| Definition | Shewanella halifaxensis HAW-EB4 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010334 |
| Length | 5,226,917 |
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The map label for this gene is recB [H]
Identifier: 167623786
GI number: 167623786
Start: 2221225
End: 2224947
Strand: Reverse
Name: recB [H]
Synonym: Shal_1856
Alternate gene names: 167623786
Gene position: 2224947-2221225 (Counterclockwise)
Preceding gene: 167623787
Following gene: 167623785
Centisome position: 42.57
GC content: 46.31
Gene sequence:
>3723_bases ATGAGTGACAATCCAGTAGAAGATATGATCAGTACAGCAGAGCAGCCACTCACAGCTACAATTGTGACCGAGCCTTTAGA TACACTGACGCTGCCTTTTGGCGGCAGTCGCTTAATTGAGGCCAGTGCAGGTACTGGTAAAACCTTTACCATTGCGGGTT TATACGTACGTTTACTACTCGGTCATGGTATTGAGTCACCGTTAACCTGTGAGCAAATATTGGTGGTGACCTTTACTAAT GCGGCAACGGGGGAGCTTAGGGATCGTATTCGTAAAAAGATCCAACTCGCCTACCGACGCTTTATCGGTCTAGAGGTCGA TGATGAGTTAATCAATGCGCTTTATGCAGCAACAGATGAAAGTGAACTAGCTATCGCCCGTAAACGTTTAGACTTAGCGC TTAAGTCACTCGATGAGGCCGCTATCTTTACTATTCATGGTTTTTGTCAGCGTATTTTGGCTGATATGGCCTTTGAGTCC TCTTTATTATTTGAGTCCGAATTTACCTTAGACGATAGCGAGTTCTTGCACCATGCCGTGCGGGATTTTTGGCGTGAGAA GTGTTACCCATTAAATGGCAGTTTAGCCGATGTGATCCAAGCTAAGTTTAGTGAGCCTGATGCACTATCACGCCAACTGA GGCCACTCTTGGGGGCCAGCAATGCCGTAGCCGCCCCCACACCTGAAGCCTTTGATAAGCTAGAAGCCAATCTCACTCAA AGCTTGAGCCGCTTTAAACTGATTTGGCCAACAGAGCGCGAACAGACTGAAACCATGCTACATGCATTGCCACTCAACGG GGCACGTTTTGGTAAAAAAGCAGACGGCTACCCTAAACTTGCCAAAATGCTCGATGATATCGATAACTGGGTAACCTTCG GCCAAGGCTTACCCCCCGCAAAGGCGCTTGAGGCTTTGTCACTCAATAGCCTTAAATTAAATAAAGGCGGAGAGATCCCA TCAGCAGAGCAAGCACCTATGCTTGCTCATATGGAGCGACTCACTCAGTTAACCTCAAATTTAATTCCAAGCTTTCTTTA TTGCGCCAGAGATGGCATTGCCAAGCGTTTTGCCAAGCAAAAACTTGAGCGCAACCTGCTGACGCCTGATGATCTGCTGC TAACCCTTGCTGGTGCACTTAGTGCGTCAACAGACAATAGCCTGGCCAGCAGTATTAGCCAACGCTTTCCTGTGGCATTA ATTGATGAGTTCCAAGATACCGATCCGTTGCAGTTTGAGATCTTTAACACCATTTATCAAAGCACAGCTTCTGATAGCAG CCCGGCGCAACAGGACAAGCTCAGCCTGTTGATGATTGGCGATCCCAAACAAGCGATTTACGCATTTCGCGGCGCTGATA TTCACACCTATATCCAGGCGCGAGAGCAAACCGCCAAACATTACAATCTAGATACTAACTATCGCTCGAATAGACAGATG GTTGATGCCGTTAATGGCATTTTTAGCCACCGAGCAGACCCTTTTATCAGTCAGTCGATTCCGTTTGAGGCCGTTAAAGC CTCGAGTTTTGCCGATAAAAAAAGCCTCAAAGAGCAAGTAGAAGATAAAAGCGCATTAAGACTGAGAGTATTAAGCGAAG AGAGCGAAAAAGGCCTCAATAAGACGACCGCGCGGCAGTTATTAGCCGATGATGTCGCCAATGAAATTGCGTTATTACTC ACAGATGCACAGCAAAATCTGTGCGCTATTGGCGATAAGCCGCTCAAAGCGAAAGATATTGCCGTATTGGTCAGAGACCG CCATGAAGCAAATGTCATTAAATCGGCATTAAGCTTACGCCAAATTGGCGCGGTATTTTTAAGCCGAGACAGCGTGTTTA ATACCTTAGAAGCCCGAGAGCTTACACTCGTGCTTTATGCCATGGCCGACCCTAAAGATGAGCGCGCATTAAGAAGTGCG CTTGCCACATCACTACTCGGTTACAGCGCCGAGGCGATTCATCACTTTAACCAAGATGAAGATAGTCGCCAAACACTGCT TGAGCAATTTGCGCAGCTGCATCAAGTGTGGCTAAAGCGCGGCATTATGCCGGCGTTATTAACCTTGGCCAGTCAAACCC AGATCATCGAGCGTTTACTCAATGCTGAAGAGGGTGAACGACGTCTAACAGATTTTAGGCACCTTGGTGAACTGCTGCAG CAAAAAGCCACCGAACTCGATGGCAGCAGCGCACTCATTAACTGGTTCGAGCAAGCGCTAATTGAAAACCAGCCAAGTGA AGAGGCGCAGCTGCGCTTAGAAAGCGAGCAGAACTTAGTACAGATTGTCACTATCCATAAGAGTAAGGGGCTTGAATACC CTATCTGCTTTGTGCCGTTTGTCAGCTTAAGTCGTGATAATCGTAAAAAACCTTCACCTATGCTGTATCACGATAACAAT AAACTTATCTGGGATATTGAGCAGAGTGAGGAAGGCTGGGAACGTCAAAAGCGTGAAACCTTGGCCGAAGATCTGCGCTT ACTCTATGTCGCGCTAACTCGCCCAGTACTCAAGTGCTACCTGTATATTGCCAACCACAGCCGCTTTACTAAAAAGTCAG GTATGAGCAGTCAATTACATGAAACCGCTATCGGTTATTTGCTAGGGATTGAAGATAAAGCCTGTGATTATGAAAGGCTG CTTACTCAAGCTAAACGATTGCAAGCTTCAACGCCCGACGCCATTAGCCTAAAAGAGCTCGCGCCTGCTGGCAGCGATGT CGCGCTGAGCGCTGAGCCAATAATCTTGGCAAGAGATGAGTCTATAGAGACTCACTTTGCCCCTAAAGTGCTCAAACGCC CACACCTTACACCTTGGCGTGTGGGTAGTTATTCTGGTCTTGTCAAACACTTAGCCCATGAGAAGGTATTGCCAGGCGCA GATGATGAGGTCTTTCCAGAAGTAGATGTCATTATCGATGAGGTTGATAATACCCCCTCTCGCTTTACCTTTGAGCGCGG CGCAAATGCTGGTAGCTTTATGCACTTGGTGCTAGAGCTAATTGATTTTACTCAGGCCGAAACCGATTTAGATGAGCAAT TACCCATCGCTATGAGTAAATATGGCATAGATGAAACTTGGGTTGAGGTGCTAAAACTATGGTATATCGACCTATTGCAT GCCCCCCTTGCTACCGATAGTTCTTTGAAGCTTGCGCAATTAATGCCACAGCAAAAGCTAGTTGAAATGGAGTTTTATCT GCCGATATCAGCCCTTAACGCCGATAAACTTAATGCCCTGTTAACTGAGTTTGGCTATAGCGCAGGCCTTAGCTTTGATG ACTTACAAGGCATGTTAAAAGGCTTTATCGATTTAACCTTTGAGCATAATAATCAGTACTTTATTGCCGATTACAAGTCG AATCATCTAGGCGATGACTTGAGTCAGTATCATTACAGCAATATGCAACAAGCCATTCGCTCTCACCGTTATGATCTGCA ATATATTATCTACACGCTTGCCCTGCACCGCTACCTTTCACTGCGCATGGCAAACTACGATTATGATCTGCATATGGGTG GCAGTTTCTATCTGTTTTTACGGGGGATGTCTGTTAATAGCCCTCAATCGGGTGTGTATTACGACAAGCCGCCTAAATTA CTTATCGAAAAGCTAGATGCGTTATTTACAAACTCGGCAACTCAACACTGTGAGACACTCTCAATGTCAGCTCCAACGTC AGGCTCAATGGCACAAGATAATACCTCTGTGGAGGTCAAATGA
Upstream 100 bases:
>100_bases GATAAACTCAGTGAGTTAGCCACTTTTGTTGAGTCGGGTAACGACACGGTAGATTTACAAAAAGCCTCTTCGCAAACTAG TCAAAGCGAGGCGAACTAAG
Downstream 100 bases:
>100_bases TAACAACGACTCTGCCGATTAATGAATTGTTGAAACAGTGGCAAAATGAGCGTCTGCTCACCTCTCTTGATCGCCACTTT GCGTTAGAGATGACCAAGCA
Product: exodeoxyribonuclease V subunit beta
Products: NA
Alternate protein names: Exodeoxyribonuclease V 135 kDa polypeptide [H]
Number of amino acids: Translated: 1240; Mature: 1239
Protein sequence:
>1240_residues MSDNPVEDMISTAEQPLTATIVTEPLDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIESPLTCEQILVVTFTN AATGELRDRIRKKIQLAYRRFIGLEVDDELINALYAATDESELAIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMAFES SLLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWREKCYPLNGSLADVIQAKFSEPDALSRQLRPLLGASNAVAAPTPEAFDKLEANLTQ SLSRFKLIWPTEREQTETMLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDIDNWVTFGQGLPPAKALEALSLNSLKLNKGGEIP SAEQAPMLAHMERLTQLTSNLIPSFLYCARDGIAKRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAGALSASTDNSLASSISQRFPVAL IDEFQDTDPLQFEIFNTIYQSTASDSSPAQQDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQAREQTAKHYNLDTNYRSNRQM VDAVNGIFSHRADPFISQSIPFEAVKASSFADKKSLKEQVEDKSALRLRVLSEESEKGLNKTTARQLLADDVANEIALLL TDAQQNLCAIGDKPLKAKDIAVLVRDRHEANVIKSALSLRQIGAVFLSRDSVFNTLEARELTLVLYAMADPKDERALRSA LATSLLGYSAEAIHHFNQDEDSRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLNAEEGERRLTDFRHLGELLQ QKATELDGSSALINWFEQALIENQPSEEAQLRLESEQNLVQIVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKKPSPMLYHDNN KLIWDIEQSEEGWERQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGIEDKACDYERL LTQAKRLQASTPDAISLKELAPAGSDVALSAEPIILARDESIETHFAPKVLKRPHLTPWRVGSYSGLVKHLAHEKVLPGA DDEVFPEVDVIIDEVDNTPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLDEQLPIAMSKYGIDETWVEVLKLWYIDLLH APLATDSSLKLAQLMPQQKLVEMEFYLPISALNADKLNALLTEFGYSAGLSFDDLQGMLKGFIDLTFEHNNQYFIADYKS NHLGDDLSQYHYSNMQQAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLSLRMANYDYDLHMGGSFYLFLRGMSVNSPQSGVYYDKPPKL LIEKLDALFTNSATQHCETLSMSAPTSGSMAQDNTSVEVK
Sequences:
>Translated_1240_residues MSDNPVEDMISTAEQPLTATIVTEPLDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIESPLTCEQILVVTFTN AATGELRDRIRKKIQLAYRRFIGLEVDDELINALYAATDESELAIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMAFES SLLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWREKCYPLNGSLADVIQAKFSEPDALSRQLRPLLGASNAVAAPTPEAFDKLEANLTQ SLSRFKLIWPTEREQTETMLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDIDNWVTFGQGLPPAKALEALSLNSLKLNKGGEIP SAEQAPMLAHMERLTQLTSNLIPSFLYCARDGIAKRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAGALSASTDNSLASSISQRFPVAL IDEFQDTDPLQFEIFNTIYQSTASDSSPAQQDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQAREQTAKHYNLDTNYRSNRQM VDAVNGIFSHRADPFISQSIPFEAVKASSFADKKSLKEQVEDKSALRLRVLSEESEKGLNKTTARQLLADDVANEIALLL TDAQQNLCAIGDKPLKAKDIAVLVRDRHEANVIKSALSLRQIGAVFLSRDSVFNTLEARELTLVLYAMADPKDERALRSA LATSLLGYSAEAIHHFNQDEDSRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLNAEEGERRLTDFRHLGELLQ QKATELDGSSALINWFEQALIENQPSEEAQLRLESEQNLVQIVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKKPSPMLYHDNN KLIWDIEQSEEGWERQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGIEDKACDYERL LTQAKRLQASTPDAISLKELAPAGSDVALSAEPIILARDESIETHFAPKVLKRPHLTPWRVGSYSGLVKHLAHEKVLPGA DDEVFPEVDVIIDEVDNTPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLDEQLPIAMSKYGIDETWVEVLKLWYIDLLH APLATDSSLKLAQLMPQQKLVEMEFYLPISALNADKLNALLTEFGYSAGLSFDDLQGMLKGFIDLTFEHNNQYFIADYKS NHLGDDLSQYHYSNMQQAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLSLRMANYDYDLHMGGSFYLFLRGMSVNSPQSGVYYDKPPKL LIEKLDALFTNSATQHCETLSMSAPTSGSMAQDNTSVEVK >Mature_1239_residues SDNPVEDMISTAEQPLTATIVTEPLDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIESPLTCEQILVVTFTNA ATGELRDRIRKKIQLAYRRFIGLEVDDELINALYAATDESELAIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMAFESS LLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWREKCYPLNGSLADVIQAKFSEPDALSRQLRPLLGASNAVAAPTPEAFDKLEANLTQS LSRFKLIWPTEREQTETMLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDIDNWVTFGQGLPPAKALEALSLNSLKLNKGGEIPS AEQAPMLAHMERLTQLTSNLIPSFLYCARDGIAKRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAGALSASTDNSLASSISQRFPVALI DEFQDTDPLQFEIFNTIYQSTASDSSPAQQDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQAREQTAKHYNLDTNYRSNRQMV DAVNGIFSHRADPFISQSIPFEAVKASSFADKKSLKEQVEDKSALRLRVLSEESEKGLNKTTARQLLADDVANEIALLLT DAQQNLCAIGDKPLKAKDIAVLVRDRHEANVIKSALSLRQIGAVFLSRDSVFNTLEARELTLVLYAMADPKDERALRSAL ATSLLGYSAEAIHHFNQDEDSRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLNAEEGERRLTDFRHLGELLQQ KATELDGSSALINWFEQALIENQPSEEAQLRLESEQNLVQIVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKKPSPMLYHDNNK LIWDIEQSEEGWERQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGIEDKACDYERLL TQAKRLQASTPDAISLKELAPAGSDVALSAEPIILARDESIETHFAPKVLKRPHLTPWRVGSYSGLVKHLAHEKVLPGAD DEVFPEVDVIIDEVDNTPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLDEQLPIAMSKYGIDETWVEVLKLWYIDLLHA PLATDSSLKLAQLMPQQKLVEMEFYLPISALNADKLNALLTEFGYSAGLSFDDLQGMLKGFIDLTFEHNNQYFIADYKSN HLGDDLSQYHYSNMQQAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLSLRMANYDYDLHMGGSFYLFLRGMSVNSPQSGVYYDKPPKLL IEKLDALFTNSATQHCETLSMSAPTSGSMAQDNTSVEVK
Specific function: Required for efficient DNA repair; it catalyzes the unwinding of double-stranded DNA and the cleavage of single- stranded DNA and it stimulates local genetic recombination. All of these activities require concomitant hydrolysis of ATP [H]
COG id: COG1074
COG function: function code L; ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit (contains helicase and exonuclease domains)
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 uvrD-like helicase C-terminal domain [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1789183, Length=1223, Percent_Identity=40.0654129190515, Blast_Score=720, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR014017 - InterPro: IPR000212 - InterPro: IPR004586 - InterPro: IPR011604 - InterPro: IPR014016 - InterPro: IPR011335 [H]
Pfam domain/function: PF00580 UvrD-helicase [H]
EC number: =3.1.11.5 [H]
Molecular weight: Translated: 139079; Mature: 138948
Theoretical pI: Translated: 5.06; Mature: 5.06
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.7 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 2.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.7 %Cys (Mature Protein) 1.9 %Met (Mature Protein) 2.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSDNPVEDMISTAEQPLTATIVTEPLDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLL CCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHEECCCCCCEEEEECCCCCCEEHHHHHHHHHHH GHGIESPLTCEQILVVTFTNAATGELRDRIRKKIQLAYRRFIGLEVDDELINALYAATDE HCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCC SELAIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMAFESSLLFESEFTLDDSEFLHHAV HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCHHHHHHHHH RDFWREKCYPLNGSLADVIQAKFSEPDALSRQLRPLLGASNAVAAPTPEAFDKLEANLTQ HHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH SLSRFKLIWPTEREQTETMLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDIDNWVTFGQGLPPA HHHHEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHH KALEALSLNSLKLNKGGEIPSAEQAPMLAHMERLTQLTSNLIPSFLYCARDGIAKRFAKQ HHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KLERNLLTPDDLLLTLAGALSASTDNSLASSISQRFPVALIDEFQDTDPLQFEIFNTIYQ HHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH STASDSSPAQQDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQAREQTAKHYNLDTNYRSNRQM 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 3537960; 10766864; 9278503; 3534791; 3537961 [H]