISKLTTATPDDFARLQE LSIQINDATTKIYKPLIEFKSIIDEYFSGTNKSIIIDDEEFPLVVEVENNSHHIKVTDLSSGEKQLLIIFLTVILQKNKS FILLMDEPETSLHVEWQATFIDFIKKLNPNVQIIIATHNPLILLNRESDEIGIIEANNDEVQKRTSGTKYLDISSILLDH FKLPSLVGTQMQNDIQRFSALKMREPELNLEEKNQLSDLGELLENSLAGDMIYNKKYFDFLTFLKNNKHISYEQYEASSE QDMADFLSEFGGSFND
Sequences:
>Translated_976_residues MRSFKEIQEILGTQPDVKKIYLIGCTGAGKTSLVQHIIGSKKHGFPVTSHRRTTIAPTEYVIQKNIPFKTTIILKNKNDV VFAIEELIQGAILKAKQDKATTEDVVFELEQSPDDRFKLNQMVKGETFVKVANDIITNVLPPISGKDINDETLLSDSFIK DEIKKIVTEILAEIEANFNRACGNGHTLFTNKTLTIDGISDKDEFILKTKKLLSHDFGSISILAEYIRIEGDLLADWLDP NLEFLLIDGEGIGHSLGEKRDTLSSRHYNFFNYCNNIVLIDDANDPFAAGGHGAIEGIFLNGYQEKFKLVFSKTDKLEQT DLNAYFRRSLNNLRNALKKDEIEFNEENKDTYKLNALDDKNINDESRKTIQRLLTNISNSKKKHLTPLEYDFDLLLSKYN SETLVSTIVNRIEEEHWAVVKALSKRLQSADIEYRHLKPISWILIFLMHELNSFLKRDELTSEVFDSQNIIKQNVSHRLV QYIYTNFVKEKEHLWQQAYEKSGFGSHRERKDFIFNQIVRVFLPSKDKEDAFKSFKKDIKSLLLKSGALELKTAVKTEIT HVSIKKIFGSKNVEWSLGDDVNVLIGKNGCGKSTLLKLIFACINNDEETLESFRSPYVELTILKTFDNGETQISKISQSK SPSKINAVMVNTFDIKLDRQNNDVVDLDSQLLKLTGELEGFQRGLLQSINKTVGEQIKQRDEAISKLTTATPDDFARLQE LSIQINDATTKIYKPLIEFKSIIDEYFSGTNKSIIIDDEEFPLVVEVENNSHHIKVTDLSSGEKQLLIIFLTVILQKNKS FILLMDEPETSLHVEWQATFIDFIKKLNPNVQIIIATHNPLILLNRESDEIGIIEANNDEVQKRTSGTKYLDISSILLDH FKLPSLVGTQMQNDIQRFSALKMREPELNLEEKNQLSDLGELLENSLAGDMIYNKKYFDFLTFLKNNKHISYEQYEASSE QDMADFLSEFGGSFND >Mature_976_residues MRSFKEIQEILGTQPDVKKIYLIGCTGAGKTSLVQHIIGSKKHGFPVTSHRRTTIAPTEYVIQKNIPFKTTIILKNKNDV VFAIEELIQGAILKAKQDKATTEDVVFELEQSPDDRFKLNQMVKGETFVKVANDIITNVLPPISGKDINDETLLSDSFIK DEIKKIVTEILAEIEANFNRACGNGHTLFTNKTLTIDGISDKDEFILKTKKLLSHDFGSISILAEYIRIEGDLLADWLDP NLEFLLIDGEGIGHSLGEKRDTLSSRHYNFFNYCNNIVLIDDANDPFAAGGHGAIEGIFLNGYQEKFKLVFSKTDKLEQT DLNAYFRRSLNNLRNALKKDEIEFNEENKDTYKLNALDDKNINDESRKTIQRLLTNISNSKKKHLTPLEYDFDLLLSKYN SETLVSTIVNRIEEEHWAVVKALSKRLQSADIEYRHLKPISWILIFLMHELNSFLKRDELTSEVFDSQNIIKQNVSHRLV QYIYTNFVKEKEHLWQQAYEKSGFGSHRERKDFIFNQIVRVFLPSKDKEDAFKSFKKDIKSLLLKSGALELKTAVKTEIT HVSIKKIFGSKNVEWSLGDDVNVLIGKNGCGKSTLLKLIFACINNDEETLESFRSPYVELTILKTFDNGETQISKISQSK SPSKINAVMVNTFDIKLDRQNNDVVDLDSQLLKLTGELEGFQRGLLQSINKTVGEQIKQRDEAISKLTTATPDDFARLQE LSIQINDATTKIYKPLIEFKSIIDEYFSGTNKSIIIDDEEFPLVVEVENNSHHIKVTDLSSGEKQLLIIFLTVILQKNKS FILLMDEPETSLHVEWQATFIDFIKKLNPNVQIIIATHNPLILLNRESDEIGIIEANNDEVQKRTSGTKYLDISSILLDH FKLPSLVGTQMQNDIQRFSALKMREPELNLEEKNQLSDLGELLENSLAGDMIYNKKYFDFLTFLKNNKHISYEQYEASSE QDMADFLSEFGGSFND
Specific function: Unknown
COG id: COG3950
COG function: function code R; Predicted ATP-binding protein involved in virulence
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 111475; Mature: 111475
Theoretical pI: Translated: 5.42; Mature: 5.42
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.5 %Cys (Translated Protein) 0.9 %Met (Translated Protein) 1.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.5 %Cys (Mature Protein) 0.9 %Met (Mature Protein) 1.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRSFKEIQEILGTQPDVKKIYLIGCTGAGKTSLVQHIIGSKKHGFPVTSHRRTTIAPTEY CCCHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEECCHHH VIQKNIPFKTTIILKNKNDVVFAIEELIQGAILKAKQDKATTEDVVFELEQSPDDRFKLN HEECCCCEEEEEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHEEECCCCCCHHHHH QMVKGETFVKVANDIITNVLPPISGKDINDETLLSDSFIKDEIKKIVTEILAEIEANFNR HHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC ACGNGHTLFTNKTLTIDGISDKDEFILKTKKLLSHDFGSISILAEYIRIEGDLLADWLDP CCCCCCEEEECCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCC NLEFLLIDGEGIGHSLGEKRDTLSSRHYNFFNYCNNIVLIDDANDPFAAGGHGAIEGIFL CCEEEEECCCCCCCHHCHHHHHHHHCCCCHHHHHCCEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEE NGYQEKFKLVFSKTDKLEQTDLNAYFRRSLNNLRNALKKDEIEFNEENKDTYKLNALDDK CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCCC NINDESRKTIQRLLTNISNSKKKHLTPLEYDFDLLLSKYNSETLVSTIVNRIEEEHWAVV CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KALSKRLQSADIEYRHLKPISWILIFLMHELNSFLKRDELTSEVFDSQNIIKQNVSHRLV HHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH QYIYTNFVKEKEHLWQQAYEKSGFGSHRERKDFIFNQIVRVFLPSKDKEDAFKSFKKDIK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH SLLLKSGALELKTAVKTEITHVSIKKIFGSKNVEWSLGDDVNVLIGKNGCGKSTLLKLIF HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHH ACINNDEETLESFRSPYVELTILKTFDNGETQISKISQSKSPSKINAVMVNTFDIKLDRQ HHHCCCHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECC NNDVVDLDSQLLKLTGELEGFQRGLLQSINKTVGEQIKQRDEAISKLTTATPDDFARLQE CCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH LSIQINDATTKIYKPLIEFKSIIDEYFSGTNKSIIIDDEEFPLVVEVENNSHHIKVTDLS HEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCEEEEEECCCCEEEEEECC SGEKQLLIIFLTVILQKNKSFILLMDEPETSLHVEWQATFIDFIKKLNPNVQIIIATHNP CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCC LILLNRESDEIGIIEANNDEVQKRTSGTKYLDISSILLDHFKLPSLVGTQMQNDIQRFSA EEEEECCCCCEEEEECCCHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH LKMREPELNLEEKNQLSDLGELLENSLAGDMIYNKKYFDFLTFLKNNKHISYEQYEASSE HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHCCCCH QDMADFLSEFGGSFND HHHHHHHHHHCCCCCC >Mature Secondary Structure MRSFKEIQEILGTQPDVKKIYLIGCTGAGKTSLVQHIIGSKKHGFPVTSHRRTTIAPTEY CCCHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEECCHHH VIQKNIPFKTTIILKNKNDVVFAIEELIQGAILKAKQDKATTEDVVFELEQSPDDRFKLN HEECCCCEEEEEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHEEECCCCCCHHHHH QMVKGETFVKVANDIITNVLPPISGKDINDETLLSDSFIKDEIKKIVTEILAEIEANFNR HHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC ACGNGHTLFTNKTLTIDGISDKDEFILKTKKLLSHDFGSISILAEYIRIEGDLLADWLDP CCCCCCEEEECCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCC NLEFLLIDGEGIGHSLGEKRDTLSSRHYNFFNYCNNIVLIDDANDPFAAGGHGAIEGIFL CCEEEEECCCCCCCHHCHHHHHHHHCCCCHHHHHCCEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEE NGYQEKFKLVFSKTDKLEQTDLNAYFRRSLNNLRNALKKDEIEFNEENKDTYKLNALDDK CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCCC NINDESRKTIQRLLTNISNSKKKHLTPLEYDFDLLLSKYNSETLVSTIVNRIEEEHWAVV CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KALSKRLQSADIEYRHLKPISWILIFLMHELNSFLKRDELTSEVFDSQNIIKQNVSHRLV HHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH QYIYTNFVKEKEHLWQQAYEKSGFGSHRERKDFIFNQIVRVFLPSKDKEDAFKSFKKDIK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH SLLLKSGALELKTAVKTEITHVSIKKIFGSKNVEWSLGDDVNVLIGKNGCGKSTLLKLIF HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHH ACINNDEETLESFRSPYVELTILKTFDNGETQISKISQSKSPSKINAVMVNTFDIKLDRQ HHHCCCHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECC NNDVVDLDSQLLKLTGELEGFQRGLLQSINKTVGEQIKQRDEAISKLTTATPDDFARLQE CCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH LSIQINDATTKIYKPLIEFKSIIDEYFSGTNKSIIIDDEEFPLVVEVENNSHHIKVTDLS HEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCEEEEEECCCCEEEEEECC SGEKQLLIIFLTVILQKNKSFILLMDEPETSLHVEWQATFIDFIKKLNPNVQIIIATHNP CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCC LILLNRESDEIGIIEANNDEVQKRTSGTKYLDISSILLDHFKLPSLVGTQMQNDIQRFSA EEEEECCCCCEEEEECCCHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH LKMREPELNLEEKNQLSDLGELLENSLAGDMIYNKKYFDFLTFLKNNKHISYEQYEASSE HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHCCCCH QDMADFLSEFGGSFND HHHHHHHHHHCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA