Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is ydiF

Identifier: 15672365

GI number: 15672365

Start: 387304

End: 389346

Strand: Reverse

Name: ydiF

Synonym: L187315

Alternate gene names: 15672365

Gene position: 389346-387304 (Counterclockwise)

Preceding gene: 15672366

Following gene: 15672359

Centisome position: 16.46

GC content: 35.29

Gene sequence:

>2043_bases
ATGCTCCATATTATTTTTTATGTCATTGTTTTCCTTTTGGTATTAGTTTTTTCAAATGTCCTTAACAAAGTTTTCCCAAA
ACTTGCCCTCCCTCTTATTCAAGTGGTTTTAGGACTTATTTTGGGCTTTTTTGGTGCTGACGAGGTTTTACATGTCGCAC
CTGAATTTTTCTTAGGATTTATTATTGCTCCTCTTCTTTTTAGAGAAAGCGAAGAAGCTGATGTCAAACACATTTTAAAA
CATAGTAAAATTATTTTAGTTTTAATTTTCCCTCTTGTCTTCATTACAACCCTTGGATTGGGTTTGATTTCTAATTGGAT
TTACATGGGATTACCTTTAGCTGCTTGCTTTGCATTAGGAGCAAGTCTCGCTCCTACTGATGCTGTAGCTGTTGGAGCTT
TATCAAAGAATTTCTCTTTCCCTCGTCGGGTTATGAGTGTTTTGCAAGGTGAAGGTTTGCTCAATGATGCTTCCGGAATT
ATTTCTTTTCAGATTGCTTTAGTTGCTTTAGTTACTGGTTATTTCTCTTTCCCAGATGCAACAATGAAATTAGTTATTTC
AGCACTTGGTGGAGCTGCTATTGGTTTTACTTTAATTTACATCAAAGGACTTGTCTTAAGACTTCTGGAAGATGTTGACG
CACGGGATGTTTCTGGTTATCTTCTTTTAGAGCTGGTCGTTCCTCTTGCTGCCTTTCTCATTTCCGAAGAATTACATGTT
TCTGGAATCATTGCTGCAGTTGTTGCTGGAGTCATGTCAGCAAACGGTCTTAAGAGAACTACTTTATTTGATGCTCAAGT
TGAAAAACTCAAGAGTACAATTTGGGATACTTTAACATTTATTTTAAATTCCTTTGTCTTTCTTTTCTTAGGAATTGAAC
TTTATCAACTTGTAGTTCCACTTTTAGTTGATCCTGTTTATTCATCAGCACTTTTAATTGTTCTTGCTCTTGCCTTGACT
GCTGGATTATTTGCACTCAGATTTATTGTCATTGCTTTTTATTATTGGCTTCGCTCCCTTAAACAAAAACAACCGTTTTC
TGCTTATTGGAATGATGTATTTCTCCTCACTTTTGCTGGTTCTAAAGGAACAGTAAGTATCGCAACGATTCTTTTGGTTC
CACGAACTGTAGATGTTCAACCCGTTCTCGTCTTTCTAGCCGCTGCGGTAACTGGCTTAAGTTTCTTAGTTGGAATGTTC
ATTCTTCCTTTCTTTGCGGTTAAAAAAGTTTCTAAAGTTAATAATATCTCTAAAATTGCGATTTTATCTGAGGTAGTTGA
TGAATTACATCAGGATATGAAATCGGCTAAAAACCCTCAGGGTTATGATATCGCTATTGATGCTTATCAGGAACGAATTC
AACAATTAATTATTGAACAAGAGTCAACAGATATGGCGATTGATTACAATGATTTGCAACTTTTGATTATCCGAATTGAA
TCTGAAGGGCTTGAAGTTGCCTTGCGTGAAAATAAAATTTCAATGTATACTTACCGAACTTATCAACGATATATTCGCTC
ATTAGAAACAAGTATTGTCCATTCACTGGTTTCCAGTATCCAATTTGTTTATGTTATTGCCTTGCGTGCTTTTCATTTAC
TTACCTCTCGTGTCTTACATGTTGACTTTTATTTCAAGAAAACAAAGGCGGCAATGGAAACAACACGAGATGAAATTACT
GAACTTTATTTCAATAATACCGAACTTATCTTGCAAGCTCTTGATAATTTAAATGGTGTCTTTGATGAGCAACTATTGAA
TTTCTTGCAATCAGAACGTTTAAGAACATCTGAAATCGTCGCAACTGGTGGTCATATTTCACGGATGATGAATAAGGCTC
AGCCTAACAACATTACCGAAATGATGCGGGCCTATTATTTGGAACGTAAAGTCATTTTTGAACATGAACTTTCTGGAGCA
ATTACTGCACGAGAAGCCAAAGATATGCGTCTTAATGTTAATATTCTTGAAGATTATTCACTTGCAAGTAATCATCATAC
ATTACTTTTTGACTTCTTAGAACGTCGGAAAAATAAAAATTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTTGAAATAAATTATGTAGATTAGGTACGGTAGAGCTAGCTTTGATAGCTCTACTTTGTACTTTTTAGCGCTCATTAGTC
AATTACACAGAAAGGACTCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
AATAAAAAGTTACTGACAGACCTGTCAGTAACTTTTTATTTTTCAATTCTAATAATCGTTTCTAACTCAATATTTCCTTG
AATCGCTCTTGAAATCATGC

Product: Na+/H+ antiporter

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 680; Mature: 680

Protein sequence:

>680_residues
MLHIIFYVIVFLLVLVFSNVLNKVFPKLALPLIQVVLGLILGFFGADEVLHVAPEFFLGFIIAPLLFRESEEADVKHILK
HSKIILVLIFPLVFITTLGLGLISNWIYMGLPLAACFALGASLAPTDAVAVGALSKNFSFPRRVMSVLQGEGLLNDASGI
ISFQIALVALVTGYFSFPDATMKLVISALGGAAIGFTLIYIKGLVLRLLEDVDARDVSGYLLLELVVPLAAFLISEELHV
SGIIAAVVAGVMSANGLKRTTLFDAQVEKLKSTIWDTLTFILNSFVFLFLGIELYQLVVPLLVDPVYSSALLIVLALALT
AGLFALRFIVIAFYYWLRSLKQKQPFSAYWNDVFLLTFAGSKGTVSIATILLVPRTVDVQPVLVFLAAAVTGLSFLVGMF
ILPFFAVKKVSKVNNISKIAILSEVVDELHQDMKSAKNPQGYDIAIDAYQERIQQLIIEQESTDMAIDYNDLQLLIIRIE
SEGLEVALRENKISMYTYRTYQRYIRSLETSIVHSLVSSIQFVYVIALRAFHLLTSRVLHVDFYFKKTKAAMETTRDEIT
ELYFNNTELILQALDNLNGVFDEQLLNFLQSERLRTSEIVATGGHISRMMNKAQPNNITEMMRAYYLERKVIFEHELSGA
ITAREAKDMRLNVNILEDYSLASNHHTLLFDFLERRKNKN

Sequences:

>Translated_680_residues
MLHIIFYVIVFLLVLVFSNVLNKVFPKLALPLIQVVLGLILGFFGADEVLHVAPEFFLGFIIAPLLFRESEEADVKHILK
HSKIILVLIFPLVFITTLGLGLISNWIYMGLPLAACFALGASLAPTDAVAVGALSKNFSFPRRVMSVLQGEGLLNDASGI
ISFQIALVALVTGYFSFPDATMKLVISALGGAAIGFTLIYIKGLVLRLLEDVDARDVSGYLLLELVVPLAAFLISEELHV
SGIIAAVVAGVMSANGLKRTTLFDAQVEKLKSTIWDTLTFILNSFVFLFLGIELYQLVVPLLVDPVYSSALLIVLALALT
AGLFALRFIVIAFYYWLRSLKQKQPFSAYWNDVFLLTFAGSKGTVSIATILLVPRTVDVQPVLVFLAAAVTGLSFLVGMF
ILPFFAVKKVSKVNNISKIAILSEVVDELHQDMKSAKNPQGYDIAIDAYQERIQQLIIEQESTDMAIDYNDLQLLIIRIE
SEGLEVALRENKISMYTYRTYQRYIRSLETSIVHSLVSSIQFVYVIALRAFHLLTSRVLHVDFYFKKTKAAMETTRDEIT
ELYFNNTELILQALDNLNGVFDEQLLNFLQSERLRTSEIVATGGHISRMMNKAQPNNITEMMRAYYLERKVIFEHELSGA
ITAREAKDMRLNVNILEDYSLASNHHTLLFDFLERRKNKN
>Mature_680_residues
MLHIIFYVIVFLLVLVFSNVLNKVFPKLALPLIQVVLGLILGFFGADEVLHVAPEFFLGFIIAPLLFRESEEADVKHILK
HSKIILVLIFPLVFITTLGLGLISNWIYMGLPLAACFALGASLAPTDAVAVGALSKNFSFPRRVMSVLQGEGLLNDASGI
ISFQIALVALVTGYFSFPDATMKLVISALGGAAIGFTLIYIKGLVLRLLEDVDARDVSGYLLLELVVPLAAFLISEELHV
SGIIAAVVAGVMSANGLKRTTLFDAQVEKLKSTIWDTLTFILNSFVFLFLGIELYQLVVPLLVDPVYSSALLIVLALALT
AGLFALRFIVIAFYYWLRSLKQKQPFSAYWNDVFLLTFAGSKGTVSIATILLVPRTVDVQPVLVFLAAAVTGLSFLVGMF
ILPFFAVKKVSKVNNISKIAILSEVVDELHQDMKSAKNPQGYDIAIDAYQERIQQLIIEQESTDMAIDYNDLQLLIIRIE
SEGLEVALRENKISMYTYRTYQRYIRSLETSIVHSLVSSIQFVYVIALRAFHLLTSRVLHVDFYFKKTKAAMETTRDEIT
ELYFNNTELILQALDNLNGVFDEQLLNFLQSERLRTSEIVATGGHISRMMNKAQPNNITEMMRAYYLERKVIFEHELSGA
ITAREAKDMRLNVNILEDYSLASNHHTLLFDFLERRKNKN

Specific function: Transporter involved in the efflux of sodium, potassium, lithium and rubidium [H]

COG id: COG0025

COG function: function code P; NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporters

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the monovalent cation:proton antiporter 1 (CPA1) transporter (TC 2.A.36) family. Nhak (TC 2.A.36.3.2) subfamily [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790501, Length=562, Percent_Identity=30.0711743772242, Blast_Score=196, Evalue=4e-51,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI71992107, Length=330, Percent_Identity=20.3030303030303, Blast_Score=67, Evalue=4e-11,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI71992101, Length=330, Percent_Identity=20.3030303030303, Blast_Score=66, Evalue=5e-11,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6320663, Length=367, Percent_Identity=23.1607629427793, Blast_Score=68, Evalue=4e-12,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR006153
- InterPro:   IPR018422
- InterPro:   IPR018417
- InterPro:   IPR004705 [H]

Pfam domain/function: PF00999 Na_H_Exchanger [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 76084; Mature: 76084

Theoretical pI: Translated: 6.46; Mature: 6.46

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.1 %Cys     (Translated Protein)
2.2 %Met     (Translated Protein)
2.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.1 %Cys     (Mature Protein)
2.2 %Met     (Mature Protein)
2.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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CCCCCHHHHHHHHHHHCCCC
>Mature Secondary Structure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CCCCCHHHHHHHHHHHCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]