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The map label for this gene is cycK [H]

Identifier: 88607247

GI number: 88607247

Start: 1339102

End: 1341015

Strand: Reverse

Name: cycK [H]

Synonym: APH_1271

Alternate gene names: 88607247

Gene position: 1341015-1339102 (Counterclockwise)

Preceding gene: 88607925

Following gene: 88607941

Centisome position: 91.15

GC content: 40.39

Gene sequence:

>1914_bases
ATGCAGTACTTCGTTGATGGTTTCGTAGCCTTTCTCATACTTCCTTGTATATTGTCGTTACTATACCCCGTATCAGTGAG
ATTATCTGCTGCCCTTGGTGCATACATGTCTTATGCAGTTGCGGGGTTATTAAGCGCTTCTGTAGGCTTTCTTATATACT
TAAGGATTGTGGATGACTTCTCGTTCGAGAACGTTTTCAATAATTCACATTCTCTACAGCCAATACTATACAAGATTACC
GGTGTATGGGGGAATTATGAGGGGTCTTACCTTCTATTTTTGTGGCTCCTAAGTGTGTATACTGCCGTCATGGAATTTGC
TCATAAGAAGGCTGATAACCTTAAAAGAATAGCTCTTACTGCACAGCACCTCATGCTAGCAGGATTTACAGCTTTTGGTG
CGATATTCGCCAATCCCTTTTTGCGGGTGTTTTCCCTTACCGAAGATGGTCTTGGGTTTAACCCTTTATTACAAGATATT
GGCCTTACTATACATCCCCCCATTTTGTTTAGTGGCTATACGGGGTTGGCTCCAGTGTTATCAATTACCATTGCAGCTCT
CATACTCAATTACGATCCCGTAGAGTGGGCTAAAATAATTCGAGTGTGGGTGCTGAATGCGTGGTCATTCCTGACACTTG
GTGTCGCTCTAGGTGGTTGGTGGGCCTATAGAGTCCTGGGCTGGGGTGGTTTTTGGGCCTGGGACCCTGTGGAGAATGTT
GTGTTGCTACCTTGGCTTCTTAGTACAGCGCTAATCCATATGTTGCCAATTGTCAGGAAGAGTAGAGTATATTGTAACTT
CACATATTTTCTTGCGGTGTCTACTTTTCTAAGTAGCTTATACAGCACATTTTTAGTGCGTTCCGGATTATTAATTTCTG
TGCACACTTTCGCTTTTGACGATACACGCGGTGTTTTCATCCTCGTTTTCATAAGTGTTATCGTCCTAATTTGCTACACA
ATATTTATAATGTATTGCATAAAAAGAGATGAAAGCTGTGACTTCCGTTATGCGTCAAAAATAACGCTTTTGGTTGGTCT
CGCAGTATTACTTCTGATAGCTTTTTCTACCATTATCACTGGCACGGTATATCCAATTTTATGGGAATTCTTCACAGGAG
AGACGATTTCTGTGGGATATCCTTACTATAGTAACATTTTTAGCGTTTTACATACCGGACTGCTAAGCATGTTAATTGTG
TTACCTTGTATAGGTTGGGATGGCTATAAGACATTTAAGCTAAGTTTTAAGATTTCTACGGCCTTTGCCGCTATTTTATC
ACCCTTGGCTATATATTACGGAATTTCGGGAATACTTATTCTGCTTGCATGTTTTTTATTTTCTTCCATTATCGAGGACT
TTTTCAGCAAATTACATGATCCCCTATCATGGACTGCTATTAGGAGCGCTCTACGTCCTGGTAGGTGCGCAATGCTCTCA
GGGCATCTCGGAGTAGCAATATTAACTGCAGGAATCATATACTCTAGCACCTATCAGGCTGAAAGTTATCAGTATATGAA
GGTGGGTGATACTATTAGCGTCCATGATTTTCAAGCTGTATTTGAAGATATTTCTATTATTTCTCAGGAGTATTACGATG
CTTTAGTAGGAAGATTTTCTATTACTAAAGCTGATTCCCCAAAAGTACTACATACACTTTTTCCAGAAAATAGATTCTAC
CACGTAGAAGGCACGCGCAATGTGATCAGCAGCACGTATCATGGTTTTTTAGCCGATATATACATGGTAATTGGTGATAC
AGATCTTGAAAAAGGTATCTCAGTCCAGATGCGATACAAACCTCTTATTAGCCTTGTCTGGATTGGTTGCACAATGCTAG
TTATAGGGGGTACTTTTGGAATATACAATGCATGGCTAAAAATACGGCCTCAAAGAAAAAGAGACACGTTATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
CAACCATAGATTTATAAACCAGGATTGCTAATCTTGTATCTAGTACTTAGAGGACTAGAAGGATATAATGGCGTATTCCT
AATTCTATTCCTATGCCATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATGTGCAAAGCATTATTTGAATTATATTCCATGTGTCAGTATCATCCACCTCATAGAAGCGTGGAGTACACGGAGGTAAG
ATGTTTTTGAGTCAAAGTCG

Product: CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 637; Mature: 637

Protein sequence:

>637_residues
MQYFVDGFVAFLILPCILSLLYPVSVRLSAALGAYMSYAVAGLLSASVGFLIYLRIVDDFSFENVFNNSHSLQPILYKIT
GVWGNYEGSYLLFLWLLSVYTAVMEFAHKKADNLKRIALTAQHLMLAGFTAFGAIFANPFLRVFSLTEDGLGFNPLLQDI
GLTIHPPILFSGYTGLAPVLSITIAALILNYDPVEWAKIIRVWVLNAWSFLTLGVALGGWWAYRVLGWGGFWAWDPVENV
VLLPWLLSTALIHMLPIVRKSRVYCNFTYFLAVSTFLSSLYSTFLVRSGLLISVHTFAFDDTRGVFILVFISVIVLICYT
IFIMYCIKRDESCDFRYASKITLLVGLAVLLLIAFSTIITGTVYPILWEFFTGETISVGYPYYSNIFSVLHTGLLSMLIV
LPCIGWDGYKTFKLSFKISTAFAAILSPLAIYYGISGILILLACFLFSSIIEDFFSKLHDPLSWTAIRSALRPGRCAMLS
GHLGVAILTAGIIYSSTYQAESYQYMKVGDTISVHDFQAVFEDISIISQEYYDALVGRFSITKADSPKVLHTLFPENRFY
HVEGTRNVISSTYHGFLADIYMVIGDTDLEKGISVQMRYKPLISLVWIGCTMLVIGGTFGIYNAWLKIRPQRKRDTL

Sequences:

>Translated_637_residues
MQYFVDGFVAFLILPCILSLLYPVSVRLSAALGAYMSYAVAGLLSASVGFLIYLRIVDDFSFENVFNNSHSLQPILYKIT
GVWGNYEGSYLLFLWLLSVYTAVMEFAHKKADNLKRIALTAQHLMLAGFTAFGAIFANPFLRVFSLTEDGLGFNPLLQDI
GLTIHPPILFSGYTGLAPVLSITIAALILNYDPVEWAKIIRVWVLNAWSFLTLGVALGGWWAYRVLGWGGFWAWDPVENV
VLLPWLLSTALIHMLPIVRKSRVYCNFTYFLAVSTFLSSLYSTFLVRSGLLISVHTFAFDDTRGVFILVFISVIVLICYT
IFIMYCIKRDESCDFRYASKITLLVGLAVLLLIAFSTIITGTVYPILWEFFTGETISVGYPYYSNIFSVLHTGLLSMLIV
LPCIGWDGYKTFKLSFKISTAFAAILSPLAIYYGISGILILLACFLFSSIIEDFFSKLHDPLSWTAIRSALRPGRCAMLS
GHLGVAILTAGIIYSSTYQAESYQYMKVGDTISVHDFQAVFEDISIISQEYYDALVGRFSITKADSPKVLHTLFPENRFY
HVEGTRNVISSTYHGFLADIYMVIGDTDLEKGISVQMRYKPLISLVWIGCTMLVIGGTFGIYNAWLKIRPQRKRDTL
>Mature_637_residues
MQYFVDGFVAFLILPCILSLLYPVSVRLSAALGAYMSYAVAGLLSASVGFLIYLRIVDDFSFENVFNNSHSLQPILYKIT
GVWGNYEGSYLLFLWLLSVYTAVMEFAHKKADNLKRIALTAQHLMLAGFTAFGAIFANPFLRVFSLTEDGLGFNPLLQDI
GLTIHPPILFSGYTGLAPVLSITIAALILNYDPVEWAKIIRVWVLNAWSFLTLGVALGGWWAYRVLGWGGFWAWDPVENV
VLLPWLLSTALIHMLPIVRKSRVYCNFTYFLAVSTFLSSLYSTFLVRSGLLISVHTFAFDDTRGVFILVFISVIVLICYT
IFIMYCIKRDESCDFRYASKITLLVGLAVLLLIAFSTIITGTVYPILWEFFTGETISVGYPYYSNIFSVLHTGLLSMLIV
LPCIGWDGYKTFKLSFKISTAFAAILSPLAIYYGISGILILLACFLFSSIIEDFFSKLHDPLSWTAIRSALRPGRCAMLS
GHLGVAILTAGIIYSSTYQAESYQYMKVGDTISVHDFQAVFEDISIISQEYYDALVGRFSITKADSPKVLHTLFPENRFY
HVEGTRNVISSTYHGFLADIYMVIGDTDLEKGISVQMRYKPLISLVWIGCTMLVIGGTFGIYNAWLKIRPQRKRDTL

Specific function: Required for the biogenesis of c-type cytochromes. Possible subunit of a heme lyase [H]

COG id: COG1138

COG function: function code O; Cytochrome c biogenesis factor

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the ccmF/cycK/ccl1/nrfE/ccsA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1788524, Length=612, Percent_Identity=31.5359477124183, Blast_Score=290, Evalue=2e-79,
Organism=Escherichia coli, GI1790511, Length=588, Percent_Identity=29.2517006802721, Blast_Score=221, Evalue=2e-58,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002541
- InterPro:   IPR003567
- InterPro:   IPR003568 [H]

Pfam domain/function: PF01578 Cytochrom_C_asm [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 71456; Mature: 71456

Theoretical pI: Translated: 7.76; Mature: 7.76

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.4 %Cys     (Translated Protein)
1.9 %Met     (Translated Protein)
3.3 %Cys+Met (Translated Protein)
1.4 %Cys     (Mature Protein)
1.9 %Met     (Mature Protein)
3.3 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MQYFVDGFVAFLILPCILSLLYPVSVRLSAALGAYMSYAVAGLLSASVGFLIYLRIVDDF
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
SFENVFNNSHSLQPILYKITGVWGNYEGSYLLFLWLLSVYTAVMEFAHKKADNLKRIALT
CHHHHHCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH
AQHLMLAGFTAFGAIFANPFLRVFSLTEDGLGFNPLLQDIGLTIHPPILFSGYTGLAPVL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHCCCEECCCEEECCCCHHHHHH
SITIAALILNYDPVEWAKIIRVWVLNAWSFLTLGVALGGWWAYRVLGWGGFWAWDPVENV
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCH
VLLPWLLSTALIHMLPIVRKSRVYCNFTYFLAVSTFLSSLYSTFLVRSGLLISVHTFAFD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEC
DTRGVFILVFISVIVLICYTIFIMYCIKRDESCDFRYASKITLLVGLAVLLLIAFSTIIT
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GTVYPILWEFFTGETISVGYPYYSNIFSVLHTGLLSMLIVLPCIGWDGYKTFKLSFKIST
HHHHHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEHHH
AFAAILSPLAIYYGISGILILLACFLFSSIIEDFFSKLHDPLSWTAIRSALRPGRCAMLS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEE
GHLGVAILTAGIIYSSTYQAESYQYMKVGDTISVHDFQAVFEDISIISQEYYDALVGRFS
CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCE
ITKADSPKVLHTLFPENRFYHVEGTRNVISSTYHGFLADIYMVIGDTDLEKGISVQMRYK
EECCCCCCHHHHHCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEHH
PLISLVWIGCTMLVIGGTFGIYNAWLKIRPQRKRDTL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHEECCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MQYFVDGFVAFLILPCILSLLYPVSVRLSAALGAYMSYAVAGLLSASVGFLIYLRIVDDF
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
SFENVFNNSHSLQPILYKITGVWGNYEGSYLLFLWLLSVYTAVMEFAHKKADNLKRIALT
CHHHHHCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH
AQHLMLAGFTAFGAIFANPFLRVFSLTEDGLGFNPLLQDIGLTIHPPILFSGYTGLAPVL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHCCCEECCCEEECCCCHHHHHH
SITIAALILNYDPVEWAKIIRVWVLNAWSFLTLGVALGGWWAYRVLGWGGFWAWDPVENV
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCH
VLLPWLLSTALIHMLPIVRKSRVYCNFTYFLAVSTFLSSLYSTFLVRSGLLISVHTFAFD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEC
DTRGVFILVFISVIVLICYTIFIMYCIKRDESCDFRYASKITLLVGLAVLLLIAFSTIIT
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GTVYPILWEFFTGETISVGYPYYSNIFSVLHTGLLSMLIVLPCIGWDGYKTFKLSFKIST
HHHHHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEHHH
AFAAILSPLAIYYGISGILILLACFLFSSIIEDFFSKLHDPLSWTAIRSALRPGRCAMLS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEE
GHLGVAILTAGIIYSSTYQAESYQYMKVGDTISVHDFQAVFEDISIISQEYYDALVGRFS
CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCE
ITKADSPKVLHTLFPENRFYHVEGTRNVISSTYHGFLADIYMVIGDTDLEKGISVQMRYK
EECCCCCCHHHHHCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEHH
PLISLVWIGCTMLVIGGTFGIYNAWLKIRPQRKRDTL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHEECCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 7715601; 12597275 [H]