| Definition | Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_011374 |
| Length | 874,478 |
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The map label for this gene is dnaE [H]
Identifier: 209554072
GI number: 209554072
Start: 510502
End: 513411
Strand: Reverse
Name: dnaE [H]
Synonym: UUR10_0460
Alternate gene names: 209554072
Gene position: 513411-510502 (Counterclockwise)
Preceding gene: 209554510
Following gene: 209554047
Centisome position: 58.71
GC content: 24.02
Gene sequence:
>2910_bases ATGTTTATTAATTTAAATGTGCACTCATATTATTCTTTACTTAATAGCGCTTTAAGTATTGATGATTTAATTCAACACGC ATTAGATAATAATCAACCATATGTTTGTTTAACAGATTTAAATAACATGTATGGTTGTATTGAATTTTATGATAAAGCGA AAGCACATAATTTAATTCCCATCATTGGTTTAGAATTTGAATATCAAAACACAACTTTAGTAGCTTATGCTAAAAATTAT AATGGCTATTTAAAATTAATTAAATGATCATCTTGAATTATGACAAATACAACATTTATAATTCAAGAAGATTTTGATGA TTTAATTATTGTTTGTAAAAAAGGGGGTTTAGTTTTTGAAAACCCTAATTTTTATCAAGCCCAAAATCAAAACGCTTCTA ATGCTATTGCATTACAAAGCGTTTTTTATGCACAAGAAAATGATAAAACAGTTTTTTTAGCCATGCTTGCTATTAAAAAT GATTTAAAATTAGATGATTTTATAGATTGTCATGAATTTGATAAAAATTATTTTTTAAATGATCATGAAGCACAATCTTT ATTTTCAACAATTGCTTTAGATAATTTAAATAAAGTTTTAAATGAATTACAAGTTGAAATTCATGATCTACCAATTAATA TTCCTGTTTATGATAAAAACAATTTAACAGTTTCGAGTGAAATTTTAAAACAATTGTGTATTAGTGGATTAAAACAACGT TTAAACGCTCATGATGGGCAAGTTAAAAAAGTTTATGCTAAACGGTTAAAATATGAGTTAGATGTTATTAGTGAAAAACA ATTTGATGATTATTTTTTAATTGTTTATGATTTTATAAATTATGCTAAAAGCAATGGAATTATTGTAGGACCTGGTCGAG GAAGTGCAGCTGGGTCATTAGTTGCGTATTGTTTGTATATTACTGATATTGATCCCATTAAACATAATTTAATCTTTGAA CGATTTTTAAATCCAACAAGAAAAAGTATGCCAGATATTGATACTGACATTATGGATGAAAAACGTGATCAAGTCATTGA ATATTTATTTGAAAAATATGGCAATGATCACGTTGCTTATATTGTAACTTTTCAACGATTAAAAGCAAAAATGGCCCTTC GTGATGTGGGGCGGATTTTGGGTATTGATTTAAAAGTCATTGATAAAATTTGCAAAAACATTAAAACTGATTATGATGAA GACATTGATTTAGCAATTAAAAAAAGTGCGACATTAAAAGAAATGTATGTTTTACATAAAGAATTATTTGAAATTTCTAA AAAATTAATTCATGCTCCACGTCAAATTGGAACACATGCTGCTGGAATAATTTTAAGCAATAGTTCAATTACAAATATTA TTCCAATTCAATTAGGCATTAATGATCGTCCTTTATCACAATATTCAATGGAGTATTTAGAACGTTTTGGTTTAATTAAA ATGGATTTATTAGGTTTAAAAAACCTAACAATTATTGATAATGTTTTAAAAATGATTTATAAAACACAAAATAAAAAAAT CGATCTTTTTAATATTGATTACAATGATAAATTTGTTTTTCAAGATTTAGCAAAAGCTAAAACAAATGGTATTTTTCAAT TAGAATCACCTGGAATGAAAAAGGTTTTATTAAAAGTTAAGCCACAAAATATTGAAGATATTTCCATTGTTTCAGCACTT TTTAGACCAGGTCCACAACAAAATATTAAAACATTTGTTGAACGACGATTCAAACGTGAAGAATTTAGTTATTGAAATGA ACAAACAAAAAAAATTTTAGAACCAACATATGGAATAATTATTTATCAAGAACAAGTGATTGAATTAGTTAAAACAATTG CTAATTTTGATATTGCAACATCTGATAATTTCCGTCGAGCAATTTCAAAAAAAGATGAAAAAATTTTAATGCAACTAAAA GATGATTTTATTAATGGTGCTTTAGCTAATAATTATAAACAACCATTAGTAAACCAAATTTTTGAATATATTTTCTCATT TGCTCATTATGGATTTAACCATTCTCACTCACTAGCATATTCATACATTAGTTATTGATTAGCTTATTTAAAACATTATT ATCCACTAGAATTTTTAAGTGTTTTACTATCACATACGAGTGCATCAAAAGAAAAACTATTATCTTATTTAGATGAAACT AAAGATTTTAATATTAGTATTAAAGGACCTGATATTCAACATTTTAGTAATGATTTTGTCATTGATAATCACAAACAAAT TATTCGTTTTGGTTTTAAAACAATTAAAGGTTTTGGTGATGAGTTACTTAAAAAAATTAAGTTAGCTTTAGAAAATGCAG AATTAAGTGATTATATTTCATATATTGATGCTTTAAAAAAAGGTAACATTAGTTTAAAAAATATTGAAATTTTAATTCGC ATTGGAGCTTTTGATAGCTTTGAAATTAATCGTTTATTTTTATTAAATAATTTAGAAGAAATTTTTGAGAAAACAGGATT GAATGGTCATTTTTTTGATTTAAATTTAGTTGGTTTAGATTATGCAAATGATATGAGTATTAATGAACGTTTTCAAGAAG ATGAAATTCAATATTTAGGAATTAATTTAAGTAGTTTAAATTACACAAATTATACTAATGAAATTGATTATAGCAATTTA AAATATGAAATTGAAAGTTTTAATGAAATCAATACAAATTATGAAGTAAATATTGTAGCTCAAGTTTTAAATATCGTGCA ATCAAAAACTAAAAAAGGTAATGATATTTTTTATTTGGATGTACTAGTTGAAAACAAAAAAGAAAAATTAACAATTTTTC AAAATAGTAAGCATTTAGTTGATGAAATTGACATTAATGGAATTTATGTTTTTGGTGTTAAATTATTAAATCATTTTAAT TTTATTGTAAGTGTTAAACAAAGGGTCTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases CAATCGAAGAATTATCATACATTTTAGAGTATGAAAAAATTGATAAGAAAACACGTGAAAAAATTAAAAAGATTATTAAA GAAAAACAACGAAATTTATA
Downstream 100 bases:
>100_bases AATATGAAAAAAGCAATTGTAATCGATGGAAATTCATTAATTTATCGTGCTTTTCACGCAACTTATAAACAAGCTGAATG AGCTGTTGAAAACCAATTAA
Product: DNA polymerase III DnaE
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 969; Mature: 969
Protein sequence:
>969_residues MFINLNVHSYYSLLNSALSIDDLIQHALDNNQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLIPIIGLEFEYQNTTLVAYAKNY NGYLKLIKWSSWIMTNTTFIIQEDFDDLIIVCKKGGLVFENPNFYQAQNQNASNAIALQSVFYAQENDKTVFLAMLAIKN DLKLDDFIDCHEFDKNYFLNDHEAQSLFSTIALDNLNKVLNELQVEIHDLPINIPVYDKNNLTVSSEILKQLCISGLKQR LNAHDGQVKKVYAKRLKYELDVISEKQFDDYFLIVYDFINYAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLYITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDQVIEYLFEKYGNDHVAYIVTFQRLKAKMALRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKTDYDE DIDLAIKKSATLKEMYVLHKELFEISKKLIHAPRQIGTHAAGIILSNSSITNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYKTQNKKIDLFNIDYNDKFVFQDLAKAKTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYWNEQTKKILEPTYGIIIYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILMQLK DDFINGALANNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYWLAYLKHYYPLEFLSVLLSHTSASKEKLLSYLDET KDFNISIKGPDIQHFSNDFVIDNHKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKLALENAELSDYISYIDALKKGNISLKNIEILIR IGAFDSFEINRLFLLNNLEEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYANDMSINERFQEDEIQYLGINLSSLNYTNYTNEIDYSNL KYEIESFNEINTNYEVNIVAQVLNIVQSKTKKGNDIFYLDVLVENKKEKLTIFQNSKHLVDEIDINGIYVFGVKLLNHFN FIVSVKQRV
Sequences:
>Translated_969_residues MFINLNVHSYYSLLNSALSIDDLIQHALDNNQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLIPIIGLEFEYQNTTLVAYAKNY NGYLKLIK*SS*IMTNTTFIIQEDFDDLIIVCKKGGLVFENPNFYQAQNQNASNAIALQSVFYAQENDKTVFLAMLAIKN DLKLDDFIDCHEFDKNYFLNDHEAQSLFSTIALDNLNKVLNELQVEIHDLPINIPVYDKNNLTVSSEILKQLCISGLKQR LNAHDGQVKKVYAKRLKYELDVISEKQFDDYFLIVYDFINYAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLYITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDQVIEYLFEKYGNDHVAYIVTFQRLKAKMALRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKTDYDE DIDLAIKKSATLKEMYVLHKELFEISKKLIHAPRQIGTHAAGIILSNSSITNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYKTQNKKIDLFNIDYNDKFVFQDLAKAKTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSY*NEQTKKILEPTYGIIIYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILMQLK DDFINGALANNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISY*LAYLKHYYPLEFLSVLLSHTSASKEKLLSYLDET KDFNISIKGPDIQHFSNDFVIDNHKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKLALENAELSDYISYIDALKKGNISLKNIEILIR IGAFDSFEINRLFLLNNLEEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYANDMSINERFQEDEIQYLGINLSSLNYTNYTNEIDYSNL KYEIESFNEINTNYEVNIVAQVLNIVQSKTKKGNDIFYLDVLVENKKEKLTIFQNSKHLVDEIDINGIYVFGVKLLNHFN FIVSVKQRV >Mature_969_residues MFINLNVHSYYSLLNSALSIDDLIQHALDNNQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLIPIIGLEFEYQNTTLVAYAKNY NGYLKLIK*SS*IMTNTTFIIQEDFDDLIIVCKKGGLVFENPNFYQAQNQNASNAIALQSVFYAQENDKTVFLAMLAIKN DLKLDDFIDCHEFDKNYFLNDHEAQSLFSTIALDNLNKVLNELQVEIHDLPINIPVYDKNNLTVSSEILKQLCISGLKQR LNAHDGQVKKVYAKRLKYELDVISEKQFDDYFLIVYDFINYAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLYITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDQVIEYLFEKYGNDHVAYIVTFQRLKAKMALRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKTDYDE DIDLAIKKSATLKEMYVLHKELFEISKKLIHAPRQIGTHAAGIILSNSSITNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYKTQNKKIDLFNIDYNDKFVFQDLAKAKTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSY*NEQTKKILEPTYGIIIYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILMQLK DDFINGALANNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISY*LAYLKHYYPLEFLSVLLSHTSASKEKLLSYLDET KDFNISIKGPDIQHFSNDFVIDNHKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKLALENAELSDYISYIDALKKGNISLKNIEILIR IGAFDSFEINRLFLLNNLEEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYANDMSINERFQEDEIQYLGINLSSLNYTNYTNEIDYSNL KYEIESFNEINTNYEVNIVAQVLNIVQSKTKKGNDIFYLDVLVENKKEKLTIFQNSKHLVDEIDINGIYVFGVKLLNHFN FIVSVKQRV
Specific function: DNA polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative synthesis in bacteria. This DNA polymerase also exhibits 3' to 5' exonuclease activity. The alpha chain is the DNA polymerase [H]
COG id: COG0587
COG function: function code L; DNA polymerase III, alpha subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the DNA polymerase type-C family. DnaE subfamily [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786381, Length=902, Percent_Identity=32.1507760532151, Blast_Score=445, Evalue=1e-126,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011708 - InterPro: IPR004013 - InterPro: IPR003141 - InterPro: IPR016195 - InterPro: IPR004805 [H]
Pfam domain/function: PF07733 DNA_pol3_alpha; PF02811 PHP [H]
EC number: =2.7.7.7 [H]
Molecular weight: Translated: 111424; Mature: 111424
Theoretical pI: Translated: 6.08; Mature: 6.08
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.7 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.7 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MFINLNVHSYYSLLNSALSIDDLIQHALDNNQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLIP CEEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEE IIGLEFEYQNTTLVAYAKNYNGYLKLIKSSIMTNTTFIIQEDFDDLIIVCKKGGLVFENP EEEEEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEEEECCCEEEECC NFYQAQNQNASNAIALQSVFYAQENDKTVFLAMLAIKNDLKLDDFIDCHEFDKNYFLNDH CCEECCCCCCCCHHHHHHHHEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCH EAQSLFSTIALDNLNKVLNELQVEIHDLPINIPVYDKNNLTVSSEILKQLCISGLKQRLN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEEEEEEECCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHC AHDGQVKKVYAKRLKYELDVISEKQFDDYFLIVYDFINYAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVA CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHHHH YCLYITDIDPIKHNLIFERFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDQVIEYLFEKYGNDHVAYIV HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEE TFQRLKAKMALRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKTDYDEDIDLAIKKSATLKEMYVLHKEL EHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHH FEISKKLIHAPRQIGTHAAGIILSNSSITNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIKMD HHHHHHHHHCCHHHCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEH LLGLKNLTIIDNVLKMIYKTQNKKIDLFNIDYNDKFVFQDLAKAKTNGIFQLESPGMKKV HHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCEEE LLKVKPQNIEDISIVSALFRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYNEQTKKILEPTYGIIIYQ EEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCEEEEEH EQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILMQLKDDFINGALANNYKQPLVNQIFEY HHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCHHHHHHHHH IFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYLAYLKHYYPLEFLSVLLSHTSASKEKLLSYLDETKDFN HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCE ISIKGPDIQHFSNDFVIDNHKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKLALENAELSDYISYIDA EEEECCCHHHCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH LKKGNISLKNIEILIRIGAFDSFEINRLFLLNNLEEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAND HHCCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCC MSINERFQEDEIQYLGINLSSLNYTNYTNEIDYSNLKYEIESFNEINTNYEVNIVAQVLN CCHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEEECCHHCCCCCEEEHHHHHHHH IVQSKTKKGNDIFYLDVLVENKKEKLTIFQNSKHLVDEIDINGIYVFGVKLLNHFNFIVS HHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHEEE VKQRV EECCC >Mature Secondary Structure MFINLNVHSYYSLLNSALSIDDLIQHALDNNQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLIP CEEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEE IIGLEFEYQNTTLVAYAKNYNGYLKLIKSSIMTNTTFIIQEDFDDLIIVCKKGGLVFENP EEEEEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEEEECCCEEEECC NFYQAQNQNASNAIALQSVFYAQENDKTVFLAMLAIKNDLKLDDFIDCHEFDKNYFLNDH CCEECCCCCCCCHHHHHHHHEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCH EAQSLFSTIALDNLNKVLNELQVEIHDLPINIPVYDKNNLTVSSEILKQLCISGLKQRLN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEEEEEEECCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHC AHDGQVKKVYAKRLKYELDVISEKQFDDYFLIVYDFINYAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVA CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHHHH YCLYITDIDPIKHNLIFERFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDQVIEYLFEKYGNDHVAYIV HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEE TFQRLKAKMALRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKTDYDEDIDLAIKKSATLKEMYVLHKEL EHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHH FEISKKLIHAPRQIGTHAAGIILSNSSITNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIKMD HHHHHHHHHCCHHHCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEH LLGLKNLTIIDNVLKMIYKTQNKKIDLFNIDYNDKFVFQDLAKAKTNGIFQLESPGMKKV HHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCEEE LLKVKPQNIEDISIVSALFRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYNEQTKKILEPTYGIIIYQ EEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCEEEEEH EQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILMQLKDDFINGALANNYKQPLVNQIFEY HHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCHHHHHHHHH IFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYLAYLKHYYPLEFLSVLLSHTSASKEKLLSYLDETKDFN HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCE ISIKGPDIQHFSNDFVIDNHKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKLALENAELSDYISYIDA EEEECCCHHHCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH LKKGNISLKNIEILIRIGAFDSFEINRLFLLNNLEEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAND HHCCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCC MSINERFQEDEIQYLGINLSSLNYTNYTNEIDYSNLKYEIESFNEINTNYEVNIVAQVLN CCHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEEECCHHCCCCCEEEHHHHHHHH IVQSKTKKGNDIFYLDVLVENKKEKLTIFQNSKHLVDEIDINGIYVFGVKLLNHFNFIVS HHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCHHHHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHEEE VKQRV EECCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 11048724 [H]