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The map label for this gene is secY [H]

Identifier: 197294611

GI number: 197294611

Start: 573941

End: 575188

Strand: Reverse

Name: secY [H]

Synonym: PAa_0567

Alternate gene names: 197294611

Gene position: 575188-573941 (Counterclockwise)

Preceding gene: 197294612

Following gene: 197294610

Centisome position: 65.37

GC content: 28.85

Gene sequence:

>1248_bases
ATGAAACATAAATTAAAATTAATTTTAGGTAACCCTAAATTGATTTTTCAAATCTTATTTACCTTTTTTATTATTTTTCT
TTTTCAATTGGGCACTAGAATAAGTTTGCCTTTTATTCCTTCTGGTTTTTCAGGTTGGAAGTTGTCAGGAAAAGAAATAT
TTTTTATTGCCCCTCAAAAACTTTTTGGTTTAGGTATTTACCCTTATATTACAGCCTCGATTGTAGTTCAATTTTTACAA
AAATTTTTTCCTTTTTGTCGTGAGTGGAAAGAACAAGGACAAATTGGTAAACATAAAATTAATTTTTTAACTCGCGCTTT
GGCTTTATTGTTAGCTTTTGCACAAACCATGGCTTTTATTCAAAAATCCAATTCTCAATTAGAATCCAATTTAAAAATTT
CAAGCTTTAATTACTTTTTAATTCCTTTAATCGCTGCTGCTGGATGTGCTATTTTAATTTGGTTTTCTGATTTAATTACT
TCTCGTGGGGTTGGAAACGGAACTTCTCTTTTAATTATTGCTTCTATGGGTGGTAGTTTGATTGCCTCTTTTCAAGAATT
AAATATAAATTATTTATCAAAATTGAGAGATGGTTTTGATTCAGAATTATTTTCACAATTTCTTCTTCTTGTTTTGATCT
TAATTTTGTTTTTAGTTTTAACCGTGATTGTTCAAATAACTGCTTTGAAAGTTAAAGTTAATTATGCTCGAAACCGAGTT
TCTTCCGAAAGTGGTAGCTACATCCCTTTAAAAATTAACACTGCTGGAGTTATGCCTGTTATTTTGGCTCAATACTTGAT
GATGCCTTTTACAACTTTGGCTGATTTAATTGGAAACCAAACATTTAAGTCCGTTGTTGATTATTTAACTAATGCTCGCA
TTTTTAATTTTGCCTTTGGTTTGTATATTTTATTAATTATTATTTTTTCTTTTTTCTCAACTTTTATGAATGTTAATCCT
GAAGAAATTTCTGAACATTTATCCAAACAAGATGCCTATATTGCTGGTTTAAGACCAGGAGAACAAACCACAAATTATTT
ATCTTCAGTTTTGTTTAAAGTTACTGTTATAGGTGTTCTTTTTATGATTACTCTTGTTACTACCCCTTTACTTATGCAAA
GATTTTTTAAATTAACACATATGAAATTAGGAGGAACAAGTTTACTAATTATTGTCAGCGTCGCAATCGAGACTATTCAA
CGAATTATGGCCACCGCTCAAAAAAAAGAATATGCAAAAATTTTTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GGTACTTTAACTAAAAAACTAGTTGTTAAAGCTTCTAAGTTTTCACGCCAAGCAGAAGCATCTATTTTAGCAGTTGGTGG
GAAAATAGAGGTTATTTAAG

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTAGTTAGACTAAATTATATTATGATATTAATATTATTAGGGCCTCCTGGAATTGGCAAAGGCACTCAAGCAGCGGTTTT
ATCTGATCTTTTAAAACTTC

Product: preprotein translocase subunit SecY

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 415; Mature: 415

Protein sequence:

>415_residues
MKHKLKLILGNPKLIFQILFTFFIIFLFQLGTRISLPFIPSGFSGWKLSGKEIFFIAPQKLFGLGIYPYITASIVVQFLQ
KFFPFCREWKEQGQIGKHKINFLTRALALLLAFAQTMAFIQKSNSQLESNLKISSFNYFLIPLIAAAGCAILIWFSDLIT
SRGVGNGTSLLIIASMGGSLIASFQELNINYLSKLRDGFDSELFSQFLLLVLILILFLVLTVIVQITALKVKVNYARNRV
SSESGSYIPLKINTAGVMPVILAQYLMMPFTTLADLIGNQTFKSVVDYLTNARIFNFAFGLYILLIIIFSFFSTFMNVNP
EEISEHLSKQDAYIAGLRPGEQTTNYLSSVLFKVTVIGVLFMITLVTTPLLMQRFFKLTHMKLGGTSLLIIVSVAIETIQ
RIMATAQKKEYAKIF

Sequences:

>Translated_415_residues
MKHKLKLILGNPKLIFQILFTFFIIFLFQLGTRISLPFIPSGFSGWKLSGKEIFFIAPQKLFGLGIYPYITASIVVQFLQ
KFFPFCREWKEQGQIGKHKINFLTRALALLLAFAQTMAFIQKSNSQLESNLKISSFNYFLIPLIAAAGCAILIWFSDLIT
SRGVGNGTSLLIIASMGGSLIASFQELNINYLSKLRDGFDSELFSQFLLLVLILILFLVLTVIVQITALKVKVNYARNRV
SSESGSYIPLKINTAGVMPVILAQYLMMPFTTLADLIGNQTFKSVVDYLTNARIFNFAFGLYILLIIIFSFFSTFMNVNP
EEISEHLSKQDAYIAGLRPGEQTTNYLSSVLFKVTVIGVLFMITLVTTPLLMQRFFKLTHMKLGGTSLLIIVSVAIETIQ
RIMATAQKKEYAKIF
>Mature_415_residues
MKHKLKLILGNPKLIFQILFTFFIIFLFQLGTRISLPFIPSGFSGWKLSGKEIFFIAPQKLFGLGIYPYITASIVVQFLQ
KFFPFCREWKEQGQIGKHKINFLTRALALLLAFAQTMAFIQKSNSQLESNLKISSFNYFLIPLIAAAGCAILIWFSDLIT
SRGVGNGTSLLIIASMGGSLIASFQELNINYLSKLRDGFDSELFSQFLLLVLILILFLVLTVIVQITALKVKVNYARNRV
SSESGSYIPLKINTAGVMPVILAQYLMMPFTTLADLIGNQTFKSVVDYLTNARIFNFAFGLYILLIIIFSFFSTFMNVNP
EEISEHLSKQDAYIAGLRPGEQTTNYLSSVLFKVTVIGVLFMITLVTTPLLMQRFFKLTHMKLGGTSLLIIVSVAIETIQ
RIMATAQKKEYAKIF

Specific function: Involved in protein export [H]

COG id: COG0201

COG function: function code U; Preprotein translocase subunit SecY

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the secY/SEC61-alpha family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1789696, Length=431, Percent_Identity=30.1624129930394, Blast_Score=132, Evalue=4e-32,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002208
- InterPro:   IPR023201 [H]

Pfam domain/function: PF00344 SecY [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 46667; Mature: 46667

Theoretical pI: Translated: 10.34; Mature: 10.34

Prosite motif: PS00048 PROTAMINE_P1 ; PS00756 SECY_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.5 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
3.1 %Cys+Met (Translated Protein)
0.5 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
3.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKHKLKLILGNPKLIFQILFTFFIIFLFQLGTRISLPFIPSGFSGWKLSGKEIFFIAPQK
CCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCCCCCEECCCEEEEECCHH
LFGLGIYPYITASIVVQFLQKFFPFCREWKEQGQIGKHKINFLTRALALLLAFAQTMAFI
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QKSNSQLESNLKISSFNYFLIPLIAAAGCAILIWFSDLITSRGVGNGTSLLIIASMGGSL
HHHHHHHHCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCHH
IASFQELNINYLSKLRDGFDSELFSQFLLLVLILILFLVLTVIVQITALKVKVNYARNRV
HHHHHHHCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHHHHC
SSESGSYIPLKINTAGVMPVILAQYLMMPFTTLADLIGNQTFKSVVDYLTNARIFNFAFG
CCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH
LYILLIIIFSFFSTFMNVNPEEISEHLSKQDAYIAGLRPGEQTTNYLSSVLFKVTVIGVL
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FMITLVTTPLLMQRFFKLTHMKLGGTSLLIIVSVAIETIQRIMATAQKKEYAKIF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
>Mature Secondary Structure
MKHKLKLILGNPKLIFQILFTFFIIFLFQLGTRISLPFIPSGFSGWKLSGKEIFFIAPQK
CCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCCCCCEECCCEEEEECCHH
LFGLGIYPYITASIVVQFLQKFFPFCREWKEQGQIGKHKINFLTRALALLLAFAQTMAFI
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QKSNSQLESNLKISSFNYFLIPLIAAAGCAILIWFSDLITSRGVGNGTSLLIIASMGGSL
HHHHHHHHCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCHH
IASFQELNINYLSKLRDGFDSELFSQFLLLVLILILFLVLTVIVQITALKVKVNYARNRV
HHHHHHHCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHHHHC
SSESGSYIPLKINTAGVMPVILAQYLMMPFTTLADLIGNQTFKSVVDYLTNARIFNFAFG
CCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH
LYILLIIIFSFFSTFMNVNPEEISEHLSKQDAYIAGLRPGEQTTNYLSSVLFKVTVIGVL
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FMITLVTTPLLMQRFFKLTHMKLGGTSLLIIVSVAIETIQRIMATAQKKEYAKIF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA