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The map label for this gene is opuD1 [H]

Identifier: 218901749

GI number: 218901749

Start: 570308

End: 571858

Strand: Reverse

Name: opuD1 [H]

Synonym: BCAH820_0610

Alternate gene names: 218901749

Gene position: 571858-570308 (Counterclockwise)

Preceding gene: 218901756

Following gene: 218901745

Centisome position: 10.78

GC content: 36.69

Gene sequence:

>1551_bases
ATGATAAAAAAAGAAAACAGTGTATTCTATATCTCCATCTTGCTAACAACATTATTTATCATATGGGGAATTACCCCGGC
AAGTTGGATACAAGGCTATGATTTACAAAGCGTTACATCTTCTTTAAACTCATTTATCCTCAATAAATTTGGATGGTTTT
ACTCTCTACTTATGACTGCAATGATTATTTTAGCCACGTATTTAGCATTCTCTAAATACGGTTCTATTCGTCTTGGTAAA
GATGGAGAAAAACCAAAGTATAGTTATCCATCTTGGCTATCCATGTTGTTTGGAGCAGGAATGGGAATTGGACTCCTCTT
TTATGGAATCGCTGAACCGATTTCACATTTTACAGATCCATTAACAGGAAAAGCAGGTACAGAGGAAAGTGCCAAACTCG
CTATGCAATATTCATTTTTCCACTGGGGCCTCTTTCCATGGGCACTATACGCAATGGTTGCTTTAACAATTGCATATTTC
ACATTCCGCAAACAAAAAGGTAGCACAATTGGCGCTACAGTTACTCCATTATTTAATCGATCGAAGAATTCTCCTATCGG
AAAAACAGTTGATATTTTAGCTGTTTTAGCCACAGTATTTGGTATTGTGCCATCTGTTGGGATTGGTGCTCAACAAATCG
CCGGAGGATTAAGCTATTTATTCCCTTCTATTCATAACACTTTACTTACACAGCTCGTACTTATCGCCATCTTCGCTGTT
TTATATTTAACAAGTGCACAAACAGGCTTAGATCGTGGGATTAAATATTTGAGTAACTTAAATTTCTCTCTTGCAGGTAT
ATTACTCGTCTCCTTTTTACTTTTAGGACCAACTGTATTTATTATGAAATATTTCACATCTACACTCGGTTCTTATATTG
GAGCTTTACCTAGTATGGGATTAAATTTAGGAGCATTTAATGAAAAATCTTCTTCTTGGATAGAAAACTGGACTATTTTC
TATTGGGGATGGTGGATCTCCTGGTCTCCATTCGTCGGTACATTCATCGCCCGTATTTCTAAAGGGCGCACAATAAAAGA
ATTTATTTTTGGAGTTGTATTAGTCCCAACTCTCATCTGCACATTTTGGTTTGCAGTATTTGGCGGCACCGCTATCCATA
TGGAAATGTTCCAATCCCTTGGAGTAGCTGATGAAATCGCAAAAAACGGGACAGAGATTGGATTATTTGCTGTTATTTCA
CATCTACCGTTCTCTACATTTTTAACAATTATCGGGTTAATTTTAGTAGCCACATTTTTCGTTACTTCTGCCGACTCGGC
AACATTTGTTGTTTCTATGCAAACGAGTAACGGAAGCTTATCACCGAAAAATAGTTTGAAACTTATATGGGGATTAACAA
TCGCGATAATCGCAGCTATTTTATTACAAGCTGGAGGGTTAAATGCACTACAAATTGCAGCTATAATCGCAGCACTACCA
TTTTCTATCGTAGTCGTTCTTATGGTTACTTCGCTCTTTAAAGAGCTCCGAAAAGAAGATATTAATTCGCAAACGAAAGA
AGTTCCGAAAAAAATAAAAAAGGTTATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTCCTTTTACACATGTTAAAAATCGAATTTTTTGACAATTACCCCTTCAATTGTTATGATTAATATAATTGTTAACTTTA
TTAAACAAGGGTGGGATTCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGATTGGCGCCTTAAATTACTTCTAAATCCGTGATGAATGAGGAAAAAAGTAAATGAATAAAACCCATTCATATGAAATA
TCATTTTCATATGAATGGGT

Product: glycine betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 516; Mature: 516

Protein sequence:

>516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Sequences:

>Translated_516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM
>Mature_516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILATYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWALYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLLTQLVLIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGVADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=507, Percent_Identity=36.6863905325444, Blast_Score=327, Evalue=9e-91,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=455, Percent_Identity=31.4285714285714, Blast_Score=206, Evalue=3e-54,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=484, Percent_Identity=27.8925619834711, Blast_Score=187, Evalue=1e-48,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 56507; Mature: 56507

Theoretical pI: Translated: 9.98; Mature: 9.98

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]