| Definition | Shigella flexneri 2a str. 2457T, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_004741 |
| Length | 4,599,354 |
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The map label for this gene is 30062577
Identifier: 30062577
GI number: 30062577
Start: 1095591
End: 1096931
Strand: Direct
Name: 30062577
Synonym: S4815
Alternate gene names: NA
Gene position: 1095591-1096931 (Clockwise)
Preceding gene: 30062574
Following gene: 30062578
Centisome position: 23.82
GC content: 41.69
Gene sequence:
>1341_bases ATGACATTGCCTGTTTTTATAACGGTAATTGCAGACCATGACAAGCCGCAGCCGTCAGGCTGCCTACTCGATAATTTAAG TTCAGCAGCAGTTAAAACAGCAGGTGTACTTATCAGCTTTCAGGCTGTACTATCCGCTTATCAGCGAGTAATGGAAGTTG GCCTTCAACGTGCAAGTGCTGAACGTTCAATTGATTTCGTATTTTCTAAAGATGCAAATCAAGTAAAAGATTTCACAAAG TCATTAGCTCAAACAACGGGTTTAGATATCGCTGAACTGCAATCACAGTTTGCTGGTTTCGGTGCTTCAGCTAGAGAGTC TCTAGGCATTCAAGGTTCTGAAGAACTTTTTAGAAATATGATTGGCTATTCTCGTCTGATGGGGCGAAGTGAAGAAGAGA TTAAGCGAGCACTGACAGCATTATCACAGATGGCTGGTAAGGGTCAGATTATGGCTGAAGAGCTTAAGGGGCAACTAGCT GAAGCTGTTCCTGGTATGGTTCAGGTATTCGCTAAAGCAACCGGAAAGACTGAACAGGAATTATTTGATGCTATGAAGAA GGGGGCTTTAAAATCTGCCGATACTCTTCAGAAGGTCACTCAGGAACTGAATAAACAAATCACCGCTAAAGGTGGCTGGA AAGCTATTTCAGAAAGTACACAGGCACAACTAGGGAACTTGAAAAACTCTTGGAATACCACGCTTGATAGTATCTTCAGA GGTTCTGAAAATGGTCTGCAAGATTTTACAAGAAGCTTAACCAATCTTTTAAACGCTCTTGGTGGAAGTGGTAAGAGTCT TGGTGAATCTCTTGGTAGTCTCATGACTTCTATGTCACATGGTGTCGATTCATTGACCGATATTAGTTACAGGGTAAGGG CGTTCTTTGATGAGGTGACATTAGCTTACCGTCCACTAAATGACACTCAGAGGAAAATTGTTGATGGTTTATCTGATGGG TTAATTGATGGTCTGAAGATGCTTGCTGTGGCTGTTACTGCTCAAAAGGCTGCAAATGTAGCAGGAGGCTTGTTAAACCT TGCAAACGCTGTTACTTCATTCGGTGACGCTGTTAATAAAGCTAAAGCTGGCAAGGCTGGTTCTTCAGGTGGTGCGCTAA ATAAAGTCGGTAGAGTTGTCCTTTATGCTGAGTTGGTAAATTTTGCTCTTGATAATTTAAACCCTGAAGCAGCTAAGAAT CCGAACTTACATCAATCAGGTATTGGCACAGAAACAAACTTCAACCCTGAATACAAAGGTGATTCATCTAAGCCAATAGT TCTATCGCTGACTGGTTTAATGGTGCAACTAATAAAATTGCTAACTTCCAAGAACCGATGA
Upstream 100 bases:
>100_bases CGTGAAGCTTCACGACATAGCGGGGAAGTTTGCTTCTTTGAGAGGCGGGTTTACGTTTACGGGGTTTAGCTGAACGGGCC ATATAACCACCTGAAAGACA
Downstream 100 bases:
>100_bases ATAACTTCGTAAATAACACACAATCAACTCCATCAGCTATCACAGGTGACATGGTTAATAGCAATGCTCAATTAGCTATG GCTGTATCAGAGTTAGGAAG
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 446; Mature: 445
Protein sequence:
>446_residues MTLPVFITVIADHDKPQPSGCLLDNLSSAAVKTAGVLISFQAVLSAYQRVMEVGLQRASAERSIDFVFSKDANQVKDFTK SLAQTTGLDIAELQSQFAGFGASARESLGIQGSEELFRNMIGYSRLMGRSEEEIKRALTALSQMAGKGQIMAEELKGQLA EAVPGMVQVFAKATGKTEQELFDAMKKGALKSADTLQKVTQELNKQITAKGGWKAISESTQAQLGNLKNSWNTTLDSIFR GSENGLQDFTRSLTNLLNALGGSGKSLGESLGSLMTSMSHGVDSLTDISYRVRAFFDEVTLAYRPLNDTQRKIVDGLSDG LIDGLKMLAVAVTAQKAANVAGGLLNLANAVTSFGDAVNKAKAGKAGSSGGALNKVGRVVLYAELVNFALDNLNPEAAKN PNLHQSGIGTETNFNPEYKGDSSKPIVLSLTGLMVQLIKLLTSKNR
Sequences:
>Translated_446_residues MTLPVFITVIADHDKPQPSGCLLDNLSSAAVKTAGVLISFQAVLSAYQRVMEVGLQRASAERSIDFVFSKDANQVKDFTK SLAQTTGLDIAELQSQFAGFGASARESLGIQGSEELFRNMIGYSRLMGRSEEEIKRALTALSQMAGKGQIMAEELKGQLA EAVPGMVQVFAKATGKTEQELFDAMKKGALKSADTLQKVTQELNKQITAKGGWKAISESTQAQLGNLKNSWNTTLDSIFR GSENGLQDFTRSLTNLLNALGGSGKSLGESLGSLMTSMSHGVDSLTDISYRVRAFFDEVTLAYRPLNDTQRKIVDGLSDG LIDGLKMLAVAVTAQKAANVAGGLLNLANAVTSFGDAVNKAKAGKAGSSGGALNKVGRVVLYAELVNFALDNLNPEAAKN PNLHQSGIGTETNFNPEYKGDSSKPIVLSLTGLMVQLIKLLTSKNR >Mature_445_residues TLPVFITVIADHDKPQPSGCLLDNLSSAAVKTAGVLISFQAVLSAYQRVMEVGLQRASAERSIDFVFSKDANQVKDFTKS LAQTTGLDIAELQSQFAGFGASARESLGIQGSEELFRNMIGYSRLMGRSEEEIKRALTALSQMAGKGQIMAEELKGQLAE AVPGMVQVFAKATGKTEQELFDAMKKGALKSADTLQKVTQELNKQITAKGGWKAISESTQAQLGNLKNSWNTTLDSIFRG SENGLQDFTRSLTNLLNALGGSGKSLGESLGSLMTSMSHGVDSLTDISYRVRAFFDEVTLAYRPLNDTQRKIVDGLSDGL IDGLKMLAVAVTAQKAANVAGGLLNLANAVTSFGDAVNKAKAGKAGSSGGALNKVGRVVLYAELVNFALDNLNPEAAKNP NLHQSGIGTETNFNPEYKGDSSKPIVLSLTGLMVQLIKLLTSKNR
Specific function: Unknown
COG id: COG3941
COG function: function code R; Mu-like prophage protein
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 47452; Mature: 47320
Theoretical pI: Translated: 9.18; Mature: 9.18
Prosite motif: PS00359 RIBOSOMAL_L11
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 2.7 %Met (Translated Protein) 2.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 2.5 %Met (Mature Protein) 2.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MTLPVFITVIADHDKPQPSGCLLDNLSSAAVKTAGVLISFQAVLSAYQRVMEVGLQRASA CCCEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ERSIDFVFSKDANQVKDFTKSLAQTTGLDIAELQSQFAGFGASARESLGIQGSEELFRNM HHCCHHEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHH IGYSRLMGRSEEEIKRALTALSQMAGKGQIMAEELKGQLAEAVPGMVQVFAKATGKTEQE HHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH LFDAMKKGALKSADTLQKVTQELNKQITAKGGWKAISESTQAQLGNLKNSWNTTLDSIFR HHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHC GSENGLQDFTRSLTNLLNALGGSGKSLGESLGSLMTSMSHGVDSLTDISYRVRAFFDEVT CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH LAYRPLNDTQRKIVDGLSDGLIDGLKMLAVAVTAQKAANVAGGLLNLANAVTSFGDAVNK HHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AKAGKAGSSGGALNKVGRVVLYAELVNFALDNLNPEAAKNPNLHQSGIGTETNFNPEYKG HHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC DSSKPIVLSLTGLMVQLIKLLTSKNR CCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCC >Mature Secondary Structure TLPVFITVIADHDKPQPSGCLLDNLSSAAVKTAGVLISFQAVLSAYQRVMEVGLQRASA CCEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ERSIDFVFSKDANQVKDFTKSLAQTTGLDIAELQSQFAGFGASARESLGIQGSEELFRNM HHCCHHEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHH IGYSRLMGRSEEEIKRALTALSQMAGKGQIMAEELKGQLAEAVPGMVQVFAKATGKTEQE HHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH LFDAMKKGALKSADTLQKVTQELNKQITAKGGWKAISESTQAQLGNLKNSWNTTLDSIFR HHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHC GSENGLQDFTRSLTNLLNALGGSGKSLGESLGSLMTSMSHGVDSLTDISYRVRAFFDEVT CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH LAYRPLNDTQRKIVDGLSDGLIDGLKMLAVAVTAQKAANVAGGLLNLANAVTSFGDAVNK HHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AKAGKAGSSGGALNKVGRVVLYAELVNFALDNLNPEAAKNPNLHQSGIGTETNFNPEYKG HHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC DSSKPIVLSLTGLMVQLIKLLTSKNR CCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA