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The map label for this gene is yxdM [H]

Identifier: 226948671

GI number: 226948671

Start: 1627010

End: 1628899

Strand: Direct

Name: yxdM [H]

Synonym: CLM_1567

Alternate gene names: 226948671

Gene position: 1627010-1628899 (Clockwise)

Preceding gene: 226948670

Following gene: 226948672

Centisome position: 39.16

GC content: 24.23

Gene sequence:

>1890_bases
ATGGGCTTATTTAGTATAGCTTTTAAAAATGTAAAAAGAAATTTTAAAAATTATGCTATGTATTTTATATCTATGATATT
TTCGGTACTTGTATATTTTATGTTTAAATCCATTGAATATAATGATCAAATTGCTAATGTAGCAAATGGTATGAAAACTG
TAAGTAAAGCTTTTTCTGGAGCATCAGTTATAATTGCGTTGTTTGTCTTTATGTTTATATGGTACTCAAATTCCTTTTTT
ATTAAAAAGAGAAAAAGAGAAATAGGTTTATATTCTATGTTAGGTGTAAAAAAGAAAAATATAGCAGCTATGATGTTTTA
TGAAACTATGACTATGGGAATTATAGCTTTAGTTATAGGTGCTTTCCTAGGAACCTTTTTCTCTAAAGGTTTTATATTAA
TTTTTTTAAAGCTTATAGATGCAGAGAATATTATAAAAACTACATTTTCAATTAAAGCTTTAGTTTCTACAATAAAAACT
TTTATATTAATATATTTTATAGTGTCTATAAGTGGAGCTAGCATTATATATAGATATGAATTAATGGATTTATTTATGGC
AGAAAGTAAGAGGGAAAAAGAACCTAAAGCTTCTAAGATAAAAGCTATTTTATCTTTAATATTATTATTAGGTGGATATA
TTATATATATTTCTAGTAAAGGCAGTAGTTTAGGATCAGCTGCTATGGTTACATTAATTACAGTAGTAATAGGAACTTAT
TTATTTTTTAGTTCTTTTACAGTATATTATTTAAAAATAAAAAGAAATAATAAAAAATTTCATTTTAAAGGATTAAATAT
GATTTCAAATTCTCAACTTTTATACAGAATAAAAGGGAATGCTAGAGCTTTAGCTACTATAGCTATACTTATAGCAACAA
CCCTTACAGCTTCAGGAGCTAGCATAAGTTTTTACAAATTTTTTTCACAGAATATGGACAAAGCTAATCCTTTTGATTAT
GTTATAAAAGCAGAAGATAATAAAATTAAGAATGATATAGACAAGCTTATAAAAAATAATACTGAAAATAAATTAAAAGA
AAAAATAGATATTACGGTGCTACAATACAAAAATGACAGTAGTGATATTTATGATGGCAAATCAATTTTATCAGAAAAGG
ATTTTAATAAAATAGCTAAAGCTAAGAATATTGAAGTTAAAAATAAAATAAATGAGGAAAAAGATGTTTATTATTTTCCA
ACTTATGCTGATAAAAATCACAAGATTAATGGCATTAGGATAAAGAGTGAATACTTTAAAATAGTACATTCAGAAGAAAG
ATCATTAGTTAATATGATGGTTTTAGACAATACATTAATAGTTAAAGATGAAGAATTTATAAAATTAGAAAAACAATTAA
AGAAAGAAAAATATGTACTTTATTTAGTAGAAAATCATAATAGAAGTGGAGAGTTAACAAAGGATTTTAATAACATAATA
AAAAATTATGAAAAATCTAAAAATGATCCAGAGCATAAATTAGTTAAATCTAATTACTATGAAAATTATAGGGAAAATGT
ATCTTCAGCTGGTACTATGTTATTTATAGGATGCTTTGTAGGATTAGTTTTCTTAGTATGTACAGCAAGTATAATATTTT
TCAAACAACTTTCAGAAGCCATGGAGGAAAGACACAGATATAAAATATTAAGAAATATAGGAGTAAGAAATAAGGAACTT
AAAGCTTCTATATATAAGCAAATGACATTTATATTCTTTGCTCCATTAATAGTAGGTATAGCCCATGGAGGAGTAGCTTT
ATCAATATTTGGAGAATTATTAAACTTAGGTATACTGGCTCCAATAATAATGGTAGCTATACCATATACAATAGTATACT
TAATCTATTATTTCTTAACAGCACAATTTTATTACAAAGCAATATCATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAAGATGGAAAATTGTATAAAGAAATAGAAAATAGTTTAAGTAGGAAAGATTTTTTTAGAGAAATATTGGATGTAACATC
TATGCTAGGGGGAGAAAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTTATAGAAATTAGATTTTGGAATATGCTTATTTTCTTAAAATTATTTATTACTAAAAGAAGAGATATAAATATAAAAAT
TCTAAATAAATAAATATAAG

Product: peptide ABC transporter permease

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 629; Mature: 628

Protein sequence:

>629_residues
MGLFSIAFKNVKRNFKNYAMYFISMIFSVLVYFMFKSIEYNDQIANVANGMKTVSKAFSGASVIIALFVFMFIWYSNSFF
IKKRKREIGLYSMLGVKKKNIAAMMFYETMTMGIIALVIGAFLGTFFSKGFILIFLKLIDAENIIKTTFSIKALVSTIKT
FILIYFIVSISGASIIYRYELMDLFMAESKREKEPKASKIKAILSLILLLGGYIIYISSKGSSLGSAAMVTLITVVIGTY
LFFSSFTVYYLKIKRNNKKFHFKGLNMISNSQLLYRIKGNARALATIAILIATTLTASGASISFYKFFSQNMDKANPFDY
VIKAEDNKIKNDIDKLIKNNTENKLKEKIDITVLQYKNDSSDIYDGKSILSEKDFNKIAKAKNIEVKNKINEEKDVYYFP
TYADKNHKINGIRIKSEYFKIVHSEERSLVNMMVLDNTLIVKDEEFIKLEKQLKKEKYVLYLVENHNRSGELTKDFNNII
KNYEKSKNDPEHKLVKSNYYENYRENVSSAGTMLFIGCFVGLVFLVCTASIIFFKQLSEAMEERHRYKILRNIGVRNKEL
KASIYKQMTFIFFAPLIVGIAHGGVALSIFGELLNLGILAPIIMVAIPYTIVYLIYYFLTAQFYYKAIS

Sequences:

>Translated_629_residues
MGLFSIAFKNVKRNFKNYAMYFISMIFSVLVYFMFKSIEYNDQIANVANGMKTVSKAFSGASVIIALFVFMFIWYSNSFF
IKKRKREIGLYSMLGVKKKNIAAMMFYETMTMGIIALVIGAFLGTFFSKGFILIFLKLIDAENIIKTTFSIKALVSTIKT
FILIYFIVSISGASIIYRYELMDLFMAESKREKEPKASKIKAILSLILLLGGYIIYISSKGSSLGSAAMVTLITVVIGTY
LFFSSFTVYYLKIKRNNKKFHFKGLNMISNSQLLYRIKGNARALATIAILIATTLTASGASISFYKFFSQNMDKANPFDY
VIKAEDNKIKNDIDKLIKNNTENKLKEKIDITVLQYKNDSSDIYDGKSILSEKDFNKIAKAKNIEVKNKINEEKDVYYFP
TYADKNHKINGIRIKSEYFKIVHSEERSLVNMMVLDNTLIVKDEEFIKLEKQLKKEKYVLYLVENHNRSGELTKDFNNII
KNYEKSKNDPEHKLVKSNYYENYRENVSSAGTMLFIGCFVGLVFLVCTASIIFFKQLSEAMEERHRYKILRNIGVRNKEL
KASIYKQMTFIFFAPLIVGIAHGGVALSIFGELLNLGILAPIIMVAIPYTIVYLIYYFLTAQFYYKAIS
>Mature_628_residues
GLFSIAFKNVKRNFKNYAMYFISMIFSVLVYFMFKSIEYNDQIANVANGMKTVSKAFSGASVIIALFVFMFIWYSNSFFI
KKRKREIGLYSMLGVKKKNIAAMMFYETMTMGIIALVIGAFLGTFFSKGFILIFLKLIDAENIIKTTFSIKALVSTIKTF
ILIYFIVSISGASIIYRYELMDLFMAESKREKEPKASKIKAILSLILLLGGYIIYISSKGSSLGSAAMVTLITVVIGTYL
FFSSFTVYYLKIKRNNKKFHFKGLNMISNSQLLYRIKGNARALATIAILIATTLTASGASISFYKFFSQNMDKANPFDYV
IKAEDNKIKNDIDKLIKNNTENKLKEKIDITVLQYKNDSSDIYDGKSILSEKDFNKIAKAKNIEVKNKINEEKDVYYFPT
YADKNHKINGIRIKSEYFKIVHSEERSLVNMMVLDNTLIVKDEEFIKLEKQLKKEKYVLYLVENHNRSGELTKDFNNIIK
NYEKSKNDPEHKLVKSNYYENYRENVSSAGTMLFIGCFVGLVFLVCTASIIFFKQLSEAMEERHRYKILRNIGVRNKELK
ASIYKQMTFIFFAPLIVGIAHGGVALSIFGELLNLGILAPIIMVAIPYTIVYLIYYFLTAQFYYKAIS

Specific function: Part of the ABC transporter complex yxdLM which could be involved in peptide resistance [H]

COG id: COG0577

COG function: function code V; ABC-type antimicrobial peptide transport system, permease component

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the ABC-4 integral membrane protein family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003838 [H]

Pfam domain/function: PF02687 FtsX [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 72164; Mature: 72033

Theoretical pI: Translated: 10.11; Mature: 10.11

Prosite motif: PS00599 AA_TRANSFER_CLASS_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.3 %Cys     (Translated Protein)
3.5 %Met     (Translated Protein)
3.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.3 %Cys     (Mature Protein)
3.3 %Met     (Mature Protein)
3.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MGLFSIAFKNVKRNFKNYAMYFISMIFSVLVYFMFKSIEYNDQIANVANGMKTVSKAFSG
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
ASVIIALFVFMFIWYSNSFFIKKRKREIGLYSMLGVKKKNIAAMMFYETMTMGIIALVIG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AFLGTFFSKGFILIFLKLIDAENIIKTTFSIKALVSTIKTFILIYFIVSISGASIIYRYE
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHH
LMDLFMAESKREKEPKASKIKAILSLILLLGGYIIYISSKGSSLGSAAMVTLITVVIGTY
HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
LFFSSFTVYYLKIKRNNKKFHFKGLNMISNSQLLYRIKGNARALATIAILIATTLTASGA
HHHHCCEEEEEEEEECCCEEEEECCCEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
SISFYKFFSQNMDKANPFDYVIKAEDNKIKNDIDKLIKNNTENKLKEKIDITVLQYKNDS
CHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCEEEEEEECCC
SDIYDGKSILSEKDFNKIAKAKNIEVKNKINEEKDVYYFPTYADKNHKINGIRIKSEYFK
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCEEEECCCCCCCCCEEEEEEHHHHHH
IVHSEERSLVNMMVLDNTLIVKDEEFIKLEKQLKKEKYVLYLVENHNRSGELTKDFNNII
HHHHHHHHHHHHHEECCEEEECCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHH
KNYEKSKNDPEHKLVKSNYYENYRENVSSAGTMLFIGCFVGLVFLVCTASIIFFKQLSEA
HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MEERHRYKILRNIGVRNKELKASIYKQMTFIFFAPLIVGIAHGGVALSIFGELLNLGILA
HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
PIIMVAIPYTIVYLIYYFLTAQFYYKAIS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
GLFSIAFKNVKRNFKNYAMYFISMIFSVLVYFMFKSIEYNDQIANVANGMKTVSKAFSG
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
ASVIIALFVFMFIWYSNSFFIKKRKREIGLYSMLGVKKKNIAAMMFYETMTMGIIALVIG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEHHHHCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AFLGTFFSKGFILIFLKLIDAENIIKTTFSIKALVSTIKTFILIYFIVSISGASIIYRYE
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHH
LMDLFMAESKREKEPKASKIKAILSLILLLGGYIIYISSKGSSLGSAAMVTLITVVIGTY
HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
LFFSSFTVYYLKIKRNNKKFHFKGLNMISNSQLLYRIKGNARALATIAILIATTLTASGA
HHHHCCEEEEEEEEECCCEEEEECCCEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
SISFYKFFSQNMDKANPFDYVIKAEDNKIKNDIDKLIKNNTENKLKEKIDITVLQYKNDS
CHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCEEEEEEECCC
SDIYDGKSILSEKDFNKIAKAKNIEVKNKINEEKDVYYFPTYADKNHKINGIRIKSEYFK
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCEEEECCCCCCCCCEEEEEEHHHHHH
IVHSEERSLVNMMVLDNTLIVKDEEFIKLEKQLKKEKYVLYLVENHNRSGELTKDFNNII
HHHHHHHHHHHHHEECCEEEECCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHH
KNYEKSKNDPEHKLVKSNYYENYRENVSSAGTMLFIGCFVGLVFLVCTASIIFFKQLSEA
HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MEERHRYKILRNIGVRNKELKASIYKQMTFIFFAPLIVGIAHGGVALSIFGELLNLGILA
HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
PIIMVAIPYTIVYLIYYFLTAQFYYKAIS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8867804; 9384377; 7952181 [H]