| Definition | Prochlorococcus marinus str. MIT 9515, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008817 |
| Length | 1,704,176 |
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The map label for this gene is lhr [C]
Identifier: 123966093
GI number: 123966093
Start: 774537
End: 777014
Strand: Direct
Name: lhr [C]
Synonym: P9515_08601
Alternate gene names: 123966093
Gene position: 774537-777014 (Clockwise)
Preceding gene: 123966092
Following gene: 123966094
Centisome position: 45.45
GC content: 29.26
Gene sequence:
>2478_bases ATGGAAAGGTTCTCAAATAAATCTTCTATAAATTACATAAGAAAATTTTTTAATAAAAATGGTTGGGACCCTCTGCCATA TCAAATAGAATCGTGGGAAGCATATCTGAATGGAGAAAATGGAATCATTCAGGTTCCAACTGGATGTGGTAAAACTTATG CTGCTTTGATGGGGCCTCTATTGATGTTACAAGCTTCTCCAGAAAAATCAGGATTAAGTATTTTAGTAATTACTCCTTTA AAGGCATTAAGTAGAGATTTAAAAAATAATATTTATTTGGCAGCTCAATTTTTCAATAAAGATTTAACAGTTGGAATAAG AAATGGAGATACAAGTGCATACGAAAAGAAAAAGCAAATACTTAAACCACCAAATATTCTTATAACTACTCCCGAATCTC TTTCTCTTCTATTGTCTAATAAAGAAGCTAATAAAATATTCAACAATTTAATTTCAATTATTATTGATGAATGGCATGAG TTAATGGGTAGTAAAAGGGGGAATCAATGCGAATTATCCTTAAGTTGGCTAAGAGGAAATAAAAAAGATTTACAAATTTG GGCAATGTCCGCAACTATTGGAAATATTAAAGAAGCAGCAAGAGCAATTGTTGGAATAAAGGGCGAAATGCCAAGAATTA TTAGTACTTCTATTAAGAAAGAAATTGAAATTTTTAGCGTCTTACCCGAAGAAGAAACAACCTATCCATGGAGTGGACAT TTAGGTATCAAGAGCTATTCTTTACTACTCAAAGTATTAGATAAAAACAAAAGTACCTTACTTTTCACTAATACTAGAAA TCAATCTGAAAGATGGTATCAATGCTTAAGATATTGTCTACCTGAAATGCAAGATAGGATTTCTTTACATCATGGCTCAT TGGATAAAGATCAAAGATTGATAGTTGAGGATGGGGTAAAAAACGGATCTATAAAGTGGGTTGTTTGCACAAGCTCATTA GATTTAGGAGTTGACTTTCAACCTGTTGATCAAATTGTTCAAATTGGAAGTGCTAAAAACTTAGCACGACTGATTCAAAG GGCAGGGAGGAGTGCTCATAGACCAGGAGGAAAGTCAAAAATAATTTTTATGCCTACTAACTCATTAGAATTACTTGAAA TTAGTGCAATGAGGAGAATAATAAAAAGTGGTATATCTGAAAATATTAAGCTCCCTGAATTGTCTTTTGATGTTCTACTT CAGCATCTAGTTAGTTTAGCTTGTGGGCCAGGTTTTAATCCCAATATTGAGAAAGAAAGAATAAAAGGTTGCTGGAGTTA TAGAAATCTTGATGATAAAGAATGGGAGTGGTGCATTGACTTTTTAGAATATGGAGGAAAGTGTTTGAAGGCATATCCGA AATATAAAAAAATAGAAAGAGAACAACTAAAAGATGATGAAAATAACTTCAAATATTTTGTAAAAGATAAATCCTTAATA AGAATGCATAAATTCAATATTGGAACAATAACTAGCGATAAATTTATTAATGTAAAATATTTAAAAGGAAAATCATTAGG TAATATTGAAGAAAATTTTGCTACTAAATTAAAACAGGGAGATACTTTTTACTTTGCTGGTAAAATTCTACAGTTTGTGA AAATTAGAGATATGACTTTATATGTGAAAAAATCTTCAAAAAAAAGTTCTTTGATTCCTTCATGGGTAGGAGGTCAAATT GCTATTTCTGATCTGTTAAGTGATAATTTAAGAAGTGAAATAGATATTTGTACAACATTAGGAAATGATGGTCGATACTT TAATAAAGAATTAAAGTCATTGCTTCCAATTTTAAAAAAACAGAATAAGCTTTCTGATATTCCCAAAAGGAATCAACTGC TTATTGAAATCTACAAGACTAAAGAATTAACAAGCCTTTTTGTGTTTACACTTGATGGTAAATTTGTTAATGAAGGGATA GCATTTTTGTGGGCTTTAAGAATTGCTAAAAAAAAGGAATCTACATTTAGTATTTCTTCAAATGATTTTGGATTTAGCTT AACTACTTCAGCAGATTATGACTTTTCAATTATAGATAAAGAATTTTCATATTTAATAGAAAATAAAAACTTGGAAAAAG ATTTAGAGAATGCAATAAATTTTTCAGAATTAACAAAGAGAAGATTTAAAAATATTGCCCAAATCAGCGGATTAGTTAAT CAAAATAATCCAACTAAACCAAAAAGTTCATCTCAACTCCAAATAAGTTCAAGTCTTCTTTATGATGTTTTTACTAGATA TGAAGAAGATCACTTGTTAATTAAACAATCACATCAAGAAGTAAAAGAGTACCAATTAGAAAATAGAAGAATTAAAAATG CTTTAGAAAGAATTTCTAATTTAAAAATAATATTAAACGAGACTAAAACTCCTAGTCCATTTGCCTTCCCTTTACTAGTT GAAAGATTAAAAAATACATTAAGCAATGAATCAATAGAAAAGAGAGTTGAAAAACTCATACAAAAATATAAGAGTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTGCCGTTAGATTTCCTAGAATTACAAAATGGAGAAAAGATAAATTTATACAAGATGCTGACACCTTAGAAAATGCTCAA AAACTAATTCTAAGTGAATA
Downstream 100 bases:
>100_bases ATGAAAAAAAAGTATTTTTCAATAGGTTGGGGGGATTCAACAATACAAATGCTCCCTTCAAAAGCATTATTTCTGCCTAA AACAAAAGAACTATTAATTT
Product: DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 825; Mature: 825
Protein sequence:
>825_residues MERFSNKSSINYIRKFFNKNGWDPLPYQIESWEAYLNGENGIIQVPTGCGKTYAALMGPLLMLQASPEKSGLSILVITPL KALSRDLKNNIYLAAQFFNKDLTVGIRNGDTSAYEKKKQILKPPNILITTPESLSLLLSNKEANKIFNNLISIIIDEWHE LMGSKRGNQCELSLSWLRGNKKDLQIWAMSATIGNIKEAARAIVGIKGEMPRIISTSIKKEIEIFSVLPEEETTYPWSGH LGIKSYSLLLKVLDKNKSTLLFTNTRNQSERWYQCLRYCLPEMQDRISLHHGSLDKDQRLIVEDGVKNGSIKWVVCTSSL DLGVDFQPVDQIVQIGSAKNLARLIQRAGRSAHRPGGKSKIIFMPTNSLELLEISAMRRIIKSGISENIKLPELSFDVLL QHLVSLACGPGFNPNIEKERIKGCWSYRNLDDKEWEWCIDFLEYGGKCLKAYPKYKKIEREQLKDDENNFKYFVKDKSLI RMHKFNIGTITSDKFINVKYLKGKSLGNIEENFATKLKQGDTFYFAGKILQFVKIRDMTLYVKKSSKKSSLIPSWVGGQI AISDLLSDNLRSEIDICTTLGNDGRYFNKELKSLLPILKKQNKLSDIPKRNQLLIEIYKTKELTSLFVFTLDGKFVNEGI AFLWALRIAKKKESTFSISSNDFGFSLTTSADYDFSIIDKEFSYLIENKNLEKDLENAINFSELTKRRFKNIAQISGLVN QNNPTKPKSSSQLQISSSLLYDVFTRYEEDHLLIKQSHQEVKEYQLENRRIKNALERISNLKIILNETKTPSPFAFPLLV ERLKNTLSNESIEKRVEKLIQKYKS
Sequences:
>Translated_825_residues MERFSNKSSINYIRKFFNKNGWDPLPYQIESWEAYLNGENGIIQVPTGCGKTYAALMGPLLMLQASPEKSGLSILVITPL KALSRDLKNNIYLAAQFFNKDLTVGIRNGDTSAYEKKKQILKPPNILITTPESLSLLLSNKEANKIFNNLISIIIDEWHE LMGSKRGNQCELSLSWLRGNKKDLQIWAMSATIGNIKEAARAIVGIKGEMPRIISTSIKKEIEIFSVLPEEETTYPWSGH LGIKSYSLLLKVLDKNKSTLLFTNTRNQSERWYQCLRYCLPEMQDRISLHHGSLDKDQRLIVEDGVKNGSIKWVVCTSSL DLGVDFQPVDQIVQIGSAKNLARLIQRAGRSAHRPGGKSKIIFMPTNSLELLEISAMRRIIKSGISENIKLPELSFDVLL QHLVSLACGPGFNPNIEKERIKGCWSYRNLDDKEWEWCIDFLEYGGKCLKAYPKYKKIEREQLKDDENNFKYFVKDKSLI RMHKFNIGTITSDKFINVKYLKGKSLGNIEENFATKLKQGDTFYFAGKILQFVKIRDMTLYVKKSSKKSSLIPSWVGGQI AISDLLSDNLRSEIDICTTLGNDGRYFNKELKSLLPILKKQNKLSDIPKRNQLLIEIYKTKELTSLFVFTLDGKFVNEGI AFLWALRIAKKKESTFSISSNDFGFSLTTSADYDFSIIDKEFSYLIENKNLEKDLENAINFSELTKRRFKNIAQISGLVN QNNPTKPKSSSQLQISSSLLYDVFTRYEEDHLLIKQSHQEVKEYQLENRRIKNALERISNLKIILNETKTPSPFAFPLLV ERLKNTLSNESIEKRVEKLIQKYKS >Mature_825_residues MERFSNKSSINYIRKFFNKNGWDPLPYQIESWEAYLNGENGIIQVPTGCGKTYAALMGPLLMLQASPEKSGLSILVITPL KALSRDLKNNIYLAAQFFNKDLTVGIRNGDTSAYEKKKQILKPPNILITTPESLSLLLSNKEANKIFNNLISIIIDEWHE LMGSKRGNQCELSLSWLRGNKKDLQIWAMSATIGNIKEAARAIVGIKGEMPRIISTSIKKEIEIFSVLPEEETTYPWSGH LGIKSYSLLLKVLDKNKSTLLFTNTRNQSERWYQCLRYCLPEMQDRISLHHGSLDKDQRLIVEDGVKNGSIKWVVCTSSL DLGVDFQPVDQIVQIGSAKNLARLIQRAGRSAHRPGGKSKIIFMPTNSLELLEISAMRRIIKSGISENIKLPELSFDVLL QHLVSLACGPGFNPNIEKERIKGCWSYRNLDDKEWEWCIDFLEYGGKCLKAYPKYKKIEREQLKDDENNFKYFVKDKSLI RMHKFNIGTITSDKFINVKYLKGKSLGNIEENFATKLKQGDTFYFAGKILQFVKIRDMTLYVKKSSKKSSLIPSWVGGQI AISDLLSDNLRSEIDICTTLGNDGRYFNKELKSLLPILKKQNKLSDIPKRNQLLIEIYKTKELTSLFVFTLDGKFVNEGI AFLWALRIAKKKESTFSISSNDFGFSLTTSADYDFSIIDKEFSYLIENKNLEKDLENAINFSELTKRRFKNIAQISGLVN QNNPTKPKSSSQLQISSSLLYDVFTRYEEDHLLIKQSHQEVKEYQLENRRIKNALERISNLKIILNETKTPSPFAFPLLV ERLKNTLSNESIEKRVEKLIQKYKS
Specific function: Unknown
COG id: COG1201
COG function: function code R; Lhr-like helicases
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 helicase C-terminal domain [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1787942, Length=878, Percent_Identity=25.3986332574032, Blast_Score=209, Evalue=7e-55, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI9755332, Length=392, Percent_Identity=26.0204081632653, Blast_Score=82, Evalue=3e-16,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR014001 - InterPro: IPR013701 - InterPro: IPR011545 - InterPro: IPR001650 - InterPro: IPR014021 - InterPro: IPR017170 [H]
Pfam domain/function: PF00270 DEAD; PF08494 DEAD_assoc; PF00271 Helicase_C [H]
EC number: 3.6.1.-
Molecular weight: Translated: 94454; Mature: 94454
Theoretical pI: Translated: 9.86; Mature: 9.86
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.2 %Cys (Translated Protein) 1.3 %Met (Translated Protein) 2.5 %Cys+Met (Translated Protein) 1.2 %Cys (Mature Protein) 1.3 %Met (Mature Protein) 2.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MERFSNKSSINYIRKFFNKNGWDPLPYQIESWEAYLNGENGIIQVPTGCGKTYAALMGPL CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEECEEEEECCCCCEEECCCCCCHHHHHHHCCH LMLQASPEKSGLSILVITPLKALSRDLKNNIYLAAQFFNKDLTVGIRNGDTSAYEKKKQI HEEECCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHH LKPPNILITTPESLSLLLSNKEANKIFNNLISIIIDEWHELMGSKRGNQCELSLSWLRGN CCCCCEEEECCHHHEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEHHHCCC KKDLQIWAMSATIGNIKEAARAIVGIKGEMPRIISTSIKKEIEIFSVLPEEETTYPWSGH CCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCC LGIKSYSLLLKVLDKNKSTLLFTNTRNQSERWYQCLRYCLPEMQDRISLHHGSLDKDQRL CCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEE IVEDGVKNGSIKWVVCTSSLDLGVDFQPVDQIVQIGSAKNLARLIQRAGRSAHRPGGKSK EEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEE IIFMPTNSLELLEISAMRRIIKSGISENIKLPELSFDVLLQHLVSLACGPGFNPNIEKER EEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHH IKGCWSYRNLDDKEWEWCIDFLEYGGKCLKAYPKYKKIEREQLKDDENNFKYFVKDKSLI HHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCEE RMHKFNIGTITSDKFINVKYLKGKSLGNIEENFATKLKQGDTFYFAGKILQFVKIRDMTL EEEECCCCEECCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHCCEEE YVKKSSKKSSLIPSWVGGQIAISDLLSDNLRSEIDICTTLGNDGRYFNKELKSLLPILKK EEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC QNKLSDIPKRNQLLIEIYKTKELTSLFVFTLDGKFVNEGIAFLWALRIAKKKESTFSISS CHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECC NDFGFSLTTSADYDFSIIDKEFSYLIENKNLEKDLENAINFSELTKRRFKNIAQISGLVN CCCCEEEECCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC QNNPTKPKSSSQLQISSSLLYDVFTRYEEDHLLIKQSHQEVKEYQLENRRIKNALERISN CCCCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC LKIILNETKTPSPFAFPLLVERLKNTLSNESIEKRVEKLIQKYKS CEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MERFSNKSSINYIRKFFNKNGWDPLPYQIESWEAYLNGENGIIQVPTGCGKTYAALMGPL CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEECEEEEECCCCCEEECCCCCCHHHHHHHCCH LMLQASPEKSGLSILVITPLKALSRDLKNNIYLAAQFFNKDLTVGIRNGDTSAYEKKKQI HEEECCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHH LKPPNILITTPESLSLLLSNKEANKIFNNLISIIIDEWHELMGSKRGNQCELSLSWLRGN CCCCCEEEECCHHHEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEHHHCCC KKDLQIWAMSATIGNIKEAARAIVGIKGEMPRIISTSIKKEIEIFSVLPEEETTYPWSGH CCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCC LGIKSYSLLLKVLDKNKSTLLFTNTRNQSERWYQCLRYCLPEMQDRISLHHGSLDKDQRL CCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEE IVEDGVKNGSIKWVVCTSSLDLGVDFQPVDQIVQIGSAKNLARLIQRAGRSAHRPGGKSK EEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEE IIFMPTNSLELLEISAMRRIIKSGISENIKLPELSFDVLLQHLVSLACGPGFNPNIEKER EEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHH IKGCWSYRNLDDKEWEWCIDFLEYGGKCLKAYPKYKKIEREQLKDDENNFKYFVKDKSLI HHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCEE RMHKFNIGTITSDKFINVKYLKGKSLGNIEENFATKLKQGDTFYFAGKILQFVKIRDMTL EEEECCCCEECCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHCCEEE YVKKSSKKSSLIPSWVGGQIAISDLLSDNLRSEIDICTTLGNDGRYFNKELKSLLPILKK EEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC QNKLSDIPKRNQLLIEIYKTKELTSLFVFTLDGKFVNEGIAFLWALRIAKKKESTFSISS CHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECC NDFGFSLTTSADYDFSIIDKEFSYLIENKNLEKDLENAINFSELTKRRFKNIAQISGLVN CCCCEEEECCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC QNNPTKPKSSSQLQISSSLLYDVFTRYEEDHLLIKQSHQEVKEYQLENRRIKNALERISN CCCCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC LKIILNETKTPSPFAFPLLVERLKNTLSNESIEKRVEKLIQKYKS CEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: Hydrolase; Acting on acid anhydrides [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8688087 [H]