Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is ygcB [C]

Identifier: 150401493

GI number: 150401493

Start: 1113202

End: 1115520

Strand: Reverse

Name: ygcB [C]

Synonym: Maeo_1070

Alternate gene names: 150401493

Gene position: 1115520-1113202 (Counterclockwise)

Preceding gene: 150401494

Following gene: 150401492

Centisome position: 71.07

GC content: 26.43

Gene sequence:

>2319_bases
ATGGAGCTTATATCTCATCCTAATCCTGACTATCCACTAAAAAAACACCTCATAATGACAAAAAATAGGGCATTATCTAA
ATACAATTCTCTAAAATTAAAATACTTTAATAATGCTATTATAAAGGATATTTTAAAAATAATATGCTTATCTCATGATT
TTGGAAAAACTACAACCTATTTTCAAAAATACATAAGAAATGAGAAAATAGAAAAAAGAATATTAAAAAGACATTCGGAA
ATATCGTTTGTTTTAGCAAATTATGTTATAAAGAGCTATTTAGAATCAAAAAATATAGATAACAAATATTATCAAATATT
TTCATTGTGTATAAAAAAGCATCATGGCAATTTATCGGAGCTCCTAAATGATGCCTCCATACAGGATGAAGACATTTTAA
AAAAACAGTTTGATGAATTAAATTTCAATTTTATAAACAATATATTAAATGAAAATAATTTCCCAAAATTGAATTGTGAT
ATTGAGGAACTTATTTCAGAAGTTGAAGAATTGGAATATCTCTGTGATGACTTAAAATACGAAATCAACGATGAAATGAA
AATTGAGACATATTATTTATATCAATATTTATTTTCTCTATTAATATCATCGGATAAAGAGGATGCCATATTTAGACAAA
ATACAGAACTCGGAGTTTCTAATGAAATACCTTCCGACATTATTGATTATATCGAAAATAAACCTAAAATCAAACCAATA
GACCATCTAAGAACAGAAATATTTTATAAAATTTCAAATAAAGTACATAATTTAGATTTAAATCAGAAAATATACACATT
AAACGCTCCAACAGGAATTGGAAAGACTCTTACTATTTTTAATTTTGCCCTAAAATTGTCAAATCGGATAAAAACTGAAA
AAAATATCGATATGAAAATAATATACTGCCTTCCATTTTTAAGTATCATTGACCAAAACTACAAAGTTTTAAATGAAGTT
TTAAAAAATCCTCCTTCAAATATTCTTTTAAAACATCACCATCTGTCAGATGTGGTATATTGGCATGAGAAAAATGGGGA
AGAGAATATACTGGATGAAAATAAATCACTTCATTTAATGGAAACATGGAGCTCCAAAATAATTACAACAACATTTATGC
AGTTGTTTTACAGCATATTTTCAAATAAAAACAGCGACTTAAAAAAGTTCAGCAGCTTATCTAACAGCATAATTATATTG
GATGAAATACAGTCCATTCCCCACAAATACTGGCATTTAGTAAATAAAATATTCAGATTTTTGGCAGAGGAGTATAATAT
ATATTTTATACTTACAACAGCCACGCTACCTATGATTTTTGATAAAAATGAATGCGTAGAACTTCTTGACGATAAAGAAC
ATTATTTTTCAAACTTAAATAGAATAAAAATGAAAATACACAATGAACCTATGGATTTAACTGAATTTGTAGGCGTATTA
GACGAAGACATAAACAACAATCCAGATAAAGATTTTTTAATAGTATTGAATACCATAAAATCATCAAAAGAAGTTTATGA
CTTATTAAAGGAATATAACTATGAAAATACTGAATATTATTACTTATCCACCAATATATATCCAAAGGAACGATTAAACC
GTATTGAGAAGATTAATAAAAATAATAAAAACAATAACCGAAAAATCATAGTATCCACCCAGTTAATCGAAGCAGGAGTG
GATATAAGCGTTGATATTGTGTATAGGGACATTGCACCATTGGACTCAATAAATCAAACTGCGGGGAGATGTAACAGACA
TGGAGAAGGAACAGAACAGGGAATTATAAACATAGTCAAACTAATCAATGATAATGGTCATCCATTCAGCAGGTATATTT
ATAACGGAGCTCTCATTTCAAAGACTGAGGAATTATTAAAAAATTATGATGAAATTGAAGAAAGGGAGCTCCTAAATATT
AACAATTGTTATTTTAAAAAATTAAAAGGATATGATGATTCATCGAGGGAGCTCCTAGAAATTATTAAATCATTCAAATA
TAATAATGTACCTAAAAATTTTAAATTAATTGACGAAATACCACAAATAAATCTGTTTGTGAATGTTGAAGATGATGCAA
AAAAAGTATATGCTGAATATGAACGGATAAAAAGTATAAAAGACCCATTTAAAAGAAAGAGGGAATTTTTAAAAATAAAA
AAGGAATTTTATCAGTACATAATATCAATCCAAAAACATGCAATCAAAGGAAAAGATATTTTAATAGATGAAAATAAAGA
TATAACCATAATTGATAATAAATATTATAATATAGAGACAGGATTTAATGCTGTCGAGGATAATATGTTAATATTATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AACGAAATGGAGAATCAATAAATTGCAAGGTTAAAGAGTATTATCATATCCCAGAACTAAAAGAGAATATTACGCTTATT
TAATTATTGAGGGACAATAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
GGGAAAATATGAAATTAAAAACAATGCACTGTAAATTAAAAACAGATAGACCATTAAAAAAATTTCAAACCTCTTATTTA
AGGGGGTATATTTTAAATAA

Product: CRISPR-associated helicase Cas3

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 772; Mature: 772

Protein sequence:

>772_residues
MELISHPNPDYPLKKHLIMTKNRALSKYNSLKLKYFNNAIIKDILKIICLSHDFGKTTTYFQKYIRNEKIEKRILKRHSE
ISFVLANYVIKSYLESKNIDNKYYQIFSLCIKKHHGNLSELLNDASIQDEDILKKQFDELNFNFINNILNENNFPKLNCD
IEELISEVEELEYLCDDLKYEINDEMKIETYYLYQYLFSLLISSDKEDAIFRQNTELGVSNEIPSDIIDYIENKPKIKPI
DHLRTEIFYKISNKVHNLDLNQKIYTLNAPTGIGKTLTIFNFALKLSNRIKTEKNIDMKIIYCLPFLSIIDQNYKVLNEV
LKNPPSNILLKHHHLSDVVYWHEKNGEENILDENKSLHLMETWSSKIITTTFMQLFYSIFSNKNSDLKKFSSLSNSIIIL
DEIQSIPHKYWHLVNKIFRFLAEEYNIYFILTTATLPMIFDKNECVELLDDKEHYFSNLNRIKMKIHNEPMDLTEFVGVL
DEDINNNPDKDFLIVLNTIKSSKEVYDLLKEYNYENTEYYYLSTNIYPKERLNRIEKINKNNKNNNRKIIVSTQLIEAGV
DISVDIVYRDIAPLDSINQTAGRCNRHGEGTEQGIINIVKLINDNGHPFSRYIYNGALISKTEELLKNYDEIEERELLNI
NNCYFKKLKGYDDSSRELLEIIKSFKYNNVPKNFKLIDEIPQINLFVNVEDDAKKVYAEYERIKSIKDPFKRKREFLKIK
KEFYQYIISIQKHAIKGKDILIDENKDITIIDNKYYNIETGFNAVEDNMLIL

Sequences:

>Translated_772_residues
MELISHPNPDYPLKKHLIMTKNRALSKYNSLKLKYFNNAIIKDILKIICLSHDFGKTTTYFQKYIRNEKIEKRILKRHSE
ISFVLANYVIKSYLESKNIDNKYYQIFSLCIKKHHGNLSELLNDASIQDEDILKKQFDELNFNFINNILNENNFPKLNCD
IEELISEVEELEYLCDDLKYEINDEMKIETYYLYQYLFSLLISSDKEDAIFRQNTELGVSNEIPSDIIDYIENKPKIKPI
DHLRTEIFYKISNKVHNLDLNQKIYTLNAPTGIGKTLTIFNFALKLSNRIKTEKNIDMKIIYCLPFLSIIDQNYKVLNEV
LKNPPSNILLKHHHLSDVVYWHEKNGEENILDENKSLHLMETWSSKIITTTFMQLFYSIFSNKNSDLKKFSSLSNSIIIL
DEIQSIPHKYWHLVNKIFRFLAEEYNIYFILTTATLPMIFDKNECVELLDDKEHYFSNLNRIKMKIHNEPMDLTEFVGVL
DEDINNNPDKDFLIVLNTIKSSKEVYDLLKEYNYENTEYYYLSTNIYPKERLNRIEKINKNNKNNNRKIIVSTQLIEAGV
DISVDIVYRDIAPLDSINQTAGRCNRHGEGTEQGIINIVKLINDNGHPFSRYIYNGALISKTEELLKNYDEIEERELLNI
NNCYFKKLKGYDDSSRELLEIIKSFKYNNVPKNFKLIDEIPQINLFVNVEDDAKKVYAEYERIKSIKDPFKRKREFLKIK
KEFYQYIISIQKHAIKGKDILIDENKDITIIDNKYYNIETGFNAVEDNMLIL
>Mature_772_residues
MELISHPNPDYPLKKHLIMTKNRALSKYNSLKLKYFNNAIIKDILKIICLSHDFGKTTTYFQKYIRNEKIEKRILKRHSE
ISFVLANYVIKSYLESKNIDNKYYQIFSLCIKKHHGNLSELLNDASIQDEDILKKQFDELNFNFINNILNENNFPKLNCD
IEELISEVEELEYLCDDLKYEINDEMKIETYYLYQYLFSLLISSDKEDAIFRQNTELGVSNEIPSDIIDYIENKPKIKPI
DHLRTEIFYKISNKVHNLDLNQKIYTLNAPTGIGKTLTIFNFALKLSNRIKTEKNIDMKIIYCLPFLSIIDQNYKVLNEV
LKNPPSNILLKHHHLSDVVYWHEKNGEENILDENKSLHLMETWSSKIITTTFMQLFYSIFSNKNSDLKKFSSLSNSIIIL
DEIQSIPHKYWHLVNKIFRFLAEEYNIYFILTTATLPMIFDKNECVELLDDKEHYFSNLNRIKMKIHNEPMDLTEFVGVL
DEDINNNPDKDFLIVLNTIKSSKEVYDLLKEYNYENTEYYYLSTNIYPKERLNRIEKINKNNKNNNRKIIVSTQLIEAGV
DISVDIVYRDIAPLDSINQTAGRCNRHGEGTEQGIINIVKLINDNGHPFSRYIYNGALISKTEELLKNYDEIEERELLNI
NNCYFKKLKGYDDSSRELLEIIKSFKYNNVPKNFKLIDEIPQINLFVNVEDDAKKVYAEYERIKSIKDPFKRKREFLKIK
KEFYQYIISIQKHAIKGKDILIDENKDITIIDNKYYNIETGFNAVEDNMLIL

Specific function: Unknown

COG id: COG1203

COG function: function code R; Predicted helicases

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 helicase C-terminal domain [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR011545
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR006474
- InterPro:   IPR014021 [H]

Pfam domain/function: PF00270 DEAD; PF00271 Helicase_C [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 91335; Mature: 91335

Theoretical pI: Translated: 6.44; Mature: 6.44

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.0 %Cys     (Translated Protein)
1.3 %Met     (Translated Protein)
2.3 %Cys+Met (Translated Protein)
1.0 %Cys     (Mature Protein)
1.3 %Met     (Mature Protein)
2.3 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MELISHPNPDYPLKKHLIMTKNRALSKYNSLKLKYFNNAIIKDILKIICLSHDFGKTTTY
CCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHH
FQKYIRNEKIEKRILKRHSEISFVLANYVIKSYLESKNIDNKYYQIFSLCIKKHHGNLSE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH
LLNDASIQDEDILKKQFDELNFNFINNILNENNFPKLNCDIEELISEVEELEYLCDDLKY
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
EINDEMKIETYYLYQYLFSLLISSDKEDAIFRQNTELGVSNEIPSDIIDYIENKPKIKPI
CCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCH
DHLRTEIFYKISNKVHNLDLNQKIYTLNAPTGIGKTLTIFNFALKLSNRIKTEKNIDMKI
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEE
IYCLPFLSIIDQNYKVLNEVLKNPPSNILLKHHHLSDVVYWHEKNGEENILDENKSLHLM
EHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCHHCCCCCEEEE
ETWSSKIITTTFMQLFYSIFSNKNSDLKKFSSLSNSIIILDEIQSIPHKYWHLVNKIFRF
EHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH
LAEEYNIYFILTTATLPMIFDKNECVELLDDKEHYFSNLNRIKMKIHNEPMDLTEFVGVL
HHHHCCEEEEEECCCCCEEECCHHHHHHHCCHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHH
DEDINNNPDKDFLIVLNTIKSSKEVYDLLKEYNYENTEYYYLSTNIYPKERLNRIEKINK
HHHCCCCCCCCEEEEEEHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCC
NNKNNNRKIIVSTQLIEAGVDISVDIVYRDIAPLDSINQTAGRCNRHGEGTEQGIINIVK
CCCCCCCEEEEEEEHHHCCCCEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH
LINDNGHPFSRYIYNGALISKTEELLKNYDEIEERELLNINNCYFKKLKGYDDSSRELLE
HHCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
IIKSFKYNNVPKNFKLIDEIPQINLFVNVEDDAKKVYAEYERIKSIKDPFKRKREFLKIK
HHHHHCCCCCCCCCHHHHCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
KEFYQYIISIQKHAIKGKDILIDENKDITIIDNKYYNIETGFNAVEDNMLIL
HHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEEC
>Mature Secondary Structure
MELISHPNPDYPLKKHLIMTKNRALSKYNSLKLKYFNNAIIKDILKIICLSHDFGKTTTY
CCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHH
FQKYIRNEKIEKRILKRHSEISFVLANYVIKSYLESKNIDNKYYQIFSLCIKKHHGNLSE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH
LLNDASIQDEDILKKQFDELNFNFINNILNENNFPKLNCDIEELISEVEELEYLCDDLKY
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
EINDEMKIETYYLYQYLFSLLISSDKEDAIFRQNTELGVSNEIPSDIIDYIENKPKIKPI
CCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCH
DHLRTEIFYKISNKVHNLDLNQKIYTLNAPTGIGKTLTIFNFALKLSNRIKTEKNIDMKI
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEE
IYCLPFLSIIDQNYKVLNEVLKNPPSNILLKHHHLSDVVYWHEKNGEENILDENKSLHLM
EHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCHHCCCCCEEEE
ETWSSKIITTTFMQLFYSIFSNKNSDLKKFSSLSNSIIILDEIQSIPHKYWHLVNKIFRF
EHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH
LAEEYNIYFILTTATLPMIFDKNECVELLDDKEHYFSNLNRIKMKIHNEPMDLTEFVGVL
HHHHCCEEEEEECCCCCEEECCHHHHHHHCCHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHH
DEDINNNPDKDFLIVLNTIKSSKEVYDLLKEYNYENTEYYYLSTNIYPKERLNRIEKINK
HHHCCCCCCCCEEEEEEHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCC
NNKNNNRKIIVSTQLIEAGVDISVDIVYRDIAPLDSINQTAGRCNRHGEGTEQGIINIVK
CCCCCCCEEEEEEEHHHCCCCEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH
LINDNGHPFSRYIYNGALISKTEELLKNYDEIEERELLNINNCYFKKLKGYDDSSRELLE
HHCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
IIKSFKYNNVPKNFKLIDEIPQINLFVNVEDDAKKVYAEYERIKSIKDPFKRKREFLKIK
HHHHHCCCCCCCCCHHHHCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
KEFYQYIISIQKHAIKGKDILIDENKDITIIDNKYYNIETGFNAVEDNMLIL
HHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEEC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8688087 [H]