| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
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The map label for this gene is 18309867
Identifier: 18309867
GI number: 18309867
Start: 1087988
End: 1089637
Strand: Direct
Name: 18309867
Synonym: CPE0885
Alternate gene names: NA
Gene position: 1087988-1089637 (Clockwise)
Preceding gene: 18309866
Following gene: 18309870
Centisome position: 35.89
GC content: 25.94
Gene sequence:
>1650_bases ATGAAAAAGGATAAATCTTTAGCTGTAGTTCATAGACTAAGAGGGGTTTATGAAAAGCTTGGTGTTGATTATGAAATGAT GAGATTAATATTAGAGACTAAGCTTACAATGGATAGAAGAAGAGAGCATACAATAAACATGAATAATAAAAGTAGTGATG AGAAAGATAATAGTTTTGGCAAGGCATTAATTCTTTATGGAGTAATGGGAGCTTTTATGTCTATGCTTATAATTATTAAG CAGAATATAATGCTTCAGATGGCTGTTTATTTTGGATTTTTTATGTTTGTAATAGGTAGTAGTTTTATAGCTGATTTTGC TTATGTTCTTTTAGATGTTAGGGATAAAAATCTACTTGGAATTACTGGTGTAAGTTCTAAAACTATAAATGCAGCTAAGA TTACTAATATTTTGATTTATATGACAAAGCTAAGCTTAGCTTATGGGGGAGTAGGAATACTTGTTTCTTTAAGGTATGGT ATATTATTTACTATTGTTTTTATACTTGAGATTATACTTATTAATTTATTCATGATACTTATAACAGCATTTATTTATTA TTTAGTTCTTAAGTTTTTTAATGGAGAAAAGCTTAAAGACATAATAAATGTAGTTCAAATAGTTCTTACTGTTGGAATAA TGATTATGTATCAACTTGTAGGAAGACTTTTTGATATTTTAGATGTAGGTAGTAGATTTGCTATAACGAGTTGGTGGCAA GGATTCATAGCGCCTTTATGGTTTGCTGCTCCTCTTGAAATAATAGAAAGTGGAGTAATAGATAGAACATTAATAATATT TACAGGGTTAGCAGTTTTAGCACCAATATTATCAATACTTATTTATTTTAAAATAGCTAAAAAGTTTGAAGATTATATTC AAAAGTTAAATGATAATACTTATAAAGGTAAAGATAGAATTCCATTTTCCTTTAAGATTGGAAATTTGGTGTGTAGAAGT AATACTGAGAAAAGTTTCTTTAATTTTACTGTAAATATAATAAAAAGTGAGAGAAACTTTAAGTTAAAAACATATCCCAA TATAGCAATGTCTTTAGTTTTTCCTTTCATATTCTTATTTAATTTTATTAGAAGTTATGAAAGTTTTGCAGATTGGAAAA ATCATATGGCTAGTTCAAATGAGTTTTTCACATTGTATATATGTATATTTATGTTGACTCCTGTAATCCTTATGGTTAAA TATTCAGATCAGTTTAAAGCATCTTGGATTTATAAAGCTGTTCCTATAGATGATATGGCTTCAATATTTAAAGGGGTATA TAAAGGTGTGTTTTATAAAATGATTCTACCTGTATATATAGTATTGGCTTTAGTATATTTATGGGTATTTGGATTAAGAA TTATTCCTCAAATTATAGCTATATTATTTGTAATAATTATTCTAAACCTAATAACAGTTAAGTTGATGGATAAACATCTT CCATTTTCAGTTAGTTTTAAAGATGGTGAAAAGATGGATGATTTAGGAATAACCTTATTTATTTTTATGCTAAGTGCAAT ATTTGGAGTGGTTCATTATATAATTAATAGACTTAATTATGGAGTATATATCTTTATCTTTATAGAGTTAATATTAATAG GAATTTTATGGACAATAATAAGTAAAAGCAAATATCATAAAATTAATTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases ATGAAGAATCCTTAGAAGAAATATTCAATGACTTAACTGGTTTTAATGATCATAAAAGATTAGCAGAGGAATTTACTGCA CTTATAAAGGGGTGTAGTTT
Downstream 100 bases:
>100_bases ATAAAAACAAATTAGAGTTTAATAGTTATAGAATATATAAAATAGAGTTAAATAAACTTAATTTTATATATAAAATTAAA TTTAAAAATCTTAACCTTAT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 549; Mature: 549
Protein sequence:
>549_residues MKKDKSLAVVHRLRGVYEKLGVDYEMMRLILETKLTMDRRREHTINMNNKSSDEKDNSFGKALILYGVMGAFMSMLIIIK QNIMLQMAVYFGFFMFVIGSSFIADFAYVLLDVRDKNLLGITGVSSKTINAAKITNILIYMTKLSLAYGGVGILVSLRYG ILFTIVFILEIILINLFMILITAFIYYLVLKFFNGEKLKDIINVVQIVLTVGIMIMYQLVGRLFDILDVGSRFAITSWWQ GFIAPLWFAAPLEIIESGVIDRTLIIFTGLAVLAPILSILIYFKIAKKFEDYIQKLNDNTYKGKDRIPFSFKIGNLVCRS NTEKSFFNFTVNIIKSERNFKLKTYPNIAMSLVFPFIFLFNFIRSYESFADWKNHMASSNEFFTLYICIFMLTPVILMVK YSDQFKASWIYKAVPIDDMASIFKGVYKGVFYKMILPVYIVLALVYLWVFGLRIIPQIIAILFVIIILNLITVKLMDKHL PFSVSFKDGEKMDDLGITLFIFMLSAIFGVVHYIINRLNYGVYIFIFIELILIGILWTIISKSKYHKIN
Sequences:
>Translated_549_residues MKKDKSLAVVHRLRGVYEKLGVDYEMMRLILETKLTMDRRREHTINMNNKSSDEKDNSFGKALILYGVMGAFMSMLIIIK QNIMLQMAVYFGFFMFVIGSSFIADFAYVLLDVRDKNLLGITGVSSKTINAAKITNILIYMTKLSLAYGGVGILVSLRYG ILFTIVFILEIILINLFMILITAFIYYLVLKFFNGEKLKDIINVVQIVLTVGIMIMYQLVGRLFDILDVGSRFAITSWWQ GFIAPLWFAAPLEIIESGVIDRTLIIFTGLAVLAPILSILIYFKIAKKFEDYIQKLNDNTYKGKDRIPFSFKIGNLVCRS NTEKSFFNFTVNIIKSERNFKLKTYPNIAMSLVFPFIFLFNFIRSYESFADWKNHMASSNEFFTLYICIFMLTPVILMVK YSDQFKASWIYKAVPIDDMASIFKGVYKGVFYKMILPVYIVLALVYLWVFGLRIIPQIIAILFVIIILNLITVKLMDKHL PFSVSFKDGEKMDDLGITLFIFMLSAIFGVVHYIINRLNYGVYIFIFIELILIGILWTIISKSKYHKIN >Mature_549_residues MKKDKSLAVVHRLRGVYEKLGVDYEMMRLILETKLTMDRRREHTINMNNKSSDEKDNSFGKALILYGVMGAFMSMLIIIK QNIMLQMAVYFGFFMFVIGSSFIADFAYVLLDVRDKNLLGITGVSSKTINAAKITNILIYMTKLSLAYGGVGILVSLRYG ILFTIVFILEIILINLFMILITAFIYYLVLKFFNGEKLKDIINVVQIVLTVGIMIMYQLVGRLFDILDVGSRFAITSWWQ GFIAPLWFAAPLEIIESGVIDRTLIIFTGLAVLAPILSILIYFKIAKKFEDYIQKLNDNTYKGKDRIPFSFKIGNLVCRS NTEKSFFNFTVNIIKSERNFKLKTYPNIAMSLVFPFIFLFNFIRSYESFADWKNHMASSNEFFTLYICIFMLTPVILMVK YSDQFKASWIYKAVPIDDMASIFKGVYKGVFYKMILPVYIVLALVYLWVFGLRIIPQIIAILFVIIILNLITVKLMDKHL PFSVSFKDGEKMDDLGITLFIFMLSAIFGVVHYIINRLNYGVYIFIFIELILIGILWTIISKSKYHKIN
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 63371; Mature: 63371
Theoretical pI: Translated: 9.94; Mature: 9.94
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 4.4 %Met (Translated Protein) 4.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 4.4 %Met (Mature Protein) 4.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKDKSLAVVHRLRGVYEKLGVDYEMMRLILETKLTMDRRREHTINMNNKSSDEKDNSFG CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHH KALILYGVMGAFMSMLIIIKQNIMLQMAVYFGFFMFVIGSSFIADFAYVLLDVRDKNLLG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEE ITGVSSKTINAAKITNILIYMTKLSLAYGGVGILVSLRYGILFTIVFILEIILINLFMIL EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ITAFIYYLVLKFFNGEKLKDIINVVQIVLTVGIMIMYQLVGRLFDILDVGSRFAITSWWQ HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH GFIAPLWFAAPLEIIESGVIDRTLIIFTGLAVLAPILSILIYFKIAKKFEDYIQKLNDNT HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC YKGKDRIPFSFKIGNLVCRSNTEKSFFNFTVNIIKSERNFKLKTYPNIAMSLVFPFIFLF CCCCCCCCEEEECCCEEECCCCCHHHHHHHHHEEECCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHH NFIRSYESFADWKNHMASSNEFFTLYICIFMLTPVILMVKYSDQFKASWIYKAVPIDDMA HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHEEEECCHHHHH SIFKGVYKGVFYKMILPVYIVLALVYLWVFGLRIIPQIIAILFVIIILNLITVKLMDKHL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC PFSVSFKDGEKMDDLGITLFIFMLSAIFGVVHYIINRLNYGVYIFIFIELILIGILWTII CEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SKSKYHKIN CCCCCCCCC >Mature Secondary Structure MKKDKSLAVVHRLRGVYEKLGVDYEMMRLILETKLTMDRRREHTINMNNKSSDEKDNSFG CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHH KALILYGVMGAFMSMLIIIKQNIMLQMAVYFGFFMFVIGSSFIADFAYVLLDVRDKNLLG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEE ITGVSSKTINAAKITNILIYMTKLSLAYGGVGILVSLRYGILFTIVFILEIILINLFMIL EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ITAFIYYLVLKFFNGEKLKDIINVVQIVLTVGIMIMYQLVGRLFDILDVGSRFAITSWWQ HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH GFIAPLWFAAPLEIIESGVIDRTLIIFTGLAVLAPILSILIYFKIAKKFEDYIQKLNDNT HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC YKGKDRIPFSFKIGNLVCRSNTEKSFFNFTVNIIKSERNFKLKTYPNIAMSLVFPFIFLF CCCCCCCCEEEECCCEEECCCCCHHHHHHHHHEEECCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHH NFIRSYESFADWKNHMASSNEFFTLYICIFMLTPVILMVKYSDQFKASWIYKAVPIDDMA HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHEEEECCHHHHH SIFKGVYKGVFYKMILPVYIVLALVYLWVFGLRIIPQIIAILFVIIILNLITVKLMDKHL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC PFSVSFKDGEKMDDLGITLFIFMLSAIFGVVHYIINRLNYGVYIFIFIELILIGILWTII CEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SKSKYHKIN CCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA