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The map label for this gene is opuD1 [H]

Identifier: 227816575

GI number: 227816575

Start: 3681083

End: 3682642

Strand: Direct

Name: opuD1 [H]

Synonym: BAMEG_4032

Alternate gene names: 227816575

Gene position: 3681083-3682642 (Clockwise)

Preceding gene: 227816568

Following gene: 227816588

Centisome position: 70.38

GC content: 36.86

Gene sequence:

>1560_bases
GTGGGATTCTATGATAAAAAAGGAAACAGTGTATTCTATATCTCCATCTTGCTAACAACATTATTTATCATATGGGGAAT
TACCCCGGCAAGTTGGATACAAGGCTATGATTTACAAAGCGTTACATCTTCTTTAAACTCATTTATCCTCAATAAATTTG
GATGGTTTTACTCTCTACTTATGACTGCAATGATTATTTTAGCCACGTATTTAGCATTCTCTAAATACGGTTCTATTCGT
CTTGGTAAAGATGGAGAAAAACCAAAGTATAGTTATCCATCTTGGCTATCCATGTTGTTTGGAGCAGGAATGGGAATTGG
ACTCCTCTTTTATGGAATCGCTGAACCGATTTCACATTTTACAGATCCATTAACAGGAAAAGCAGGTACAGAGGAAAGTG
CCAAACTCGCTATGCAATATTCATTTTTCCACTGGGGCCTCTTTCCATGGGCACTATACGCAATGGTTGCTTTAACAATT
GCATATTTCACATTCCGCAAACAAAAAGGTAGCACAATTGGCGCTACAGTTACTCCATTATTTAATCGATCGAAGAATTC
TCCTATCGGAAAAACAGTTGATATTTTAGCTGTTTTAGCCACAGTATTTGGTATTGTGCCATCTGTTGGGATTGGTGCTC
AACAAATCGCCGGAGGATTAAGCTATTTATTCCCTTCTATTCATAACACTTTACTTACACAGCTCGTACTTATCGCCATC
TTCGCTGTTTTATATTTAACAAGTGCACAAACAGGCTTAGATCGTGGGATTAAATATTTGAGTAACTTAAATTTCTCTCT
TACAGGTATATTACTCGTCTCCTTTTTACTTTTAGGACCAACTGTATTTATTATGAAATATTTCACATCTACACTCGGTT
CTTATATTGGAGCTTTACCTAGTATGGGATTAAATTTAGGAGCATTTAATGAAAAATCTTCTTCTTGGATAGAAAACTGG
ACTATTTTCTATTGGGGATGGTGGATCTCCTGGTCTCCATTCGTCGGTACATTCATCGCCCGTATTTCTAAAGGGCGCAC
AATAAAAGAATTTATTTTTGGAGTTGTATTAGTCCCAACTCTCATCTGCACATTTTGGTTTGCAGTATTTGGCGGCACCG
CTATCCATATGGAAATGTTCCAATCCCTTGGAGTAGCTGATGAAATCGCAAAAAACGGGACAGAGATTGGATTATTTGCT
GTTATTTCACATCTACCGTTCTCTACATTTTTAACAATTATCGGGTTAATTTTAGTAGCCACATTTTTCGTTACTTCTGC
CGACTCGGCAACATTTGTTGTTTCTATGCAAACGAGTAACGGAAGCTTATCACCGAAAAATAGTTTGAAACTTATATGGG
GATTAACAATCGCGATAATCGCAGCTATTTTATTACAAGCTGGAGGGTTAAATGCACTACAAATTGCAGCGATAATCGCA
GCACTACCATTTTCTATCGTAGTCGTTCTTATGGTTACTTCGCTCTTTAAAGAGCTCCGAAAAGAAGATATTAATTCGCA
AACGAAAGAAGTTCCGAAAAAAATAAAAAAGGTTATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CGATTAAATAGTCCTTTTACACATGTTAAAAATCGAATTTTTTGACAATTACCCCTTCAATTGTTATGATTAATATAATT
GTTAACTTTATTAAACAAGG

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGATTGGCGCCTTAAATTACTTCTAAATCCGCGATGAATGAGGAAAAAAGTAAATGAATAAAACCCATTCATATGAAATA
TCATTTTCATATGAATGGGT

Product: glycine betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 519; Mature: 518

Protein sequence:

>519_residues
MGFYDKKGNSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIR
LGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTI
AYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAI
FAVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLTGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENW
TIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFA
VISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIA
ALPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Sequences:

>Translated_519_residues
MGFYDKKGNSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIR
LGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTI
AYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAI
FAVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLTGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENW
TIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFA
VISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIA
ALPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM
>Mature_518_residues
GFYDKKGNSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIRL
GKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTIA
YFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIF
AVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLTGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWT
IFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFAV
ISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAA
LPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=513, Percent_Identity=36.4522417153996, Blast_Score=328, Evalue=4e-91,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=455, Percent_Identity=31.2087912087912, Blast_Score=204, Evalue=1e-53,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=483, Percent_Identity=28.1573498964803, Blast_Score=188, Evalue=9e-49,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 56835; Mature: 56704

Theoretical pI: Translated: 9.96; Mature: 9.96

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.5 %Met     (Mature Protein)
2.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
GFYDKKGNSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLL
CCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]