Definition Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 chromosome, complete genome.
Accession NC_000909
Length 1,664,970

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The map label for this gene is rgy

Identifier: 15669706

GI number: 15669706

Start: 1483752

End: 1488593

Strand: Direct

Name: rgy

Synonym: MJ1512

Alternate gene names: 15669706

Gene position: 1483752-1488593 (Clockwise)

Preceding gene: 15669705

Following gene: 15669708

Centisome position: 89.12

GC content: 30.94

Gene sequence:

>4842_bases
ATGATACCGATGATATATAAAGAGATGTGTCCTAACTGTAACGGAGAGATAACGAGTGAAAGGTTAGCTATAGGAGTTTG
TGAAAAATGTTTAAAAGAAGAAAATGTTTTTGAAAAACTAAAATTATGTGAAAAACTTAGAGAAGAGAAAACTTTGAAAA
ATTTAAAAGATTATTGTATTATTTGGAATGAATTTAAAGAATTTGAAGAATTTGTAAAAGATTTAGGATTTGAACTTTTA
AGTATTCAAAAGATGTGGGCTAAAAGGGTTTTAAAGAACAAGAGTTTTTCAATCGTAGTACCAACTGGAGTTGGAAAGAG
CTTTTTTGGAATACTTATGAGCCTATTCTTAGCTAAGAAAGGGAAAAGATGTTATATAATTCTACCAACAACACTACTGG
TTAAGCAAACTTATGAAAAAATATCCTCCTTAACAGAAAAAAATAACTTAAATATAAGAGTAGTTGCATATCATTCAGAA
CTCTCAACAAAGGAAAAGAAAGAGGTAAAGGAGAGGATTGAAAACAACGATTATGATGTTTTGATAACAACATCCAACTA
TCTAACAAAAAACATGCCAAAATGCAAATTTGACTTTGTATTTGTTGATGATGTCGATGCATTGTTAAAAGCATCTAAAA
ACATTGACAGAACTTTAAAGTTGTTAGGATTTGATGAAGAGATAATAAATGAGGCATATAAAATCATCTACCTAATAAAG
ATTGGAAAGATAGAGGATGCAATGAAAAAGAGAGAAATTTTAAAGAAAAAAATATCTAAAATAAAGCATGGCTGTTTAAT
AATTGCTTCTGCAACTGGAAAGAGTTATGGGGATAGAGTTAAGCTTTACAGAGAGCTTTTAGACTTTGAAATTGGATTTG
GAATGAATAAGCTTAGGGATGTTGTTGATATCTACGACGAGGAATTTAGCAAAGAGAAGATTTTGGAGTATATAAAATTA
TTTGGTTCTGGCGGAATTGTGTTCGTTTCAATTGACTACGGAGTTGAGAAAGCCCAAGAGATTGAAAAATATCTATTAGA
AAATAATATCAAGGCAAAATTAATCCATTCAAAGGATAAGAAGGGATTTGATGATTTCAGAGAGGGAAAGATTGATGTTT
TGATTGGAGTGGCATCATACTATGGTGTCTTGGTTAGAGGTTTAGACATGCCGGAAAGGGTTAGATATGCTATCTTTTAT
GGCATTCCGAAGTTTAAAATTAGATTAAAGGAGTATATAAACAGCTTAAAGGAGAAGGGAGAGTTAAAAGAAGATATTAA
CATAGAAGGAAAGACTGAGGAGGAAATTAGGCAGATAATAACTGAGAAATTAAAGATAAAGAACTTCTCTCTAAGGAAGG
AGGATGATGAATATCTATTGTTAATTCCAGATGTAAAAACCTATATCCAAGCATCTGGAAGAACTTCAAGGATGACAGAG
TTTGGTTTGACTAAAGGGGCAAGTATTGTATTGGTGGATGAGAAAGAGATTTTTGAAGCCCTCAAAAAGTATATGCTCTT
TATGTATGAGAGTGAATTTAAAAGAATAGATGAGGTAAACTTAGAGGAGCTAATTAAAAAGATTGATGAAGATAGGGAGA
AAATAAAAGTTGGAAGAGCCAAAGGAAAAGTCCCAGATTTGCTAAAATCTGTCTTAATGGTTGTAGAAAGCCCTAATAAG
GCAAGAACTATAGCAAACTTCTTTGGAAAGCCCTCTGTTAGAAAGATAAACAACAGAAATGTCTATGAGGTTTGTATTGG
AGATTTAAACTTGATTATAACTGCGAGTGGAGGGCATGTATTTGATTTGGTTACAAAAGAGGGTTTCTATGGGGTTAAAA
TAGAAAATAACTTGTATATTCCAATATATACATCAATTAAAAAAGTGAATGGAGAGCAATTTACCGACCAAAAGGATTTG
GAGGAGTTGATAAAGCAGTTAATGGAGAAAGGAGAGAGAGTAAATGCAATGGATGCTAAGGAGAACATAGAGATTATTAG
GGAGATAGCCGATGAGGTTGATGCAATATTCATAGCAACCGATATCGATACAGAGGGAGAGAAGATAGGATATGACATAG
CCATAAATGCCCTCCCATTCAATAGAAATATCTACAGAGTAGGATTTAATGAGATTACAAAGAGGGCAATATTAAAGGCA
GTTGAATCATTTAAAAAAGGAGAAGAACTTAGCTTAGATGAAAATAAAGTTAAAGGACAGGTAGTTAGAAGGATAGAAGA
TAGATGGATTGGATTTAGGTTGAGTCAAAAGCTTTGGGAGGTATTTAATAAAAACTACCTCTCAGCTGGTAGAGTTCAAA
CACCAGTGTTAGGATGGATTATTGAGAGATACAATGAACATAAAATAAAAGTCCCTTATCTATCTCTAAAATTGGAAAAT
GACATATATATTGGAAAGATTTGGGAAGATGAGTTTGATAAGGATGAGGTTGAAGTTGAAGTTAAAGTTTATGAGAAGGA
GATTCCTCCATTACCTCCATTCACAACAGACACATTGTTAGAGGAAGCTACAAAGAGATTTGGATTAAGCACCGATGAAA
TAATGTCTATAGCTCAAGAGCTTTTTGAGTTAGGGTTATGTTTAACTCCAGATACCTATGTTGTGTTAGGGGATGGAAGA
ATTGAAACAATTGAAGACATTGTTAATGCTAAGGAAAGAAATGTTTTATCATTAGATTTAGATAATTTATCAATAAAAAT
AGATACAGCCATTAAATTCTGGAAATTGAGATATAATGGAAACCTAAGTAAAATTACTCTTTCGAACAATTATGAGCTAA
AGGCAACTCCAGACCATTGCTTATTGGTTTTAAGAGACAATCAACTAAAATGGATTCCTGCAAAAGATATTAAGGAAAAT
GATTACATTGCAATGCCATTTAACTATAAAGTTGAAAGAAAGCCAATCTCCCTATTAAATCTTCTGAAATATTTGGATAT
TACTGATGTATTAATAGAGTTTGATGAAAACTCCACAATATTTGAAAAAATAGCTGAATATATTAGAAACAATATTAAAA
CAAGCACAAAATACAAATATCTAAGAAATAGAAGAGTCCCGTTAAAATATCTAATTGAGTGGAATTTTGATTTGGATGAG
ATTGAGAAAGAGGCAAAATACATATATAAAAGCGTTGCAGGAACTAAAAAAATTCCATTGTTTAAGTTAGATGAGAGGTT
TTGGTATTTTGCAGGTTTGGTATTGGGAGATGGAAGCATTCAAGATAGCAAAATTAGAATTGCACAAACACCATTAAAGG
ATGTTAAAAGCATATTGGATGAGACATTCCCATTCTTACACAATTGGATTTCTGGTAACCAAGTGATTATTTCAAATCCA
ATTATTGCTGAAATTTTGGAAAAATTAGGAATGAGAAATGGAAAATTAAACGGAATTATCTTCTCTCTCCCAGAAAGTTA
TATAAATGCATTAATTGCTGGATATTTTGATACAGATGGATGCTTCTCCCTACTTTATGATAAAAAGGCAAAAAAACATA
ATTTAAGAATGGTTTTAACATCAAAAAGAAGAGATGTTTTAGAAAAGATAGGCATTTATCTAAACTCAATTGGTATTCTA
AATACTTTACACAAAAGTAGAGAAGTTTATTCCTTAATAATAAGCAATAAGTCCTTAGAAACCTTTAAGGAAAAGATTGC
GAAATATTTAAAGATTAGAAAAGAGGCATTTATAAATGGTTATAAAACATATAAGAAGGAGCATGAAGAAAGATTTGAAT
GTGATTTATTGCCAGTAAAAGAGGTATTTAAGAAATTAACATTTGAAAAGGGAAGAAAGGAAATTCTAAAAGATAGCAAA
ATACACATTGAAAATTGGTATAAAGAGAAAACAAATAACATCCCAAGAGAAAAATTAAAGACAGTGCTAAGATATGCAAA
TAATTCAGAACATAAAGAGTTTTTAGAAAAGATTGTTAATGGAGATATATCCTTTGTTAGAGTTAAAAAAGTAGAAAATA
TTCCTTATGATGGATATGTCTATGATTTAAGCATTAAACATAACCAAAACTTTATATCAAATGGAGTTATCTCACACAAT
TGCACATATCACAGAACCTCTTCAACAAGAGTTTCATTGGATGGGATGAGAGTAGCAAGAGAGTATCTAAAACTAAACAA
TTTAGAGGATTATTTAAAAAATAGAGAATACTTTATGGAAGGAGCTCATGAATGTATAAGACCAACAAAACCAATGAATA
CCGATGAGTTAATAGAGTTTTTAAAGGAAAATAACATAAAGCTAACTAAAAATCATATAAAAGTTTATGATTTGATATTT
AGAAGATTTATAGCCTCTCAGATGAAAGAGGCTGTTGTTGAATATGAAGAGATTTATATAAAAGATTTAGATGAGAAGGT
TGAGGGATATGTTGATATAAAGTTTGATGGTTGGAGTAGAATTTATAATCTAAAATTAAAAAAGCTTCCAAGGATTGAAA
AGAGCAGTTTAAAAGTTTTAGACAAAAAACTTAGAAAGATTCCAAAAGTTCCATTGTATGATGAGGGAGAGGTTGTTAAG
TTGATGAAAGAGAGGGGTATTGGAAGACCTTCAACCTATGCCCAAATTATTAAAAAGCTGTTAGATAGGGGATACGTAGT
TAAAAGTAAAGATAAGAATAAGTTAATCCCAACAAAGCTGGGAATTGAAGTCTATAATTATTTGATAAACAATTATCCTC
ACTTAATATCTGAAGAGAGAACAAGGGAGTTGGAGGAGATTATGGATAAGATTGAAAATGGAGAAGTTGATTACATAGAA
GTGCTAAAAGCTTTACATGAGGAGATTTTGAGTATAAGATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAATAATAAAGTTTTTAAACCCAAATAAACCAAATGAACATAAAAATTAAATTATAATCTATCAGATTCTCTAATAAATA
TTCATTGACTTGGTGTTATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TGAATTATCCAACGTAGTTCAGTAGCATTTTCCCTTTTTCACTTATTCTTATATATTTTGACTTACCTATTTTTTCTGGT
TTTTCTATCAATTCCAATTC

Product: reverse gyrase

Products: NA

Alternate protein names: Helicase; Topoisomerase

Number of amino acids: Translated: 1613; Mature: 1613

Protein sequence:

>1613_residues
MIPMIYKEMCPNCNGEITSERLAIGVCEKCLKEENVFEKLKLCEKLREEKTLKNLKDYCIIWNEFKEFEEFVKDLGFELL
SIQKMWAKRVLKNKSFSIVVPTGVGKSFFGILMSLFLAKKGKRCYIILPTTLLVKQTYEKISSLTEKNNLNIRVVAYHSE
LSTKEKKEVKERIENNDYDVLITTSNYLTKNMPKCKFDFVFVDDVDALLKASKNIDRTLKLLGFDEEIINEAYKIIYLIK
IGKIEDAMKKREILKKKISKIKHGCLIIASATGKSYGDRVKLYRELLDFEIGFGMNKLRDVVDIYDEEFSKEKILEYIKL
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LMKERGIGRPSTYAQIIKKLLDRGYVVKSKDKNKLIPTKLGIEVYNYLINNYPHLISEERTRELEEIMDKIENGEVDYIE
VLKALHEEILSIR

Sequences:

>Translated_1613_residues
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>Mature_1613_residues
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LMKERGIGRPSTYAQIIKKLLDRGYVVKSKDKNKLIPTKLGIEVYNYLINNYPHLISEERTRELEEIMDKIENGEVDYIE
VLKALHEEILSIR

Specific function: Modifies the topological state of DNA by introducing positive supercoils in an ATP-dependent process. It cleaves transiently a single DNA strand and remains covalently bound to the 5' DNA end through a tyrosine residue. May be involved in rewinding the DN

COG id: COG1110

COG function: function code L; Reverse gyrase

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 Toprim domain

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1787529, Length=258, Percent_Identity=31.3953488372093, Blast_Score=103, Evalue=1e-22,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): RGYR_METJA (Q58907)

Other databases:

- EMBL:   L77117
- PIR:   G64488
- RefSeq:   NP_248519.1
- ProteinModelPortal:   Q58907
- GeneID:   1452419
- GenomeReviews:   L77117_GR
- KEGG:   mja:MJ_1512
- NMPDR:   fig|243232.1.peg.1556
- TIGR:   MJ1512
- HOGENOM:   HBG312311
- OMA:   TSTKYKY
- ProtClustDB:   PRK14701
- BioCyc:   MJAN243232:MJ_1512-MONOMER
- BRENDA:   5.99.1.3
- GO:   GO:0005694
- HAMAP:   MF_01125
- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR011545
- InterPro:   IPR001982
- InterPro:   IPR003586
- InterPro:   IPR003587
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR014021
- InterPro:   IPR006142
- InterPro:   IPR004042
- InterPro:   IPR006141
- InterPro:   IPR005736
- InterPro:   IPR003601
- InterPro:   IPR013497
- InterPro:   IPR013824
- InterPro:   IPR013826
- InterPro:   IPR000380
- InterPro:   IPR003602
- InterPro:   IPR006171
- Gene3D:   G3DSA:1.10.460.10
- Gene3D:   G3DSA:1.10.290.10
- PANTHER:   PTHR11390
- PRINTS:   PR00379
- PRINTS:   PR00417
- SMART:   SM00487
- SMART:   SM00490
- SMART:   SM00305
- SMART:   SM00306
- SMART:   SM00437
- SMART:   SM00436
- SMART:   SM00493
- TIGRFAMs:   TIGR01443
- TIGRFAMs:   TIGR01445
- TIGRFAMs:   TIGR01054

Pfam domain/function: PF00270 DEAD; PF00271 Helicase_C; PF00961 LAGLIDADG_1; PF01131 Topoisom_bac; PF01751 Toprim; SSF56712 Topo_IA_core

EC number: =3.6.4.12; =5.99.1.3

Molecular weight: Translated: 188259; Mature: 188259

Theoretical pI: Translated: 8.90; Mature: 8.90

Prosite motif: PS51192 HELICASE_ATP_BIND_1; PS51194 HELICASE_CTER; PS50818 INTEIN_C_TER; PS50819 INTEIN_ENDONUCLEASE; PS50817 INTEIN_N_TER

Important sites: ACT_SITE 1363-1363 BINDING 83-83

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.0 %Cys     (Translated Protein)
1.5 %Met     (Translated Protein)
2.5 %Cys+Met (Translated Protein)
1.0 %Cys     (Mature Protein)
1.5 %Met     (Mature Protein)
2.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
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CCCCHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEE
IWNEFKEFEEFVKDLGFELLSIQKMWAKRVLKNKSFSIVVPTGVGKSFFGILMSLFLAKK
EHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCC
GKRCYIILPTTLLVKQTYEKISSLTEKNNLNIRVVAYHSELSTKEKKEVKERIENNDYDV
CCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEE
LITTSNYLTKNMPKCKFDFVFVDDVDALLKASKNIDRTLKLLGFDEEIINEAYKIIYLIK
EEEECHHHHCCCCCCEEEEEEECCHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHEEEEEEEE
IGKIEDAMKKREILKKKISKIKHGCLIIASATGKSYGDRVKLYRELLDFEIGFGMNKLRD
ECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH
VVDIYDEEFSKEKILEYIKLFGSGGIVFVSIDYGVEKAQEIEKYLLENNIKAKLIHSKDK
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCC
KGFDDFREGKIDVLIGVASYYGVLVRGLDMPERVRYAIFYGIPKFKIRLKEYINSLKEKG
CCCCHHHCCCEEEEEEHHHHHHHHHHCCCCHHHHHEEHEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCC
ELKEDINIEGKTEEEIRQIITEKLKIKNFSLRKEDDEYLLLIPDVKTYIQASGRTSRMTE
CCHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHCCCCCHHHHH
FGLTKGASIVLVDEKEIFEALKKYMLFMYESEFKRIDEVNLEELIKKIDEDREKIKVGRA
HCCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHCCC
KGKVPDLLKSVLMVVESPNKARTIANFFGKPSVRKINNRNVYEVCIGDLNLIITASGGHV
CCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEECCCCCEEEEEECCEEEEEEECCCEE
FDLVTKEGFYGVKIENNLYIPIYTSIKKVNGEQFTDQKDLEELIKQLMEKGERVNAMDAK
EEEEECCCEEEEEECCEEEEEEEHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCH
ENIEIIREIADEVDAIFIATDIDTEGEKIGYDIAINALPFNRNIYRVGFNEITKRAILKA
HHHHHHHHHHHHHCEEEEEECCCCCCCEECEEEEEEEEECCCCEEEECHHHHHHHHHHHH
VESFKKGEELSLDENKVKGQVVRRIEDRWIGFRLSQKLWEVFNKNYLSAGRVQTPVLGWI
HHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHH
IERYNEHKIKVPYLSLKLENDIYIGKIWEDEFDKDEVEVEVKVYEKEIPPLPPFTTDTLL
HHHCCCCEEEEEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHH
EEATKRFGLSTDEIMSIAQELFELGLCLTPDTYVVLGDGRIETIEDIVNAKERNVLSLDL
HHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCEEEECCCCHHHHHHHHCCCCCCEEEEEE
DNLSIKIDTAIKFWKLRYNGNLSKITLSNNYELKATPDHCLLVLRDNQLKWIPAKDIKEN
CCEEEEEECEEEEEEEEECCCEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEECCCEEEECCCCCCCC
DYIAMPFNYKVERKPISLLNLLKYLDITDVLIEFDENSTIFEKIAEYIRNNIKTSTKYKY
CEEEECCCCEECCCHHHHHHHHHHHCHHHHHEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHH
LRNRRVPLKYLIEWNFDLDEIEKEAKYIYKSVAGTKKIPLFKLDERFWYFAGLVLGDGSI
HHCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCHHEEEEEEEEECCCC
QDSKIRIAQTPLKDVKSILDETFPFLHNWISGNQVIISNPIIAEILEKLGMRNGKLNGII
CCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEE
FSLPESYINALIAGYFDTDGCFSLLYDKKAKKHNLRMVLTSKRRDVLEKIGIYLNSIGIL
EECCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NTLHKSREVYSLIISNKSLETFKEKIAKYLKIRKEAFINGYKTYKKEHEERFECDLLPVK
HHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH
EVFKKLTFEKGRKEILKDSKIHIENWYKEKTNNIPREKLKTVLRYANNSEHKEFLEKIVN
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHC
GDISFVRVKKVENIPYDGYVYDLSIKHNQNFISNGVISHNCTYHRTSSTRVSLDGMRVAR
CCCEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHCCCEECCCEEEECCCCEEEHHHHHHHH
EYLKLNNLEDYLKNREYFMEGAHECIRPTKPMNTDELIEFLKENNIKLTKNHIKVYDLIF
HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHH
RRFIASQMKEAVVEYEEIYIKDLDEKVEGYVDIKFDGWSRIYNLKLKKLPRIEKSSLKVL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCHHHEEEHHHHCCCCCHHHHHHH
DKKLRKIPKVPLYDEGEVVKLMKERGIGRPSTYAQIIKKLLDRGYVVKSKDKNKLIPTKL
HHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCHHH
GIEVYNYLINNYPHLISEERTRELEEIMDKIENGEVDYIEVLKALHEEILSIR
HHHHHHHHHHCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC
>Mature Secondary Structure
MIPMIYKEMCPNCNGEITSERLAIGVCEKCLKEENVFEKLKLCEKLREEKTLKNLKDYCI
CCCCHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEE
IWNEFKEFEEFVKDLGFELLSIQKMWAKRVLKNKSFSIVVPTGVGKSFFGILMSLFLAKK
EHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCC
GKRCYIILPTTLLVKQTYEKISSLTEKNNLNIRVVAYHSELSTKEKKEVKERIENNDYDV
CCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEE
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