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The map label for this gene is ycf5 [H]

Identifier: 109947085

GI number: 109947085

Start: 428495

End: 431305

Strand: Reverse

Name: ycf5 [H]

Synonym: Hac_0488

Alternate gene names: 109947085

Gene position: 431305-428495 (Counterclockwise)

Preceding gene: 109947086

Following gene: 109947084

Centisome position: 27.76

GC content: 38.63

Gene sequence:

>2811_bases
ATGAAAAGTCTCAAAAGCTTGCTTTCTCTTTTGCTAGCTTCTTTTTGGGTCGCTATCCCTTTAATTATCCTTTACGCTTT
GGCATGCGCGATAGCCACTTTTATAGAAAACGACTACGGCACAAGCGCGAGTAAGGCTATTGTGTATAACACCCCTTGGT
TTAATTTCTTGCATGCGTATTTGTTGGTGGTTTTAATAGGCACTTTCATTAAGTCTAAAGCTTTGGAGCGCAAAAGGTAT
GCGAGCCTTTTTTTCCATAGCTCGTTGATTTTAATCATTTTAGGGGCAGCGATCACGCGTTTTTTTGGCGTGGAAGGCCT
TATGCATGTGCGAGAAAATAGTGTTCAAAGCTCTTTTGAAAGCACGGACACTTACCTTAACATCAGTTTGAATGACACGA
CTAAACTTTCTTTAAAAACTCCTTTAACCTTTTATCATCCCAAACGATTAAGACCTATTCATGCCACTTTAGATCACAAG
CCTTTAATTTTAGAACCATTAGAGATTTACAAACAAAACGCCATTAAAAAAGATGACGCCACTATTTTAGTGCTAAAAGC
GACTTATAATGGCGTGAGCCACAAATTCAACCTTATTAAAACCAACAGAAATGAAGGCATAGAAGAGAGCGAAATGTTTA
AAGACGACAAGCTTTCTTTAAGTTTTGGATCGGCTTATATTGAATTGCCTTTCCAAATCAAATTGAAGCGTTTTGAATTA
GAGCGCTACGCTGGCTCTATGAGCCCTTCATCTTACGCTTCAGAAGTGGAAGTGTTAAAACTGGATAACACCTTAATCAA
ACCTTATAGGATTTTTATGAACCATGTCTTAGATTATGAAGGCTATCGCTTTTTCCAATCTTCCTATGATATGGATGAAA
AAGGCACGATCCTTTCTGTCAATAAAGACCCAGGCAAAATCCCCACTTATTTAGGGTATGCGATACTTATTTTAGGGGCT
TTGTGGTTGCTTTTGGATAAAAATGGGCGTTTTTTAAAGCTTTCACGCTTTTTAAAATCCCAACAAATGGCTAGTTTCTT
ACTCGCTTTCATTTTAATAAGCCCTTTAACTCATTCGTTCGCTGATGAGGCTAAAATTGATACGCATGGGGGCAAAAGCC
CTAAAATAGAGCACCAAGATGTAGAAAACTCCGCTAACAAAGAAGATTCTAAAAACGCTATTTTAGAGCGTTTGAAACAT
TTAAGAGAGTATTCCAAAGACCATTTGAAAACCTTTCAAAGGCTTCAAGTTCAGGATTTTGATGGGCGTATCAAACCCCT
TGATACCATTAGCATTGAATATATCCATAAGATTTTAAGAAAAGATGATTTTCAAGGGCTAAACGCCATGCAAGCGCTTT
TAGGGATCATGTTTTTTCCTGATGATTGGCGCAGTATTAAAATGATTTACACTTCCACTAAAGCCTTAAGAAAGCTTATT
GGCACGCCTTTAGATGAAAGCCGTATCGCTTTTAGAGATGTGTTTGATAGCCGTGGGTATAAATTGAAAAATCTAGTTGA
AGAAGTCAATCAAAAATCCCCTAATGAGCGCAATGAGCTAGATAAAGATGTCTTAAAAGTGGATGAGCGTATCAATTTAG
TTTATACGCTTTTTAGCGCTCAATTTTTACGCATTTTCCCTAGCGATAAAACTAGTGCTTGGCTCTCGCCCATTGAAGCG
ATCAATAGCCCTAATAAAGAAATTTCAAGCGTGGCAACGGATTTTTTAAAAAATATTTTTAGTGGGTTTGATGACGCTTT
AAGAACCAATCGATGGGATAAAGTAGAAAAAACCCTACAAGATTTAAGCATCTATCAGCAAGAGCATGCTAAAAATCTCT
ATTTGTCCCCTTCTAAAGTTGATTCTGAAATTTTCTTAAACCACACGAATTTTTTTAACAGCCTAACCTTACCTTATATT
TTTCTTGGGCTATTGCTTTTTATCGTTGTGATCAGCTCTCTTATTAAAAACACCCCCCCTAATATTTGGATCACTAGAAT
CCTTTATACCGCCATCTTACTCTGCGCGCTCGCTCATTCTATGGGGTTATTTTTGCGTTGGTATGTGAGCGGGCATTCGC
CTTGGAGTAACGCTTATGAATCCATGCTCTATATCGCATGGGCTTCTATTGTTGCAGGGTTTATTTTACGCTCCAAACTC
GCCTTATCCGCTTCCAGCTTTCTAGCCGGTATTGCACTCTTTGTGGCTCATTTAGGCTTTATGGACCCTCAAATTGGCCA
TTTAGTGCCGGTGTTAAAATCCTATTGGCTCAATATCCATGTCTCTGTCATTACCGCTAGTTATGGTTTTTTGGGCTTGT
GTTTTGTGCTAGGGATTTTAAGCTTGGTTTTGTTTATTTTACGCAAACAAGGGCGTTTCAATTTAGACAAAACCATTCTT
TCCATTAGCGCTATCAATGAAATGAGCATGATTTTAGGCTTATTCATGCTCACAGCTGGGAATTTCTTAGGTGGGGTGTG
GGCGAATGAATCTTGGGGGCGTTATTGGGGGTGGGATCCTAAAGAAACCTGGGCGTTGATTTCTATTTGTGTCTATGCTT
TGATCTTGCATTTGCGTTTTTTAGGCTCTAAAAATTGGCCCTTTATTTTAGCGAGCAGTAGCGTGCTGGGGTTTTATTCG
GTTTTAATGACTTATTTTGGCGTGAATTACTACCTTTCTGGTTTGCACAGCTATGCCGCAGGCGATCCCTTGCCGATCCC
TACTTTCTTGTATTTTTTGGTAGCGATACCTTTTGTGCTCGTAGTTTTAGCGTATTTCAAACGCCATTTGAGTTTGCCTA
AATTAGTTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CCAAAAAGCAGCAAGCGATAAGGATTTCATCAAGCAATTAAAAGCTTACATCAAATACAAAACCGATCTTTCTAAAAACA
AGTCTAGCTAGGAAATGCTA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AGGATAAAAGTGTTCCAACCCCTACTAGACGCTTATACAGACAGCACTTATTCAGATGCATCAGACCACAAGCCCCCCTT
AAATATAGCCATAGCGAATG

Product: cytochrome c biogenesis protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 936; Mature: 936

Protein sequence:

>936_residues
MKSLKSLLSLLLASFWVAIPLIILYALACAIATFIENDYGTSASKAIVYNTPWFNFLHAYLLVVLIGTFIKSKALERKRY
ASLFFHSSLILIILGAAITRFFGVEGLMHVRENSVQSSFESTDTYLNISLNDTTKLSLKTPLTFYHPKRLRPIHATLDHK
PLILEPLEIYKQNAIKKDDATILVLKATYNGVSHKFNLIKTNRNEGIEESEMFKDDKLSLSFGSAYIELPFQIKLKRFEL
ERYAGSMSPSSYASEVEVLKLDNTLIKPYRIFMNHVLDYEGYRFFQSSYDMDEKGTILSVNKDPGKIPTYLGYAILILGA
LWLLLDKNGRFLKLSRFLKSQQMASFLLAFILISPLTHSFADEAKIDTHGGKSPKIEHQDVENSANKEDSKNAILERLKH
LREYSKDHLKTFQRLQVQDFDGRIKPLDTISIEYIHKILRKDDFQGLNAMQALLGIMFFPDDWRSIKMIYTSTKALRKLI
GTPLDESRIAFRDVFDSRGYKLKNLVEEVNQKSPNERNELDKDVLKVDERINLVYTLFSAQFLRIFPSDKTSAWLSPIEA
INSPNKEISSVATDFLKNIFSGFDDALRTNRWDKVEKTLQDLSIYQQEHAKNLYLSPSKVDSEIFLNHTNFFNSLTLPYI
FLGLLLFIVVISSLIKNTPPNIWITRILYTAILLCALAHSMGLFLRWYVSGHSPWSNAYESMLYIAWASIVAGFILRSKL
ALSASSFLAGIALFVAHLGFMDPQIGHLVPVLKSYWLNIHVSVITASYGFLGLCFVLGILSLVLFILRKQGRFNLDKTIL
SISAINEMSMILGLFMLTAGNFLGGVWANESWGRYWGWDPKETWALISICVYALILHLRFLGSKNWPFILASSSVLGFYS
VLMTYFGVNYYLSGLHSYAAGDPLPIPTFLYFLVAIPFVLVVLAYFKRHLSLPKLV

Sequences:

>Translated_936_residues
MKSLKSLLSLLLASFWVAIPLIILYALACAIATFIENDYGTSASKAIVYNTPWFNFLHAYLLVVLIGTFIKSKALERKRY
ASLFFHSSLILIILGAAITRFFGVEGLMHVRENSVQSSFESTDTYLNISLNDTTKLSLKTPLTFYHPKRLRPIHATLDHK
PLILEPLEIYKQNAIKKDDATILVLKATYNGVSHKFNLIKTNRNEGIEESEMFKDDKLSLSFGSAYIELPFQIKLKRFEL
ERYAGSMSPSSYASEVEVLKLDNTLIKPYRIFMNHVLDYEGYRFFQSSYDMDEKGTILSVNKDPGKIPTYLGYAILILGA
LWLLLDKNGRFLKLSRFLKSQQMASFLLAFILISPLTHSFADEAKIDTHGGKSPKIEHQDVENSANKEDSKNAILERLKH
LREYSKDHLKTFQRLQVQDFDGRIKPLDTISIEYIHKILRKDDFQGLNAMQALLGIMFFPDDWRSIKMIYTSTKALRKLI
GTPLDESRIAFRDVFDSRGYKLKNLVEEVNQKSPNERNELDKDVLKVDERINLVYTLFSAQFLRIFPSDKTSAWLSPIEA
INSPNKEISSVATDFLKNIFSGFDDALRTNRWDKVEKTLQDLSIYQQEHAKNLYLSPSKVDSEIFLNHTNFFNSLTLPYI
FLGLLLFIVVISSLIKNTPPNIWITRILYTAILLCALAHSMGLFLRWYVSGHSPWSNAYESMLYIAWASIVAGFILRSKL
ALSASSFLAGIALFVAHLGFMDPQIGHLVPVLKSYWLNIHVSVITASYGFLGLCFVLGILSLVLFILRKQGRFNLDKTIL
SISAINEMSMILGLFMLTAGNFLGGVWANESWGRYWGWDPKETWALISICVYALILHLRFLGSKNWPFILASSSVLGFYS
VLMTYFGVNYYLSGLHSYAAGDPLPIPTFLYFLVAIPFVLVVLAYFKRHLSLPKLV
>Mature_936_residues
MKSLKSLLSLLLASFWVAIPLIILYALACAIATFIENDYGTSASKAIVYNTPWFNFLHAYLLVVLIGTFIKSKALERKRY
ASLFFHSSLILIILGAAITRFFGVEGLMHVRENSVQSSFESTDTYLNISLNDTTKLSLKTPLTFYHPKRLRPIHATLDHK
PLILEPLEIYKQNAIKKDDATILVLKATYNGVSHKFNLIKTNRNEGIEESEMFKDDKLSLSFGSAYIELPFQIKLKRFEL
ERYAGSMSPSSYASEVEVLKLDNTLIKPYRIFMNHVLDYEGYRFFQSSYDMDEKGTILSVNKDPGKIPTYLGYAILILGA
LWLLLDKNGRFLKLSRFLKSQQMASFLLAFILISPLTHSFADEAKIDTHGGKSPKIEHQDVENSANKEDSKNAILERLKH
LREYSKDHLKTFQRLQVQDFDGRIKPLDTISIEYIHKILRKDDFQGLNAMQALLGIMFFPDDWRSIKMIYTSTKALRKLI
GTPLDESRIAFRDVFDSRGYKLKNLVEEVNQKSPNERNELDKDVLKVDERINLVYTLFSAQFLRIFPSDKTSAWLSPIEA
INSPNKEISSVATDFLKNIFSGFDDALRTNRWDKVEKTLQDLSIYQQEHAKNLYLSPSKVDSEIFLNHTNFFNSLTLPYI
FLGLLLFIVVISSLIKNTPPNIWITRILYTAILLCALAHSMGLFLRWYVSGHSPWSNAYESMLYIAWASIVAGFILRSKL
ALSASSFLAGIALFVAHLGFMDPQIGHLVPVLKSYWLNIHVSVITASYGFLGLCFVLGILSLVLFILRKQGRFNLDKTIL
SISAINEMSMILGLFMLTAGNFLGGVWANESWGRYWGWDPKETWALISICVYALILHLRFLGSKNWPFILASSSVLGFYS
VLMTYFGVNYYLSGLHSYAAGDPLPIPTFLYFLVAIPFVLVVLAYFKRHLSLPKLV

Specific function: May play a role in cytochrome c biogenesis and may be required for maturation of the NrfA protein [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: In the C-terminal section; belongs to the ccmF/cycK/ccl1/nrfE/ccsA family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002541
- InterPro:   IPR007816 [H]

Pfam domain/function: PF01578 Cytochrom_C_asm; PF05140 ResB [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 106665; Mature: 106665

Theoretical pI: Translated: 9.51; Mature: 9.51

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
1.8 %Met     (Translated Protein)
2.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
1.8 %Met     (Mature Protein)
2.2 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKSLKSLLSLLLASFWVAIPLIILYALACAIATFIENDYGTSASKAIVYNTPWFNFLHAY
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHH
LLVVLIGTFIKSKALERKRYASLFFHSSLILIILGAAITRFFGVEGLMHVRENSVQSSFE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
STDTYLNISLNDTTKLSLKTPLTFYHPKRLRPIHATLDHKPLILEPLEIYKQNAIKKDDA
CCCCEEEEEECCCEEEEEECCEEEECCCCCCCHHHCCCCCCCEECHHHHHHHHCCCCCCC
TILVLKATYNGVSHKFNLIKTNRNEGIEESEMFKDDKLSLSFGSAYIELPFQIKLKRFEL
EEEEEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHCCCCCCEEEECCEEEECCCEEEHHHHHH
ERYAGSMSPSSYASEVEVLKLDNTLIKPYRIFMNHVLDYEGYRFFQSSYDMDEKGTILSV
HHHHCCCCCCHHHCCHHEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCCCCCCEEEE
NKDPGKIPTYLGYAILILGALWLLLDKNGRFLKLSRFLKSQQMASFLLAFILISPLTHSF
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ADEAKIDTHGGKSPKIEHQDVENSANKEDSKNAILERLKHLREYSKDHLKTFQRLQVQDF
HCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
DGRIKPLDTISIEYIHKILRKDDFQGLNAMQALLGIMFFPDDWRSIKMIYTSTKALRKLI
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
GTPLDESRIAFRDVFDSRGYKLKNLVEEVNQKSPNERNELDKDVLKVDERINLVYTLFSA
CCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QFLRIFPSDKTSAWLSPIEAINSPNKEISSVATDFLKNIFSGFDDALRTNRWDKVEKTLQ
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH
DLSIYQQEHAKNLYLSPSKVDSEIFLNHTNFFNSLTLPYIFLGLLLFIVVISSLIKNTPP
HHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
NIWITRILYTAILLCALAHSMGLFLRWYVSGHSPWSNAYESMLYIAWASIVAGFILRSKL
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ALSASSFLAGIALFVAHLGFMDPQIGHLVPVLKSYWLNIHVSVITASYGFLGLCFVLGIL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHH
SLVLFILRKQGRFNLDKTILSISAINEMSMILGLFMLTAGNFLGGVWANESWGRYWGWDP
HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCH
KETWALISICVYALILHLRFLGSKNWPFILASSSVLGFYSVLMTYFGVNYYLSGLHSYAA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
GDPLPIPTFLYFLVAIPFVLVVLAYFKRHLSLPKLV
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MKSLKSLLSLLLASFWVAIPLIILYALACAIATFIENDYGTSASKAIVYNTPWFNFLHAY
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHH
LLVVLIGTFIKSKALERKRYASLFFHSSLILIILGAAITRFFGVEGLMHVRENSVQSSFE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
STDTYLNISLNDTTKLSLKTPLTFYHPKRLRPIHATLDHKPLILEPLEIYKQNAIKKDDA
CCCCEEEEEECCCEEEEEECCEEEECCCCCCCHHHCCCCCCCEECHHHHHHHHCCCCCCC
TILVLKATYNGVSHKFNLIKTNRNEGIEESEMFKDDKLSLSFGSAYIELPFQIKLKRFEL
EEEEEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHCCCCCCEEEECCEEEECCCEEEHHHHHH
ERYAGSMSPSSYASEVEVLKLDNTLIKPYRIFMNHVLDYEGYRFFQSSYDMDEKGTILSV
HHHHCCCCCCHHHCCHHEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCCCCCCEEEE
NKDPGKIPTYLGYAILILGALWLLLDKNGRFLKLSRFLKSQQMASFLLAFILISPLTHSF
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ADEAKIDTHGGKSPKIEHQDVENSANKEDSKNAILERLKHLREYSKDHLKTFQRLQVQDF
HCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
DGRIKPLDTISIEYIHKILRKDDFQGLNAMQALLGIMFFPDDWRSIKMIYTSTKALRKLI
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
GTPLDESRIAFRDVFDSRGYKLKNLVEEVNQKSPNERNELDKDVLKVDERINLVYTLFSA
CCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QFLRIFPSDKTSAWLSPIEAINSPNKEISSVATDFLKNIFSGFDDALRTNRWDKVEKTLQ
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH
DLSIYQQEHAKNLYLSPSKVDSEIFLNHTNFFNSLTLPYIFLGLLLFIVVISSLIKNTPP
HHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
NIWITRILYTAILLCALAHSMGLFLRWYVSGHSPWSNAYESMLYIAWASIVAGFILRSKL
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ALSASSFLAGIALFVAHLGFMDPQIGHLVPVLKSYWLNIHVSVITASYGFLGLCFVLGIL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHH
SLVLFILRKQGRFNLDKTILSISAINEMSMILGLFMLTAGNFLGGVWANESWGRYWGWDP
HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCH
KETWALISICVYALILHLRFLGSKNWPFILASSSVLGFYSVLMTYFGVNYYLSGLHSYAA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
GDPLPIPTFLYFLVAIPFVLVVLAYFKRHLSLPKLV
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 10672190; 14500908 [H]