Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome. |
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Accession | NC_002162 |
Length | 751,719 |
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Identifier: 13358106
GI number: 13358106
Start: 670982
End: 673408
Strand: Direct
Name: Not Available
Synonym: UU542
Alternate gene names: NA
Gene position: 670982-673408 (Clockwise)
Preceding gene: 13358099
Following gene: 13358107
Centisome position: 89.26
GC content: 22.62
Gene sequence:
>2427_bases ATGAAAAAAATGTTTCTATTAATGAAGAATATGATGCGTTTATTCTTTAAAAATAAAACTTTAGTAACTCAACTTTCAAT TTTAATGATTGTTTCAACAGTTGTTATTGTTGCAACAACGATTACAGTACAACGTTTGCAAAAATCACAAAGCGATATTA AAAAAATTGGTTTACAAAGTGATTTTTTAATTGATACAAAAGAGCAAGATAATATTAATTTCAACGAAATTGACGTTAGC AACAATCTTGTAAAACATAATGAAAAATTAATTCAATTAGCAACTTTTAATCAAAATATTTTAAAAAATTCAAATAATTA TTTACAACTAGTTGATAATGCATTTCATAATCATAACCTTTTTTGGCCAACTAATGTAAACAATCAAAAAATAGATGTAC TAAATCTTGAAGGAAATATCGATTGAAATAAAATTAATCAATTAAAATTACAAACTGTTTTTTGATTTGAAAACAATAAA GAAAATAATCAAAATTTTGCTAACAATTATGATGATTTGGTTTATGAATATCATAATTCTAAAAATCAATTAGTAGGATT TCAAAATTTAGATGGTGGGCATATTTTATTTAAAACACCGGCGTTAAAATCAGCAAACGGTAATTATGAAACAACATTTA AAATTAATGCTGCAATTGTCCAAAAAAATAAACCATTTAAATCTTTTTTTAACTTTGATAAATATAAAGAATTAGGATTT AAGAATAAATCTTATTTTACAAATCCTGTATTAATTAAAAATATAGATCTTTATTCAAAACAAGTTGTTCAAACACTAAA CGATCGTTCAAATCAATCAATTGATTTTAAAGACTATCAAAGCACATTTCAAGCCATTGTTGATACACTTGAAACTAACA CGATAAATAAAGATTTTTATAGTGTGAATTTACATGTTGATTTTAACACACTATCAACAAAATACCTACTATTTGCTAAT TATTTAAAAAATGAAGGTATTGATAAAAACCGTTATATAAATGAATTAAAAATCGATAACTATAAACAGAAGTATTTAGA TTTATTTCAAAACCAAGTTTTAATTCCAAAAGAATTAATTGACGATCCAAAAAAAATAGAAGAAGTGCAAAAAATTATTG CAAAAGCCAAAGCCTTGTTAATTGCTAAAATTCGTGAAGAAACAAATATTTTTTATGAAAACTCACAAAAATCAGCTCTT GAAAATAAAAATAAGATTCGTGATTATGAGATGCAATTAAAACAAATAAATATTGCTCTACAAAATTCGAATTATTCTAA TAACGAACTTATTCAATTAAAAAATGAACAAAAAGTATTAGCAGCAAATCTCGATCAAGCAAAATTTAAACACTTTTTAT ATAATGATTTAATTAAACAAGATTTCCGTTCGATTTTAAATAATTATAATATTTATTATCGCAAACATGAATCAGCAATT TATAATGATGTTAAAAGTGATTCAAATTTTATTGTCACAAATGCAAGCAATCCAACATATACACAAAACGGTTTAATTGC ACCAAGAAATCAATGAATTGATAATATGGTGCAAATTAATGAAAAAAATAAAAATAGTCAAAATCCAAATAAAAAATTTA AGCGAATTTTTATTAATGATGATAATTCAAATAAAATTAATAACTTTTATGACCTTTATTCAAATTACATTAAAGTCATT CAAATTTTAAAAAATAGTTATGAAAAAGATCCAGATACTGATAAAGATTTACTAGTTGAAGAGCGTGATTATACTCCTTG AATTAATACATCACTAATTAATATATATCAACTTCCACAATTTTTTAATATCTTATTTAATCAATCTGAATGATTATTAT CAATTCAATATCTAAAAGAAATGAGTGATTATAAAAAATATTTACTACAAATTTTTGAACCATATCAAGATAAAGAATGG ATTTTTAATTTAAAACATAAAGATTGACAAGATGGCGAACAAGTGGTTGCTATTTATAAAAATGCAGATAGTAATAGCGA CCAAAAAGAATATTATTTTAACGGCTATGTTAAAAATCAACGAGCTTATATTAATGTTAAATATAATAAAAATCTGCCAA CACGTTTAAAATTAATTAATATTATTAAACAAAATCAAATAAATCAAAAAAACAATTTAGTTAATGTTTTAGATCAAGAT TTAAATGATTATGCAAAGATTATTAATTTTAAAAAAGGTATTAAAGATATTAATACAAACCAGCAATCAGTTTATGATCA GTGAGCTTTAAATAATCCACAAGATTATGCTATGTTTAAAATTTGATTATCAAAAATCATTAAACGTTATTATTTTCTAC GCTTCAGCAATCACCTTATGGATATACAATTCAAGCACAAAACGTTTTATCAAAAGCTTTGTTATTGCCGTTTACAATTA ATATTATTAATCGTAGTTCAGATCTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases TATTAATACTTGGTTTTAATGGTGAAGGATGGTATAATAATAAAATTATACTGATTTAAATAAACACAAGTTGTACATTT GTTTTTAGTTTGGAGTTAAT
Downstream 100 bases:
>100_bases CATACGTAAGCACATCTTATATTAAAGCTAATCAAAGAACAACAAAAAATATAAATAATTATAAAGAAATTGGTAATTAT GAAGATTTTTTACAAGCACT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 808; Mature: 808
Protein sequence:
>808_residues MKKMFLLMKNMMRLFFKNKTLVTQLSILMIVSTVVIVATTITVQRLQKSQSDIKKIGLQSDFLIDTKEQDNINFNEIDVS NNLVKHNEKLIQLATFNQNILKNSNNYLQLVDNAFHNHNLFWPTNVNNQKIDVLNLEGNIDWNKINQLKLQTVFWFENNK ENNQNFANNYDDLVYEYHNSKNQLVGFQNLDGGHILFKTPALKSANGNYETTFKINAAIVQKNKPFKSFFNFDKYKELGF KNKSYFTNPVLIKNIDLYSKQVVQTLNDRSNQSIDFKDYQSTFQAIVDTLETNTINKDFYSVNLHVDFNTLSTKYLLFAN YLKNEGIDKNRYINELKIDNYKQKYLDLFQNQVLIPKELIDDPKKIEEVQKIIAKAKALLIAKIREETNIFYENSQKSAL ENKNKIRDYEMQLKQINIALQNSNYSNNELIQLKNEQKVLAANLDQAKFKHFLYNDLIKQDFRSILNNYNIYYRKHESAI YNDVKSDSNFIVTNASNPTYTQNGLIAPRNQWIDNMVQINEKNKNSQNPNKKFKRIFINDDNSNKINNFYDLYSNYIKVI QILKNSYEKDPDTDKDLLVEERDYTPWINTSLINIYQLPQFFNILFNQSEWLLSIQYLKEMSDYKKYLLQIFEPYQDKEW IFNLKHKDWQDGEQVVAIYKNADSNSDQKEYYFNGYVKNQRAYINVKYNKNLPTRLKLINIIKQNQINQKNNLVNVLDQD LNDYAKIINFKKGIKDINTNQQSVYDQWALNNPQDYAMFKIWLSKIIKRYYFLRFSNHLMDIQFKHKTFYQKLCYCRLQL ILLIVVQI
Sequences:
>Translated_808_residues MKKMFLLMKNMMRLFFKNKTLVTQLSILMIVSTVVIVATTITVQRLQKSQSDIKKIGLQSDFLIDTKEQDNINFNEIDVS NNLVKHNEKLIQLATFNQNILKNSNNYLQLVDNAFHNHNLFWPTNVNNQKIDVLNLEGNID*NKINQLKLQTVF*FENNK ENNQNFANNYDDLVYEYHNSKNQLVGFQNLDGGHILFKTPALKSANGNYETTFKINAAIVQKNKPFKSFFNFDKYKELGF KNKSYFTNPVLIKNIDLYSKQVVQTLNDRSNQSIDFKDYQSTFQAIVDTLETNTINKDFYSVNLHVDFNTLSTKYLLFAN YLKNEGIDKNRYINELKIDNYKQKYLDLFQNQVLIPKELIDDPKKIEEVQKIIAKAKALLIAKIREETNIFYENSQKSAL ENKNKIRDYEMQLKQINIALQNSNYSNNELIQLKNEQKVLAANLDQAKFKHFLYNDLIKQDFRSILNNYNIYYRKHESAI YNDVKSDSNFIVTNASNPTYTQNGLIAPRNQ*IDNMVQINEKNKNSQNPNKKFKRIFINDDNSNKINNFYDLYSNYIKVI QILKNSYEKDPDTDKDLLVEERDYTP*INTSLINIYQLPQFFNILFNQSE*LLSIQYLKEMSDYKKYLLQIFEPYQDKEW IFNLKHKD*QDGEQVVAIYKNADSNSDQKEYYFNGYVKNQRAYINVKYNKNLPTRLKLINIIKQNQINQKNNLVNVLDQD LNDYAKIINFKKGIKDINTNQQSVYDQ*ALNNPQDYAMFKI*LSKIIKRYYFLRFSNHLMDIQFKHKTFYQKLCYCRLQL ILLIVVQI >Mature_808_residues MKKMFLLMKNMMRLFFKNKTLVTQLSILMIVSTVVIVATTITVQRLQKSQSDIKKIGLQSDFLIDTKEQDNINFNEIDVS NNLVKHNEKLIQLATFNQNILKNSNNYLQLVDNAFHNHNLFWPTNVNNQKIDVLNLEGNID*NKINQLKLQTVF*FENNK ENNQNFANNYDDLVYEYHNSKNQLVGFQNLDGGHILFKTPALKSANGNYETTFKINAAIVQKNKPFKSFFNFDKYKELGF KNKSYFTNPVLIKNIDLYSKQVVQTLNDRSNQSIDFKDYQSTFQAIVDTLETNTINKDFYSVNLHVDFNTLSTKYLLFAN YLKNEGIDKNRYINELKIDNYKQKYLDLFQNQVLIPKELIDDPKKIEEVQKIIAKAKALLIAKIREETNIFYENSQKSAL ENKNKIRDYEMQLKQINIALQNSNYSNNELIQLKNEQKVLAANLDQAKFKHFLYNDLIKQDFRSILNNYNIYYRKHESAI YNDVKSDSNFIVTNASNPTYTQNGLIAPRNQ*IDNMVQINEKNKNSQNPNKKFKRIFINDDNSNKINNFYDLYSNYIKVI QILKNSYEKDPDTDKDLLVEERDYTP*INTSLINIYQLPQFFNILFNQSE*LLSIQYLKEMSDYKKYLLQIFEPYQDKEW IFNLKHKD*QDGEQVVAIYKNADSNSDQKEYYFNGYVKNQRAYINVKYNKNLPTRLKLINIIKQNQINQKNNLVNVLDQD LNDYAKIINFKKGIKDINTNQQSVYDQ*ALNNPQDYAMFKI*LSKIIKRYYFLRFSNHLMDIQFKHKTFYQKLCYCRLQL ILLIVVQI
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 94546; Mature: 94546
Theoretical pI: Translated: 9.62; Mature: 9.62
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKMFLLMKNMMRLFFKNKTLVTQLSILMIVSTVVIVATTITVQRLQKSQSDIKKIGLQS CCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC DFLIDTKEQDNINFNEIDVSNNLVKHNEKLIQLATFNQNILKNSNNYLQLVDNAFHNHNL CEEEECCCCCCCCCEEEECCCCHHHCCCCEEEEEECCHHHHHCCCCEEEEEHHHHCCCCE FWPTNVNNQKIDVLNLEGNIDNKINQLKLQTVFFENNKENNQNFANNYDDLVYEYHNSKN EECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHEECCCC QLVGFQNLDGGHILFKTPALKSANGNYETTFKINAAIVQKNKPFKSFFNFDKYKELGFKN CEEEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCHHHHHCCHHHHHCCCCC KSYFTNPVLIKNIDLYSKQVVQTLNDRSNQSIDFKDYQSTFQAIVDTLETNTINKDFYSV CCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEE NLHVDFNTLSTKYLLFANYLKNEGIDKNRYINELKIDNYKQKYLDLFQNQVLIPKELIDD EEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCC PKKIEEVQKIIAKAKALLIAKIREETNIFYENSQKSALENKNKIRDYEMQLKQINIALQN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHEEEEEEC SNYSNNELIQLKNEQKVLAANLDQAKFKHFLYNDLIKQDFRSILNNYNIYYRKHESAIYN CCCCCCCEEEECCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCHHHHH DVKSDSNFIVTNASNPTYTQNGLIAPRNQIDNMVQINEKNKNSQNPNKKFKRIFINDDNS HHCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCC NKINNFYDLYSNYIKVIQILKNSYEKDPDTDKDLLVEERDYTPINTSLINIYQLPQFFNI CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LFNQSELLSIQYLKEMSDYKKYLLQIFEPYQDKEWIFNLKHKDQDGEQVVAIYKNADSNS HHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCC DQKEYYFNGYVKNQRAYINVKYNKNLPTRLKLINIIKQNQINQKNNLVNVLDQDLNDYAK CCCEEEEEEEEECCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH IINFKKGIKDINTNQQSVYDQALNNPQDYAMFKILSKIIKRYYFLRFSNHLMDIQFKHKT HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHH FYQKLCYCRLQLILLIVVQI HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MKKMFLLMKNMMRLFFKNKTLVTQLSILMIVSTVVIVATTITVQRLQKSQSDIKKIGLQS CCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC DFLIDTKEQDNINFNEIDVSNNLVKHNEKLIQLATFNQNILKNSNNYLQLVDNAFHNHNL CEEEECCCCCCCCCEEEECCCCHHHCCCCEEEEEECCHHHHHCCCCEEEEEHHHHCCCCE FWPTNVNNQKIDVLNLEGNIDNKINQLKLQTVFFENNKENNQNFANNYDDLVYEYHNSKN EECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHEECCCC QLVGFQNLDGGHILFKTPALKSANGNYETTFKINAAIVQKNKPFKSFFNFDKYKELGFKN CEEEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCHHHHHCCHHHHHCCCCC KSYFTNPVLIKNIDLYSKQVVQTLNDRSNQSIDFKDYQSTFQAIVDTLETNTINKDFYSV CCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEE NLHVDFNTLSTKYLLFANYLKNEGIDKNRYINELKIDNYKQKYLDLFQNQVLIPKELIDD EEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCC PKKIEEVQKIIAKAKALLIAKIREETNIFYENSQKSALENKNKIRDYEMQLKQINIALQN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHEEEEEEC SNYSNNELIQLKNEQKVLAANLDQAKFKHFLYNDLIKQDFRSILNNYNIYYRKHESAIYN CCCCCCCEEEECCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCHHHHH DVKSDSNFIVTNASNPTYTQNGLIAPRNQIDNMVQINEKNKNSQNPNKKFKRIFINDDNS HHCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCC NKINNFYDLYSNYIKVIQILKNSYEKDPDTDKDLLVEERDYTPINTSLINIYQLPQFFNI CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LFNQSELLSIQYLKEMSDYKKYLLQIFEPYQDKEWIFNLKHKDQDGEQVVAIYKNADSNS HHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCC DQKEYYFNGYVKNQRAYINVKYNKNLPTRLKLINIIKQNQINQKNNLVNVLDQDLNDYAK CCCEEEEEEEEECCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH IINFKKGIKDINTNQQSVYDQALNNPQDYAMFKILSKIIKRYYFLRFSNHLMDIQFKHKT HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHH FYQKLCYCRLQLILLIVVQI HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA