Definition Psychrobacter sp. PRwf-1 chromosome, complete genome.
Accession NC_009524
Length 2,978,976

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The map label for this gene is gdhB [H]

Identifier: 148652905

GI number: 148652905

Start: 1338861

End: 1343738

Strand: Direct

Name: gdhB [H]

Synonym: PsycPRwf_1098

Alternate gene names: 148652905

Gene position: 1338861-1343738 (Clockwise)

Preceding gene: 148652894

Following gene: 148652908

Centisome position: 44.94

GC content: 47.42

Gene sequence:

>4878_bases
ATGAAAAACACGCTTGCTTTAAGCGCTGAACGTCTTGAAAACATAAGTAATATTGCCACAAGCTATGTCAATAAAGATAA
GGCTTTGGTAGACAACTTCATTTCGGTCTATTACCGCAGCTTAGCGGCGCGTACCGCTGATAAAGAGTCAGATGCTGACT
TAGCCGGTATGGCGCTGCACCACTTTGTGCTATTAAAGTCTTATAAAAACAATCAGCCCGCCCTACGCCTATTCAATCCA
AGTGTCGAAGAGCAACATTTTCATAGCGGTCATACCGTGTTGCAATTGGTCGCGTATAACCGCCCATTTTTGGTCGATAC
CTTGACCATGTGTATTGAGGCACAAGGTCTAGATGTACACCGCATCCACAACACCATTATTGATGCCAAACGCAATGAGG
CAGACGAGATTATTGCAGTAGAGGGTGTGCAAGACAGTGATACCCGCTACTTGTCATTGATTCATTGCGAAATCGAGCGT
ACAGACAGCAAGACCATGCAGTTATTAAGTGAGCGCATCTTAAACAAAATCGCCACTTTAGATACGGTGGTTGGCGATTG
GCAGGCCATGCGCAATAAGCTTAGCGAAATTAAGCAAGAGCTTGATAATACGCCTGTGCCTGAGGTGTATAGCAGCGCAG
ATGAAATCAAAGCTTTTTTGCAGTGGATTGCTGATGATAACTTTATCTTCTTAGGCTTTAGAGAGTATCGCTTAGAGGGC
AATGCCGACAGTCTTGAGCTAGCCAATGACGCCGACTTAGATGCGGAGCATTTAGACGCAGGCAAGACCATTAACCTTAT
TTCTGTAGGCAACAGTGGTCTGGGCTTATTAAACGGGGTTTCTGAAGACACACCGTCCAGAAGTTTTGCGCAGCTACCAG
ACAGTCTAAAAGTGCTAATGACCATGCCGCGCGTGGTGTTACTGTCAAAATCAAGTCAATTGTCACCCATTCATCGTCCC
GTATATATGGACTTTTTGGGCATTCATAAATATGATGCGCAAGGTCGCCTAATTGGCGAGTATCGCTTTATTGGCTTATT
GACCTCTCAGGCATATCAGCTAAGCGTGCAGCAAATTCCGTTACTGCGCGAAAAAGCCAATAAAATTATGGAGCAAGCCG
ACTTTCCAAAAAATGGCTACAACTATCATAAATACATGCACATCATCAACAGCTTGCCACGCGATGACTTGTTCCAAGCC
AATATTGATGAGCTGTATCCCATCGTCTCTGGTATTGCTCAGCTAAAAGACAAAAAGCGTCTGCGCTTATTTACCCGTGT
CGATCACTATCAGCGCTTCGTGTCGTGCCTGGTCTATATCCCTCGTGATAAGTTTAATACCAGCTTACGTCTTAAGATGC
AGCAGGCGTTAGTAGATGCCTTTAATGGCATTTCCTCTGGCTTTACCACTGAGTTCGATGAGTCATATCATGCCCGCGTC
CATGTGCATGTGCGTACCGAGCCTGGTCAAATCAATACGGTCGATTTACAGCAGCTAGAAGATGAGCTCAATGGCCTGAT
GGAGGACTGGAGCGATCAGTATCAGCAAGTTATGGTCGCCGCTTTGGGTGAGCAAAAAGCCAATAGCCTATTAAAGCGCT
ATTTAAATACCATTCCTGCCGCTTACAAAGAGCGCTTTGATGTCCGTACCGGCGTGACTGATACCAAGCGTCTGGCCAGC
CTAAGCGACAGCAATCCTATGATATGGAAGCTGTATCAATCTACTGGTGATGAAAGCAATCAGCTGCATCTAAAGCTCTA
TGGCTTAAATCAGCCCACCATTTTATCCAACATCTTACCGATTTTAGAAAACTTTGGGGTGCTGGTGGTCTCAGCACAGA
CCTACGAGTTTGATTTGCCTGAGCAGTCAATGTGGCTGCAAGAGTACGAGCTGACCATACGTAATGCTAAGACCATTGAT
TTGGCAGTGGTGCGTGAGCAGTTCGAGGACAGCCTAGCGCAAATTTGGGCGGGCCGTGTTGAGAGTGACTCACTAAATGA
GCTGGTGTTAGCCACCCGCTTGGGTACATTTGAAGTCGTGGTACTGCGGGCATTAATGCGCTATATCCTACAAGCCAAAG
CGCCATTCTCAAGTCAGTATATTCAGCAAACCTTAGTAAAAAATGGCGAGATCGCAGTGATGATTGCCGACTTGTTCGAT
GCGCGTATGAATCCGGACTATAGCGAGGAAGTACGAGTCAGTAAAACTCAAGCGTGCCAAGAGCAGCTAAAAGCGGCGCT
GGCTAAAGTAGATAGCCTAGATGAAGATAGAATCTTGCGTTGGTACTTGGACTTAATCAATGCCATGCTACGCACCAACT
TCTATCAGCGTGATAGCGAGGGTAATCGTAAAGACCGCTTGTCCTTTAAATTTGCGGCCAGTGATATCCCCAATCTGCCT
AAGCCCAAACCGATGTTTGAGATCTTTGTGTACTCCCCACGTGTGGAAGCCATTCACTTACGCGGCGGAAAAGTGGCGCG
TGGTGGTCTTCGCTGGTCAGACCGTATGGAGGATTTCCGTACCGAAGTGTTAGGCTTGGTTAAAGCACAAATGGTCAAGA
ACGCAGTGATTGTGCCAGTAGGCTCAAAAGGCGGCTTTATCGTGAAGCAAAAAAGCCCCGCTGATGGCCGAGAAGCGTTC
CAAAAAGAAGGTATTGAGTGTTATCAGACCTTCTTACGCGGTATGCTGGATGTGACTGACAACTTAGTCGATGGCAATGT
GGTGCATCCGGACAATACAGTGCGTCACGATGAGGATGATCCATATCTGGTTGTGGCAGCTGATAAAGGTACCGCCAGCT
TCTCAGACATCGCCAATGGTGTGGCTGCTGAATATGGGTTTTGGCTCGATGATGCCTTCGCCTCTGGTGGCTCAGTCGGT
TATGACCACAAGGCCATGGGGATTACTGCTCGCGGCGCTTGGGAATCGGTCAAACGTCACTTTAGAATGTTGGGTCTAGA
CATCCAAAACAAAGACGACTTCACCGTCGTGGGTATTGGTGATATGAGCGGCGACGTGTTCGGTAATGGCATGCTGCTGT
CTAAGCATATCAAGCTGCAAGCTGCCTTTAACCATCTGCATATCTTTATCGATCCTAATCCAGATACGGAGGCATCTTAC
GCCGAACGCGAGCGCTTATTTAATCTACCGCGCTCAACGTGGGATGATTATGAAAAATCGCTTATTAGCCAAGGCGGCGG
CGTGTTCTCACGCTCAGATAAATCGATTGTCATAACTGATGAAATGAAAGCGGCCTTTGATATCTCTGAGGACAGCTTAA
CCCCCAATGAGTTGATTGGTCGCTTATTAAAAGCGCCGGTGGACTTAATTTGGAACGGCGGTATCGGTACGTACGTCAAG
AGCCGCGAGGAGAGCCATGCTGATGTGGGTGACCGAGCTAATGACGCGGTTCGCGTTAATGGTGAGGATATCCGTGCCAA
AGTCTTTGGTGAAGGGGGTAACTTAGGCTGCACCCAACAAGGCCGTATTGAGTATGCCTTATATGGTGGCCCACAACATG
AAGGCGGTCATTTATATACCGATGCCATTGATAACTCAGCCGGTGTTAACTGCTCAGATCATGAGGTCAATATCAAAATC
TTATTGGGCAAAGTGGTTGAGCAAGGTGATATGACCACCAAGCAGCGCAATGACTTATTAAAGAGCATGACCGATGAAGT
GGCTCAGTTGGTACTGCGTCAAAACTATCTGCAGCCGCAAGCCTTAGAGCTCAGTCATTTAGATGGGGCAGATAACCTAA
CCGATCATAAGCGTATTATTGATTATCTAGAAGCACAGGGCCGTTTAGATAGAGCCATTGAATTCTTACCAAGTGATGAG
GTGATTGAGCAGCGCATGAAGTCAGGCGTTGGTATGACCCGTCCTGAGCTTGCTGTGATATTGGCCTATGGCAAAATGTG
GGTGTATGAGCAGCTATTAGAGTCAGATCTTCCTGATGACCCTTATTTCGTTAATGAGCTGCGTAAATACTTCCCAGATG
AGCTGGCAAGCCGTTTCTTTGATGAGATGACCCGTCACCGTCTGCATCGCGAGATCATCAGTACGTATCTGACCAACAGT
GTGGTAAACCGCTTGGGTATTGAGGCCATCTTCCGCTTGTTTGAAGAGACCAATCAAAGCGTAGCGACCCTAATCCGCGC
TTATGCCATTGCCCGTGATATCTTTGCAGTCACTGACAGCTGGCAGACGCTTGAGGCCTTGGATAACCAAGTGGACGCCG
TAACCTTGCTGCAGTTAGAGGTCAGAGTGCGCTCGGTGTTAGAGCAGGGTATTGTGTGGCTGGTTAATGCTTTTGGCAAT
GATTTGCAAGTCGCACCAACCATTGAGCGCTTCAAAAATGGGGTGTCTGAATTAACTCAGTCACAAGGCATTATTGCCCA
TCAGTTCGAAACACATCTAGAAGAAGATGTGTCTGAGTTGACCGACTTAGGGCTCAATCAAGATCAGGCTCAAAGCTTTG
CCATCTTACCCTATGCTATTGATGCCTTAGACACAGCGCTACTGGCTGAGCAGTATCAGCGCCCGGTGGATGAGATTGCA
CAGCTGTACTTTGAGGTTTATCAAAACCTGCATATCGACTGGCTAATGCTACAAGTTGAGCATCTACCGCAGCAAGACCA
CTGGGACAGACGTGCGCGCTATGCACTGCTTAATGAGCTGACCCGTAGTCTGCGTCAGATGATGAACAAACTGTTGTCTC
AGGACAATGCAGCGGCCACTCTTGAGCAGTGGCAACAGGCTCACAGACAAGCCATTGAAGATATGGCGGGTCAAATGTCT
AAGCTGAACGGTACTGAGGTGGGCTTATCAGCGCTCTCAGTTATGATTAGCGAGATTAACAAGCTGATTTCTGAGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AGCCTAGGAGGAGTAAAATCTAGCTTTAAAACAGACAAAAATCTAGTTTTAAATTTCGATAATAAACCAATAATTAAATA
AGCTCTCAAAGGGATTTATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
GTAGCGAGCGCTTGATGATGAGCGTTATGTGTCTCTAATAAAAAGACCTCTTTATCGATAAAGAGGTCTTTTTATTTGCC
TGCCTTCTGCCTTTAGTATG

Product: NAD-glutamate dehydrogenase

Products: NA

Alternate protein names: NAD-GDH; NAD(+)-dependent glutamate dehydrogenase [H]

Number of amino acids: Translated: 1625; Mature: 1625

Protein sequence:

>1625_residues
MKNTLALSAERLENISNIATSYVNKDKALVDNFISVYYRSLAARTADKESDADLAGMALHHFVLLKSYKNNQPALRLFNP
SVEEQHFHSGHTVLQLVAYNRPFLVDTLTMCIEAQGLDVHRIHNTIIDAKRNEADEIIAVEGVQDSDTRYLSLIHCEIER
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KLNGTEVGLSALSVMISEINKLISE

Sequences:

>Translated_1625_residues
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>Mature_1625_residues
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KLNGTEVGLSALSVMISEINKLISE

Specific function: Involved in arginine catabolism by converting L- glutamate, into 2-oxoglutarate, which is then channeled into the tricarboxylic acid cycle. Can also utilize other amino acids of the glutamate family [H]

COG id: COG2902

COG function: function code E; NAD-specific glutamate dehydrogenase

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenases family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR016040
- InterPro:   IPR007780 [H]

Pfam domain/function: PF05088 Bac_GDH [H]

EC number: =1.4.1.2 [H]

Molecular weight: Translated: 183811; Mature: 183811

Theoretical pI: Translated: 4.85; Mature: 4.85

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
2.5 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
2.5 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
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CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHH
HFVLLKSYKNNQPALRLFNPSVEEQHFHSGHTVLQLVAYNRPFLVDTLTMCIEAQGLDVH
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RIHNTIIDAKRNEADEIIAVEGVQDSDTRYLSLIHCEIERTDSKTMQLLSERILNKIATL
HHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DTVVGDWQAMRNKLSEIKQELDNTPVPEVYSSADEIKAFLQWIADDNFIFLGFREYRLEG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEECC
NADSLELANDADLDAEHLDAGKTINLISVGNSGLGLLNGVSEDTPSRSFAQLPDSLKVLM
CCCCEEECCCCCCCHHHCCCCCEEEEEEECCCCCHHHCCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHH
TMPRVVLLSKSSQLSPIHRPVYMDFLGIHKYDAQGRLIGEYRFIGLLTSQAYQLSVQQIP
HCCHHEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHCEEECCCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
LLREKANKIMEQADFPKNGYNYHKYMHIINSLPRDDLFQANIDELYPIVSGIAQLKDKKR
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEE
HVHVRTEPGQINTVDLQQLEDELNGLMEDWSDQYQQVMVAALGEQKANSLLKRYLNTIPA
EEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH
AYKERFDVRTGVTDTKRLASLSDSNPMIWKLYQSTGDESNQLHLKLYGLNQPTILSNILP
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHH
ILENFGVLVVSAQTYEFDLPEQSMWLQEYELTIRNAKTIDLAVVREQFEDSLAQIWAGRV
HHHCCCEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
ESDSLNELVLATRLGTFEVVVLRALMRYILQAKAPFSSQYIQQTLVKNGEIAVMIADLFD
CCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHH
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HCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCC
GNRKDRLSFKFAASDIPNLPKPKPMFEIFVYSPRVEAIHLRGGKVARGGLRWSDRMEDFR
CCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCEEEEEECCCCEECCCCCHHHHHHHHH
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HHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
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CCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHCCEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEHHHEEE
AAFNHLHIFIDPNPDTEASYAERERLFNLPRSTWDDYEKSLISQGGGVFSRSDKSIVITD
EEECEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCCEEEEEE
EMKAAFDISEDSLTPNELIGRLLKAPVDLIWNGGIGTYVKSREESHADVGDRANDAVRVN
CCHHHEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHEEECCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEC
GEDIRAKVFGEGGNLGCTQQGRIEYALYGGPQHEGGHLYTDAIDNSAGVNCSDHEVNIKI
CCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEE
LLGKVVEQGDMTTKQRNDLLKSMTDEVAQLVLRQNYLQPQALELSHLDGADNLTDHKRII
EEEHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCCCCCCCHHHHHHH
DYLEAQGRLDRAIEFLPSDEVIEQRMKSGVGMTRPELAVILAYGKMWVYEQLLESDLPDD
HHHHHCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
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CHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH
VATLIRAYAIARDIFAVTDSWQTLEALDNQVDAVTLLQLEVRVRSVLEQGIVWLVNAFGN
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
DLQVAPTIERFKNGVSELTQSQGIIAHQFETHLEEDVSELTDLGLNQDQAQSFAILPYAI
CCEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCEEEHHHHH
DALDTALLAEQYQRPVDEIAQLYFEVYQNLHIDWLMLQVEHLPQQDHWDRRARYALLNEL
HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHEEEEHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
TRSLRQMMNKLLSQDNAAATLEQWQQAHRQAIEDMAGQMSKLNGTEVGLSALSVMISEIN
HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
KLISE
HHHCC
>Mature Secondary Structure
MKNTLALSAERLENISNIATSYVNKDKALVDNFISVYYRSLAARTADKESDADLAGMALH
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHH
HFVLLKSYKNNQPALRLFNPSVEEQHFHSGHTVLQLVAYNRPFLVDTLTMCIEAQGLDVH
HHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHH
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HHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DTVVGDWQAMRNKLSEIKQELDNTPVPEVYSSADEIKAFLQWIADDNFIFLGFREYRLEG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEECC
NADSLELANDADLDAEHLDAGKTINLISVGNSGLGLLNGVSEDTPSRSFAQLPDSLKVLM
CCCCEEECCCCCCCHHHCCCCCEEEEEEECCCCCHHHCCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHH
TMPRVVLLSKSSQLSPIHRPVYMDFLGIHKYDAQGRLIGEYRFIGLLTSQAYQLSVQQIP
HCCHHEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHCEEECCCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
LLREKANKIMEQADFPKNGYNYHKYMHIINSLPRDDLFQANIDELYPIVSGIAQLKDKKR
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEE
HVHVRTEPGQINTVDLQQLEDELNGLMEDWSDQYQQVMVAALGEQKANSLLKRYLNTIPA
EEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH
AYKERFDVRTGVTDTKRLASLSDSNPMIWKLYQSTGDESNQLHLKLYGLNQPTILSNILP
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHH
ILENFGVLVVSAQTYEFDLPEQSMWLQEYELTIRNAKTIDLAVVREQFEDSLAQIWAGRV
HHHCCCEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
ESDSLNELVLATRLGTFEVVVLRALMRYILQAKAPFSSQYIQQTLVKNGEIAVMIADLFD
CCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHH
ARMNPDYSEEVRVSKTQACQEQLKAALAKVDSLDEDRILRWYLDLINAMLRTNFYQRDSE
HCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCC
GNRKDRLSFKFAASDIPNLPKPKPMFEIFVYSPRVEAIHLRGGKVARGGLRWSDRMEDFR
CCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCEEEEEECCCCEECCCCCHHHHHHHHH
TEVLGLVKAQMVKNAVIVPVGSKGGFIVKQKSPADGREAFQKEGIECYQTFLRGMLDVTD
HHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
NLVDGNVVHPDNTVRHDEDDPYLVVAADKGTASFSDIANGVAAEYGFWLDDAFASGGSVG
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CCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHCCEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEHHHEEE
AAFNHLHIFIDPNPDTEASYAERERLFNLPRSTWDDYEKSLISQGGGVFSRSDKSIVITD
EEECEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCCEEEEEE
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