| Definition | Listeria monocytogenes Clip81459, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_012488 |
| Length | 2,912,690 |
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The map label for this gene is 226222760
Identifier: 226222760
GI number: 226222760
Start: 127220
End: 129088
Strand: Direct
Name: 226222760
Synonym: Lm4b_00125
Alternate gene names: NA
Gene position: 127220-129088 (Clockwise)
Preceding gene: 226222759
Following gene: 226222761
Centisome position: 4.37
GC content: 40.82
Gene sequence:
>1869_bases ATGGCGGATTCTAAAAGTTTTACATTTGAACTGAACGAGAGCGTTTTAACAGCGCAAGTTGGCAGGCTAGATGAGATGGC GATGGTTGTAGAGCGGCGGTTTTCAGAGCTCAAAATGACTATTGAAGATGTTGGAAATGCTGATCCAGGTTCGAAAATTT CCGAATCTTTAGGTGGGCTGCAGTCTGGGCTTGGCACGATTAGTTCGGCGTTTGGACAACTGGGTTCTAGTAGTGAGGCG ATTACATCCGGATTCGGTACTGCGGTTGGTTCTGTTGGTGGAATCACGGATGCGTTTAAAAATCTAGGTTCAAGTGTGCA AAATGGTACGTTATTTTCAAGCTTGGCAACCGGGATTGGTGGCATGAGTACAATGCTTGGTGGAGTATCTGGCGGCGTTC AAGGAATTACAAATCTAGCTAGTGGATTTATGGAATTGAAGAAGCATCTAGGCGGTTTGATGTCATCTATTGGTGGCGTT GGTGGAATTATGGGTAAACTGACCTCTCCAATGGGGTTAGTAATTATCGGGATTGTAGCGTTAGTAGCTGCATTTGCGTA TTTGATGACGACGAATGAATCATTCCGAAATACGGTGATGTCAGTTGTAACACAGGTTGCGCAACTGTTCGGTCAACTTG TCGCCAGTTTAATGCCGATTATCATGCAAATTGTTACTGCGGTTATGCAAATTGGTGCCGCGTTAATGCCGATGGTTATG CAATTTATTAGCTTTTTTGCGCAATTGTTAGCCCAATTAATGCCGTTTATTAATATGCTGATTTCCATGCTTATGCCTGT TATTATGCAGATTGTTCAAGTTGTTATGTCACTTGTTTCGGCACTATTACCGAGCATCATGACAGTGATTCAAGGCATTA TGAGCGTTATTCAATTTTTAATTCCGATAATCATGCAAATTGCGACGGTGGTTGTACAAATTGTTGTAACGATTATTTCT TATATAAGTAAAATTATGCCGATTGTTATGACGATTATTGGCGTTATTGTTTCGATTATCACAACGATTATTAGTTACGT CGTTATTATTGCGACGACGATTGCTAGTGTTATTGGGAAAATTATTAGCTTTATTGCGAGTGTTATTACGGCGGTTATCG GGATTGTGCAACCAATTATTGGCTTTATTACTAATATCTTTACGACTATCGTGACGATTATTGGTGCAGCTTTCCAAATG GTATTTACTGTTGCATCCAAAATCTGGAATGCCATTATGACGACGATTTCCGGAATTATTGAAGGAATCAAAGCAGTCAT CACAGGTATTTCTACTACGGTTTCATCAGTGTTTAACGGAGTGAAGCGCATTATTACAGGTGTTTTTGACGGAATCAAAA GTGCTTGGGGTGGTTTAACTGATTTTGTAGGAAATATTTTCGATGGTGTTTCAAGTGCAATTCAAACCGTGGTAGATAAT GTCAAAGGTTTTGTAAACGTCGTAATTCGAGGGATTAATGGAGCCATTGGTTTAATTAATAAGATTCCAGGCGTTGAAAT CGGCAAAATACCACAATTAATTTCCGGTACAACAAATTTCCAAGGTGGCTTTGCTCGAATGAATGAAGGCGGCCGAGGCG AAATGGTGGTTTTACCGTCGGGTTCGCAAGTAATTCCGCACGATGCAACGATGAAATACGCAAGGGAAAGTGCGCGCGGA AATAAATCAATGCTTTACACGAGTCAAGGCGCTGATTTGGCTAGAGTTGAAAATCTTCTCGAGCGCTTACTACAAAAAAA TCCTGTAATCAAAATGGATGACAAAGTGGTAGCCGAGGTAGTTAGCCGTAACCAAGCTAACTCATTTGATCAGTACAATT ACACAATGGGAGGTGCAGCTTATTCATGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TCCGATAATGAAGCGAAGGAAGGTAAAGCGTGGATTGATCGGATTTATGGTGCAAATGGGTTACGAAGACCTAAGAATAA AGAAGAAAGGGGGAAAGTGA
Downstream 100 bases:
>100_bases GCGACTTGTTTTTAGAATTAAATGGAAAAGTGCATTCGCTTAGTGAGACATTTCCAGGTCTTTCTGTACAAGAAGTTTCC AGACAAAGTCCCCAGTTAAG
Product: bacteriophage minor tail proteins
Products: NA
Alternate protein names: Phage Tail Tape Measure Protein; Phage Protein
Number of amino acids: Translated: 622; Mature: 621
Protein sequence:
>622_residues MADSKSFTFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGLQSGLGTISSAFGQLGSSSEA ITSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIGGMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKKHLGGLMSSIGGV GGIMGKLTSPMGLVIIGIVALVAAFAYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVM QFISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFLIPIIMQIATVVVQIVVTIIS YISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGKIISFIASVITAVIGIVQPIIGFITNIFTTIVTIIGAAFQM VFTVASKIWNAIMTTISGIIEGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDN VKGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPSGSQVIPHDATMKYARESARG NKSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEVVSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS
Sequences:
>Translated_622_residues MADSKSFTFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGLQSGLGTISSAFGQLGSSSEA ITSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIGGMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKKHLGGLMSSIGGV GGIMGKLTSPMGLVIIGIVALVAAFAYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVM QFISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFLIPIIMQIATVVVQIVVTIIS YISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGKIISFIASVITAVIGIVQPIIGFITNIFTTIVTIIGAAFQM VFTVASKIWNAIMTTISGIIEGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDN VKGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPSGSQVIPHDATMKYARESARG NKSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEVVSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS >Mature_621_residues ADSKSFTFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGLQSGLGTISSAFGQLGSSSEAI TSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIGGMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKKHLGGLMSSIGGVG GIMGKLTSPMGLVIIGIVALVAAFAYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVMQ FISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFLIPIIMQIATVVVQIVVTIISY ISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGKIISFIASVITAVIGIVQPIIGFITNIFTTIVTIIGAAFQMV FTVASKIWNAIMTTISGIIEGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDNV KGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPSGSQVIPHDATMKYARESARGN KSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEVVSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS
Specific function: Unknown
COG id: COG5412
COG function: function code S; Phage-related protein
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 65281; Mature: 65150
Theoretical pI: Translated: 9.13; Mature: 9.13
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.0 %Cys (Translated Protein) 5.9 %Met (Translated Protein) 5.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.0 %Cys (Mature Protein) 5.8 %Met (Mature Protein) 5.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MADSKSFTFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGL CCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH QSGLGTISSAFGQLGSSSEAITSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIG HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHCCC GMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKKHLGGLMSSIGGVGGIMGKLTSPMGLVIIGIVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH LVAAFAYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVM HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QFISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IPIIMQIATVVVQIVVTIISYISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IISFIASVITAVIGIVQPIIGFITNIFTTIVTIIGAAFQMVFTVASKIWNAIMTTISGII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VKGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPS HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCEEEECC GSQVIPHDATMKYARESARGNKSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEV CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCHHHHHHH VSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS HHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure ADSKSFTFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGL CCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH QSGLGTISSAFGQLGSSSEAITSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIG HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHCCC GMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKKHLGGLMSSIGGVGGIMGKLTSPMGLVIIGIVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH LVAAFAYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVM HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QFISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IPIIMQIATVVVQIVVTIISYISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IISFIASVITAVIGIVQPIIGFITNIFTTIVTIIGAAFQMVFTVASKIWNAIMTTISGII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VKGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPS HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCEEEECC GSQVIPHDATMKYARESARGNKSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEV CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCHHHHHHH VSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS HHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA