| Definition | Pediococcus pentosaceus ATCC 25745, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008525 |
| Length | 1,832,387 |
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The map label for this gene is yhaN [H]
Identifier: 116492443
GI number: 116492443
Start: 714877
End: 717453
Strand: Direct
Name: yhaN [H]
Synonym: PEPE_0675
Alternate gene names: 116492443
Gene position: 714877-717453 (Clockwise)
Preceding gene: 116492442
Following gene: 116492444
Centisome position: 39.01
GC content: 35.55
Gene sequence:
>2577_bases ATGAAAATTAATAAGATTGAGATTTATGGATTTGGAAAATGGAATAACGTTATTTTCGATTTGAAACAAGATTTGCAAGT TTTTTATGGTTTGAATGAAGCTGGTAAATCAACGCTAAGACAATTTATTTATAGTATTCTATTTGGTTTTGCTGGTGGAC GTGGTAATCATAAGTATTTACAATATGTACCTAAAAAAGCACAAGGTGCAGCAGGGTACGGTGGCAATTTGGTAGTAGAA TATCAAGGAAAAACTTACCAAATCGAGCGAATTAAAGGTAAAAATGGTGGGAAAGTAAATGTTAAAAATATGGATGATGG ACTCGAAATGAATCCAGAATTTTTAACAGAGATGCTTGGCCCCATTGACCAAAATGCTTACGAACGGTTGCTGGGATTTA ACCAGAGTGATTTGGACGACTTCAATGATTTAGGCAACCGGGATGATTTACGAAGACATATTCTGCGAATGGGCGCAGTC GGAAGTGATGAGTGGATTAAGCTCGAAAACGACTTAAAAAAGGAAGCGGATAAGCTTCATACTGCCAGTTCTCGAAAACG AGACCTAGATCTTAAAATCAAGCAATATAAAGAAGCTGTTGATCAGCTTCAAGCTGATAAGGCCAAACTACCAGATTATC AGGTAACGAAAGACTTAGAAGAAGCCAGTCAACAAAAGTTGCAGCAAGTTCGATCGGAGATTGCAAAATTAAATACTAAA ATTACTGAAACCAATAATCTGATTAATACGTGGCCTACATATTCAGAAACATTAGATTTAAAGCAAAAGCTGCAAGATAT CCCCGAAGCATACTTGAATTTAGATTTGAATCAGTTGGAAGTTTTAGCCAACCAGATACGTGAAAATCAGAATGAACTTC GTAATTTACAAAGTCAGCTAGAGGATTTACCAAATGAGAAAAACAATGTAATTGATATAACTAAATTAGACGAACTACAA AGTAAGCTACCAGAAGTAAAATTGAATTATGGTCAGTTAGAGGACTTGAAACATAGATTCAATCGATTGAACCAACAACT TGAAGAAATTCAAGCGCAGTATCAAGTTGACCTTGGTAATCTTAAACCCATGCCAGAAGGTCAATTTGTTGAATTAAAGG ACTTATTGTTAAAGCAGAAACGTAAGAATGCGGATATTAATCAACTTAAAACACAAATGTTAGAAACTACGGGAAGTCGT TCAACACATACGAATTCTAATTCCAATGTAGTAATTGGCGCAGCCGCGGTACTGGTCGTAATTGATTTTTTAATCCCATT AAACTGGTTATTTAAGTTGATCTTGCTAGCAATAATTATTGGTGGTGGATATGGTTTAACCCATGCTAAATCAGCAGACA ACGTTACACCTAATGAAGAGAATTTAGAAGATGTTTTGAAGCGGGATGAAACCGAAGCTGAGCAAATTAAAACTGCAATC AAGCAAATTGGTGATAAAACAAGCTTTAACGCATTTCCAGTGGAAGATTGGGTAGCATTACAATCTAACTTGTTGAACTA CCAGCATTTGGTTAATGAAATGAGCGAATTAAAGGGACACTTAACCCAAATCGAAGAACAGCTTGGCACTTTTTGGGAAT TCAGCGATGGAATTCTCCCAGTGGATGAACATCGAAAAGAAGCTCTACAAACTTTGATCGATCAGGTAAATGGAATGGTT GAGCAAGATCGAAAGCAACAAAGTATCAGCCAACAGCGTCAATTACTTAATAAAAATGTGGCGGAACGGCGTACCGAGTT AGATAAATTGCGAATTCAATTTAAACAGCTTAATGGACCTGAAATTAATGCTGATTTTGATGATTGGCTTAAGCAAGTTA GAACAGCCCAACATTTAAACTTAAGATTAAATACTTTATTGGAATCTAACCAAGTTAAGTTTTTTGACCAACTACAACAA TATGCAGATTTAACAAAATTGCAGCAACTTCAAAACGAACAGGAACAAAAGCTGGCCGAGTTTAAACAAGCTGAGCAAGA TATTTTAGACCAACGTGCTAATCAACTAGGTGAACTTACGGGTCTTAAGAGTAGTGTAGACATCCTAGCTGAACAACAGT TACTATCAGAACAAGAAACCGAAATTAAAGATCTGGTTTCAGAATGGTTAACTTTGCAGCTAGGTGCTGAATGGGTCGAT CAAACACTAGGGGTGGCAACTAAGGGACGTTTACCGGTAATCCTTGATAAGGCAAATGAGTACTTTAGACAGATAACTAA TCAGCGTTACCAAAAAATTGAATTTGATAAAGATGATATGATTAATGTAACGGATGAAACTGGAAATGTATTTGAAATTG GTGAGCTGTCAAAAGGTACGATGGAACAGCTTTATATTTCAATTCGATTTGCCTTTATGCAAGCTTTTGCGGATACGGTA AGATTACCAATTATCATTGACGATGCTTTTGTAGCGTTCGATGATGTTCGTTTACGACAAGCCTTTAGTTTATTAAACAA AATTGCAGAACAAACTCAAGTTATTTATTTTTCTGCCAAGAAAGAAGTTTACGACTTAATTGATGACCAAAAAATTATTA ATTTAAATGAAAAATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTTATAGCAGAAACCTATGGAAATGATTTAGAACTTAACCCGTTGAAAGACCAAGTTGAACTAATGTTGAAACAACGGAA TGCTCTTGGAGACGAACGCG
Downstream 100 bases:
>100_bases AAGGGGGAGATATTTTGACGAAAAAAATAACCGAATTTCAAAATGATGAAGAAATGGAATTATTTGTCTTAATCAAATCT GCGGAAAAGCGGGTGACCAA
Product: DNA repair ATPase
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 858; Mature: 858
Protein sequence:
>858_residues MKINKIEIYGFGKWNNVIFDLKQDLQVFYGLNEAGKSTLRQFIYSILFGFAGGRGNHKYLQYVPKKAQGAAGYGGNLVVE YQGKTYQIERIKGKNGGKVNVKNMDDGLEMNPEFLTEMLGPIDQNAYERLLGFNQSDLDDFNDLGNRDDLRRHILRMGAV GSDEWIKLENDLKKEADKLHTASSRKRDLDLKIKQYKEAVDQLQADKAKLPDYQVTKDLEEASQQKLQQVRSEIAKLNTK ITETNNLINTWPTYSETLDLKQKLQDIPEAYLNLDLNQLEVLANQIRENQNELRNLQSQLEDLPNEKNNVIDITKLDELQ SKLPEVKLNYGQLEDLKHRFNRLNQQLEEIQAQYQVDLGNLKPMPEGQFVELKDLLLKQKRKNADINQLKTQMLETTGSR STHTNSNSNVVIGAAAVLVVIDFLIPLNWLFKLILLAIIIGGGYGLTHAKSADNVTPNEENLEDVLKRDETEAEQIKTAI KQIGDKTSFNAFPVEDWVALQSNLLNYQHLVNEMSELKGHLTQIEEQLGTFWEFSDGILPVDEHRKEALQTLIDQVNGMV EQDRKQQSISQQRQLLNKNVAERRTELDKLRIQFKQLNGPEINADFDDWLKQVRTAQHLNLRLNTLLESNQVKFFDQLQQ YADLTKLQQLQNEQEQKLAEFKQAEQDILDQRANQLGELTGLKSSVDILAEQQLLSEQETEIKDLVSEWLTLQLGAEWVD QTLGVATKGRLPVILDKANEYFRQITNQRYQKIEFDKDDMINVTDETGNVFEIGELSKGTMEQLYISIRFAFMQAFADTV RLPIIIDDAFVAFDDVRLRQAFSLLNKIAEQTQVIYFSAKKEVYDLIDDQKIINLNEK
Sequences:
>Translated_858_residues MKINKIEIYGFGKWNNVIFDLKQDLQVFYGLNEAGKSTLRQFIYSILFGFAGGRGNHKYLQYVPKKAQGAAGYGGNLVVE YQGKTYQIERIKGKNGGKVNVKNMDDGLEMNPEFLTEMLGPIDQNAYERLLGFNQSDLDDFNDLGNRDDLRRHILRMGAV GSDEWIKLENDLKKEADKLHTASSRKRDLDLKIKQYKEAVDQLQADKAKLPDYQVTKDLEEASQQKLQQVRSEIAKLNTK ITETNNLINTWPTYSETLDLKQKLQDIPEAYLNLDLNQLEVLANQIRENQNELRNLQSQLEDLPNEKNNVIDITKLDELQ SKLPEVKLNYGQLEDLKHRFNRLNQQLEEIQAQYQVDLGNLKPMPEGQFVELKDLLLKQKRKNADINQLKTQMLETTGSR STHTNSNSNVVIGAAAVLVVIDFLIPLNWLFKLILLAIIIGGGYGLTHAKSADNVTPNEENLEDVLKRDETEAEQIKTAI KQIGDKTSFNAFPVEDWVALQSNLLNYQHLVNEMSELKGHLTQIEEQLGTFWEFSDGILPVDEHRKEALQTLIDQVNGMV EQDRKQQSISQQRQLLNKNVAERRTELDKLRIQFKQLNGPEINADFDDWLKQVRTAQHLNLRLNTLLESNQVKFFDQLQQ YADLTKLQQLQNEQEQKLAEFKQAEQDILDQRANQLGELTGLKSSVDILAEQQLLSEQETEIKDLVSEWLTLQLGAEWVD QTLGVATKGRLPVILDKANEYFRQITNQRYQKIEFDKDDMINVTDETGNVFEIGELSKGTMEQLYISIRFAFMQAFADTV RLPIIIDDAFVAFDDVRLRQAFSLLNKIAEQTQVIYFSAKKEVYDLIDDQKIINLNEK >Mature_858_residues MKINKIEIYGFGKWNNVIFDLKQDLQVFYGLNEAGKSTLRQFIYSILFGFAGGRGNHKYLQYVPKKAQGAAGYGGNLVVE YQGKTYQIERIKGKNGGKVNVKNMDDGLEMNPEFLTEMLGPIDQNAYERLLGFNQSDLDDFNDLGNRDDLRRHILRMGAV GSDEWIKLENDLKKEADKLHTASSRKRDLDLKIKQYKEAVDQLQADKAKLPDYQVTKDLEEASQQKLQQVRSEIAKLNTK ITETNNLINTWPTYSETLDLKQKLQDIPEAYLNLDLNQLEVLANQIRENQNELRNLQSQLEDLPNEKNNVIDITKLDELQ SKLPEVKLNYGQLEDLKHRFNRLNQQLEEIQAQYQVDLGNLKPMPEGQFVELKDLLLKQKRKNADINQLKTQMLETTGSR STHTNSNSNVVIGAAAVLVVIDFLIPLNWLFKLILLAIIIGGGYGLTHAKSADNVTPNEENLEDVLKRDETEAEQIKTAI KQIGDKTSFNAFPVEDWVALQSNLLNYQHLVNEMSELKGHLTQIEEQLGTFWEFSDGILPVDEHRKEALQTLIDQVNGMV EQDRKQQSISQQRQLLNKNVAERRTELDKLRIQFKQLNGPEINADFDDWLKQVRTAQHLNLRLNTLLESNQVKFFDQLQQ YADLTKLQQLQNEQEQKLAEFKQAEQDILDQRANQLGELTGLKSSVDILAEQQLLSEQETEIKDLVSEWLTLQLGAEWVD QTLGVATKGRLPVILDKANEYFRQITNQRYQKIEFDKDDMINVTDETGNVFEIGELSKGTMEQLYISIRFAFMQAFADTV RLPIIIDDAFVAFDDVRLRQAFSLLNKIAEQTQVIYFSAKKEVYDLIDDQKIINLNEK
Specific function: Unknown
COG id: COG4717
COG function: function code S; Uncharacterized conserved protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Single-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 98733; Mature: 98733
Theoretical pI: Translated: 4.74; Mature: 4.74
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.0 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.0 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKINKIEIYGFGKWNNVIFDLKQDLQVFYGLNEAGKSTLRQFIYSILFGFAGGRGNHKYL CCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH QYVPKKAQGAAGYGGNLVVEYQGKTYQIERIKGKNGGKVNVKNMDDGLEMNPEFLTEMLG HHCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCEEEEEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHC PIDQNAYERLLGFNQSDLDDFNDLGNRDDLRRHILRMGAVGSDEWIKLENDLKKEADKLH CCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECHHHHHHHHHHHH TASSRKRDLDLKIKQYKEAVDQLQADKAKLPDYQVTKDLEEASQQKLQQVRSEIAKLNTK HHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH ITETNNLINTWPTYSETLDLKQKLQDIPEAYLNLDLNQLEVLANQIRENQNELRNLQSQL HHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EDLPNEKNNVIDITKLDELQSKLPEVKLNYGQLEDLKHRFNRLNQQLEEIQAQYQVDLGN HHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC LKPMPEGQFVELKDLLLKQKRKNADINQLKTQMLETTGSRSTHTNSNSNVVIGAAAVLVV CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHH IDFLIPLNWLFKLILLAIIIGGGYGLTHAKSADNVTPNEENLEDVLKRDETEAEQIKTAI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH KQIGDKTSFNAFPVEDWVALQSNLLNYQHLVNEMSELKGHLTQIEEQLGTFWEFSDGILP HHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC VDEHRKEALQTLIDQVNGMVEQDRKQQSISQQRQLLNKNVAERRTELDKLRIQFKQLNGP HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC EINADFDDWLKQVRTAQHLNLRLNTLLESNQVKFFDQLQQYADLTKLQQLQNEQEQKLAE CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FKQAEQDILDQRANQLGELTGLKSSVDILAEQQLLSEQETEIKDLVSEWLTLQLGAEWVD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QTLGVATKGRLPVILDKANEYFRQITNQRYQKIEFDKDDMINVTDETGNVFEIGELSKGT HHHCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEECCCCCHH MEQLYISIRFAFMQAFADTVRLPIIIDDAFVAFDDVRLRQAFSLLNKIAEQTQVIYFSAK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECH KEVYDLIDDQKIINLNEK HHHHHHHCCCEEECCCCC >Mature Secondary Structure MKINKIEIYGFGKWNNVIFDLKQDLQVFYGLNEAGKSTLRQFIYSILFGFAGGRGNHKYL CCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH QYVPKKAQGAAGYGGNLVVEYQGKTYQIERIKGKNGGKVNVKNMDDGLEMNPEFLTEMLG HHCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCEEEEEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHC PIDQNAYERLLGFNQSDLDDFNDLGNRDDLRRHILRMGAVGSDEWIKLENDLKKEADKLH CCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECHHHHHHHHHHHH TASSRKRDLDLKIKQYKEAVDQLQADKAKLPDYQVTKDLEEASQQKLQQVRSEIAKLNTK HHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH ITETNNLINTWPTYSETLDLKQKLQDIPEAYLNLDLNQLEVLANQIRENQNELRNLQSQL HHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EDLPNEKNNVIDITKLDELQSKLPEVKLNYGQLEDLKHRFNRLNQQLEEIQAQYQVDLGN HHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC LKPMPEGQFVELKDLLLKQKRKNADINQLKTQMLETTGSRSTHTNSNSNVVIGAAAVLVV CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHH IDFLIPLNWLFKLILLAIIIGGGYGLTHAKSADNVTPNEENLEDVLKRDETEAEQIKTAI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH KQIGDKTSFNAFPVEDWVALQSNLLNYQHLVNEMSELKGHLTQIEEQLGTFWEFSDGILP HHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC VDEHRKEALQTLIDQVNGMVEQDRKQQSISQQRQLLNKNVAERRTELDKLRIQFKQLNGP HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC EINADFDDWLKQVRTAQHLNLRLNTLLESNQVKFFDQLQQYADLTKLQQLQNEQEQKLAE CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FKQAEQDILDQRANQLGELTGLKSSVDILAEQQLLSEQETEIKDLVSEWLTLQLGAEWVD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QTLGVATKGRLPVILDKANEYFRQITNQRYQKIEFDKDDMINVTDETGNVFEIGELSKGT HHHCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEECCCCCHH MEQLYISIRFAFMQAFADTVRLPIIIDDAFVAFDDVRLRQAFSLLNKIAEQTQVIYFSAK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECH KEVYDLIDDQKIINLNEK HHHHHHHCCCEEECCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9579061; 9384377 [H]