| Definition | Clostridium botulinum A str. ATCC 3502, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009495 |
| Length | 3,886,916 |
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The map label for this gene is ndvB [H]
Identifier: 148381277
GI number: 148381277
Start: 3552516
End: 3561164
Strand: Reverse
Name: ndvB [H]
Synonym: CBO3335
Alternate gene names: 148381277
Gene position: 3561164-3552516 (Counterclockwise)
Preceding gene: 148381278
Following gene: 148381275
Centisome position: 91.62
GC content: 27.82
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases AAATATATTTATTTAAATTTTAATAGTTATGGAAAATTTAATGATTTTTAAATCAAATATATTTAACCAACAAGAAAACC CTATTTAGTTAAATAAAAAT
Product: cyclic beta 1-2 glucan synthetase
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 2882; Mature: 2881
Protein sequence:
>2882_residues MTVFIPICVSLIILIVLIYLIYLIYKNNDNKESLIDDINNIFLGEDKQDLEQFAEDISEFHSIVSNRKCRKLVLESLDKS YERIMNNYKYIVSLDEDINMTVPAGEWLLDNIYLIEKQYKDIKKNMPSSHYVKLPVINKGIMKCYPRVYHLALAIIHNFR GNMDKDFIITFMSEYQKNNVLTSSEVWALPIMLRIALIQKISIITEEITYIQRERKRGEELADKIIKDYNNRDLEKTIDE LKDKGINISPYFIETFINIINDNGIKDEKLNLFIQEQLEVKEKNINNIINLGYRKQSKQQIVMGNCINGLRHIEAINWKN VFSNVSVIEEILKEDPLKVYNDMDFPSKDFYRNKIERLSRKLKLPESYIAKKSIECAQQFEVKTEEDNYKKHVGYYIVEE KGARLLKKVLGVKSEGKDKIKDFLIKNKVRSYVTSIIVFTALFEFLIIKSIGYKNAYIMLLQFIVFLIPSSEIIVSILNW SLNNLTKPDFIPKLQFGNGITEESSTVVVIPTLIGSKKRAKELVKEMEVYYLANKEDNIYFAILGDFKDSKSEKEKNDEE IIKEMLCEVKELNNKYYKEGEEIFFFLNRYRQYNEKEKIWMGWERKRGKLEEFNKLIRGEKNTSYNIISGDINILKKVKY VITLDADTKLPRDVAKRLIGAMEHPLNKPIINSVKKSVIHGYGLMQPRVSIGVEDANKTLFSKIFSGQVGLDTYTTAVSD IYQDLFKEGIFTGKGIYHVDTFNTMLNGEIKENSVLSHDLLEGSYVRTALVTDIELVDGYPAYYNSSCKRLHRWVRGDWQ LIPWIFKRTSINRLSKWKIVDNLRRSLLAPSVVILILISLFSHYGTNEMITVAFLSVVAPILFNISEVIIFPSKGIGLSG RIYSVKNVLKQFFLIFAFIPHRAYLMIDAIIRTLYRLLISKKNLLEWQTAEEAEKTSRRDLKGYIKSMWVGSLIALLILY LSIRKSNELAILLVPACIIWFISPYIAFYVSRDMKDKLYLNKDNRRLLVNIARRTWAYFEDFVCEDTNWLAPDNYQEEPY KGIAYRTSPTNIGMGITSNIVAYDLGFITLKNVINRLENILFSMNKLDKYEGHFYNWYDIKTGKPLNPRYISAVDSGNLV GYLWLTEESLKDIINKPLLSKKNIDGLLSLLELANEELKKEEDIDNFYFNIMFILKEMQPDIVFINNIFIKILNKQKELE NFNVDINKFYWNKKLYDFLNESLQEFKKLIPWKDQIIENIGICKDVIEEIREFVTKVPIQKMPNKINCIIKNLEQIKTDD NYEREWLLNFIKNLNISSQNIKNLIQNIHELNFKLDELAKNTDFKILYNEDRKLFTIGYNIDSGEYGNSYYDLLASEARQ ASFIAIAKGDIPQDNWITLGRAITYMGKKLKGLASWSGTMFEYFMPLLIMKNYEGTLLDQTYKSVIKGQQLYAKDKKIPW GISESAFYHFDGDKNYQYMAFGVPGIGIKRGLSKDLVISPYSTVLALQKDVIGSIKNINRLIDCELLDKYGFYEAVDYTK NRIPKGKSKAIIKSFMVHHQGMSLMALNNTLNNNILQNRFHNKPEVKATELLLQERENNRIIYDRSIKKYNTELKLHDID QYSRIYNTAKTDIPRVGVLSNGSYSLMLSNRGGGYSKKDDITIYRWREDSTSDSKGLFFYIKNINANNYWSATYEPCKSE GEHYKVKFYSDKIIFAREDGNITTEAHVTVSQEEDAEIRSINLKNNSNHDKVIEVTSYCEATLANYNTDLVHPSFSNLFV KTELREDPFCLLANRRKRSEKDISPWLMQTVAVEGNQIGGFQYETSRIDFIGRGRNLYNPQAMDNETNLKGSIGPVLDPI ISIRTRVRLKAKENCTVAYTTAFCNSKEEGVKIAEKYRNIDNVKNAFNLSWSHSNLEMKHLGIRSTAANMYQYILSNILF INRNIKEREKYIKYIKLSQSNLWAYGISGDYPIVLVTLDKESGIDIVRQLLLTYKYWRMKNINVDLIIVNTKESSYMKPI EDSILNLVNSLGLMNNINKSAGVFLFNKPTMKEDDLDLLKAICRLYIDCNKGSIAEQIDTGNNKSKELNLLEKKEMKYTA NSYKFKVPKLEYFNDIGGFDIENNEYTIVLKDYNNTPLPWINVMSNGNFGFHVSESGSSYSWYKNSRENKLTNWCNDPVV DGESEHIYIRDEVTGEIWSITPKPIRDEGQYIINHGFGYSNFKHYREGVIGEITSYCPIGDNCKISLIKLKNNTDIKRKI SVTYYASTVLGVSKQLSSPYISTYLDKDNFIYSRNPYNSSFKETTAYLKIVGGKEESFTGNRKEFLGIEGTIEKPKALNY EKLGNEVGAGIDPCMAENSKITLEPNEEKVLIAILGAEDSIEAVKENIDKYDNEIIAFKELNNTKNYWKKITETIKVKTP DKSMDLMLNGWLLYQVIVCRLWARTAFYQSGGAYGFRDQLQDVMSICYIDPDITKKQIIYSSSRQFKEGDVQHWWHPVVE SGIRTRFSDDLLWLPYVTIDYIKNTGDYSILEESSNYLEEPLLREGEDERYNVASVSSEKGTIYEHCIRAINRALKFGEH NIPLMGSGDWNDGMSTVGNQGRGESVWLGWFLYTILESFINICDYKKDTVNMKRYEEYLQFIKENIEENAWDGSWYRRAY FDDGTPLGSIENEECTIDSLSQSWSVLSGAGKESRVKEAMAAVERNLIKKDKGIIALLTPAFDKSTLQPGYIKGYLPGVR ENGGQYTHAAIWVVLAFSKLKMEDKAWSLFNMINPINHTKSYFNCQNYKVEPYVMTADIYDVEPHIGRGGWSWYTGAASW MYRTGIEGILGLKLKGKDGFYVDPCIPKDWSEYEIVYNRGNCRYNIKVIRENKKELWIDGELKEGNIIPIFEEGTHEIKV II
Sequences:
>Translated_2882_residues MTVFIPICVSLIILIVLIYLIYLIYKNNDNKESLIDDINNIFLGEDKQDLEQFAEDISEFHSIVSNRKCRKLVLESLDKS YERIMNNYKYIVSLDEDINMTVPAGEWLLDNIYLIEKQYKDIKKNMPSSHYVKLPVINKGIMKCYPRVYHLALAIIHNFR GNMDKDFIITFMSEYQKNNVLTSSEVWALPIMLRIALIQKISIITEEITYIQRERKRGEELADKIIKDYNNRDLEKTIDE LKDKGINISPYFIETFINIINDNGIKDEKLNLFIQEQLEVKEKNINNIINLGYRKQSKQQIVMGNCINGLRHIEAINWKN VFSNVSVIEEILKEDPLKVYNDMDFPSKDFYRNKIERLSRKLKLPESYIAKKSIECAQQFEVKTEEDNYKKHVGYYIVEE KGARLLKKVLGVKSEGKDKIKDFLIKNKVRSYVTSIIVFTALFEFLIIKSIGYKNAYIMLLQFIVFLIPSSEIIVSILNW SLNNLTKPDFIPKLQFGNGITEESSTVVVIPTLIGSKKRAKELVKEMEVYYLANKEDNIYFAILGDFKDSKSEKEKNDEE IIKEMLCEVKELNNKYYKEGEEIFFFLNRYRQYNEKEKIWMGWERKRGKLEEFNKLIRGEKNTSYNIISGDINILKKVKY VITLDADTKLPRDVAKRLIGAMEHPLNKPIINSVKKSVIHGYGLMQPRVSIGVEDANKTLFSKIFSGQVGLDTYTTAVSD IYQDLFKEGIFTGKGIYHVDTFNTMLNGEIKENSVLSHDLLEGSYVRTALVTDIELVDGYPAYYNSSCKRLHRWVRGDWQ LIPWIFKRTSINRLSKWKIVDNLRRSLLAPSVVILILISLFSHYGTNEMITVAFLSVVAPILFNISEVIIFPSKGIGLSG RIYSVKNVLKQFFLIFAFIPHRAYLMIDAIIRTLYRLLISKKNLLEWQTAEEAEKTSRRDLKGYIKSMWVGSLIALLILY 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NRNIKEREKYIKYIKLSQSNLWAYGISGDYPIVLVTLDKESGIDIVRQLLLTYKYWRMKNINVDLIIVNTKESSYMKPIE DSILNLVNSLGLMNNINKSAGVFLFNKPTMKEDDLDLLKAICRLYIDCNKGSIAEQIDTGNNKSKELNLLEKKEMKYTAN SYKFKVPKLEYFNDIGGFDIENNEYTIVLKDYNNTPLPWINVMSNGNFGFHVSESGSSYSWYKNSRENKLTNWCNDPVVD GESEHIYIRDEVTGEIWSITPKPIRDEGQYIINHGFGYSNFKHYREGVIGEITSYCPIGDNCKISLIKLKNNTDIKRKIS VTYYASTVLGVSKQLSSPYISTYLDKDNFIYSRNPYNSSFKETTAYLKIVGGKEESFTGNRKEFLGIEGTIEKPKALNYE KLGNEVGAGIDPCMAENSKITLEPNEEKVLIAILGAEDSIEAVKENIDKYDNEIIAFKELNNTKNYWKKITETIKVKTPD KSMDLMLNGWLLYQVIVCRLWARTAFYQSGGAYGFRDQLQDVMSICYIDPDITKKQIIYSSSRQFKEGDVQHWWHPVVES GIRTRFSDDLLWLPYVTIDYIKNTGDYSILEESSNYLEEPLLREGEDERYNVASVSSEKGTIYEHCIRAINRALKFGEHN IPLMGSGDWNDGMSTVGNQGRGESVWLGWFLYTILESFINICDYKKDTVNMKRYEEYLQFIKENIEENAWDGSWYRRAYF DDGTPLGSIENEECTIDSLSQSWSVLSGAGKESRVKEAMAAVERNLIKKDKGIIALLTPAFDKSTLQPGYIKGYLPGVRE NGGQYTHAAIWVVLAFSKLKMEDKAWSLFNMINPINHTKSYFNCQNYKVEPYVMTADIYDVEPHIGRGGWSWYTGAASWM YRTGIEGILGLKLKGKDGFYVDPCIPKDWSEYEIVYNRGNCRYNIKVIRENKKELWIDGELKEGNIIPIFEEGTHEIKVI I
Specific function: Involved in the production of beta-(1,2)-glucan. It is involved not only in invasion but also in bacteroid development [H]
COG id: COG3459
COG function: function code G; Cellobiose phosphorylase
Gene ontology:
Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: To A.tumefaciens ChvB [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR008928 - InterPro: IPR009342 - InterPro: IPR019282 - InterPro: IPR021478 - InterPro: IPR011013 - InterPro: IPR010383 - InterPro: IPR010403 [H]
Pfam domain/function: PF06204 CBM_X; PF10091 DUF2329; PF11329 DUF3131; PF06165 Glyco_transf_36; PF06205 GT36_AF [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 333881; Mature: 333750
Theoretical pI: Translated: 7.94; Mature: 7.94
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.1 %Cys (Translated Protein) 2.0 %Met (Translated Protein) 3.1 %Cys+Met (Translated Protein) 1.1 %Cys (Mature Protein) 1.9 %Met (Mature Protein) 3.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MTVFIPICVSLIILIVLIYLIYLIYKNNDNKESLIDDINNIFLGEDKQDLEQFAEDISEF CEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH HSIVSNRKCRKLVLESLDKSYERIMNNYKYIVSLDEDINMTVPAGEWLLDNIYLIEKQYK HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHH DIKKNMPSSHYVKLPVINKGIMKCYPRVYHLALAIIHNFRGNMDKDFIITFMSEYQKNNV HHHHCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC LTSSEVWALPIMLRIALIQKISIITEEITYIQRERKRGEELADKIIKDYNNRDLEKTIDE CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHH LKDKGINISPYFIETFINIINDNGIKDEKLNLFIQEQLEVKEKNINNIINLGYRKQSKQQ HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHH IVMGNCINGLRHIEAINWKNVFSNVSVIEEILKEDPLKVYNDMDFPSKDFYRNKIERLSR HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH KLKLPESYIAKKSIECAQQFEVKTEEDNYKKHVGYYIVEEKGARLLKKVLGVKSEGKDKI HHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHH KDFLIKNKVRSYVTSIIVFTALFEFLIIKSIGYKNAYIMLLQFIVFLIPSSEIIVSILNW 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RAITYMGKKLKGLASWSGTMFEYFMPLLIMKNYEGTLLDQTYKSVIKGQQLYAKDKKIPW HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCC GISESAFYHFDGDKNYQYMAFGVPGIGIKRGLSKDLVISPYSTVLALQKDVIGSIKNINR CCCCCCEEEECCCCCEEEEEECCCCCHHHCCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LIDCELLDKYGFYEAVDYTKNRIPKGKSKAIIKSFMVHHQGMSLMALNNTLNNNILQNRF HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHHHHHHHHC HNKPEVKATELLLQERENNRIIYDRSIKKYNTELKLHDIDQYSRIYNTAKTDIPRVGVLS CCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCHHHHCCEEEEECHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEC NGSYSLMLSNRGGGYSKKDDITIYRWREDSTSDSKGLFFYIKNINANNYWSATYEPCKSE CCCEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCEECCCCCHHCCC GEHYKVKFYSDKIIFAREDGNITTEAHVTVSQEEDAEIRSINLKNNSNHDKVIEVTSYCE CCEEEEEEEECEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCCCEEEHHHHHH ATLANYNTDLVHPSFSNLFVKTELREDPFCLLANRRKRSEKDISPWLMQTVAVEGNQIGG HHHHCCCCCCCCCCHHCEEEEEECCCCCEEEECCHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCC FQYETSRIDFIGRGRNLYNPQAMDNETNLKGSIGPVLDPIISIRTRVRLKAKENCTVAYT EEEECCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCEEEEE TAFCNSKEEGVKIAEKYRNIDNVKNAFNLSWSHSNLEMKHLGIRSTAANMYQYILSNILF EEECCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHEEEEECCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHEE INRNIKEREKYIKYIKLSQSNLWAYGISGDYPIVLVTLDKESGIDIVRQLLLTYKYWRMK ECCCHHHHHHHHHHHEEECCCEEEEECCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEE NINVDLIIVNTKESSYMKPIEDSILNLVNSLGLMNNINKSAGVFLFNKPTMKEDDLDLLK CCCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHH AICRLYIDCNKGSIAEQIDTGNNKSKELNLLEKKEMKYTANSYKFKVPKLEYFNDIGGFD HHHHHEEECCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHEECCCEEEECCCHHHHHCCCCCE IENNEYTIVLKDYNNTPLPWINVMSNGNFGFHVSESGSSYSWYKNSRENKLTNWCNDPVV ECCCEEEEEEECCCCCCCCEEEEEECCCEEEEECCCCCCCCHHCCCCCCHHHHCCCCCCC DGESEHIYIRDEVTGEIWSITPKPIRDEGQYIINHGFGYSNFKHYREGVIGEITSYCPIG CCCCCEEEEEECCCCCEEECCCCCCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCC DNCKISLIKLKNNTDIKRKISVTYYASTVLGVSKQLSSPYISTYLDKDNFIYSRNPYNSS CCCEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHEECCCCEEEECCCCCCC FKETTAYLKIVGGKEESFTGNRKEFLGIEGTIEKPKALNYEKLGNEVGAGIDPCMAENSK HHHHEEEEEEECCCCCCCCCCCHHEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCHHCCCCE 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References: 2154461; 11481430 [H]