Definition Rickettsia akari str. Hartford, complete genome.
Accession NC_009881
Length 1,231,060

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The map label for this gene is sca4 [H]

Identifier: 157825785

GI number: 157825785

Start: 646721

End: 649771

Strand: Direct

Name: sca4 [H]

Synonym: A1C_03580

Alternate gene names: 157825785

Gene position: 646721-649771 (Clockwise)

Preceding gene: 157825784

Following gene: 157825789

Centisome position: 52.53

GC content: 35.27

Gene sequence:

>3051_bases
ATGAGTCAAGATCATACTGGATATGAAAATGATGAAGGATATGAGTCCGATATAGATGAAAAAACACAAGAACAAGCTGC
TCCTGCGCAACCTACGCTAGATACAGCTGATGATGGTTTTAGCTTTACTCCTGCATCTTCTACTCAATCTACTCCTGCCA
TTAGTACTTTATCTGGCACTATTTCCACTGACGATCAGATATCAGACCCAATAACCAAGGCTGTAAGAGAAATAATTATA
CAACAACAAAAAGATGAGATAGCAGAACAAATATTAAAAGACCTGGCAGCCCTTGTAGACCGTGATTTAGCTGAACAAAA
AAGAAAAGAAATAGAAGAGGAAAAAGAAAAAGATAAAAAGTTAAGTGTGTTTTTCGGTAACCCAGCTAATAGAGAATTTA
TTGATAATGCTTTAGAAAAGCCTGAACTTAAAAAGAAATTAGAATCAATAGAAATAACAGGTTATAAAAATATTCTCTTA
ACATATAGTGCCGCTAATGGATATCATGGTGGATTTAAGCCGGTACAGTGGGAAAACCAAATAAGTGCAAGCGATCTTAG
AGCCACGGTAGTTAAAAATGATGCAGGCGATGAACTCTGTACATTAAATGAAACAACTGTTAAAACTAAGCCTTTTACTG
TAGCTAAAAAAGACGGTACTCAGGTTCAAATCAATTCATACAGAGCAATAGATTTTCCTATAAAACTTGATAAAGCCGAT
GGGTCAATGCATTTGTCGATGGTAGCATTAAAAGCTGATGGCACAAAGCCCTCTAAAGATAGAGCAGTATATTTCACTGC
TCACTACGAAGAAGGACCAAACGGTAAACCTCAACTTAAAGAAATAAGCTCACCGCAACCTTTAAAATTTGCCGGAGACG
GACCGGATGCGGTAGCTTATATTGAGCATGGCGGAGAAATTTATACACTTGCGGTAACACGCGGTAAATATAAAGAAATG
ATGAAAGAGGTAGAACTACACCAAGGGCATAGCGTTGACTTATCACAAATTATAGCTGAAGATTTAACAAAGGTACAGGG
TCGATCTCAGGAAACACTTCAACCGATAATAACTCCGAATCAAGAATTAAAATCATCTATTGAAACGCCTACCACTACAC
AAGTACCTCCAATTACTCCTGCCAGCCAACCACTACACACTGAGACTTCACAAATGCCACAGTCGCAACAAGTGAATCCA
AACCTCTTTAATGCAGCTACAGCTTTATCATGCAGCATGCAAGATTTATTAAATTATGTAAATGCAGGTTTAACAAAAGA
AAAAGACGGTAATACACAAATTGATTTAATTAACGAAGCAGCTACTGCAATTCTTAATAATGAGAAAGAAAAGCAGGCTA
ATTTCATTACTTTAACTAAAAATATGGTCAATAATAACGCCCTCACGCCGGATACAAAAGTAGCTCGAGTAAATGCGGTA
TTAGAAACCATAAAAAATAATCAGGATACCCCAGACATAGAAAAATCAAAAATGCTTGAAGCTACAGTAGCTATCACATT
AAATTCAGAGAATCTCACACCGAAGCAAAAACAGCAGATGTTAGAAAAGGCAGTAGATGTCGATTTAAGTTTTAAAGATG
ATACAAGTAGAGCTGTGGCAATTGACGGTATTACGGGTGCTGTAATAAAAAGTAACCTTTCTACTAAAGATAAAGGGACC
ATGCTGATAGCAGTAGGTGATAAGGTTAATGCCTCTGAATTAAGCAATGCGGAAAAACAACAATTATTAGGTTCTGTATT
AAAGAAAGGTGTAGAAACCAAAATTCTCAGTCCAGAACAACAACAATTGATGCAGCAGAATTTAGATAAGATTACAGCGG
AACAAACTAAAAATGATAACATAACAGAGGTGCAAGGTATTTTAGCTAACCCTGCGTTTAATACTATCGCTAAAACTGCA
GCAATACAAAAGGTTACTACAAAGGTTTTAGATAGTCCGATTACAGCAGAAATAAAAGGTGAAACGCTTGAAAGTATTAC
TAAGATAGTTGCTGAGAGTCCTTTGAACGTTCAAGATAAAACAGACATTGTTAAAGGTATGGGAGAAGCTATAGCTAGTC
ATAGAACTATGGCACCTACAAAAAAAATTGCTGCTATAGAATCCGTAGAAACAGGGGTAGCAAAAAGTATAACAGATTTG
GAAGATAAAAAGTTAATGACTAAAGGGTTAGTAGATGGTATTTATGAAGACAAAGCAAATCCTGAAATAACTTCTGAAAT
GATGAAAGCTGTTTCTAAAGGGGTTGATAATAGTACTGCTATACCGGAAGATAAACAAGCTCTTAAAGATGCAGCGAGTG
AGGCAGCTTTAGATAGAGCAACTCAAAATTTCACTGAAGAGTTAAAAGGACAGAATTTAGACGAACCTAAGCCTCGCGAT
GATATATATAACAAAGCTCAAGATATAGCTTATGCATTAAAAAATGTTGTTACCACTGTTTTAGATGCTAATCCTGAAAA
ACGTGAAGTCTCAGAAGAAGAAGTTATGAACAAAACTTCCAGTATATTAAATGATATCTCTAAGATTGCAATTGAGAAAG
TCAATAATTTGCGTGCTATGCTCTCTCCAGATAGTAATCTTAAAACTCTTGAAGAAAAAAAAGCTGAAGCAACAAAAAAA
GTAGATGAGCTGGTAAAGGAATTTGGTACTAAATCTTCGACTGAAGAACAGCAAAGTTTCATTCAAGCTAATTTAATTGA
CGATAAAACTTTATCTAAAGAGGTACGTTTACAAACTATAGATAAGTTATTACAAGAACAAGCACAAAAACGAGCAGAAG
CAATTAAAAACCCTAATGTTAAAACAGAAGATTTAAGGGTAGTATCAGGACAGTCCGCATTAAAACCTATAAGTAACGAT
GAGCCAGATATTGAAAAAACTAAAATGGTAGTAGGAAGAGATCGAGTTAATATTAAAGATAATATAAAAATTATGGGCGC
ATTAATGAATGCAAGAGATAGCATTATTCAGTCGGAAAAGCTAAATAAATTAATACCTATTAAAAAAGAGTCGGCCTTTC
CGCAACGCTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTACAGTCGCTCGCAATGACGGCTCGATATTCGCGTGGGCAATCACATAATTACTTACAGTTTGTGCTAATTAATTTTTT
ATTAAATTAGAGGAGGTTTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTAAGATTTGTATGCTATATATAATGGCAAGCAATGTCATTCCTGCGAAGCATTGTTACGTGGAGCGGTTTTACCTCTGT
CACTCCCACGGCTTGTCTGC

Product: cell surface antigen

Products: NA

Alternate protein names: 120 kDa antigen; Protein PS 120; PS120 [H]

Number of amino acids: Translated: 1016; Mature: 1015

Protein sequence:

>1016_residues
MSQDHTGYENDEGYESDIDEKTQEQAAPAQPTLDTADDGFSFTPASSTQSTPAISTLSGTISTDDQISDPITKAVREIII
QQQKDEIAEQILKDLAALVDRDLAEQKRKEIEEEKEKDKKLSVFFGNPANREFIDNALEKPELKKKLESIEITGYKNILL
TYSAANGYHGGFKPVQWENQISASDLRATVVKNDAGDELCTLNETTVKTKPFTVAKKDGTQVQINSYRAIDFPIKLDKAD
GSMHLSMVALKADGTKPSKDRAVYFTAHYEEGPNGKPQLKEISSPQPLKFAGDGPDAVAYIEHGGEIYTLAVTRGKYKEM
MKEVELHQGHSVDLSQIIAEDLTKVQGRSQETLQPIITPNQELKSSIETPTTTQVPPITPASQPLHTETSQMPQSQQVNP
NLFNAATALSCSMQDLLNYVNAGLTKEKDGNTQIDLINEAATAILNNEKEKQANFITLTKNMVNNNALTPDTKVARVNAV
LETIKNNQDTPDIEKSKMLEATVAITLNSENLTPKQKQQMLEKAVDVDLSFKDDTSRAVAIDGITGAVIKSNLSTKDKGT
MLIAVGDKVNASELSNAEKQQLLGSVLKKGVETKILSPEQQQLMQQNLDKITAEQTKNDNITEVQGILANPAFNTIAKTA
AIQKVTTKVLDSPITAEIKGETLESITKIVAESPLNVQDKTDIVKGMGEAIASHRTMAPTKKIAAIESVETGVAKSITDL
EDKKLMTKGLVDGIYEDKANPEITSEMMKAVSKGVDNSTAIPEDKQALKDAASEAALDRATQNFTEELKGQNLDEPKPRD
DIYNKAQDIAYALKNVVTTVLDANPEKREVSEEEVMNKTSSILNDISKIAIEKVNNLRAMLSPDSNLKTLEEKKAEATKK
VDELVKEFGTKSSTEEQQSFIQANLIDDKTLSKEVRLQTIDKLLQEQAQKRAEAIKNPNVKTEDLRVVSGQSALKPISND
EPDIEKTKMVVGRDRVNIKDNIKIMGALMNARDSIIQSEKLNKLIPIKKESAFPQR

Sequences:

>Translated_1016_residues
MSQDHTGYENDEGYESDIDEKTQEQAAPAQPTLDTADDGFSFTPASSTQSTPAISTLSGTISTDDQISDPITKAVREIII
QQQKDEIAEQILKDLAALVDRDLAEQKRKEIEEEKEKDKKLSVFFGNPANREFIDNALEKPELKKKLESIEITGYKNILL
TYSAANGYHGGFKPVQWENQISASDLRATVVKNDAGDELCTLNETTVKTKPFTVAKKDGTQVQINSYRAIDFPIKLDKAD
GSMHLSMVALKADGTKPSKDRAVYFTAHYEEGPNGKPQLKEISSPQPLKFAGDGPDAVAYIEHGGEIYTLAVTRGKYKEM
MKEVELHQGHSVDLSQIIAEDLTKVQGRSQETLQPIITPNQELKSSIETPTTTQVPPITPASQPLHTETSQMPQSQQVNP
NLFNAATALSCSMQDLLNYVNAGLTKEKDGNTQIDLINEAATAILNNEKEKQANFITLTKNMVNNNALTPDTKVARVNAV
LETIKNNQDTPDIEKSKMLEATVAITLNSENLTPKQKQQMLEKAVDVDLSFKDDTSRAVAIDGITGAVIKSNLSTKDKGT
MLIAVGDKVNASELSNAEKQQLLGSVLKKGVETKILSPEQQQLMQQNLDKITAEQTKNDNITEVQGILANPAFNTIAKTA
AIQKVTTKVLDSPITAEIKGETLESITKIVAESPLNVQDKTDIVKGMGEAIASHRTMAPTKKIAAIESVETGVAKSITDL
EDKKLMTKGLVDGIYEDKANPEITSEMMKAVSKGVDNSTAIPEDKQALKDAASEAALDRATQNFTEELKGQNLDEPKPRD
DIYNKAQDIAYALKNVVTTVLDANPEKREVSEEEVMNKTSSILNDISKIAIEKVNNLRAMLSPDSNLKTLEEKKAEATKK
VDELVKEFGTKSSTEEQQSFIQANLIDDKTLSKEVRLQTIDKLLQEQAQKRAEAIKNPNVKTEDLRVVSGQSALKPISND
EPDIEKTKMVVGRDRVNIKDNIKIMGALMNARDSIIQSEKLNKLIPIKKESAFPQR
>Mature_1015_residues
SQDHTGYENDEGYESDIDEKTQEQAAPAQPTLDTADDGFSFTPASSTQSTPAISTLSGTISTDDQISDPITKAVREIIIQ
QQKDEIAEQILKDLAALVDRDLAEQKRKEIEEEKEKDKKLSVFFGNPANREFIDNALEKPELKKKLESIEITGYKNILLT
YSAANGYHGGFKPVQWENQISASDLRATVVKNDAGDELCTLNETTVKTKPFTVAKKDGTQVQINSYRAIDFPIKLDKADG
SMHLSMVALKADGTKPSKDRAVYFTAHYEEGPNGKPQLKEISSPQPLKFAGDGPDAVAYIEHGGEIYTLAVTRGKYKEMM
KEVELHQGHSVDLSQIIAEDLTKVQGRSQETLQPIITPNQELKSSIETPTTTQVPPITPASQPLHTETSQMPQSQQVNPN
LFNAATALSCSMQDLLNYVNAGLTKEKDGNTQIDLINEAATAILNNEKEKQANFITLTKNMVNNNALTPDTKVARVNAVL
ETIKNNQDTPDIEKSKMLEATVAITLNSENLTPKQKQQMLEKAVDVDLSFKDDTSRAVAIDGITGAVIKSNLSTKDKGTM
LIAVGDKVNASELSNAEKQQLLGSVLKKGVETKILSPEQQQLMQQNLDKITAEQTKNDNITEVQGILANPAFNTIAKTAA
IQKVTTKVLDSPITAEIKGETLESITKIVAESPLNVQDKTDIVKGMGEAIASHRTMAPTKKIAAIESVETGVAKSITDLE
DKKLMTKGLVDGIYEDKANPEITSEMMKAVSKGVDNSTAIPEDKQALKDAASEAALDRATQNFTEELKGQNLDEPKPRDD
IYNKAQDIAYALKNVVTTVLDANPEKREVSEEEVMNKTSSILNDISKIAIEKVNNLRAMLSPDSNLKTLEEKKAEATKKV
DELVKEFGTKSSTEEQQSFIQANLIDDKTLSKEVRLQTIDKLLQEQAQKRAEAIKNPNVKTEDLRVVSGQSALKPISNDE
PDIEKTKMVVGRDRVNIKDNIKIMGALMNARDSIIQSEKLNKLIPIKKESAFPQR

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm (Probable) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR020954 [H]

Pfam domain/function: PF12574 120_Rick_ant [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 111613; Mature: 111482

Theoretical pI: Translated: 4.81; Mature: 4.81

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.2 %Met     (Translated Protein)
2.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.1 %Met     (Mature Protein)
2.3 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSQDHTGYENDEGYESDIDEKTQEQAAPAQPTLDTADDGFSFTPASSTQSTPAISTLSGT
CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCHHHCCCC
ISTDDQISDPITKAVREIIIQQQKDEIAEQILKDLAALVDRDLAEQKRKEIEEEKEKDKK
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCE
LSVFFGNPANREFIDNALEKPELKKKLESIEITGYKNILLTYSAANGYHGGFKPVQWENQ
EEEEECCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHEEECCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCC
ISASDLRATVVKNDAGDELCTLNETTVKTKPFTVAKKDGTQVQINSYRAIDFPIKLDKAD
CCHHHHEEEEEECCCCCCEEECCCCEEECCCEEEEECCCCEEEECCEEEEECCEEEECCC
GSMHLSMVALKADGTKPSKDRAVYFTAHYEEGPNGKPQLKEISSPQPLKFAGDGPDAVAY
CCEEEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHCCCCCCEEECCCCCCEEEE
IEHGGEIYTLAVTRGKYKEMMKEVELHQGHSVDLSQIIAEDLTKVQGRSQETLQPIITPN
EECCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCC
QELKSSIETPTTTQVPPITPASQPLHTETSQMPQSQQVNPNLFNAATALSCSMQDLLNYV
HHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NAGLTKEKDGNTQIDLINEAATAILNNEKEKQANFITLTKNMVNNNALTPDTKVARVNAV
HCCCCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHCCCHHHHCCEEEEEHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHH
LETIKNNQDTPDIEKSKMLEATVAITLNSENLTPKQKQQMLEKAVDVDLSFKDDTSRAVA
HHHHHCCCCCCCHHHHHHEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCEEE
IDGITGAVIKSNLSTKDKGTMLIAVGDKVNASELSNAEKQQLLGSVLKKGVETKILSPEQ
ECCCHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCCCHH
QQLMQQNLDKITAEQTKNDNITEVQGILANPAFNTIAKTAAIQKVTTKVLDSPITAEIKG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECC
ETLESITKIVAESPLNVQDKTDIVKGMGEAIASHRTMAPTKKIAAIESVETGVAKSITDL
HHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EDKKLMTKGLVDGIYEDKANPEITSEMMKAVSKGVDNSTAIPEDKQALKDAASEAALDRA
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
TQNFTEELKGQNLDEPKPRDDIYNKAQDIAYALKNVVTTVLDANPEKREVSEEEVMNKTS
HHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCHHHHHHHHH
SILNDISKIAIEKVNNLRAMLSPDSNLKTLEEKKAEATKKVDELVKEFGTKSSTEEQQSF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
IQANLIDDKTLSKEVRLQTIDKLLQEQAQKRAEAIKNPNVKTEDLRVVSGQSALKPISND
HHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHCCCCCC
EPDIEKTKMVVGRDRVNIKDNIKIMGALMNARDSIIQSEKLNKLIPIKKESAFPQR
CCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
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CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCHHHCCCC
ISTDDQISDPITKAVREIIIQQQKDEIAEQILKDLAALVDRDLAEQKRKEIEEEKEKDKK
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCE
LSVFFGNPANREFIDNALEKPELKKKLESIEITGYKNILLTYSAANGYHGGFKPVQWENQ
EEEEECCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHEEECCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCC
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CCHHHHEEEEEECCCCCCEEECCCCEEECCCEEEEECCCCEEEECCEEEEECCEEEECCC
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HHHHHCCCCCCCHHHHHHEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCEEE
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HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECC
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HHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EDKKLMTKGLVDGIYEDKANPEITSEMMKAVSKGVDNSTAIPEDKQALKDAASEAALDRA
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
TQNFTEELKGQNLDEPKPRDDIYNKAQDIAYALKNVVTTVLDANPEKREVSEEEVMNKTS
HHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCHHHHHHHHH
SILNDISKIAIEKVNNLRAMLSPDSNLKTLEEKKAEATKKVDELVKEFGTKSSTEEQQSF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
IQANLIDDKTLSKEVRLQTIDKLLQEQAQKRAEAIKNPNVKTEDLRVVSGQSALKPISND
HHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHCCCCCC
EPDIEKTKMVVGRDRVNIKDNIKIMGALMNARDSIIQSEKLNKLIPIKKESAFPQR
CCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 11491333 [H]