Definition Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome.
Accession NC_002162
Length 751,719

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Identifier: 13358130

GI number: 13358130

Start: 705907

End: 707391

Strand: Reverse

Name: Not Available

Synonym: UU565

Alternate gene names: NA

Gene position: 707391-705907 (Counterclockwise)

Preceding gene: 13358131

Following gene: 13358128

Centisome position: 94.1

GC content: 25.72

Gene sequence:

>1485_bases
TTGAGTAATAACGAAGAAAAAACGCATCATAAAAACAAAATTAAAAAGATTTTTAATTGAACAAATAAAACTAAAGAAGT
ATTAAGAACAGAAAATAATTTATTAAAACAAATAAGCAACGAAGCAACTATTCAACAAAGTGTACAAATTGAAAAAATTC
GTTATAAAGCAGGCCTTTTAAAGTTTGCCGCTCTTTATTCAACTAAAAAAATCTTCTTACGTTACTTAATTATTGTTATT
TTTTCACTTCTTGCGAGTTTATTAGTTTTATTATTAGTTCATAATACTGGAATTTATTCAGCTGGCATTATGGGAACATC
ACAAGGGATCGCACGAATTTTACAATCAATTATGATTTCAAATCATAGTTCACCAAAAGAAGCCAAATTAGCATACGATA
TTATGTTTTGATTATTTGCAATTTTTGTAAATATTCCTTTATTAATTTTTTCTTATAAAAAAATTGGCAAGCATTTTACA
TTAATGACATTGACATATATTATTACTGTGCAAGTTTTTGGTTTTGCTTTAAGTCAAATTCCAAACGTAGAAAAAATTAT
GATTTTTGGCGACAACCGTTTAAGTTATCCACCTATTAATTTGTTTTTTACTAATGGTATTTTAGATGAAAAAATAGTTA
AAAATATTGAAACTGGTGTCTTGAATTATTCTAATATTACTAATTCAAAAATTGCTGATGAATTTATGCATTATGTACAA
GCAAATCCTAATGCGACAATTGGTGATTTATTTCATTTAAACCAAAGTTTGACTTATCGACAATCTTTGTATGAATTTGC
TAAGCCCTTATATATTTTTCATGATCTTATTATTAATAAAGTACAAATTTTATCTTGAGTAGATCCTGATCAAGCAAGTA
AAATTCCTTCAATTCTAATTTATGCAGTTATTTATCCAATTTTTGATGGTATCTTCTTATCGATTGTTTATATTGCTGGA
GGTTCGTCAGGTGGAACAGATATTATCTCATTTTGATATTCTAAAAAATATGGAAAACCTACCGGTTCAATATTAACCTA
TTTTAATGTTGCAACATTGATTATTGGAATTGTTTTAGGATCATTCATTCCTGCTGGTATGATTAACTCTCGTTATTGAG
ATGCACAATATTTCTTTTCACCAAATATGGTAGCATCAATTCTTGCTTCAATTGTTTTAGGAATTGTTTTTAACATTTAT
TTTCCAAAACATAAAAGTTTGAAAATTCAAGTTTATTCAAAAAACGTTAATGCTATCATTGAAAATTTACGTGCTAATGA
TTTTAATAATTCAATTACTTTAAATAGTTTAAGTGATTCATTAACATTAAGAACAAATTATTCATTAGAAATTATTTCTC
CATATATTGAGTTACCATCTTTAATTCATTTAGTGCGCGATATTGATAAGAATTGTTTAATAGTGATCTATCCAATTATT
GATATTGATGGAGAAATGGTTGTTAAGAAATCTACTATTAGTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAATAGTTGTTGTTTTTTTTATGTTTATCCTTAAAATATTATTTTGAGTAGAATATAAAATTCTTTCTTTTTATAAAAAG
ACTAAAAGGGGTTGATTTAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AAATTTAATGAGAAATAAAATGGTCGTCGTGACCATTTTTTTTATTTTTTTTGAAATAAATTAGTTAAAAATAAGTTTAT
TAATGATTATTTTTGTAAAA

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 494; Mature: 493

Protein sequence:

>494_residues
MSNNEEKTHHKNKIKKIFNWTNKTKEVLRTENNLLKQISNEATIQQSVQIEKIRYKAGLLKFAALYSTKKIFLRYLIIVI
FSLLASLLVLLLVHNTGIYSAGIMGTSQGIARILQSIMISNHSSPKEAKLAYDIMFWLFAIFVNIPLLIFSYKKIGKHFT
LMTLTYIITVQVFGFALSQIPNVEKIMIFGDNRLSYPPINLFFTNGILDEKIVKNIETGVLNYSNITNSKIADEFMHYVQ
ANPNATIGDLFHLNQSLTYRQSLYEFAKPLYIFHDLIINKVQILSWVDPDQASKIPSILIYAVIYPIFDGIFLSIVYIAG
GSSGGTDIISFWYSKKYGKPTGSILTYFNVATLIIGIVLGSFIPAGMINSRYWDAQYFFSPNMVASILASIVLGIVFNIY
FPKHKSLKIQVYSKNVNAIIENLRANDFNNSITLNSLSDSLTLRTNYSLEIISPYIELPSLIHLVRDIDKNCLIVIYPII
DIDGEMVVKKSTIS

Sequences:

>Translated_494_residues
MSNNEEKTHHKNKIKKIFN*TNKTKEVLRTENNLLKQISNEATIQQSVQIEKIRYKAGLLKFAALYSTKKIFLRYLIIVI
FSLLASLLVLLLVHNTGIYSAGIMGTSQGIARILQSIMISNHSSPKEAKLAYDIMF*LFAIFVNIPLLIFSYKKIGKHFT
LMTLTYIITVQVFGFALSQIPNVEKIMIFGDNRLSYPPINLFFTNGILDEKIVKNIETGVLNYSNITNSKIADEFMHYVQ
ANPNATIGDLFHLNQSLTYRQSLYEFAKPLYIFHDLIINKVQILS*VDPDQASKIPSILIYAVIYPIFDGIFLSIVYIAG
GSSGGTDIISF*YSKKYGKPTGSILTYFNVATLIIGIVLGSFIPAGMINSRY*DAQYFFSPNMVASILASIVLGIVFNIY
FPKHKSLKIQVYSKNVNAIIENLRANDFNNSITLNSLSDSLTLRTNYSLEIISPYIELPSLIHLVRDIDKNCLIVIYPII
DIDGEMVVKKSTIS
>Mature_493_residues
SNNEEKTHHKNKIKKIFN*TNKTKEVLRTENNLLKQISNEATIQQSVQIEKIRYKAGLLKFAALYSTKKIFLRYLIIVIF
SLLASLLVLLLVHNTGIYSAGIMGTSQGIARILQSIMISNHSSPKEAKLAYDIMF*LFAIFVNIPLLIFSYKKIGKHFTL
MTLTYIITVQVFGFALSQIPNVEKIMIFGDNRLSYPPINLFFTNGILDEKIVKNIETGVLNYSNITNSKIADEFMHYVQA
NPNATIGDLFHLNQSLTYRQSLYEFAKPLYIFHDLIINKVQILS*VDPDQASKIPSILIYAVIYPIFDGIFLSIVYIAGG
SSGGTDIISF*YSKKYGKPTGSILTYFNVATLIIGIVLGSFIPAGMINSRY*DAQYFFSPNMVASILASIVLGIVFNIYF
PKHKSLKIQVYSKNVNAIIENLRANDFNNSITLNSLSDSLTLRTNYSLEIISPYIELPSLIHLVRDIDKNCLIVIYPIID
IDGEMVVKKSTIS

Specific function: Unknown

COG id: COG1284

COG function: function code S; Uncharacterized conserved protein

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003740
- InterPro:   IPR019264 [H]

Pfam domain/function: PF02588 DUF161; PF10035 DUF2179 [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 54986; Mature: 54855

Theoretical pI: Translated: 9.71; Mature: 9.71

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.0 %Met     (Translated Protein)
2.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
1.8 %Met     (Mature Protein)
2.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSNNEEKTHHKNKIKKIFNTNKTKEVLRTENNLLKQISNEATIQQSVQIEKIRYKAGLLK
CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FAALYSTKKIFLRYLIIVIFSLLASLLVLLLVHNTGIYSAGIMGTSQGIARILQSIMISN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC
HSSPKEAKLAYDIMFLFAIFVNIPLLIFSYKKIGKHFTLMTLTYIITVQVFGFALSQIPN
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
VEKIMIFGDNRLSYPPINLFFTNGILDEKIVKNIETGVLNYSNITNSKIADEFMHYVQAN
CEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCC
PNATIGDLFHLNQSLTYRQSLYEFAKPLYIFHDLIINKVQILSVDPDQASKIPSILIYAV
CCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHH
IYPIFDGIFLSIVYIAGGSSGGTDIISFYSKKYGKPTGSILTYFNVATLIIGIVLGSFIP
HHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
AGMINSRYDAQYFFSPNMVASILASIVLGIVFNIYFPKHKSLKIQVYSKNVNAIIENLRA
CCCCCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHC
NDFNNSITLNSLSDSLTLRTNYSLEIISPYIELPSLIHLVRDIDKNCLIVIYPIIDIDGE
CCCCCCEEEECCCCCEEEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCC
MVVKKSTIS
EEEEECCCC
>Mature Secondary Structure 
SNNEEKTHHKNKIKKIFNTNKTKEVLRTENNLLKQISNEATIQQSVQIEKIRYKAGLLK
CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FAALYSTKKIFLRYLIIVIFSLLASLLVLLLVHNTGIYSAGIMGTSQGIARILQSIMISN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC
HSSPKEAKLAYDIMFLFAIFVNIPLLIFSYKKIGKHFTLMTLTYIITVQVFGFALSQIPN
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
VEKIMIFGDNRLSYPPINLFFTNGILDEKIVKNIETGVLNYSNITNSKIADEFMHYVQAN
CEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCC
PNATIGDLFHLNQSLTYRQSLYEFAKPLYIFHDLIINKVQILSVDPDQASKIPSILIYAV
CCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHH
IYPIFDGIFLSIVYIAGGSSGGTDIISFYSKKYGKPTGSILTYFNVATLIIGIVLGSFIP
HHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
AGMINSRYDAQYFFSPNMVASILASIVLGIVFNIYFPKHKSLKIQVYSKNVNAIIENLRA
CCCCCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHC
NDFNNSITLNSLSDSLTLRTNYSLEIISPYIELPSLIHLVRDIDKNCLIVIYPIIDIDGE
CCCCCCEEEECCCCCEEEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCC
MVVKKSTIS
EEEEECCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 7569993 [H]