| Definition | Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_011312 |
| Length | 3,325,165 |
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The map label for this gene is 209696415
Identifier: 209696415
GI number: 209696415
Start: 3275710
End: 3276993
Strand: Direct
Name: 209696415
Synonym: VSAL_I3025
Alternate gene names: NA
Gene position: 3275710-3276993 (Clockwise)
Preceding gene: 209696414
Following gene: 209696416
Centisome position: 98.51
GC content: 25.0
Gene sequence:
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Downstream 100 bases:
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Product: membrane protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 427; Mature: 426
Protein sequence:
>427_residues MSFFFRVLGYIFISLLFFLYFLNLSDIASSSKLTLIISYFSMNLIIIVSFLIYKKLFNPIIFVLPFLFGFFYYQFNLSYR QNDLSLETYIVIFVFFIAYFSGCIFSSKAKCISYDASVSYSVVHLFFTLGVIIFVVETFLSGGFSVVKTLQGSNAYIDKI NLPILHYFYMLLAILPSCYYYLYKKGNIRKYICIGYILFCTLMIFDSLSRQLILLLIFSLFFTYIRFNDLSIDKQFFKLT ISISILFIIIGSLRYLGGGTSDVNELEFMKAYAKINKEFDVNIFDVTFNLYTATNFSTLNDMILLNDNELHFGKYLLQAY IKIFKYNEAFDIEYNPLLDSYSLLGTIIADLYLDFGVFGVAIISFLYGILADYSYRSYINSKSLSSSLLISVVFYSLFMS PFTNYFNQLFVLLCFLFSMKFRYVFKF
Sequences:
>Translated_427_residues MSFFFRVLGYIFISLLFFLYFLNLSDIASSSKLTLIISYFSMNLIIIVSFLIYKKLFNPIIFVLPFLFGFFYYQFNLSYR QNDLSLETYIVIFVFFIAYFSGCIFSSKAKCISYDASVSYSVVHLFFTLGVIIFVVETFLSGGFSVVKTLQGSNAYIDKI NLPILHYFYMLLAILPSCYYYLYKKGNIRKYICIGYILFCTLMIFDSLSRQLILLLIFSLFFTYIRFNDLSIDKQFFKLT ISISILFIIIGSLRYLGGGTSDVNELEFMKAYAKINKEFDVNIFDVTFNLYTATNFSTLNDMILLNDNELHFGKYLLQAY IKIFKYNEAFDIEYNPLLDSYSLLGTIIADLYLDFGVFGVAIISFLYGILADYSYRSYINSKSLSSSLLISVVFYSLFMS PFTNYFNQLFVLLCFLFSMKFRYVFKF >Mature_426_residues SFFFRVLGYIFISLLFFLYFLNLSDIASSSKLTLIISYFSMNLIIIVSFLIYKKLFNPIIFVLPFLFGFFYYQFNLSYRQ NDLSLETYIVIFVFFIAYFSGCIFSSKAKCISYDASVSYSVVHLFFTLGVIIFVVETFLSGGFSVVKTLQGSNAYIDKIN LPILHYFYMLLAILPSCYYYLYKKGNIRKYICIGYILFCTLMIFDSLSRQLILLLIFSLFFTYIRFNDLSIDKQFFKLTI SISILFIIIGSLRYLGGGTSDVNELEFMKAYAKINKEFDVNIFDVTFNLYTATNFSTLNDMILLNDNELHFGKYLLQAYI KIFKYNEAFDIEYNPLLDSYSLLGTIIADLYLDFGVFGVAIISFLYGILADYSYRSYINSKSLSSSLLISVVFYSLFMSP FTNYFNQLFVLLCFLFSMKFRYVFKF
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
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Paralogues:
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Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 49870; Mature: 49739
Theoretical pI: Translated: 8.43; Mature: 8.43
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
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Transmembrane regions:
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Cys/Met content:
1.4 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 3.3 %Cys+Met (Translated Protein) 1.4 %Cys (Mature Protein) 1.6 %Met (Mature Protein) 3.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSFFFRVLGYIFISLLFFLYFLNLSDIASSSKLTLIISYFSMNLIIIVSFLIYKKLFNPI CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IFVLPFLFGFFYYQFNLSYRQNDLSLETYIVIFVFFIAYFSGCIFSSKAKCISYDASVSY HHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCHH SVVHLFFTLGVIIFVVETFLSGGFSVVKTLQGSNAYIDKINLPILHYFYMLLAILPSCYY HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH YLYKKGNIRKYICIGYILFCTLMIFDSLSRQLILLLIFSLFFTYIRFNDLSIDKQFFKLT HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHH ISISILFIIIGSLRYLGGGTSDVNELEFMKAYAKINKEFDVNIFDVTFNLYTATNFSTLN HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCC DMILLNDNELHFGKYLLQAYIKIFKYNEAFDIEYNPLLDSYSLLGTIIADLYLDFGVFGV CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AIISFLYGILADYSYRSYINSKSLSSSLLISVVFYSLFMSPFTNYFNQLFVLLCFLFSMK HHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FRYVFKF HHHHCCC >Mature Secondary Structure SFFFRVLGYIFISLLFFLYFLNLSDIASSSKLTLIISYFSMNLIIIVSFLIYKKLFNPI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IFVLPFLFGFFYYQFNLSYRQNDLSLETYIVIFVFFIAYFSGCIFSSKAKCISYDASVSY HHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCHH SVVHLFFTLGVIIFVVETFLSGGFSVVKTLQGSNAYIDKINLPILHYFYMLLAILPSCYY HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH YLYKKGNIRKYICIGYILFCTLMIFDSLSRQLILLLIFSLFFTYIRFNDLSIDKQFFKLT HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHH ISISILFIIIGSLRYLGGGTSDVNELEFMKAYAKINKEFDVNIFDVTFNLYTATNFSTLN HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCC DMILLNDNELHFGKYLLQAYIKIFKYNEAFDIEYNPLLDSYSLLGTIIADLYLDFGVFGV CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AIISFLYGILADYSYRSYINSKSLSSSLLISVVFYSLFMSPFTNYFNQLFVLLCFLFSMK HHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FRYVFKF HHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA