| Definition | Rickettsia africae ESF-5 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_012633 |
| Length | 1,278,540 |
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The map label for this gene is sca1 [H]
Identifier: 229586247
GI number: 229586247
Start: 17347
End: 22914
Strand: Direct
Name: sca1 [H]
Synonym: RAF_ORF0019
Alternate gene names: 229586247
Gene position: 17347-22914 (Clockwise)
Preceding gene: 229586242
Following gene: 229586248
Centisome position: 1.36
GC content: 33.51
Gene sequence:
>5568_bases ATGAATAAGTTAACAGAACAACATTTACTAAAAAAATCAAGATTTTTAAAATATTCTCTGCTTGCCTCTATTTCAGTAGG AGCTGTAATACCTTTTGAGGGTATGGCGATGAGTAAAGAAGCATTTCGTATCGATCTCAGTAATAAATTGTTGAATCACG TGTCACAATTAAACGGACACAAAGATACGACAAGTACCTCGCAGCAGATAGGAACAGTAATTGTATCGGAACCAGAAATA AACACATATACTCCATCTGAAATAAGAGAAATGAAAATATCTAACGAACCTAAAGTATATAATCCATTAAAAGATATTCC TATAGAGGATCATTATAAAGTGGTAGCACGTAGTAAGTCTGATGTCGGGAAAGCAAGAAAAGTACGACCAATTACTAGAT GCAAAACATTTGCAGGCATTGAAAAAACAGAACAAAGTCAAAATACTTATACTCCTGAATCGACAGAACAAATGCCTCAA AAACCAGAGATTATAATAACAGCGTCTTCGCCTACTGTTAGCCCAGCTTCAAATAGTTTTATCACTGCACCTAATACACC AAATACTACCCTGACATCACCTGAACATTATAGTACGGCACCTGGTACTCCATCATCAACACCGGCGACTTCGTATCAGT CTACTTCAGATTCTAAACCAAATGATAGTTTAGGAGCTAATACACCACCAAACATAAACACAAACTCAAAGGCATCACGA AGATTATCGTTTAGCAGTAGCGACCCGCAACAACAGGCAGTGCAATCTAGCTCACAGGTTAAATCAGAAGTTCGTCCGAA GCCGACATTTGTACCGTTGCCTATAAAAAAAAGCAGTACTGAAATTGTAGCAGGAATGGTAAGTAATATATCACGAGTTC ATGAGATGATAGGAATCAAGTTAGCTGAAGTAACACAGGCTATTAAAGATACCACAGATAAAAAAGATAAAAAACGATTG 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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTTATACTTGCAATATTTGCAAAGGTGTTATATAAAACTTCTAACTTAATGTCATACCGTGGTCATAGCCACGGTATG ACTAACTATATTGCTTACTT
Product: Cell surface antigen Sca1
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1855; Mature: 1855
Protein sequence:
>1855_residues MNKLTEQHLLKKSRFLKYSLLASISVGAVIPFEGMAMSKEAFRIDLSNKLLNHVSQLNGHKDTTSTSQQIGTVIVSEPEI NTYTPSEIREMKISNEPKVYNPLKDIPIEDHYKVVARSKSDVGKARKVRPITRCKTFAGIEKTEQSQNTYTPESTEQMPQ KPEIIITASSPTVSPASNSFITAPNTPNTTLTSPEHYSTAPGTPSSTPATSYQSTSDSKPNDSLGANTPPNINTNSKASR RLSFSSSDPQQQAVQSSSQVKSEVRPKPTFVPLPIKKSSTEIVAGMVSNISRVHEMIGIKLAEVTQAIKDTTDKKDKKRL QKLYTQLTSTQKTTETLKSRAEEIETKIKIGENKDKIKKLKKELTSKNNKADRLFRKIEKIDIPANKVSIKSQETVPVTT ASTEVSAFQAQQARINEARQGVFNKNKSSGDNARKSSAGTKREKKKQEAQKQLLEIKKQEKAIKTASDKAKEVAASAKKE ISRTALRAMQDKMNGDSEQLNKIEENLKLLTPVVYNSSTGPTYKQSPKAKPTIPLNYGVQRILGEQPEDEEGYLVPIKVQ QQPYQEIEDPIPSHSKDIYEAKVSQYINYLNSIQPNQSNQAQIDSVIDSLATEMRKFSADQFSQKLGEIAHLASIKAYAG LFEKLYEIQQARILETQKVYEQVEISQSYAEYEENSRKSSTPVLSRSSSAKSVNFEEKSALLQTTTTDESLRSDNNWKNS APYSSSPKLDKRGLEYLDLAGDAFVQNLKQPDTLTIETLGLITPTQNTTVAKSDSSRKNNVSGSISEIQQLQSEKMSTET LGVQDDLGLDLHYAPQETLTEESTYLVSSKKKQGNIIKRALSKVGSILQTNYAENRRRKRDGETSKQRTVDQEREFGHVW GNENHKESSLSVVSGCIKKATQLISLLDAKRTAILQTTSPSQRRSVSLVLQEIENDYQEAVKISQKLQQVLIRKPEDIKA YNAKAEKKLDAIKSRADKHFNNIETDVDVGFNPNGGNSHSMPTANMDSLPENLAVTPPINVGSLYNSLQAQQFREDHKNI IINDRSQGRLNLVDSTIKKGTQPLSNLSTIYESVSYEDLASETIYKTEQPKPSISYTNTSKRKLPFRSAKLDKKLEYLDL EDKLLEVEEARIVKEKQDIAKLNQYQDPENLEFKRLAMEALDLSSKESQLKQKRKAIEAEFSLNEKSSSTDVSILRSYSI DDISGVLSDAESNLSRSPSVSGLEDLNNSNVMQLGELKSKHEKIANDYNKELELDTLNKEKILLEGKIKHLDTESKPKVT ESKPVFSCSSSVGSIHSFSNDDDLSSRDVVTPVDTLNIEINKDYVDTYIRVLSNKIQKIEEIQKIEELSGSSSRSEELNH IKEAMAYISNRIQDVEELDEKMLLAINAQLQEHDEKISSLLREEATDILAQLLLQEMLVSDGKSESTLPAGDEEQEDTEV SRQLSSLPALASSNESALALSDDREKECLALGDSSEDEESYDSEFEEEEETIGQLSDSDGGNLKITEVDTVIPLEQEAKK EMQTQISENAPTLNQAKVVNTIVNNMIRNRLDASMNMSNNMVTVGAGDEEESNIKRGLWMRGMYGTNNHGRVENMTGYRG TNKGATIGFDAEIDNNIVGIAYSNVHSVFKFKNSKNNDKELINSHVVSIYGQKELPKNFALQALVSASKNFIKDKTTYSY GDTKIKSNVKHRNHSYNVEALLHYNYLLQSKFVITPNIGLRYGKSRDGVYNETGVNVQEIALTMKENNILSGIVGTKVTV PLKDALKFNNLGLTFQGAVEHNFKEKTQRINRVVKIFDNTFKHHYLIPKQPKTSYNLGTGIIGSIKNTTISLDYNYYLNK HYRSHQGSVKLKVNL
Sequences:
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Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cell outer membrane [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR020179 - InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - ProDom: PD214418 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 207375; Mature: 207375
Theoretical pI: Translated: 7.39; Mature: 7.39
Prosite motif: PS00018 EF_HAND_1
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 1.5 %Met (Translated Protein) 1.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 1.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNKLTEQHLLKKSRFLKYSLLASISVGAVIPFEGMAMSKEAFRIDLSNKLLNHVSQLNGH CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCHHHEEEHHHHHHHHHHHHCCC KDTTSTSQQIGTVIVSEPEINTYTPSEIREMKISNEPKVYNPLKDIPIEDHYKVVARSKS CCCCCHHHHHCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHCCCCCCCHHHHHCCCH DVGKARKVRPITRCKTFAGIEKTEQSQNTYTPESTEQMPQKPEIIITASSPTVSPASNSF HHHHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCCCHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCE ITAPNTPNTTLTSPEHYSTAPGTPSSTPATSYQSTSDSKPNDSLGANTPPNINTNSKASR EECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH RLSFSSSDPQQQAVQSSSQVKSEVRPKPTFVPLPIKKSSTEIVAGMVSNISRVHEMIGIK EECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH LAEVTQAIKDTTDKKDKKRLQKLYTQLTSTQKTTETLKSRAEEIETKIKIGENKDKIKKL HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH KKELTSKNNKADRLFRKIEKIDIPANKVSIKSQETVPVTTASTEVSAFQAQQARINEARQ HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH GVFNKNKSSGDNARKSSAGTKREKKKQEAQKQLLEIKKQEKAIKTASDKAKEVAASAKKE 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