| Definition | Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009328 |
| Length | 3,550,319 |
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The map label for this gene is ypbR [H]
Identifier: 138895066
GI number: 138895066
Start: 1496876
End: 1500604
Strand: Direct
Name: ypbR [H]
Synonym: GTNG_1404
Alternate gene names: 138895066
Gene position: 1496876-1500604 (Clockwise)
Preceding gene: 138895065
Following gene: 138895067
Centisome position: 42.16
GC content: 56.8
Gene sequence:
>3729_bases ATGGGATATGTTGCAACTGAGCGGCCGTCATTGCGGCCGTGGCTGGCGAAAATGATCGAGATGTATGAACAGCTTCAGAC AACGGGGGACAAAGAAAACGCGAACAAAGTGAAGCAGCTTATGGAAAAAATGGCAGCCGGGGAGCTTATTGTCGCATTTT GCGGTCATTTTTCTGCCGGCAAATCAAGTTTGATCAACGCGCTGCTCGGCGAACCGCTGTTGCCGTCGAGCCCGATTCCG ACGAGTGCGAATCTTGTGAAAGTGAAAGCCGGTCGGGATTATGTGCGCGTCTTTTACCACCGTGATGCGCCGGTCGAGTA CGAACCGCCGTACGATCCGGAACTGATTCGTGCTCAATGCCGGGACGGGGAGACGATTGAATGGATTGAGATTAGTCGTG AAACAGACGCCATTCCGCCAGGAGTCGCCATCTTGGACACGCCGGGCATCGACTCGACGGACGACGCCCACCGACTGGCG ACCGAGTCTGCACTTCATTTAGCTGATGTCGTCTTTTATGTCATGGATTATAACCATGTACAAGCGGAATTAAACTTTCA ATTTACGAAACAATTAACGGACGAAGGAAAAACCGTCTATTTGATCATCAATCAAATCGACAAACACCGTGAGGACGAAC TGCCGTTTGCTGCGTTTCGCGACTCGGCGGCTAGGGCGTTCCGAAGTTGGGGAGTCGAGGCGGCCGGCCTGTTTTTCCTC TCGTTAAAAGCGCCGGACCATCCGCATAACGAATGGCATGAGCTGTCAGCCTGTTTGCGTCAGTTGTTTGCGGACAAAGA TGAGTGGCTCGTCCGCGGCGCCGAAGCCGGTTTAAAACGGATCGCCGACCGTCATATCGAACAGCTTTGTACCCGACATG AGCCGCTTGAACAAGAAATGCGCATGCAGCTTCAGAAGCTTGGCGGCGCGGATGATGAGGCGGCGGCTATGGAGGAGCTT GGACGGTTGGAGACGGAGTTGGCTAAGTGGCAGACGGCACCCAAGCGGGTGGAGGAGACATTTCGGACCGAACTTGAGCA CGTGCTACAAAACGCCTATTTGATGCCGTTTGAAACAAGAGAGCGGGCGGAAGCGTACTTGCAGGCCATGCGGCCCGATT TTAAGGTGGGGTGGTGGTTTGCAAAGGCGAAAACAGAAGAGGAGCGACAACGGCGGTTCGCTGCGTTTTACGAAAGCGTC AAGGCACAAGCGGAGGCGCAAATTGAATGGCACGTCCGCCAGTTGCTTCTTCGGGTTGGAAACGAATGGAATGCTGACCG TGCTTGGCTTGGTAAGTGCCAGCAATGGACGGTGGAGTGGGAGGCGACGCTGCTCGCCAGCCTCGTCAAACAAGGCGCGG ATACAAGCGGTGCGGCGCTATTAAACTATACGGATGAGGTCGCTGCAGCGCTGAAAAAATGTTACCGTGACTCGGCGTTC ACCTTGTTTGCTGAGCTCTTGGAACAAATCGCCAAACAGGCGGCTGCCCAAATGGATGCATTGAGTGATGAGCTTTCGAG GGCGCGTGAAAAGGTGGAGCTCATCGGCCGCCTCGCCCGCCTCAAATTCGAGCGGGAAGAGCGCCAACGCTCATTTGAAC AGCTCATCGCCGCTCCGGGTGATGACGCAACGCTTGATGAGACCCGCCTTGCTTTGCTGACTGCGCCGCCTGATTTCCGC AAGGCACGCCATGTGGAAACGCCAAAACAGCAAGTCGCTGCCAAAGAGCAAGCGCTCGGTCAGAAAGGCGCGGTGGCTGG CAACGAATTGGAGGACGAAAGAACAGGGGAATCCCGTACGCCGTCAGCCGGTGGAAAACGGCGTAGCGAACAGGCCGCCG ACCGGCTTGATGAAGCGGCGGCTTACCTTGAACAAGCGGATTTGTTGCGCCGTTTCGCTGGCCCGCTGCGCGACAAGGCG AGCCGGCTCCGCACGCGCGCGTTTACGGTTGCCTTGTTTGGCGCTTTCAGCGCCGGCAAGTCATCACTTGCCAACGCTTT GCTTGGCGCACCGCTTTTGCCGTCTTCGCCGAACCCGACGACCGCCGCTATCAGCAAAATCGCACCGCCCGACAAAGAGC ACCCGCACGGTACGGCGATCGTAAAAGTGAAAAGCGAATCGCAAATTTGGGCTGATATACAAGCATCGCTCAGCCAGTTC GGCCATCAGGCGGATACATGGGAGGAAGCGCTTCGCCTCTGTGCCCGTCTTGCCGAGTCTGGGGCCGAACATCCGGCGCA AAAGCCGCATGTTGCCTTTTTGGCGGCCGTTGCGGCCGGCTACGAGCGGATGTGCGATCGATTTGGGGCAACGCTGTCGA TCCGTTTCGAGGAGCTGGAGGGGTATGTGGCTGACGAAGCGGTGTCGTGTTTCTTAGATGAGGTTGTGCTGTATGCCGAC TGTCCGCTCACCCGCCAAGGGGTGACGCTTGTCGATACGCCGGGAGTCGATTCGCTAAACGCCCGCCATACCGGAGTGGC GTTCCATTATATGAAACATGCGGACGCGCTACTGTTTGTGACGTATTACAACCATGCGTTTTCGAAAGCGGACCGCGAGT TTTTGCTTCAGCTCGGGCGGGTCAAAGATGCGTTTGCGCTTGACAAAATGTTTTTCATCATCAATGCGGCCGACTTGGCT CAATCAAAGGAAGAACTTGATGCTGTCATCGCCTACATGAACGATGAGCTCGCCCGTTTTGGCATCCGTTTTCCGCGTCT TTATGCTCTCTCAAGCCGCATGGCGCTGGCGGAAAAAATGGGGGTGGAGCCTAGCGCGCGCGGCGTCTTGGCGGATTCCG GTTTGCCCGCCTTCGAAGCAGACTTTTTCCGTTTCTTGACGGAAGAGCTGACTGAGGTGGCGGTCGAGAGCGCCTATGCT GAGCTCGAGCGGGCGTGGCAGACGGCGGCGGAATACGCGCGGGCCGCTGGGCAGAGCGAGGCGGAAAAAGCGGCGAAGCG GCGCGCGCTTGAGGAAGTCAAGGTAAAAATGCGCACCGTGCTCGCCGATGCCGTCGATGCCTACGGCCAGCACGCACTTG GCCAAGAAGCCGACGAACTGCTTTATTACGTGAAACAGCGTGCCTTTTTCCGCTTGAATGACACGTTTAAAGAGGCGTTC AATCCGTCGGTGCTTCGCGACGACCAAGGTCCAGTGCGCCGGGTGCTTGAGCGTTGTCTTGACGAGCTGCTTGCGTCCGT TGGCTTTGATTTGGCGCAAGAGATGCGGGCAACGAGCTTGCGTGTTGAGGCATTTTTGCATAAACGGCTTGCCGAGCAGT TCGCTCGCTTGAGCAGTGAGCTTCGCCGCCTTGATGAGGCGCTCGCACTCGTGCCGCCGGAGTCGTTTGCTTTTGCGGCA CCGGAGTTCGCCAACGCCCTTAGCGATGTGAATCGGGGACGGTTTGCTAAGGCGCTTTCACTCTATAAAAACGCGAAATC GTTTTTTGAGCGCGATGAGAAGCGGCGGATGAAAGAAGAGATTGAAGCAGCGCTCGTTGAGCCGGTTGATCGGTATTTGG CCGAGCAAAAAGAGCGGCTCATCTCCGTATATGCCAAGCAATACGAGGATGCCGTCGCTGCGCTTACGGCTGCGCTCACC GATCAAGTTGACAGCTATATGGACGGTTTAATGGCAGCGCTCGCTGAAACAGCAGACTCCGAGGCGCTCAGCCGGATCGA AGCGGCGCTTCGCGGCCTTCTTTCTAGAGAAGACAGGGAGGCGCGCTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases AAACGAACGGGCGGGATTTTTTTGTTTTTCTATTGGGAAATGGGACGAAATACAGTAAAATGAATGTAAACGATATTGAC GGAAACAAGGGGTTTGGGTC
Downstream 100 bases:
>100_bases TGAACCGGTTTCACGCTTGTGCGACATGTATCCACTACGGCATAGAAAAGCGGGCCAACGGGTTATACACGTATTGCCGC CGGCTCGGCTATGCGACGAA
Product: putative GTPase
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1242; Mature: 1241
Protein sequence:
>1242_residues MGYVATERPSLRPWLAKMIEMYEQLQTTGDKENANKVKQLMEKMAAGELIVAFCGHFSAGKSSLINALLGEPLLPSSPIP TSANLVKVKAGRDYVRVFYHRDAPVEYEPPYDPELIRAQCRDGETIEWIEISRETDAIPPGVAILDTPGIDSTDDAHRLA TESALHLADVVFYVMDYNHVQAELNFQFTKQLTDEGKTVYLIINQIDKHREDELPFAAFRDSAARAFRSWGVEAAGLFFL SLKAPDHPHNEWHELSACLRQLFADKDEWLVRGAEAGLKRIADRHIEQLCTRHEPLEQEMRMQLQKLGGADDEAAAMEEL GRLETELAKWQTAPKRVEETFRTELEHVLQNAYLMPFETRERAEAYLQAMRPDFKVGWWFAKAKTEEERQRRFAAFYESV KAQAEAQIEWHVRQLLLRVGNEWNADRAWLGKCQQWTVEWEATLLASLVKQGADTSGAALLNYTDEVAAALKKCYRDSAF TLFAELLEQIAKQAAAQMDALSDELSRAREKVELIGRLARLKFEREERQRSFEQLIAAPGDDATLDETRLALLTAPPDFR KARHVETPKQQVAAKEQALGQKGAVAGNELEDERTGESRTPSAGGKRRSEQAADRLDEAAAYLEQADLLRRFAGPLRDKA SRLRTRAFTVALFGAFSAGKSSLANALLGAPLLPSSPNPTTAAISKIAPPDKEHPHGTAIVKVKSESQIWADIQASLSQF GHQADTWEEALRLCARLAESGAEHPAQKPHVAFLAAVAAGYERMCDRFGATLSIRFEELEGYVADEAVSCFLDEVVLYAD CPLTRQGVTLVDTPGVDSLNARHTGVAFHYMKHADALLFVTYYNHAFSKADREFLLQLGRVKDAFALDKMFFIINAADLA QSKEELDAVIAYMNDELARFGIRFPRLYALSSRMALAEKMGVEPSARGVLADSGLPAFEADFFRFLTEELTEVAVESAYA ELERAWQTAAEYARAAGQSEAEKAAKRRALEEVKVKMRTVLADAVDAYGQHALGQEADELLYYVKQRAFFRLNDTFKEAF NPSVLRDDQGPVRRVLERCLDELLASVGFDLAQEMRATSLRVEAFLHKRLAEQFARLSSELRRLDEALALVPPESFAFAA PEFANALSDVNRGRFAKALSLYKNAKSFFERDEKRRMKEEIEAALVEPVDRYLAEQKERLISVYAKQYEDAVAALTAALT DQVDSYMDGLMAALAETADSEALSRIEAALRGLLSREDREAR
Sequences:
>Translated_1242_residues MGYVATERPSLRPWLAKMIEMYEQLQTTGDKENANKVKQLMEKMAAGELIVAFCGHFSAGKSSLINALLGEPLLPSSPIP TSANLVKVKAGRDYVRVFYHRDAPVEYEPPYDPELIRAQCRDGETIEWIEISRETDAIPPGVAILDTPGIDSTDDAHRLA TESALHLADVVFYVMDYNHVQAELNFQFTKQLTDEGKTVYLIINQIDKHREDELPFAAFRDSAARAFRSWGVEAAGLFFL SLKAPDHPHNEWHELSACLRQLFADKDEWLVRGAEAGLKRIADRHIEQLCTRHEPLEQEMRMQLQKLGGADDEAAAMEEL GRLETELAKWQTAPKRVEETFRTELEHVLQNAYLMPFETRERAEAYLQAMRPDFKVGWWFAKAKTEEERQRRFAAFYESV KAQAEAQIEWHVRQLLLRVGNEWNADRAWLGKCQQWTVEWEATLLASLVKQGADTSGAALLNYTDEVAAALKKCYRDSAF TLFAELLEQIAKQAAAQMDALSDELSRAREKVELIGRLARLKFEREERQRSFEQLIAAPGDDATLDETRLALLTAPPDFR KARHVETPKQQVAAKEQALGQKGAVAGNELEDERTGESRTPSAGGKRRSEQAADRLDEAAAYLEQADLLRRFAGPLRDKA SRLRTRAFTVALFGAFSAGKSSLANALLGAPLLPSSPNPTTAAISKIAPPDKEHPHGTAIVKVKSESQIWADIQASLSQF GHQADTWEEALRLCARLAESGAEHPAQKPHVAFLAAVAAGYERMCDRFGATLSIRFEELEGYVADEAVSCFLDEVVLYAD CPLTRQGVTLVDTPGVDSLNARHTGVAFHYMKHADALLFVTYYNHAFSKADREFLLQLGRVKDAFALDKMFFIINAADLA QSKEELDAVIAYMNDELARFGIRFPRLYALSSRMALAEKMGVEPSARGVLADSGLPAFEADFFRFLTEELTEVAVESAYA ELERAWQTAAEYARAAGQSEAEKAAKRRALEEVKVKMRTVLADAVDAYGQHALGQEADELLYYVKQRAFFRLNDTFKEAF NPSVLRDDQGPVRRVLERCLDELLASVGFDLAQEMRATSLRVEAFLHKRLAEQFARLSSELRRLDEALALVPPESFAFAA PEFANALSDVNRGRFAKALSLYKNAKSFFERDEKRRMKEEIEAALVEPVDRYLAEQKERLISVYAKQYEDAVAALTAALT DQVDSYMDGLMAALAETADSEALSRIEAALRGLLSREDREAR >Mature_1241_residues GYVATERPSLRPWLAKMIEMYEQLQTTGDKENANKVKQLMEKMAAGELIVAFCGHFSAGKSSLINALLGEPLLPSSPIPT SANLVKVKAGRDYVRVFYHRDAPVEYEPPYDPELIRAQCRDGETIEWIEISRETDAIPPGVAILDTPGIDSTDDAHRLAT ESALHLADVVFYVMDYNHVQAELNFQFTKQLTDEGKTVYLIINQIDKHREDELPFAAFRDSAARAFRSWGVEAAGLFFLS LKAPDHPHNEWHELSACLRQLFADKDEWLVRGAEAGLKRIADRHIEQLCTRHEPLEQEMRMQLQKLGGADDEAAAMEELG RLETELAKWQTAPKRVEETFRTELEHVLQNAYLMPFETRERAEAYLQAMRPDFKVGWWFAKAKTEEERQRRFAAFYESVK AQAEAQIEWHVRQLLLRVGNEWNADRAWLGKCQQWTVEWEATLLASLVKQGADTSGAALLNYTDEVAAALKKCYRDSAFT LFAELLEQIAKQAAAQMDALSDELSRAREKVELIGRLARLKFEREERQRSFEQLIAAPGDDATLDETRLALLTAPPDFRK ARHVETPKQQVAAKEQALGQKGAVAGNELEDERTGESRTPSAGGKRRSEQAADRLDEAAAYLEQADLLRRFAGPLRDKAS RLRTRAFTVALFGAFSAGKSSLANALLGAPLLPSSPNPTTAAISKIAPPDKEHPHGTAIVKVKSESQIWADIQASLSQFG HQADTWEEALRLCARLAESGAEHPAQKPHVAFLAAVAAGYERMCDRFGATLSIRFEELEGYVADEAVSCFLDEVVLYADC PLTRQGVTLVDTPGVDSLNARHTGVAFHYMKHADALLFVTYYNHAFSKADREFLLQLGRVKDAFALDKMFFIINAADLAQ SKEELDAVIAYMNDELARFGIRFPRLYALSSRMALAEKMGVEPSARGVLADSGLPAFEADFFRFLTEELTEVAVESAYAE LERAWQTAAEYARAAGQSEAEKAAKRRALEEVKVKMRTVLADAVDAYGQHALGQEADELLYYVKQRAFFRLNDTFKEAFN PSVLRDDQGPVRRVLERCLDELLASVGFDLAQEMRATSLRVEAFLHKRLAEQFARLSSELRRLDEALALVPPESFAFAAP EFANALSDVNRGRFAKALSLYKNAKSFFERDEKRRMKEEIEAALVEPVDRYLAEQKERLISVYAKQYEDAVAALTAALTD QVDSYMDGLMAALAETADSEALSRIEAALRGLLSREDREAR
Specific function: Unknown
COG id: COG0699
COG function: function code R; Predicted GTPases (dynamin-related)
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR001401 [H]
Pfam domain/function: PF00350 Dynamin_N [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 139225; Mature: 139093
Theoretical pI: Translated: 5.04; Mature: 5.04
Prosite motif: PS50096 IQ
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.9 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 2.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.9 %Cys (Mature Protein) 1.8 %Met (Mature Protein) 2.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MGYVATERPSLRPWLAKMIEMYEQLQTTGDKENANKVKQLMEKMAAGELIVAFCGHFSAG CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC KSSLINALLGEPLLPSSPIPTSANLVKVKAGRDYVRVFYHRDAPVEYEPPYDPELIRAQC HHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHC RDGETIEWIEISRETDAIPPGVAILDTPGIDSTDDAHRLATESALHLADVVFYVMDYNHV CCCCEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH QAELNFQFTKQLTDEGKTVYLIINQIDKHREDELPFAAFRDSAARAFRSWGVEAAGLFFL HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCEEEE SLKAPDHPHNEWHELSACLRQLFADKDEWLVRGAEAGLKRIADRHIEQLCTRHEPLEQEM EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH RMQLQKLGGADDEAAAMEELGRLETELAKWQTAPKRVEETFRTELEHVLQNAYLMPFETR HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHH ERAEAYLQAMRPDFKVGWWFAKAKTEEERQRRFAAFYESVKAQAEAQIEWHVRQLLLRVG HHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC NEWNADRAWLGKCQQWTVEWEATLLASLVKQGADTSGAALLNYTDEVAAALKKCYRDSAF 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CCCCEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH QAELNFQFTKQLTDEGKTVYLIINQIDKHREDELPFAAFRDSAARAFRSWGVEAAGLFFL HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCEEEE SLKAPDHPHNEWHELSACLRQLFADKDEWLVRGAEAGLKRIADRHIEQLCTRHEPLEQEM EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH RMQLQKLGGADDEAAAMEELGRLETELAKWQTAPKRVEETFRTELEHVLQNAYLMPFETR HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHH ERAEAYLQAMRPDFKVGWWFAKAKTEEERQRRFAAFYESVKAQAEAQIEWHVRQLLLRVG HHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC NEWNADRAWLGKCQQWTVEWEATLLASLVKQGADTSGAALLNYTDEVAAALKKCYRDSAF CCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH TLFAELLEQIAKQAAAQMDALSDELSRAREKVELIGRLARLKFEREERQRSFEQLIAAPG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC DDATLDETRLALLTAPPDFRKARHVETPKQQVAAKEQALGQKGAVAGNELEDERTGESRT CCCCCCCHHEEEEECCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCC PSAGGKRRSEQAADRLDEAAAYLEQADLLRRFAGPLRDKASRLRTRAFTVALFGAFSAGK 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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LYKNAKSFFERDEKRRMKEEIEAALVEPVDRYLAEQKERLISVYAKQYEDAVAALTAALT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH DQVDSYMDGLMAALAETADSEALSRIEAALRGLLSREDREAR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9384377 [H]