| Definition | Helicobacter acinonychis str. Sheeba chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008229 |
| Length | 1,553,927 |
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The map label for this gene is virB4 [H]
Identifier: 109948164
GI number: 109948164
Start: 1471827
End: 1474190
Strand: Reverse
Name: virB4 [H]
Synonym: Hac_1691
Alternate gene names: 109948164
Gene position: 1474190-1471827 (Counterclockwise)
Preceding gene: 109948165
Following gene: 109948163
Centisome position: 94.87
GC content: 36.04
Gene sequence:
>2364_bases ATGCTAGAAAAGCTTGTAAGCGCTATCAAACAAAAAATTTCAAACTATTTTTTAGGGGTTTTGCCTAAAAGCTATTCTAT GAGCGAAGAAAACAATATCCTAGGCTTGTATGATGAGCATTTTTTACTCACTAAAAATGAAAATCTCGTTGGCGTCCTCC GGTTAGAGGGGGTTAGTTATACCCATTTGAGCGTGGAGCAATTGCAAGATCTTTTCACGGATCGCCAAATGGCGTTGGAT TCTTTAGAAAAAGTCGTGGCGCGAATCGTGGTTAAAAGGCGTAAAATTGATTATCAACAAAATATTCAAGCCAATTCCCA ACACTTGCAAGCGATTTTAAACCAGTTTGAAAACAAAGAAGTGTATGAGAATCAGTATTTTTTAGTTTTAGAAAGCACGC ATTCCTTGCAAGGCGTTTTAGAGCATAAGAAAAAATCCTTAATGCACGCTAATAGAGAAAATTTTAAGGATATTCTCTCT TATAAAGTGCATTTTTTACAAGAAACTTTAAGAAGTTTAGAAATCCAACTCAAAAATTATGCCCCCAAACTCTTAAACTC TAAAGAAGTTTTGAATTTTTACGCAGAATACATCAATGGGTTTGAACTGCCTTTAAAGCCTTTAGTAGGAGGGTATTTGA GCGATAGCTATATCGCTAGTTCTGTTACTTTTGAAAAAGATTATTTCATTCAAGAAAGCTTCAATCAAAAAATTTACAAC CGCTTGATTGGCATTAAAGCCTATGAGAGCGAACGCATCACCTCCATAGCGATTGGGGCACTCTTATACCAAGAGACACC ATTAGATATTATCTTTTCCATAGAGCCTATGAGTGTGCATAAAACGCTGAGTTTTTTAAAAGAAAGGGCTAAGTTTAGCA TGTCTGGTCTCGTTAAAAACGAATTATTAGAATACCAAGAACTGGTCAAAACCAAACGATTATCCATGCAAAAATTCGCT TTAAACATTCTTATTAAAGCCCCTAGTTTAGGGAGATTAGACGCTCAAACAAGCTTAATTTTAGGGCTTTTATTTAAAGA AAACTTAGTGGGTGTTATAGAAACTTTTGGCTTGAAGGGAGGGTATTTTTCTTTTTTCCCTGAATGCATCCATTTAAACC ACCGCTTGCGTTTTTTAACCTCTAAAGCCTTAGCGTGTTTAATGGTCTTTGAAAGGCAAAATTTAGGTTTTAAGGCTAAT TCATGGGGGAATAGCCCTTTGAGTGTGTTTAAAAATTTGGATTATTCCCCTTTTTTATTCAATTTCCACAACCAAGAAGT GGGCCACAAAAACGCTAAAGAAATCCCTAGAGTGAATGGGCATACGCTAATCATAGGGGCTACTGGGAGCGGTAAAAGCA CGCTGATGAGCTTTTTGATGATGAGCGCTTTGAAATACCAAAACATGCGCCTTTTAGCCTTTGATAGGATGCAAGGGCTG TATTCTTTCACAGAGTTTTTTAAAGGGTATTACCATGACGGCAAATCTTTTAGCATCAACCCCTTTTGTTTAGAGCCTAA TTTGCAAAATTTAGAGTTTTTGCAATCTTTCTTTTTGAGCATGTTTGATCTTACGCCTTCAAGGAATAAAGAAGCCCTAG AAGACATGAATGCGATTTCTAGTGCGATTAAGAGCCTTTATGAGACTTTATACCCTAAAGCCTTTAGTTTGCTAGATTTT AAAGAAACGCTTAAAAGAACCTCATCTAACCAATTGGGTTTGAGTTTAGAGCCGTATTTGAATAACCCCCTTTTTAACGC CCTGAATGACGCATTCAATTCCAACGCTTTTTTAAATGTGATCAATCTAGACACAATCACTCAAAACCCTAAAGATTTAG GGCTTTTAGCCTATTATTTGTTTTATAAAATCTTAGAAGAATCCAGGAAAAACGATAGCGGTTTTTTGGTTTTTTTAGAC GAGTTTAAATCCTATGTGGAAAACGATTTATTGAACACTAAAATTAACGCTTTAATCACGCAAGCCAGAAAAGCTAATGG CGTGGTGGTGTTAGCCTTGCAAGATATTTACCAACTGAGTGGGGTCAAAAACGCCCATAGTTTTTTAAGCAACATGGGGA CTCTTATTTTGTATCCGCAAAAAAACGCTAGAGAATTGAAAAATCATTTCAATGTGCCTTTGAGCGAAACTGAAATTTCT TTTTTAGAAAACACCCCTTTGTATGCCAGACAGGTTTTAGTCAAAAATTTAGGTAATGGGAGTTCTAACATGATTGATGT GAGTTTGGAGAGCTTGGGGCGTTATTTGAAAATCTTTAATTCAGACTCTAGTCATGTCAATAAAGTGAAAGCACTACAAA AAGACTATCCTAAAGAATGGCGTGAAAAACTTTTGAAGAGTTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases GCGCTCTTTAGCGTGCTAGAATTTTTTGATGAAGATATTGCAGATATTATTATTGCTAAAAGCAGAATAAAAACTAAAAC CAAAAGTTATAGAGCATAGA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTAATTGAAACACTCCTATTCAGATGGCTAAGGCACACAAGAAATTAGGGGACTCTGCTGTATTCCTACCCTGAAGCG TTACCCTAAAATCCTATTGC
Product: type IV secretory pathway component VirB4
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 787; Mature: 787
Protein sequence:
>787_residues MLEKLVSAIKQKISNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGVLRLEGVSYTHLSVEQLQDLFTDRQMALD SLEKVVARIVVKRRKIDYQQNIQANSQHLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESTHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKVHFLQETLRSLEIQLKNYAPKLLNSKEVLNFYAEYINGFELPLKPLVGGYLSDSYIASSVTFEKDYFIQESFNQKIYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSGLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLGRLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPECIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVGHKNAKEIPRVNGHTLIIGATGSGKSTLMSFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTEFFKGYYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLTPSRNKEALEDMNAISSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKNHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS
Sequences:
>Translated_787_residues MLEKLVSAIKQKISNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGVLRLEGVSYTHLSVEQLQDLFTDRQMALD SLEKVVARIVVKRRKIDYQQNIQANSQHLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESTHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKVHFLQETLRSLEIQLKNYAPKLLNSKEVLNFYAEYINGFELPLKPLVGGYLSDSYIASSVTFEKDYFIQESFNQKIYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSGLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLGRLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPECIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVGHKNAKEIPRVNGHTLIIGATGSGKSTLMSFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTEFFKGYYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLTPSRNKEALEDMNAISSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKNHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS >Mature_787_residues MLEKLVSAIKQKISNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGVLRLEGVSYTHLSVEQLQDLFTDRQMALD SLEKVVARIVVKRRKIDYQQNIQANSQHLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESTHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKVHFLQETLRSLEIQLKNYAPKLLNSKEVLNFYAEYINGFELPLKPLVGGYLSDSYIASSVTFEKDYFIQESFNQKIYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSGLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLGRLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPECIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVGHKNAKEIPRVNGHTLIIGATGSGKSTLMSFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTEFFKGYYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLTPSRNKEALEDMNAISSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKNHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS
Specific function: The type IV secretion system VirB/VirD4 is a major virulence determinant for subversion of human endothelial cell (HEC) function. VirB-dependent changes of HEC include massive cytoskeletal rearrangements, a proinflammatory activation by nuclear factor NF-
COG id: COG3451
COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB4 components
Gene ontology:
Cell location: Cell inner membrane (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the trbE/virB4 family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003593 - InterPro: IPR004346 - InterPro: IPR018145 [H]
Pfam domain/function: PF03135 CagE_TrbE_VirB [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 90280; Mature: 90280
Theoretical pI: Translated: 9.13; Mature: 9.13
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 2.2 %Met (Translated Protein) 2.5 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 2.2 %Met (Mature Protein) 2.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLEKLVSAIKQKISNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGVLRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCCE THLSVEQLQDLFTDRQMALDSLEKVVARIVVKRRKIDYQQNIQANSQHLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESTHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKVHFLQETLRSLEIQLKNY EECCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC APKLLNSKEVLNFYAEYINGFELPLKPLVGGYLSDSYIASSVTFEKDYFIQESFNQKIYN CHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHCEEECHHHHHHHHHHHHHHH RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSGLVKN HHHCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLGRLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPECIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVGHKNAKEIPRVNGHTLIIGATGSGKSTLMSFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTEFFKGYYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLTPSRNKEALEDMNAIS HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH SAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNTKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKNHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC >Mature Secondary Structure MLEKLVSAIKQKISNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGVLRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCCE THLSVEQLQDLFTDRQMALDSLEKVVARIVVKRRKIDYQQNIQANSQHLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESTHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKVHFLQETLRSLEIQLKNY EECCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC APKLLNSKEVLNFYAEYINGFELPLKPLVGGYLSDSYIASSVTFEKDYFIQESFNQKIYN CHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHCEEECHHHHHHHHHHHHHHH RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSGLVKN HHHCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLGRLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPECIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVGHKNAKEIPRVNGHTLIIGATGSGKSTLMSFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTEFFKGYYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLTPSRNKEALEDMNAIS HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH SAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNTKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKNHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 10749166; 10882236; 7494028 [H]