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The map label for this gene is rpoBC [H]

Identifier: 225629893

GI number: 225629893

Start: 20819

End: 29332

Strand: Direct

Name: rpoBC [H]

Synonym: WRi_000230

Alternate gene names: 225629893

Gene position: 20819-29332 (Clockwise)

Preceding gene: 225629892

Following gene: 225629896

Centisome position: 1.44

GC content: 35.76

Gene sequence:

>8514_bases
ATGGTTGATTCTTCTTATATGTACGCTTCTGGTGCTTTTGTTCCTAGAGTTTCTTATTCTAGGTCGATTGATTTAAAAGA
TTCTTTATTGGATTTGGTTAAGGTTCAAAAAGAATCATATGATTCTTTTACTCCTAAGAATAAGGGTAATGAAAGACTTG
AAGTTATCTTTCATACAATCTTTCCAATAAATGATCCTTTGCGTAGGGCTACTATTGAGTTTATAAGTTGTAGGGTAGAT
GATCCTAAGTATGATGAATCTGAGTGTATAAAGCGTGGTGTAACTTTTTCTGCTCAGGTTATTGCTTCTATACGTCTTGT
TGTTATGCAGGATGGTATTTCTCTTGATGAATATAAATCGATTAAAGAGAGTGGAGATCATTCTAAACTTGCAACCGTTG
TAAAATCTATAGAAGAGCAGAAAGTCCACTTTTGTGGGTTGCCTATGATGACTGATAAGGGCACTTTCATCATTAATGGT
GTGGAAAAAGTTATCGTCTCACAAATGCATAGGTCTCCTGGTGTATTTTTTGATAGCGATAAGGGAAAAACTTACAATTC
TGGTAAATTGATCTATTCTGCTAGAATTATTCCTTATAGGGGTTCTTGGCTTGATATTGAATTTGATGTTAAAGACCATT
TGTATTTTCGTGTTGATAGAAAAAGAAAATTGCCAATTTCAGTTTTATTAAAGGCGTTGGGTCTATCAAATAATGATATA
CTCGATAGATTTTATGAGAAAATAAAGTATGTAAAACATAAAGATGGTTGGAAAGTGCCTTTTGTTCCTGATAAATTTAA
AGGAGTGAGGCTGCCTTTCGACTTAATGGATATTGAAGGTAATGTGCTGCTTAAAGCTAACGTTCGTATTACCTCAAGAC
TAGCTAAAAAGCTATATGATAATGAATTGAAAGAGTATCTGGTTCCTTTTAATTCTATATGTGGTTTATTCCTCGCAGAA
GATTTAATGGATAGTGCTAGCTCTACGAAAATTTTATCTGCTGGTGAATCTATAAAGCTGGAAGACATAAAGAAGCTTGA
GTTATTATCTGTAGATGAAATATCAGTGTTGAACATAGATAATTTGTTTGTTGGACCTTATATATTAAATACGCTTTTCT
TAGATGAAAACATGTCTTATCAGGATGCACTATATGAAATATATAGAGTTTTGCGTCCTGGTGAAGTTCCTGTTTTAGAG
ATAGTAGAAGAGTTTTTCCGTAATCTTTTCTTCAGTCCGGAATATTATGATTTGTCTAACATTGGTAGGTTGAAGCTTAA
CTCTTACCTTGGATTAAATTATGATGAGGATTTAACTGTTTTAACGCATGAAGATATTATTGAAATTGTGAAAAAAATAG
TATTGTTACGTGACGGTCAAGGATCTGTAGATGATATTGATCATTTAGGAAACAGAAGAGTAAGATCAGTTGGAGAGTTT
ATAGAAAATCAATTTAGAACTGGGTTGTTGAAATTGGAACGCGCAATAGTTGATTCTATGTCCACTTCTAGTTTAGATAA
AGTTTCTCCATCTGATTTTATTAATCCAAAAGTGTTAACTAATGTCTTAAGAGATTTCTTCAATTCTTCTCAATTATCTC
AATTTATGGATCAGACTAATCCGTTATCTGAAATAACACATAAAAGAAGGTTATCCGCGTTAGGTCCTGGCGGTTTAACA
AGAGAACGGGCAGGATTTGAGGTGCGTGATGTTCATCCAACTCATTATGGAAGAATTTGCCCTATTGAGACTCCTGAAGG
GCAAAATATAGGGTTAATCAACAGCTTAGCTATATACGCGCGTATTAATAAATATGGTTTCATTGAAAGCCCTTATAGAA
AAGTAGTCAATAGGGTTGTTACTGATCAAATTGAGTATCTTTCTGCTATAGACGAAGGCTCACATCATATAGCTGACACT
AGCGTAAAGCTTGATGAAAATAATTGCTTTGTTGATGACATGCTATACTGTAGATATGCTGGTAGCTTCGTCATGGTAAG
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GTTGCTACTGGTATGGAGTCTTTTGTAGCTTCTGGCTCTGGTGCTGTAGTTTTAGCAAAACGCGATGGCATAGTTGATAG
TTCTGATAGTAACTCTATAGTTATACGTGCTTTTGATAAAGAAAGGGTTAACTACTTGGACGTAGATATTTATCATCTAA
GGAAATTTCAGCGTTCTAACCATAATACTTGTATTAATCAAAGACCGCTAGTGTGCGTAGGTGATTATGTTAAAAAGGGT
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GCAAGGTTATAATTTTGAAGACTCTATTATTATTTCTAGTGAAGTTGTTAAAAAAGATCTCTTTACTTCTATTCATATAG
AAGAATTTGACTGTGTTGTACATGATACCCCTTTAGGATCAGAAAAAATAACTCGTGCTATACCTGGTGTTAATGAAGAA
AATCTATATCACTTGGATGATAGTGGTATAGTGAAAATTGGTACAAGAGTTGGTCCAGGCTATATTCTGGTAGGTAAAGT
TACACCTAAACCTTCTCTTTCATTGCCTCCTGAAACGAAGTTATTAATGACAATTTTTGGTGAAAAGTCATTCGATTGTG
CGGATTCCTCTTTATATACATCTCCAGATGTTGAAGGGACAGTAATTGATGTACAAGTCTTTACACGCAGGGGGGTTGAA
GAAAATGAAAGGGCATTACTCATCAAACAAAAAGAGATAAATGACTTTGAGGAAGAGCGAGATTATATAATCAATGTTAC
TAGTGAATATTTCTATGATGAACTGAAGAAACTTCTTATTAATTCTGGTTCTCAAGATCGAGAAAAATTTGACTCTATTG
AACGTGAGCAATGGTGGGGTATAGGATTAAAAAACCAATCCATTTCTGAGCAAGTTAAGAGCTTAAAAAAAGATTTTGAT
GAAAAAGTATCACATGCAATAGCACAGTTTAAGCGAAAAGTAGAAAAATTACATGAAGGTTATGACCTGCCTCAAGGTGT
GTCGATGTCAGTAAAAGTTTTCATTGCTGTGAAACATAGTCTGCAACCAGGGGATAAAATGGCTGGTAGACATGGAAATA
AAGGTGTGATTTCTCGAGTTGTGCCAGTGGAAGATATGCCTTATTTGGAAGATGGTACTCCTGTTGATATTATTCTTAAC
CCTCTTGGTGTTCCTTCACGAATGAATGTAGGGCAAATACTGGAAACGCATGTAGGTTGGGCTTGTAGAAAATTAGGGGA
AAAGGTAAGTAATATTCTCGATGAGATCAATAAGATCAAAAGTGCTTTTTGCAAGGGAATTAGGTCCCTTAACGATGATA
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TTAAATACACCTAATAAGAATGCACTAAATGACGAGTTGAATGAGTTAGTAGAGAACTATTTGAACTCTTGTAAAAGTTC
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TTAGTGATAATAATCTCATTGAATTTGCACGCAAATTACGTGATGGCGTTCCTGTTGCTGCACCTGTATTTGAGGGTCCA
AAAGATGAACAAATAGCAAAATTATTTGAACTTGCTGGTTTAGATAACTCTGGACAAGCTGTATTATATGACGGTTGCAG
TGGTGAAAAATTCGACCGCAAGGTTACAGTTGGTTACATGTACATGCTTAAGTTGCACCACTTGGTTGATGGTAAAATTC
ATGCGCGTTCAGTAGGGCCTTATAGTTTGGTTACTCAACAACCTCTTGGAGGAAAATCTCATTTTGGTGGTCAGCGTTTT
GGTGAAATGGAATGTTGGGCATTACAAGCCTATGGTGCTGCTTATACTTTGCAGGAAATGTTAACTGTGAAGTCTGATGA
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ATGTGATGATAAAAGAACTACGTTCTTTATGTTTAAATGTAGATTTAAAGCAAAATGATGTAGTGATTGAAGATATATCT
CACACTAACATTGCACAACCTTTTAATGAGGTTAGCATATCGATTGCTAGCCCTGAAAGTATTAAGCGTATATCTTGTGG
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GTAGAAGTTACATCTTCTAAAGTAAGAAGAGAAAGGATGGGTCATATAGAGCTTGCATCTCCTGTTGCTCATATATGGTT
TTTGAAATCGCTTCCTTCAAGAATTGGAGCATTATTAGATATGTCTCTCAGAGATATTGAGAATATTTTATATAGCGATA
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TTGCGTCCTTTGGTATCGCTTGAGAGTGGTCGTCCTGCAGTTTCTGATCTGAATCATCATTATAGGACTATTATTAATAG
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AATAGTTGTTGGTCCAACTTTGAAACTAAATCAGTGTGGATTACCAAAAAGAATGGCTCTTGAACTATTCAAACCTTTTG
TTTACTCAAAGCTTAAGATGTATGGTATGGCTCCAACTATTAAGTTTGCTAGTAAGTTGATAAGAGCAGAAAAACCAGAA
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TCAGGCTTTTGAGCCAATCCTTATTGAAGGCAAAGCAATACAGCTTCATCCGCTTGTCTGTACGGCGTTTAATGCTGATT
TTGATGGTGATCAAATGGCAGTGCATGTGCCAATTTCATTGGAAGCTCAGCTTGAAGCTAGGGTGTTGATGATGTCCACT
AATAACGTTTTAAGTCCTTCTAATGGCAGACCGATTATAGTTCCTAGTAAAGATATAGTACTTGGTATATATTATCTGAC
TTTACAAGAACCTAAGGAAGATAATTTACCATCTTTTGGTGCTTTTTGTGAAGTTGAGCATTCCTTGAGTGATGGTACTT
TACATATTCATTCTAGTATAAAGTATAGGATGGAGTATATTAATAGCAGCGGTGAAACTCACTATAAAACTGTTTGTACA
ACTCCTGGCCGTTTAATATTATGGCAAATTTTTCCTAAGCATGAGAATCTAGGCTTCGATCTAATAAATCAGATATTAAC
AGTCAAGGAAATAACTGGTATAGTTGATTTGGTATATCGTAACTGTGGTCAAAGTGCTACAGTGGCATTTTCTGATAAAT
TAATGGTACTTGGCTTTGAGTATGCCACATTTTCTGGTGTCTCTTTTGGTCGTTGTGATATGGTTATACCTGAAACTAAA
GCTACACATGTTGATCACGCGAGGGGTGAAATTAAGAAATTCTCTATGCAATATCAAGATGGGCTAATAACTAGAAGTGA
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ATGATGGAAATAGTAAGTACAACTCAGTGTATATGATGGTTAACTCTGGTGCAAGGGGTTCTACTTCACAGATGAAACAG
CTAGCAGGAATGCGAGGGCTCATGACCAAACCTTCTGGTGAGATTATAGAAACACCTATAATTTCTAATTTCCGTGAAGG
ATTGAACGTATTTGAATACTTTAATTCTACTCACGGTGCGCGTAAAGGTTTAGCTGACACTGCACTTAAAACTGCAAACT
CTGGATACTTAACTCGTCGTTTAGTTGATGTATCTCAAAATTGCATAGTTACAAAGCATGACTGTAAAACAAAAAATGGT
CTTGTTGTGAGAGCTACAGTTGAAGGAAGTACTATAGTTGCATCTCTAGAGAGTGTTGTGCTGGGTAGAACAGCTGCAAA
TGATATATATAACCCAGTGACAAAAGAATTATTAGTAAAAGCAGGGGAATTAATTGATGAGGATAAAGTAAAGCAAATCA
GCATTGCAGGTCTTGATGTTGTAAAAATTAGATCGCCTTTAACTTGTGAAATAAGTCCTGGTGTATGTTCTTTATGTTAT
GGAAGAGACCTTGCAACTGGTAAAATTGTTTCAATAGGTGAAGCAGTTGGTGTTATAGCTGCTCAATCTGTTGGAGAGCC
AGGTACTCAGTTAACGATGCGTACTTTTCATATAGGTGGAGTAATGACTAGAGGCGTTGAATCCTCGAATATTATAGCTT
CTATTAATGCTAAAATAAAGTTAAACAATAGTAATATAATTATAGATAGAAACGGAAATAAAATTGTGATAAGCCGTTCC
TGTGAAGTCGTGTTGATTGATAGCCTTGGTAGTGAGAAGTTGAAGCACAGTGTACCTTACGGCGCTAAGCTTTATGTAGA
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AATGACACTCGCAAGTGGCGTTGAAGCATGTTATTTTATACCAATCGGTGCAGTGCTCAATGTACAAGATGGCCAGAAGG
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ATAGAGTTATTTGAAGCACGTCGTCCTAAAGAGCATGCTATTGTTAGTGAGATAGATGGCTATGTAGCGTTTTCTGAAAA
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TGTACTTGGTTGGCGAAAGCATTGACAAGCTGGAAGTTGATAGGGAAAATGATGCTATGAGTAACTCTGGCAAACGGTCT
ACTCATTATCTTCCTATTCTGCAGGGGATTACTAGGGCAAGTCTTGAAACTAGCTCCTTTATTTCTGCTGCCTCTTTCCA
AGAGACAACAAAAGTACTTACAGAAGCAGCATTCTGCGGGAAGAGTGATCCTTTAAGTGGATTAAAAGAAAATGTTATAG
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Upstream 100 bases:

>100_bases
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AATTAGTTTGGGGTATTTTA

Downstream 100 bases:

>100_bases
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Product: DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'

Products: NA

Alternate protein names: DNA-directed RNA polymerase subunit beta; RNA polymerase subunit beta; Transcriptase subunit beta; DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; RNA polymerase beta'; Transcriptase subunit beta' [H]

Number of amino acids: Translated: 2837; Mature: 2837

Protein sequence:

>2837_residues
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Sequences:

>Translated_2837_residues
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>Mature_2837_residues
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LRPLVSLESGRPAVSDLNHHYRTIINRNNRLRKLLSLNPPEIMIRNEKRMLQEAVDSLFDNSRRNTLVNKAGAVGYKKSI
SDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPTLKLNQCGLPKRMALELFKPFVYSKLKMYGMAPTIKFASKLIRAEKPE
VWDMLEEVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPILIEGKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHVPISLEAQLEARVLMMST
NNVLSPSNGRPIIVPSKDIVLGIYYLTLQEPKEDNLPSFGAFCEVEHSLSDGTLHIHSSIKYRMEYINSSGETHYKTVCT
TPGRLILWQIFPKHENLGFDLINQILTVKEITGIVDLVYRNCGQSATVAFSDKLMVLGFEYATFSGVSFGRCDMVIPETK
ATHVDHARGEIKKFSMQYQDGLITRSERYNKVIDEWSKCTDMIANDMLKAISIYDGNSKYNSVYMMVNSGARGSTSQMKQ
LAGMRGLMTKPSGEIIETPIISNFREGLNVFEYFNSTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVSQNCIVTKHDCKTKNG
LVVRATVEGSTIVASLESVVLGRTAANDIYNPVTKELLVKAGELIDEDKVKQISIAGLDVVKIRSPLTCEISPGVCSLCY
GRDLATGKIVSIGEAVGVIAAQSVGEPGTQLTMRTFHIGGVMTRGVESSNIIASINAKIKLNNSNIIIDRNGNKIVISRS
CEVVLIDSLGSEKLKHSVPYGAKLYVDESGSVKIGDKVAEWDPYTLPIITEKTGTVSYQDLKDGISITEVMDESTGISSK
VVKDWKLHSGGANLRPRIVLLDDNGKVMTLASGVEACYFIPIGAVLNVQDGQKVHAGDVITRTPRESVKTRDITGGLPRV
IELFEARRPKEHAIVSEIDGYVAFSEKDRRGKRSILIKPVDEQISPVEYLVSRSKHVIVNEGDFVRKGDLLMDGDPDLHD
ILRVLGLEALAHYMISEIQQVYRLQGVRIDNKHLEVILKQMLQKVEITDPGDTMYLVGESIDKLEVDRENDAMSNSGKRS
THYLPILQGITRASLETSSFISAASFQETTKVLTEAAFCGKSDPLSGLKENVIVGRLIPAGTGLIMNKIRALSLCDNVDK
YEKYFDIETYDEEWLMDNGCHLHSGEEESVVAYDQSN

Specific function: DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates [H]

COG id: COG0086

COG function: function code K; DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit/160 kD subunit

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: In the C-terminal section; belongs to the RNA polymerase beta' chain family [H]

Homologues:

Organism=Homo sapiens, GI4505939, Length=907, Percent_Identity=25.3583241455347, Blast_Score=171, Evalue=8e-42,
Organism=Homo sapiens, GI39725938, Length=653, Percent_Identity=27.1056661562021, Blast_Score=160, Evalue=1e-38,
Organism=Homo sapiens, GI103471997, Length=240, Percent_Identity=31.25, Blast_Score=98, Evalue=1e-19,
Organism=Homo sapiens, GI4505941, Length=114, Percent_Identity=39.4736842105263, Blast_Score=84, Evalue=2e-15,
Organism=Homo sapiens, GI238908505, Length=111, Percent_Identity=36.9369369369369, Blast_Score=74, Evalue=2e-12,
Organism=Homo sapiens, GI238908503, Length=111, Percent_Identity=36.9369369369369, Blast_Score=74, Evalue=2e-12,
Organism=Homo sapiens, GI212286172, Length=56, Percent_Identity=53.5714285714286, Blast_Score=74, Evalue=2e-12,
Organism=Homo sapiens, GI33469941, Length=104, Percent_Identity=37.5, Blast_Score=74, Evalue=2e-12,
Organism=Escherichia coli, GI2367335, Length=1362, Percent_Identity=54.1116005873715, Blast_Score=1450, Evalue=0.0,
Organism=Escherichia coli, GI1790419, Length=1130, Percent_Identity=50.5309734513274, Blast_Score=1139, Evalue=0.0,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI25145495, Length=656, Percent_Identity=26.6768292682927, Blast_Score=169, Evalue=2e-41,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI71987878, Length=547, Percent_Identity=27.2394881170018, Blast_Score=143, Evalue=1e-33,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI25144348, Length=113, Percent_Identity=37.1681415929204, Blast_Score=77, Evalue=1e-13,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI17552304, Length=114, Percent_Identity=35.9649122807018, Blast_Score=77, Evalue=2e-13,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI17506623, Length=103, Percent_Identity=33.9805825242718, Blast_Score=73, Evalue=2e-12,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6320061, Length=896, Percent_Identity=25.2232142857143, Blast_Score=167, Evalue=3e-41,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324690, Length=657, Percent_Identity=25.1141552511416, Blast_Score=151, Evalue=1e-36,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324725, Length=158, Percent_Identity=36.7088607594937, Blast_Score=91, Evalue=4e-18,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324781, Length=168, Percent_Identity=33.3333333333333, Blast_Score=87, Evalue=3e-17,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6325267, Length=104, Percent_Identity=39.4230769230769, Blast_Score=77, Evalue=4e-14,
Organism=Drosophila melanogaster, GI281360912, Length=663, Percent_Identity=26.0935143288084, Blast_Score=164, Evalue=1e-39,
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Organism=Drosophila melanogaster, GI17647877, Length=111, Percent_Identity=38.7387387387387, Blast_Score=82, Evalue=4e-15,
Organism=Drosophila melanogaster, GI17136444, Length=167, Percent_Identity=29.940119760479, Blast_Score=82, Evalue=7e-15,
Organism=Drosophila melanogaster, GI17136446, Length=177, Percent_Identity=30.5084745762712, Blast_Score=75, Evalue=8e-13,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

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- InterPro:   IPR014724
- InterPro:   IPR012754 [H]

Pfam domain/function: PF04997 RNA_pol_Rpb1_1; PF00623 RNA_pol_Rpb1_2; PF04983 RNA_pol_Rpb1_3; PF05000 RNA_pol_Rpb1_4; PF04998 RNA_pol_Rpb1_5; PF04563 RNA_pol_Rpb2_1; PF04561 RNA_pol_Rpb2_2; PF04565 RNA_pol_Rpb2_3; PF10385 RNA_pol_Rpb2_45; PF00562 RNA_pol_Rpb2_6; PF04560 RNA_po

EC number: =2.7.7.6 [H]

Molecular weight: Translated: 317680; Mature: 317680

Theoretical pI: Translated: 6.40; Mature: 6.40

Prosite motif: PS01166 RNA_POL_BETA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.5 %Cys     (Translated Protein)
2.2 %Met     (Translated Protein)
3.7 %Cys+Met (Translated Protein)
1.5 %Cys     (Mature Protein)
2.2 %Met     (Mature Protein)
3.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
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Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA