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The map label for this gene is yubD [H]

Identifier: 82751611

GI number: 82751611

Start: 2025927

End: 2027396

Strand: Reverse

Name: yubD [H]

Synonym: SAB1892c

Alternate gene names: 82751611

Gene position: 2027396-2025927 (Counterclockwise)

Preceding gene: 82751612

Following gene: 82751608

Centisome position: 73.92

GC content: 32.65

Gene sequence:

>1470_bases
ATGCGTAATTTAATAGAGAAAAAAAGAAGGTTATTAGAACTTTTTGTGCTTTCGTTTATAACAATATTCGGAATAGGCTC
GCAGTTTTTTTCGAATTTAGCATACAGTCTAAATCAAGGTGTTCTTCAAACATCATTTGGAATAGGATCGGAATATCTTA
TTATTCCGTCGGTAGTTAGTAATTTTGCTTTTGCAATGGGTGTGCCACTTGGACACATTTTTACTCATAGATTTGGTTTT
AAACGTAATTATCTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTGTTAGGCTCAATAATGGGGCTATTATCTTTTGACCTGGTAAGTTT
ATCAATCGCTAAAGTAACTCAAAGTTTCAGTACGGGTGTTTTATTTTTTACCTTGTTACCCAAATTATTTATTACTTTTC
CTAGAAGATACCGCAATGTTTTCTTGATGATGGTGGTAGTAGGATTGTTTGGTGCTAATGCTTTAGGCGGTTTATCTGGA
AGCTTATCTTTAGAACTTGATAAATGGCATTGGCTTTTTATTATTAATATAATTTCTAGTATGCTTTGCTTGCTGTTAGG
TTATTTTTTGTTAACCAAAGAGGAGTATCTAAGAAAGACAGAAACCTATATTAGTAAACCTGTCATAACACTACTCATTT
TAAGTACATTGGCAATAGCTTTCCCAATGTCGATACTAACGCACGAAGGATGGGAATCCGTTTTGGTTTGGGCACCCTTA
CTTTTAGCAGTGCTTTTTATTATAAATTTTATATTATTTAATGCAAGGTCAGAACATCCGATTATATACTTTAAATCATT
ACTCATTAAAAAGCCTTTCGTTGGCGCGATTATGGCCATTGCTTCTCATTTAACATTATTAAGTGGCATCGCAGGTATTA
ATATTTATATTATACGAATTTTAAAGCTGCCATTTCTAATTTCATTAAGGTTTTATGTGTTCTTTTTTGTAGGAGTACTC
ATAACAGGTGTCGTTAAAATGTTTTTTTATAGCTCAGTTGGCGCTGGTATTCTAGGAACAATTGGGGCTACATCTATATT
GTTTGTAAGTGTGAATTGGTTGGTTTTAGGCAGGGTTGTAAACGTATCTTTTTTATATTTACAAGGCATATTATTAGGGT
TTGGCACAAGTATGACATTAATTAGTGGTGCGATGGCTACATTATTAGATGGTGATTTATCTAGGGCATCTGAAAGGTCC
CAGACAATGCATATACTGAGAAATTACAGTGCGGCCATGTTTGTTCCGATAATTGCTTATATGATGAAAAGTAGTGTTGA
AAAAGGTGTACAATCAATAGACAAAGAAGAGATAGCTAGCACATCGACTTACTTAGAAAAGATGCAAGAAATTGCAATTA
ACTCTGATCATAAAATATTTATTTTGATGATAATTTTAAATATAATTATGTTGGCGTCATCTATAACCCAAATTTTCTTA
GGGAAGGGAAGGCGTATAACACCTTTGTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTATTTTTAGCTTTAATTTTATTATTATTTACTTTTAGCAAAATAAGAGTACAATATTTATGTTGGAATTTTAAACTTCA
TAGTAGTAAAGGAGTATAAC

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTGAACCCTATTGAATATAAAAAACAATATCATAAGTATTTGGATAATTGTTTCCATCAAACTAGACCTCTGATTTGGAG
AGCATAGTTTGATGAGTGAC

Product: multidrug resistance protein

Products: Proton [Cytoplasm]; drug [Periplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 489; Mature: 489

Protein sequence:

>489_residues
MRNLIEKKRRLLELFVLSFITIFGIGSQFFSNLAYSLNQGVLQTSFGIGSEYLIIPSVVSNFAFAMGVPLGHIFTHRFGF
KRNYLFFVFLFLLGSIMGLLSFDLVSLSIAKVTQSFSTGVLFFTLLPKLFITFPRRYRNVFLMMVVVGLFGANALGGLSG
SLSLELDKWHWLFIINIISSMLCLLLGYFLLTKEEYLRKTETYISKPVITLLILSTLAIAFPMSILTHEGWESVLVWAPL
LLAVLFIINFILFNARSEHPIIYFKSLLIKKPFVGAIMAIASHLTLLSGIAGINIYIIRILKLPFLISLRFYVFFFVGVL
ITGVVKMFFYSSVGAGILGTIGATSILFVSVNWLVLGRVVNVSFLYLQGILLGFGTSMTLISGAMATLLDGDLSRASERS
QTMHILRNYSAAMFVPIIAYMMKSSVEKGVQSIDKEEIASTSTYLEKMQEIAINSDHKIFILMIILNIIMLASSITQIFL
GKGRRITPL

Sequences:

>Translated_489_residues
MRNLIEKKRRLLELFVLSFITIFGIGSQFFSNLAYSLNQGVLQTSFGIGSEYLIIPSVVSNFAFAMGVPLGHIFTHRFGF
KRNYLFFVFLFLLGSIMGLLSFDLVSLSIAKVTQSFSTGVLFFTLLPKLFITFPRRYRNVFLMMVVVGLFGANALGGLSG
SLSLELDKWHWLFIINIISSMLCLLLGYFLLTKEEYLRKTETYISKPVITLLILSTLAIAFPMSILTHEGWESVLVWAPL
LLAVLFIINFILFNARSEHPIIYFKSLLIKKPFVGAIMAIASHLTLLSGIAGINIYIIRILKLPFLISLRFYVFFFVGVL
ITGVVKMFFYSSVGAGILGTIGATSILFVSVNWLVLGRVVNVSFLYLQGILLGFGTSMTLISGAMATLLDGDLSRASERS
QTMHILRNYSAAMFVPIIAYMMKSSVEKGVQSIDKEEIASTSTYLEKMQEIAINSDHKIFILMIILNIIMLASSITQIFL
GKGRRITPL
>Mature_489_residues
MRNLIEKKRRLLELFVLSFITIFGIGSQFFSNLAYSLNQGVLQTSFGIGSEYLIIPSVVSNFAFAMGVPLGHIFTHRFGF
KRNYLFFVFLFLLGSIMGLLSFDLVSLSIAKVTQSFSTGVLFFTLLPKLFITFPRRYRNVFLMMVVVGLFGANALGGLSG
SLSLELDKWHWLFIINIISSMLCLLLGYFLLTKEEYLRKTETYISKPVITLLILSTLAIAFPMSILTHEGWESVLVWAPL
LLAVLFIINFILFNARSEHPIIYFKSLLIKKPFVGAIMAIASHLTLLSGIAGINIYIIRILKLPFLISLRFYVFFFVGVL
ITGVVKMFFYSSVGAGILGTIGATSILFVSVNWLVLGRVVNVSFLYLQGILLGFGTSMTLISGAMATLLDGDLSRASERS
QTMHILRNYSAAMFVPIIAYMMKSSVEKGVQSIDKEEIASTSTYLEKMQEIAINSDHKIFILMIILNIIMLASSITQIFL
GKGRRITPL

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the major facilitator superfamily [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR020846
- InterPro:   IPR011701
- InterPro:   IPR016196 [H]

Pfam domain/function: PF07690 MFS_1 [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 54668; Mature: 54668

Theoretical pI: Translated: 10.30; Mature: 10.30

Prosite motif: PS50850 MFS

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
3.7 %Met     (Translated Protein)
3.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
3.7 %Met     (Mature Protein)
3.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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CCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure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CCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; drug [Cytoplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + drug [Cytoplasm] = Proton [Cytoplasm] + drug [Periplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]