| Definition | Lactobacillus plantarum WCFS1, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_004567 |
| Length | 3,308,274 |
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The map label for this gene is levR [H]
Identifier: 28378128
GI number: 28378128
Start: 1278797
End: 1281352
Strand: Direct
Name: levR [H]
Synonym: lp_1396
Alternate gene names: 28378128
Gene position: 1278797-1281352 (Clockwise)
Preceding gene: 28378127
Following gene: 28378130
Centisome position: 38.65
GC content: 45.93
Gene sequence:
>2556_bases ATGGAAACGACACGAGAGCTTATTTATGATACGGTACGCAAATTGGTTTTAACGGATACGCGGTATCACGATGGTGTGAC AGCAATGGTCATTGCTACACAATTGAAAATGCAACGCACAAATGTTAGCGCGGCTTTGAATGCCTTAGTGCGCAAACAAA AATTGGTCAAGACTAAGACGCGGCCAGTTCAATTTTTATTAGCTGCGTCCCACCTCCAAGAGCCATTTACGGGACTAATT GGTCGTTTAAATAGCTTGCAACATGCGATCAAACTAGCAAAAGCGGCTGCTTTGTATCTGAGTGGTCCTTTGAATATTCA CATTGTGGCAAACGGTGGGGCGGGCAGTACCACGTTTGTACACGAAATTCAGAATTTTGTTGAGCAACGGGGTATATTAA CGGCAGCTAGCAGCCCCATCATTGTTAAGTGTCGTGATTATGCAGACGATATTCACCAACTTGATAGTCAATTATTTGGT GAGCATGGCCAGCTAGCGCACAGTCTTTGGGCACACTCCGAGGGCGGTATTGTTGTGATCGACCATTACGACTATTTAGA TGGCCCGCAACGCGCACAATTGACGAGTGTCATGGAAGCCGTGGCGTCCCATAAGCAACCACCGTTAATCATTTTAGTGA GCGGGATTGATCAGGAAATTCTTAGGACGCAGCAATTGATAATGAAAATTGAATTACCTGATTTTAAGCAACGACCGTGG TCAGAAAGATGGGCGTTGATTCGTCGTTTTTTGACGATTGAAGCTCAACAATCCAAGCGGACGATTCGATTGGAACTAGC CGTTGCCCAGGCGCTCATGCTGGCAAATTATGATCAGAATTTGAAAACGATGAAAGCGACCATCACGATGGCCTGTGCGC AGGCTTATGTCCGATTTATGGCTGATGCTGACCGTGAAGTTCGCGTGTACCTTGCGGATCTATCGCCCGCCGTTCAACAA GCGTTAGCGCACGAACGGGACTATCAACAAGAATTGGCGGCCGTGTTGGCAGCAGCTGATTTATCGTTTGCGGCCAAGTC GTCTTCGGGTTTGAGCTCAGATTCATTGCAAGCGAGTCGGCAACAAGTTGAGCCGGGAACAAGTCCTCGCAGTGTCCAAG TGCCAAGGTCAGTTGAACAATCACCGTCAGTGATAAAACCGAGTATCGTCCAACAGCGTGCGTCCAATACGCAAAATTTA GCACAAATCGTTGCGCCACTAATTATTAAGATTGTCAAAGACTGGCAACCAGATTGTGAACGGTTATTGGCACGGCCGTT GACCGAGAGTGTGTTTAATGGATTATGTTTACACATTAATGGGATGTATCGCCAAATGCCAACGACCAAACCTGCATCAG CGACAATGATCACGCAATTACAGTCACAACATGTGGCCGAATATGAGGCTGCTGTTAAATTAGCACAGGTCTTAGCGACA AAACTAGATTTGACCATTTCACCGGCTGAAGTTGCTTTATTAGCAACGTTTTTAGTTGCACAATCACCAGTGACGCGTCA TCACCCGGTTGTGCTTTACGTCATGCAAGGAATGGGGACTGCCCAGGCCCTGATGCGAACAACGAACACGCTCAGCGTTG TCAGCAATACTTATGCTTATGATGTTGACTTATCAGCCGATAGCACGATGGTGATGAAGGCGCTGAAGCATAAAATCAGC GAGATTGATTGCGGTGCAGGTGTGCTAGTCATTTATGATATGGGGGCAATCAAATGGATGTTGACGACCATTCAAGGCGA ACTCGCGACCAAAATTCGGATGATTCAAGTCCCAGTGACTTTAGTCGGAGTCGATGCTGCTCGAAAGAGTGCGCGCGTAA TGGACGTGGACGATGTTTATCATCTAGTGCAAGTCGATCTAAACCAACTGAACGCCGAAAAGACAACAAAAGATGAATTG ATTATTACGCTGTGTCATACGGGTGAGGGGGGTGCTGCGCAATTAAAAGATTATATTGACCAATATTCACGGTTACAGAT GCGCGTCAAAGCGTTGGCAATTGGGCATCGTGATGAGTTGGTGGCAACCGTACTTAGACTACAACAGGTTTATCAGATTC ATGCATTTGTCGGCACCTTTGATCCTCAATTATTCGGCATTCCGTTTATTTCGATGGCAGCAATTTTTGAACATTCACAT CAGCAGTTAGATCAAGTGCTGATGTTTCGGCCGGAAGCTGGTCGCTGGGATACTTATAATCAGATCTATCAGTATTTTAA GACGCAGTTCGAATACGCAGAAGTTGCTAAGTTGCAGCGTGTGTTACCACCACTCATGGATGATTTGACAACCTTATACC AACTAACTGAGGATCAACAAATTGGCCTGTTTGTTCACTTGGGTAGCATGATTGACCGTATTTTGGCTGGCAAGATTGTG ACGACAACGGCGCAAACGCGGAAATTAGTGACCCAGTATTCGCAAGATTATCAGCAATTACGACGGTGTCTACGGCCGGT CGAGCAGACATTTAAACTGATTGTGAATGATGAGATGATTGGGACGTTACTGGTCATCTTAAAGCAATTACACTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases GTGATGAGCAACGGGTGCTTTTTTTGCGGATGCCAATCACAGCGAAATATGTACAAATCTGGTATAAATGTAGTGATGCG AATTTTGTGGGGGAAATCTA
Downstream 100 bases:
>100_bases TCTTAAGTGCCACGGATAATCGTTTGAGATTGATATCAGGAAGGTGTCAGCTTTGATTTTGATGGGGAGATGATGGTTGG TTCTAGCATTGACGGAGCAG
Product: transcription regulator levR (putative)
Products: NA
Alternate protein names: Putative phosphotransferase EIIA component; Putative PTS system EIIA component [H]
Number of amino acids: Translated: 851; Mature: 851
Protein sequence:
>851_residues METTRELIYDTVRKLVLTDTRYHDGVTAMVIATQLKMQRTNVSAALNALVRKQKLVKTKTRPVQFLLAASHLQEPFTGLI GRLNSLQHAIKLAKAAALYLSGPLNIHIVANGGAGSTTFVHEIQNFVEQRGILTAASSPIIVKCRDYADDIHQLDSQLFG EHGQLAHSLWAHSEGGIVVIDHYDYLDGPQRAQLTSVMEAVASHKQPPLIILVSGIDQEILRTQQLIMKIELPDFKQRPW SERWALIRRFLTIEAQQSKRTIRLELAVAQALMLANYDQNLKTMKATITMACAQAYVRFMADADREVRVYLADLSPAVQQ ALAHERDYQQELAAVLAAADLSFAAKSSSGLSSDSLQASRQQVEPGTSPRSVQVPRSVEQSPSVIKPSIVQQRASNTQNL AQIVAPLIIKIVKDWQPDCERLLARPLTESVFNGLCLHINGMYRQMPTTKPASATMITQLQSQHVAEYEAAVKLAQVLAT KLDLTISPAEVALLATFLVAQSPVTRHHPVVLYVMQGMGTAQALMRTTNTLSVVSNTYAYDVDLSADSTMVMKALKHKIS EIDCGAGVLVIYDMGAIKWMLTTIQGELATKIRMIQVPVTLVGVDAARKSARVMDVDDVYHLVQVDLNQLNAEKTTKDEL IITLCHTGEGGAAQLKDYIDQYSRLQMRVKALAIGHRDELVATVLRLQQVYQIHAFVGTFDPQLFGIPFISMAAIFEHSH QQLDQVLMFRPEAGRWDTYNQIYQYFKTQFEYAEVAKLQRVLPPLMDDLTTLYQLTEDQQIGLFVHLGSMIDRILAGKIV TTTAQTRKLVTQYSQDYQQLRRCLRPVEQTFKLIVNDEMIGTLLVILKQLH
Sequences:
>Translated_851_residues METTRELIYDTVRKLVLTDTRYHDGVTAMVIATQLKMQRTNVSAALNALVRKQKLVKTKTRPVQFLLAASHLQEPFTGLI GRLNSLQHAIKLAKAAALYLSGPLNIHIVANGGAGSTTFVHEIQNFVEQRGILTAASSPIIVKCRDYADDIHQLDSQLFG EHGQLAHSLWAHSEGGIVVIDHYDYLDGPQRAQLTSVMEAVASHKQPPLIILVSGIDQEILRTQQLIMKIELPDFKQRPW SERWALIRRFLTIEAQQSKRTIRLELAVAQALMLANYDQNLKTMKATITMACAQAYVRFMADADREVRVYLADLSPAVQQ ALAHERDYQQELAAVLAAADLSFAAKSSSGLSSDSLQASRQQVEPGTSPRSVQVPRSVEQSPSVIKPSIVQQRASNTQNL AQIVAPLIIKIVKDWQPDCERLLARPLTESVFNGLCLHINGMYRQMPTTKPASATMITQLQSQHVAEYEAAVKLAQVLAT KLDLTISPAEVALLATFLVAQSPVTRHHPVVLYVMQGMGTAQALMRTTNTLSVVSNTYAYDVDLSADSTMVMKALKHKIS EIDCGAGVLVIYDMGAIKWMLTTIQGELATKIRMIQVPVTLVGVDAARKSARVMDVDDVYHLVQVDLNQLNAEKTTKDEL IITLCHTGEGGAAQLKDYIDQYSRLQMRVKALAIGHRDELVATVLRLQQVYQIHAFVGTFDPQLFGIPFISMAAIFEHSH QQLDQVLMFRPEAGRWDTYNQIYQYFKTQFEYAEVAKLQRVLPPLMDDLTTLYQLTEDQQIGLFVHLGSMIDRILAGKIV TTTAQTRKLVTQYSQDYQQLRRCLRPVEQTFKLIVNDEMIGTLLVILKQLH >Mature_851_residues METTRELIYDTVRKLVLTDTRYHDGVTAMVIATQLKMQRTNVSAALNALVRKQKLVKTKTRPVQFLLAASHLQEPFTGLI GRLNSLQHAIKLAKAAALYLSGPLNIHIVANGGAGSTTFVHEIQNFVEQRGILTAASSPIIVKCRDYADDIHQLDSQLFG EHGQLAHSLWAHSEGGIVVIDHYDYLDGPQRAQLTSVMEAVASHKQPPLIILVSGIDQEILRTQQLIMKIELPDFKQRPW SERWALIRRFLTIEAQQSKRTIRLELAVAQALMLANYDQNLKTMKATITMACAQAYVRFMADADREVRVYLADLSPAVQQ ALAHERDYQQELAAVLAAADLSFAAKSSSGLSSDSLQASRQQVEPGTSPRSVQVPRSVEQSPSVIKPSIVQQRASNTQNL AQIVAPLIIKIVKDWQPDCERLLARPLTESVFNGLCLHINGMYRQMPTTKPASATMITQLQSQHVAEYEAAVKLAQVLAT KLDLTISPAEVALLATFLVAQSPVTRHHPVVLYVMQGMGTAQALMRTTNTLSVVSNTYAYDVDLSADSTMVMKALKHKIS EIDCGAGVLVIYDMGAIKWMLTTIQGELATKIRMIQVPVTLVGVDAARKSARVMDVDDVYHLVQVDLNQLNAEKTTKDEL IITLCHTGEGGAAQLKDYIDQYSRLQMRVKALAIGHRDELVATVLRLQQVYQIHAFVGTFDPQLFGIPFISMAAIFEHSH QQLDQVLMFRPEAGRWDTYNQIYQYFKTQFEYAEVAKLQRVLPPLMDDLTTLYQLTEDQQIGLFVHLGSMIDRILAGKIV TTTAQTRKLVTQYSQDYQQLRRCLRPVEQTFKLIVNDEMIGTLLVILKQLH
Specific function: Involved in positive regulation of the levanase operon which comprises the levDEFG genes for a fructose PTS system, and sacA for levanase [H]
COG id: COG1221
COG function: function code KT; Transcriptional regulators containing an AAA-type ATPase domain and a DNA-binding domain
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 sigma-54 factor interaction domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003593 - InterPro: IPR011608 - InterPro: IPR004701 - InterPro: IPR002078 - InterPro: IPR001550 [H]
Pfam domain/function: PF03610 EIIA-man; PF00874 PRD; PF00158 Sigma54_activat [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 95064; Mature: 95064
Theoretical pI: Translated: 8.11; Mature: 8.11
Prosite motif: PS00622 HTH_LUXR_1
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.8 %Cys (Translated Protein) 3.2 %Met (Translated Protein) 4.0 %Cys+Met (Translated Protein) 0.8 %Cys (Mature Protein) 3.2 %Met (Mature Protein) 4.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure METTRELIYDTVRKLVLTDTRYHDGVTAMVIATQLKMQRTNVSAALNALVRKQKLVKTKT CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC RPVQFLLAASHLQEPFTGLIGRLNSLQHAIKLAKAAALYLSGPLNIHIVANGGAGSTTFV CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCEEEEEEECCCCCCHHHH HEIQNFVEQRGILTAASSPIIVKCRDYADDIHQLDSQLFGEHGQLAHSLWAHSEGGIVVI HHHHHHHHHCCCEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE DHYDYLDGPQRAQLTSVMEAVASHKQPPLIILVSGIDQEILRTQQLIMKIELPDFKQRPW ECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCC SERWALIRRFLTIEAQQSKRTIRLELAVAQALMLANYDQNLKTMKATITMACAQAYVRFM HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ADADREVRVYLADLSPAVQQALAHERDYQQELAAVLAAADLSFAAKSSSGLSSDSLQASR HCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHH QQVEPGTSPRSVQVPRSVEQSPSVIKPSIVQQRASNTQNLAQIVAPLIIKIVKDWQPDCE HHCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH RLLARPLTESVFNGLCLHINGMYRQMPTTKPASATMITQLQSQHVAEYEAAVKLAQVLAT HHHHHHHHHHHHCCEEEEECCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KLDLTISPAEVALLATFLVAQSPVTRHHPVVLYVMQGMGTAQALMRTTNTLSVVSNTYAY HHCCEECHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEE DVDLSADSTMVMKALKHKISEIDCGAGVLVIYDMGAIKWMLTTIQGELATKIRMIQVPVT EEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEE LVGVDAARKSARVMDVDDVYHLVQVDLNQLNAEKTTKDELIITLCHTGEGGAAQLKDYID EEECHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHH QYSRLQMRVKALAIGHRDELVATVLRLQQVYQIHAFVGTFDPQLFGIPFISMAAIFEHSH HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHCCHHHHHHHHHHHHH QQLDQVLMFRPEAGRWDTYNQIYQYFKTQFEYAEVAKLQRVLPPLMDDLTTLYQLTEDQQ HHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC IGLFVHLGSMIDRILAGKIVTTTAQTRKLVTQYSQDYQQLRRCLRPVEQTFKLIVNDEMI CCCEEEHHHHHHHHHHCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH GTLLVILKQLH HHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure METTRELIYDTVRKLVLTDTRYHDGVTAMVIATQLKMQRTNVSAALNALVRKQKLVKTKT CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC RPVQFLLAASHLQEPFTGLIGRLNSLQHAIKLAKAAALYLSGPLNIHIVANGGAGSTTFV CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCEEEEEEECCCCCCHHHH HEIQNFVEQRGILTAASSPIIVKCRDYADDIHQLDSQLFGEHGQLAHSLWAHSEGGIVVI HHHHHHHHHCCCEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE DHYDYLDGPQRAQLTSVMEAVASHKQPPLIILVSGIDQEILRTQQLIMKIELPDFKQRPW ECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCC SERWALIRRFLTIEAQQSKRTIRLELAVAQALMLANYDQNLKTMKATITMACAQAYVRFM HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ADADREVRVYLADLSPAVQQALAHERDYQQELAAVLAAADLSFAAKSSSGLSSDSLQASR HCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHH QQVEPGTSPRSVQVPRSVEQSPSVIKPSIVQQRASNTQNLAQIVAPLIIKIVKDWQPDCE HHCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH RLLARPLTESVFNGLCLHINGMYRQMPTTKPASATMITQLQSQHVAEYEAAVKLAQVLAT HHHHHHHHHHHHCCEEEEECCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KLDLTISPAEVALLATFLVAQSPVTRHHPVVLYVMQGMGTAQALMRTTNTLSVVSNTYAY HHCCEECHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEE DVDLSADSTMVMKALKHKISEIDCGAGVLVIYDMGAIKWMLTTIQGELATKIRMIQVPVT EEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEE LVGVDAARKSARVMDVDDVYHLVQVDLNQLNAEKTTKDELIITLCHTGEGGAAQLKDYID EEECHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHH QYSRLQMRVKALAIGHRDELVATVLRLQQVYQIHAFVGTFDPQLFGIPFISMAAIFEHSH HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHCCHHHHHHHHHHHHH QQLDQVLMFRPEAGRWDTYNQIYQYFKTQFEYAEVAKLQRVLPPLMDDLTTLYQLTEDQQ HHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC IGLFVHLGSMIDRILAGKIVTTTAQTRKLVTQYSQDYQQLRRCLRPVEQTFKLIVNDEMI CCCEEEHHHHHHHHHHCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH GTLLVILKQLH HHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 1900939; 9141695; 9384377 [H]