Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is ydeD [H]

Identifier: 78043353

GI number: 78043353

Start: 405366

End: 406238

Strand: Direct

Name: ydeD [H]

Synonym: CHY_0469

Alternate gene names: 78043353

Gene position: 405366-406238 (Clockwise)

Preceding gene: 78044217

Following gene: 78043615

Centisome position: 16.88

GC content: 37.0

Gene sequence:

>873_bases
GTGGGGGATAACGAACGAATAAAGGGATTGGTTTTGGCGATTTTGGCTACTTCTTTGTGGGGTATAAACGGTACCGTTAC
CCGCTACTTATTGATTAACAATTTAGATCCGGTGGTTTTGGTACAGATAAGACTTACCGTAAGCGCTCTTTTGCTGTTTA
TTTTGCTTTTTATTTTAAAAATCAATGTGAAAATTAGTAGAGATGATATAATCTCCTTACTTATCTTAGGGATTTTTGGC
TTATCGCTGGTGCAAATGACGTATTTTTATACCATAAGCTTGACTAATGTAGCAACAGCGGTCTTTTTACAGTATCTGTC
ACCGGTATTTGTAGCCCTTTACGGTGTCTTTTTTAAAGCAGAAGAAATTACCGGAAGCAAACTTACCGCTATTGGTATGT
CGCTCTTAGGAAGTTTTCTGATAGTAACCCAGAATGGTGAGATACAACTACCTTTTATGGGATTACTTTCGGGTTTGCTA
TCGGCTTTATCCCAAAGCTTTTATATTATTTACGGAAAAAAAGTTTTAAACCGCTTTAGTCCTATAACGGTATTGGCATA
CGGCTGGCTTTTTGGAGCAGTTTTTTGGTGGCTTTTAATTCCCCCAAACAAAGCTTTAATGCACCAGGTTTTTACCTTAA
GAGATGTTTTTGGAATATCGTATGTAATTATTTTTGCAACCGTTATTCCCTTTTTATTGTATTTTGAAAGCCTGAAGTAT
TTAAACTCCACTACCATGAGTGTGGTAAGTCTGGTTGAACCGGTGGTAGCGGTAATAGTGGCTTATCTTGTTTTAGGGGA
AAAGTTAACGCCACTTTCCACCCTTGGTGCTGTTTTAATTTTGTTTGCCATTTATAAAATTACCAGAAGTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CTTTAAATCCCTCCACCGGTGGCCGAAAAGCCACCTTTTTTTATTATTTTTTTTAAATAAAGAAATGGTATAATTAATTC
TAAAAACGGAGGTTTTGGGA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AGGAGGATTTTGATGAAAGTTGCTTTAATAGCCCACGACGATAAAAAGGATGATCTTCTTGCTTTTGTAAAAACTCACCG
GGAGTTTTTTGCCCGCCATG

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 290; Mature: 289

Protein sequence:

>290_residues
MGDNERIKGLVLAILATSLWGINGTVTRYLLINNLDPVVLVQIRLTVSALLLFILLFILKINVKISRDDIISLLILGIFG
LSLVQMTYFYTISLTNVATAVFLQYLSPVFVALYGVFFKAEEITGSKLTAIGMSLLGSFLIVTQNGEIQLPFMGLLSGLL
SALSQSFYIIYGKKVLNRFSPITVLAYGWLFGAVFWWLLIPPNKALMHQVFTLRDVFGISYVIIFATVIPFLLYFESLKY
LNSTTMSVVSLVEPVVAVIVAYLVLGEKLTPLSTLGAVLILFAIYKITRS

Sequences:

>Translated_290_residues
MGDNERIKGLVLAILATSLWGINGTVTRYLLINNLDPVVLVQIRLTVSALLLFILLFILKINVKISRDDIISLLILGIFG
LSLVQMTYFYTISLTNVATAVFLQYLSPVFVALYGVFFKAEEITGSKLTAIGMSLLGSFLIVTQNGEIQLPFMGLLSGLL
SALSQSFYIIYGKKVLNRFSPITVLAYGWLFGAVFWWLLIPPNKALMHQVFTLRDVFGISYVIIFATVIPFLLYFESLKY
LNSTTMSVVSLVEPVVAVIVAYLVLGEKLTPLSTLGAVLILFAIYKITRS
>Mature_289_residues
GDNERIKGLVLAILATSLWGINGTVTRYLLINNLDPVVLVQIRLTVSALLLFILLFILKINVKISRDDIISLLILGIFGL
SLVQMTYFYTISLTNVATAVFLQYLSPVFVALYGVFFKAEEITGSKLTAIGMSLLGSFLIVTQNGEIQLPFMGLLSGLLS
ALSQSFYIIYGKKVLNRFSPITVLAYGWLFGAVFWWLLIPPNKALMHQVFTLRDVFGISYVIIFATVIPFLLYFESLKYL
NSTTMSVVSLVEPVVAVIVAYLVLGEKLTPLSTLGAVLILFAIYKITRS

Specific function: Unknown

COG id: COG0697

COG function: function code GER; Permeases of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Probable) [H]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 2 DUF6 domains [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790092, Length=292, Percent_Identity=28.4246575342466, Blast_Score=90, Evalue=2e-19,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000620 [H]

Pfam domain/function: PF00892 DUF6 [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 32142; Mature: 32011

Theoretical pI: Translated: 9.77; Mature: 9.77

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.0 %Cys     (Translated Protein)
2.1 %Met     (Translated Protein)
2.1 %Cys+Met (Translated Protein)
0.0 %Cys     (Mature Protein)
1.7 %Met     (Mature Protein)
1.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MGDNERIKGLVLAILATSLWGINGTVTRYLLINNLDPVVLVQIRLTVSALLLFILLFILK
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHEECCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
INVKISRDDIISLLILGIFGLSLVQMTYFYTISLTNVATAVFLQYLSPVFVALYGVFFKA
HCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EEITGSKLTAIGMSLLGSFLIVTQNGEIQLPFMGLLSGLLSALSQSFYIIYGKKVLNRFS
HHCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCEEECHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHCC
PITVLAYGWLFGAVFWWLLIPPNKALMHQVFTLRDVFGISYVIIFATVIPFLLYFESLKY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LNSTTMSVVSLVEPVVAVIVAYLVLGEKLTPLSTLGAVLILFAIYKITRS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
GDNERIKGLVLAILATSLWGINGTVTRYLLINNLDPVVLVQIRLTVSALLLFILLFILK
CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHEECCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
INVKISRDDIISLLILGIFGLSLVQMTYFYTISLTNVATAVFLQYLSPVFVALYGVFFKA
HCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EEITGSKLTAIGMSLLGSFLIVTQNGEIQLPFMGLLSGLLSALSQSFYIIYGKKVLNRFS
HHCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCEEECHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHCC
PITVLAYGWLFGAVFWWLLIPPNKALMHQVFTLRDVFGISYVIIFATVIPFLLYFESLKY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LNSTTMSVVSLVEPVVAVIVAYLVLGEKLTPLSTLGAVLILFAIYKITRS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 7.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]